2021-01-17_stat_rep_4SBL

0.1 Описательная статистика

Table 0.1: Описательная статистика экзомеры, вклад в рассеяние %

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	6.54	0.94	4.32	6.01	6.66	7.25	8.03
Before terapy	18.89	5.56	11.19	14.07	18.07	22.61	29.57
Without terapy	8.02	3.01	2.85	6.06	7.72	10.71	12.15

Table 0.1: Описательная статистика экзомеры, Dh нм

Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
25.85	0.64	24.29	25.41	26	26.3	26.89

Table 0.1: Описательная статистика экзосомы, вклад в рассеяние %

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	22.08	0.95	20.80	21.14	22.17	22.73	23.50
Before terapy	19.27	1.78	15.88	17.95	19.40	20.35	22.15
Without terapy	21.18	1.40	19.06	19.98	21.14	22.32	23.94

Table 0.1: Описательная статистика экзосомы, Dh нм

Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
91.07	2.25	89.66	89.75	90.07	90.42	96.91

Table 0.1: Описательная статистика холестерина, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	5.40	0.70	4.23	4.90	5.53	5.94	6.39
Before terapy	7.46	0.65	6.50	7.07	7.39	7.77	9.23
Without terapy	5.34	0.68	4.23	4.86	5.20	5.89	6.39

Table 0.1: Описательная статистика ЛНП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	2.68	0.65	1.93	2.14	2.53	3.08	4.00
Before terapy	4.04	0.68	2.88	3.61	3.96	4.35	6.14
Without terapy	2.74	0.52	1.71	2.43	2.65	3.08	3.64

Table 0.1: Описательная статистика ЛПОНП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	0.91	0.45	0.36	0.51	0.75	1.35	1.52
Before terapy	0.79	0.30	0.27	0.57	0.76	1.02	1.34
Without terapy	0.47	0.21	0.21	0.32	0.37	0.54	0.92

Table 0.1: Описательная статистика ЛВП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	2.06	0.64	1.01	1.61	2.05	2.71	2.99
Before terapy	2.63	0.56	1.92	2.22	2.40	2.94	3.90
Without terapy	2.13	0.45	1.40	1.73	2.09	2.40	2.99

Table 0.1: Описательная статистика триглицериды, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	2.00	0.99	0.79	1.12	1.64	2.97	3.35
Before terapy	1.73	0.66	0.59	1.26	1.67	2.24	2.95
Without terapy	1.03	0.46	0.47	0.71	0.82	1.18	2.02

0.2 Межгрупповая статистика

Для мегрупповой статистики применим два подхода. Расcчтёт статистики для групп Контроль и Терапия без учета парных сравнений представлены в Таблице 0.2. Статистика с учетом парных сравнений приведена в Таблице 0.3.

Table 0.2: Межгрупповая статистика

Параметр	Измерений Контроль	Измерений Терапия	t-критерий	df	p
Cholesterol	22	22	-10.179948	41.78961	0.000000
Cholesterol	22	19	0.301478	38.39141	0.765000
Cholesterol	22	19	10.223820	37.54786	0.000000
ExoM	22	22	-10.277197	22.20435	0.000000
ExoM	22	19	-2.063509	21.04790	0.052000
ExoM	22	19	7.926938	33.19842	0.000000
ExoS	22	22	6.534524	31.97392	0.000000
ExoS	22	19	2.357942	30.92833	0.025000
ExoS	22	19	-3.858287	38.67513	0.000421
HDL	22	22	-3.130346	41.33776	0.003000
HDL	22	19	-0.362405	37.52154	0.719000
HDL	22	19	3.206031	38.77065	0.003000
LDL	22	22	-6.762016	41.92802	0.000000
LDL	22	19	-0.314161	38.73629	0.755000
LDL	22	19	6.949898	38.42110	0.000000
SIC_LDL	22	22	-6.162588	35.05665	0.000000
SIC_LDL	22	19	-0.050075	37.31018	0.960000
SIC_LDL	22	19	5.872872	36.64602	0.000001
Triglycerides	22	22	1.047938	36.49663	0.302000
Triglycerides	22	19	4.077208	30.63077	0.000300
Triglycerides	22	19	3.970823	37.54462	0.000312
VLDL	22	22	1.047938	36.49663	0.302000
VLDL	22	19	4.077208	30.63077	0.000300
VLDL	22	19	3.970823	37.54462	0.000312

Figure 0.1: Данные измерений плазмы (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

Table 0.3: Межгрупповая статистика, парный t-test

Параметр	Измерений Контроль	Измерений Терапия	t-критерий	df	p
Cholesterol	22	22	-24.822792	21	0.000000
ExoM	22	22	-11.452584	21	0.000000
ExoS	22	22	5.878597	21	0.000008
HDL	22	22	-3.375728	21	0.003000
LDL	22	22	-7.510065	21	0.000000
SIC_LDL	22	22	-7.456499	21	0.000000
Triglycerides	22	22	0.963233	21	0.346000
VLDL	22	22	0.963233	21	0.346000

Figure 0.2: Данные измерений плазмы, парные сравнения (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

Отдельно приведена динамика VLDL до терапиии и после см. Рисунок 0.3. Также как и на Рисунке 0.2 (VLDL) можно отметить двунаправленность ответа на терапию, у части пациентов (10 из 12) наблюдалли падение содержания липидов очень низкой плотности, у остальных наблюдался выраженный подъем. До терапии две группы не демонстрируют статистически значимых отличий, тогда как после терапии наблюдается достоверное отличие между этими группами см. Рисунок 0.4.

