Uso do R Markdown com o Editor Visual

1 Introdução

Vamos ver as novidades na recém lançada versão do Rstudio 1.4.1103. A mudança de destaque é o lançamento definitivo do Editor Visual para documentos do R Markdown. Este editor permite fazer formatações de texto, edições e insersões de diversos tipos de objetos, de maneira fácil e rápida. Na Figura abaixo temos a descrição dos menus e botões do Editor Visual do R Markdown. Agora, os documentos do R Markdown podem ser editados no modo fonte ou visualmente.

Janela do Editor Visual do R Markdown permitindo construir documentos visualmente.

2 Ajuste de Janelas/Páginas

Primeiro, vamos ver como mudar o aspecto visual da janela de script e da área de texto de um documento do R markdown.

1. Mudar a largura da página de texto

A primeira mudança que podemos fazer é na largura do texto do documento e dos pedaços de códigos (chunk, como abaixo). A largura da página de texto e dos chunks pode ser mudada indo no menu Tools ➞ Global options ➞ R Markdown ➞ Visual.

2. Mostrar/ocultar esboço do documento

Para mostrar o esboço do documento basta clicar no botão no canto superior direito . Assim, é possível navegar rapidamente entre os diferentes títulos e subtítulos, bastando clicar num dos itens da coluna de esboço (layout) ao lado.

3 Títulos e subtítulos

Existem 6 níveis de título no R markdown, bastando usar o menu suspenso ou as teclas de atalho.

Depois de entrar com o título, você começa a digitar seus textos, como este, assim como inserir códigos, imagens, tabelas, etc.

3.1 Título 2: O R markdown

Markdown é uma linguagem simples de marcação (markup language). Ela foi influenciada por diversas linguagens, principalmente pelo HTML. Foi desenvolvida em 2004 por John Gruber e Aaron Swartz. O Markdown permite que seus elementos sejam definidos usando marcaçães de texto, sem a necessidade de tags com outras linguagens. Seu arquivo fonte é em formato texto e mesmo com os marcadores de formatação o texto continua legível.

• Mais subníveis de títulos:

3.1.1 Título 3: O Editor Visual

3.1.1.1 Título 4: Detalhes de uso

3.1.1.1.1 Título 5: Comparação entre as duas versões

3.1.1.1.1.1 Título 6: conclusões finais

4 Menu Format

4.1 Fomatações Básicas

Apresentamos o menu Format com as suas diversas formas de formatação. Vamos começar com as formatações mais básicas:

Negrito

Basta selecionar um texto e clicar em B ou teclar CTRL + B

Itálico

Vamos fazer esta frase em itálico. teclar CTRL + I

Sublinhado

Vamos fazer um texto sublinhado.

Tachado (riscado)

Este texto foi riscado.

Sobreescrito :

4𝛑R² é a fórmula da área de uma esfera.

Subscrito

O teste mostrou diferença entre os grupos (t₁₂ = 3.25, p < 0.001)

Caixa Alta

Vamos fazer um texto em caixa alta. Selecione o texto e formate (Small caps)

4.2 Listas com marcadores

• Engenharia de Pesca

  • Tecnologia do Pescado
  • Tecnologia Pesqueira
  • Aquicultura
  • Extensão Pesqueira

• Engenheira de Alimento

  • Tecnologia de Alimentos

  • Ciência de Alimentos

  • Engenharia de Processamento de Alimentos

  • Química de Alimentos

4.3 Lista numerada

1. Peixe

2. Ostra

3. Camarão

   1. Espécie A

   2. Espécie B

4.4 Lista com caixa de checagem

• Aminoácido

  • Alanina

  • Metionina

  • Triptofano

• ácidos graxos

  • EPA

  • DHA

  • ⍺-linolênico

• Monossacarídeo

  • Glicose

  • Frutose

  • Galactose

4.5 Atributos (Div.)

eqeqera

Vamos ver como personalizar atributos como cor , alinhamentos, indentação, etc, de textos e outros objetos através do uso de formatação CSS. Selecione um texto e vá em Format –> Div… –> CSS styles.

Entenda o que é CSS:

CSS é a sigla para Cascading Style Sheets, ou seja, Folhas de Estilo em Cascatas. É uma maneira de dar estilo ao código criado por linguagens como HTML, XML ou XHTML, por exemplo. De forma prática, ela funciona como uma camada de personalização ao conteúdo visível.