Figure 0.3: Уровень VLDL до и после терапии, парные сравнения (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

Figure 0.4: Уровень VLDL до и после терапии, внутригрупповое сравнеине (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

0.3 Корреляция

Данные корреляции, без разбивки на группы до получения терапии и после, представлены в Таблице ??. Данные с разбивкой на группы Контроль и Терапия представлены в Таблице ?? и ??, соответственно.

Также корреляционные матрицы представленны на Рисунке 0.5 и Рисунке ?? (для данных без разбивки на группы), Рисунке ?? (для группы Контроль), Рисунке ?? (для группы Терапия).

Figure 0.5: Коэффициенты корреляции экзомеры, обобщённые данные

С целью оценки и исключения влияния зависимых переменных провели рассчёт частной корреляции Таблице ??, Таблице ?? и Таблице ??.

## $estimate
##              [,1]        [,2]       [,3]         [,4]        [,5]        [,6]
## [1,]  1.000000000 -0.56352481  0.5662116 -0.003774119 -0.19062625 -0.05276637
## [2,] -0.563524805  1.00000000  0.2553294 -0.269809918  0.02737366 -0.18600288
## [3,]  0.566211564  0.25532939  1.0000000  0.426874315  0.46470177  0.62686078
## [4,] -0.003774119 -0.26980992  0.4268743  1.000000000 -0.03845978 -0.56618065
## [5,] -0.190626247  0.02737366  0.4647018 -0.038459777  1.00000000 -0.46989886
## [6,] -0.052766372 -0.18600288  0.6268608 -0.566180648 -0.46989886  1.00000000
## [7,] -0.190626247  0.02737366  0.4647018 -0.038459777 -1.00000000 -0.46989886
## [8,]  0.141696915  0.24532496 -0.0638954  0.765793422 -0.09025952  0.21523531
##             [,7]        [,8]
## [1,] -0.19062625  0.14169691
## [2,]  0.02737366  0.24532496
## [3,]  0.46470177 -0.06389540
## [4,] -0.03845978  0.76579342
## [5,] -1.00000000 -0.09025952
## [6,] -0.46989886  0.21523531
## [7,]  1.00000000 -0.09025952
## [8,] -0.09025952  1.00000000
## 
## $p.value
##              [,1]         [,2]         [,3]         [,4]         [,5]
## [1,] 0.000000e+00 5.018113e-06 4.420085e-06 9.777716e-01 0.1554988512
## [2,] 5.018113e-06 0.000000e+00 5.525158e-02 4.238674e-02 0.8398183475
## [3,] 4.420085e-06 5.525158e-02 0.000000e+00 9.281973e-04 0.0002708753
## [4,] 9.777716e-01 4.238674e-02 9.281973e-04 0.000000e+00 0.7763819377
## [5,] 1.554989e-01 8.398183e-01 2.708753e-04 7.763819e-01 0.0000000000
## [6,] 6.966672e-01 1.659601e-01 1.820173e-07 4.426572e-06 0.0002261158
## [7,] 1.554989e-01 8.398183e-01 2.708753e-04 7.763819e-01 0.0000000000
## [8,] 2.930732e-01 6.586402e-02 6.367874e-01 3.937977e-12 0.5043173236
##              [,6]         [,7]         [,8]
## [1,] 6.966672e-01 0.1554988512 2.930732e-01
## [2,] 1.659601e-01 0.8398183475 6.586402e-02
## [3,] 1.820173e-07 0.0002708753 6.367874e-01
## [4,] 4.426572e-06 0.7763819377 3.937977e-12
## [5,] 2.261158e-04          NaN 5.043173e-01
## [6,] 0.000000e+00 0.0002261158 1.078575e-01
## [7,] 2.261158e-04 0.0000000000 5.043173e-01
## [8,] 1.078575e-01 0.5043173236 0.000000e+00
## 
## $statistic
##             [,1]       [,2]       [,3]        [,4]          [,5]       [,6]
## [1,]  0.00000000 -5.0589712  5.0944333 -0.02798981 -1.440130e+00 -0.3918718
## [2,] -5.05897124  0.0000000  1.9584892 -2.07803057  2.030846e-01 -1.4039340
## [3,]  5.09443331  1.9584892  0.0000000  3.50076995  3.892093e+00  5.9668043
## [4,] -0.02798981 -2.0780306  3.5007700  0.00000000 -2.854365e-01 -5.0940239
## [5,] -1.44013020  0.2030846  3.8920926 -0.28543652  0.000000e+00 -3.9478681
## [6,] -0.39187181 -1.4039340  5.9668043 -5.09402391 -3.947868e+00  0.0000000
## [7,] -1.44013020  0.2030846  3.8920926 -0.28543652 -1.330140e+08 -3.9478681
## [8,]  1.06156353  1.8767298 -0.4748312  8.83127654 -6.721259e-01  1.6345377
##            [,7]       [,8]
## [1,] -1.4401302  1.0615635
## [2,]  0.2030846  1.8767298
## [3,]  3.8920926 -0.4748312
## [4,] -0.2854365  8.8312765
## [5,]        NaN -0.6721259
## [6,] -3.9478681  1.6345377
## [7,]  0.0000000 -0.6721259
## [8,] -0.6721259  0.0000000
## 
## $n
## [1] 63
## 
## $gp
## [1] 6
## 
## $method
## [1] "pearson"