Estes tipos de linguagem citados foram idealizados para serem funcionais e, por serem de marcação, precisaram ser aperfeiçoados. O CSS, no caso, veio como uma boa solução para aprimorar a estética dos sites.

Por meio dele, é possível separar formatos de conteúdos, bem como definir como serão exibidos em cada página.

4.6 Span Attributes

Podemos modificar apenas uma palavrade uma frase usando o span attributes no menu Format.

5 Menu Insert

5.1 Códigos em linha

Podemos escrever o código em linha em qualquer parte da linha de texto. Para inserir texto como nome de função em destaque ou pequenas linhas de cálculos, use uma crase (`) antes e depois do texto. No Editor Visual, selecione o texto e tecle ctrl + d . Para insersão de códigos, tecle ctrl + d e coloque a letra r no início do código em linha.

• A homogeneidade das variâncias foi analisada pela função leveTest.

• A área de uma circunferência é obtida pela fórmula 4𝛑R² . Portanto, para a a´rea de uma circunferênca de r = 4 será de 201.06. 1024

• Para transformar 104 graus fahrenheit em graus Celsius (ºC), use a fórmula \(C = (F-32)*5/9\). Assim, 104 ºF correpondem a 40 ºC.

• Podemos afirmar que \(\pi \approx\) 3.1415927

• Que dia é hoje ? Fazemos apenas o seguinte: Bragança, 22 de fevereiro de 2022

• Estou usando a R version 4.1.2 (2021-11-01) no sistema operacional Windows 10.

O uso do comando inline do R deve ser restrito a pequenos cálculos e formatação de strings, uma vez que essa maneira não permite comandos mais complexos, tampouco gráficos.

5.2 Códigos em bloco

A insersão de códigos em bloco, conforme um script R usual, é feita teclando simultaneamente ctrl+alt+I. Ou clicando no no botão:

Exemplo 1 – Criação de um Gráfico:

x = seq(0, 4*pi, 0.1)
y = cos(x)
plot(x,y, bty ="l", col = "blue", ylab = "cos (x)", type = "o")

Exemplo 2 – Apresentação de uma Tabela Paginada:

library(rmarkdown)
dados <- iris
paged_table(dados)

Exemplo 3: Gráfico Estatístico

library(ggplot2)
ggplot(iris) + geom_boxplot(aes(x=Species, y = Sepal.Length, fill = Species))+
labs(y='Comprimento da Sépala (cm)', x = 'Espécie de íris') +
  theme_classic()

5.3 Bloco de citaçães (blockquote)

Para se fazer uma citação no texto com um recuo em destaque, procure Blockquote no menu format.

“Chamar um estatístico depois que o experimento foi feito é o mesmo que pedir a ele que faça um exame post-mortem – talvez ele consiga dizer do que o experimento morreu”.

Ronald Fischer

5.4 Imagem

• Imagem da Internet

• Imagem de um arquivo do computador

  

• Imagem da área de transferência.

  É possível colar uma imagem da área de transferência (cllipboard) diretamente no documento do r markdown.

Atenção: a figura pode ser inserida de uma figura da internet ou de um editor de imagem, mas cuidado. Após a inserção (ctrl+v), será criado um arquivo com a extensão .png na seguinte pasta de arquivos temporários: “C:/Users/odlav/AppData/Local/RStudio/tmp/nome_do_arquivo.png”. Após a reinicialização, essa figura pode desaparecer, pois ela fica armazenada numa pasta temporária. É preciso transferir depois uma cópia dessa imagem para outra pasta de trabalho.

5.5 Link de Internet

Este é o link do IBGE, onde tu podes ter acesso a muitas informaçães estatísticas do Brasil.

A UFPAé a maior universidade do Norte do Brasil.

O R pode ser baixado de muitas instituições no Brasil e no mundo, dentre elas a da Universidade Federal do Parraná (UFPR).

Fiocruz

CNPq

5.6 Régua horizontal

Em muitas ocasiões pode ser útil ter uma linha separando pedaços do texto. No rmarkdown, para fazer uma linha, basta digitar com 3 asteriscos ou ir através do menu inserir (Insert –> Horizontal Rule) :

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5.7 Lista de Definição

Termo

Aqui colocamos a descrição do termo. Veja o exemplo a abaixo;

AAH

Análise de Agrupamento Hierárquico

PCA

Principal component analysis

ACC

Ana´laise de Correspondência Canônica

Correlação

O coeficiente de correlação de Pearson é um teste que mede a relação estatística entre duas variáveis contínuas.

6 Equações Matemáticas

6.1 Equações Inline

Uma fórmula simples na linha de texto pode ser colocado usando o operador $. A fórmula do círculo é \(A=𝛑r^2\).

6.2 Equações em Bloco

Para escrever equações maiores (em Bloco), usamos o operador $$ antes e depois. Por exemplo, para fazer a fórmula do coeficiente de correlaçãode Pearson (r), digitamos:

\[ r=\frac{\sum (x_{i}-\overline x)\sum (y_{i}-\overline y)} {\sqrt{\sum (x_i - \overline{x})^2 )(\sum(y_i - \overline{y})^2})} \]

• Integral tripla:

\[ \iiint_V \mu(u,v,w) \,du\,dv\,dw \]

• Matriz

\[ \begin{bmatrix} 0 & \cdots & 0 \\ \vdots & \ddots & \vdots \\ 0 & \cdots & 0 \\ \end{bmatrix} \]

\[ \begin{matrix} 5050 \\ \overbrace{ 1+2+\cdots+100 } \end{matrix} \]

\[ \forall x\not\in\varnothing\subseteq A\cap B\cup \exists \{x,y\} \setminus\times C \nsubseteq \sqsubseteq \nsupseteq \preceq \succeq \]

• Obs: Há na internet fórmulas Latex já prontas, por exemplo neste link da Wikipedia e em muitos outros endereços. Para criar suas próprias fórmulas, use este excelente link codecogs.

6.3 Caracteres especiais

1. Emoji: 🤣, 🥶, 🗯️,

2. Símbolo unicode : § ∇ ⍺ 𝛃

3. Traços:

   1. Traço simples: –, –, –

   2. Travessão: —, —, —

4. Espaço não quebrados

Digite ctrl space. Veja a aplicação desse tipo de espaço no próximo subtópico (rodapés).

7 Notas de rodapé (clicáveis)

As notas de rodapé clicáveis permite acessar rapidamente a referência usada e retornar ao texto de leitura clicando no botão de retonar. No Editor Visual, ficou muito mais fácil incluir uma nota de rodapé, bastando clicar em Insert ➞ Footnote.

Exemplo:

O livro de estatística Biostatisctical Analysis, escrito por Jerrold Zar, é excelente¹.

A Linguagem de Programação R está em contínuo desenvolvimento ².

Este tutorial para o Editor Visual do R Markdown foi desenvolvido por Evaldo Silva³.

É preciso interpretar bem um coeficiente de determinação⁴

8 Citando Referências Bibliográficas

Há várias formas de inserir referências no R Markdown: Do DOI, PubMed, Crosref, Datacite, Zotero. Para inserir a partir do gereneciador de referências Zotero, é preciso tê-lo instalado em seu computador e com as referências que deseja inserir.

• Obs: Quando o R Markdown inserir as referências, ele criará automaticamente um arquivo references.bib, que conterá as referências em formato Latex.

• Exemplo com DOI

(Hogan, O’Riordan, and O’Sullivan 2003)

(Silva et al. 2007)

• Exemplo com PubMed, Crossref, Datacite

(Cordes and Heim 2020)

(Beltrán-Pavez et al. 2021; Greaney et al. 2021)

(Tran et al. 2021)

• Exemplo com Zotero

A quantificação de proteínas totais deve seguir procedimentos padronizados (AOAC 1997):

A proteção de óleo de peixe da oxidação por microencapsulação pode ser realizada usando o método de liofilização (Heinzelmann and Franke 2000).

As quitosanas são biopolímeros obtidos a partir da carapaça de crustáceos e possuem uma diversidade de aplicaçães(Sahoo et al. 2009).

As propriedades químicas e físicas das quitosanas têm sido bastante estudadas (Pillai, Paul, and Sharma 2009).

Este trabalhou usou a linguagem de programação R (R Core Team 2020)

9 Menu Table

Inserir tabelas também se tornou muito fácil. Basta usar o menu Table e escolher o numero de linhas e colunas e se as colunas terão cabeçalhos. Você pode incluir a legenda (caption) da Tabela.

Esta tabela é apenas para testar a usabilidade do Editor Visual com a insersão de tabelas.

Indivíduo	Idade	Altura (m)	Peso (g)
Paulo Duarte	35	1,75	78
Maria Reis	30	1,65	65
João Pedro	19	1,80	80

Após insersão, tente fazer formatações clicando como o botão direito do mouse sobre a tabela.

10 Referências Bibliográficas

AOAC. 1997. Association of Oficial Analytical Chemists- Official Methods of Analysis. 16th ed. Washington D.C.

Beltrán-Pavez, Carolina, Luis A. Alonso-Palomares, Fernando Valiente-Echeverría, Aldo Gaggero, Ricardo Soto-Rifo, and Gonzalo P. Barriga. 2021. “Accuracy of a RT-qPCR SARS-CoV-2 Detection Assay Without Prior RNA Extraction.” Journal of Virological Methods 287 (January): 113969. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2020.113969.

Cordes, Anne K., and Albert Heim. 2020. “Rapid Random Access Detection of the Novel SARS-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2, Previously 2019-nCoV) Using an Open Access Protocol for the Panther Fusion.” Journal of Clinical Virology 125 (April): 104305. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104305.

Greaney, Allison J., Tyler N. Starr, Pavlo Gilchuk, Seth J. Zost, Elad Binshtein, Andrea N. Loes, Sarah K. Hilton, et al. 2021. “Complete Mapping of Mutations to the SARS-CoV-2 Spike Receptor-Binding Domain That Escape Antibody Recognition.” Cell Host & Microbe 29 (1): 44–57.e9. https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.11.007.

Heinzelmann, Katrin, and Knut Franke. 2000. “Protection of Fish Oil from Oxidation by Microencapsulation Using Freeze-Drying Research Paper.” European Journal of Lipid Science, 114121. https://doi.org/10.1002/(SICI)1438-9312(200002)102:2<114::AID-EJLT114>3.0.CO;2-0.

Hogan, S. A., E. D. O’Riordan, and M. O’Sullivan. 2003. “Microencapsulation and Oxidative Stability of Spray-Dried Fish Oil Emulsions.” Journal of Microencapsulation 20 (5): 675–88. https://doi.org/10.3109/02652040309178355.

Pillai, C. K S, Willi Paul, and Chandra P. Sharma. 2009. “Chitin and Chitosan Polymers: Chemistry, Solubility and Fiber Formation.” Progress in Polymer Science (Oxford) 34 (7): 641678. https://doi.org/10.1016/j.progpolymsci.2009.04.001.

R Core Team. 2020. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/.

Sahoo, Debasish, Sarmila Sahoo, Priyanka Mohanty, S. Sasmal, and P. L. Nayak. 2009. “Chitosan: A New Versatile Bio-Polymer for Various Applications.” Designed Monomers & Polymers 12 (5): 377404. https://doi.org/10.1163/138577209X12486896623418.

Silva, E.M., J.N.S. Souza, H. Rogez, J.F. Rees, and Y. Larondelle. 2007. “Antioxidant Activities and Polyphenolic Contents of Fifteen Selected Plant Species from the Amazonian Region.” Food Chemistry 101 (3): 1012–18. https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2006.02.055.

Tran, Hai Nguyen, Giang Truong Le, Dong Thanh Nguyen, Ruey-Shin Juang, Jörg Rinklebe, Amit Bhatnagar, Eder C. Lima, Hafiz M.N. Iqbal, Ajit K. Sarmah, and Huan-Ping Chao. 2021. “SARS-CoV-2 Coronavirus in Water and Wastewater: A Critical Review about Presence and Concern.” Environmental Research 193 (February): 110265. https://doi.org/10.1016/j.envres.2020.110265.

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Anexo

Notas de rodapé

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1. Zar, Jerrold H. Biostatistical Analysis. 5th ed. Upper Saddle River, N.J.: Prentice-Hall/Pearson, 2010.↩︎

2. Core Team. 2020. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/.↩︎

3. Silva, E.M. 2021. Tutorial Introdutório ao Editor Visual do R Markdown. https://rpubs.com/Evaldo_Martins/Tutorial_Editor_Visual_Rmarkdown↩︎

4. O coeficiente de determinação explica o grau de variação de uma uma determinada variável em função de outra em porcentagem.↩︎