0.4 Линейная регрессия

Данные линейной регрессии приведены в Таблице ?? и на Рисунке 0.6

## 
## Call:
## lm(formula = Cholesterol ~ ExoM, data = lipoExo)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -1.08687 -0.35758 -0.07527  0.39441  0.98227 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept) 4.262993   0.126312   33.75   <2e-16 ***
## ExoM        0.162675   0.009627   16.90   <2e-16 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.5097 on 61 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.824,  Adjusted R-squared:  0.8211 
## F-statistic: 285.5 on 1 and 61 DF,  p-value: < 2.2e-16

## 
## Call:
## lm(formula = Cholesterol ~ ExoM, data = .)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -0.51701 -0.14994  0.01485  0.15689  0.62963 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept)  5.45000    0.20713   26.31  < 2e-16 ***
## ExoM         0.10655    0.01054   10.11 2.62e-09 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.2685 on 20 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.8364, Adjusted R-squared:  0.8283 
## F-statistic: 102.3 on 1 and 20 DF,  p-value: 2.617e-09

## 
## Call:
## lm(formula = Cholesterol ~ ExoM, data = .)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -1.14702 -0.44961 -0.05411  0.56848  0.83235 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
## (Intercept)   2.7688     0.9135   3.031  0.00660 **
## ExoM          0.4026     0.1384   2.909  0.00868 **
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.5975 on 20 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.2973, Adjusted R-squared:  0.2621 
## F-statistic: 8.461 on 1 and 20 DF,  p-value: 0.008683

Данные регрессии y = sqrt(x) приведены в Таблице ?? и на Рисунке 0.6

## 
## Call:
## lm(formula = Cholesterol ~ sqrt(ExoM), data = lipoExo)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -1.05872 -0.30981 -0.04648  0.38594  0.98544 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept)  2.27382    0.21962   10.35 4.65e-15 ***
## sqrt(ExoM)   1.18451    0.06534   18.13  < 2e-16 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.4807 on 61 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.8435, Adjusted R-squared:  0.8409 
## F-statistic: 328.7 on 1 and 61 DF,  p-value: < 2.2e-16

## 
## Call:
## lm(formula = Cholesterol ~ ExoMsquare, data = lipoExoExoMsquare)
## 
## Residuals:
##      Min       1Q   Median       3Q      Max 
## -1.05872 -0.30981 -0.04648  0.38594  0.98544 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept)  2.27382    0.21962   10.35 4.65e-15 ***
## ExoMsquare   1.18451    0.06534   18.13  < 2e-16 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 0.4807 on 61 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.8435, Adjusted R-squared:  0.8409 
## F-statistic: 328.7 on 1 and 61 DF,  p-value: < 2.2e-16

Figure 0.6: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация экзомеров ~ холестерин)

Figure 0.7: Регрессия y ~ x^2 (вклад в рассеяние экзомеров ~ холестерин)

1 Новые данные

1.1 Описательная статистика

Table 1.1: Описательная статистика экзомеры, вклад в рассеяние %

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
After terapy	2.00	0.99	0.79	1.12	1.64	2.97	3.35
Before terapy	1.73	0.66	0.59	1.26	1.67	2.24	2.95
Without terapy	1.03	0.46	0.47	0.71	0.82	1.18	2.02

Table 1.1: Описательная статистика экзомеры, Dh нм

Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
25.81	0.61	24.29	25.44	25.82	26.26	26.89

Table 1.1: Описательная статистика экзосомы, вклад в рассеяние %

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	21.18	1.40	19.06	19.98	21.14	22.32	23.94
2 Before	19.49	1.97	15.88	17.95	19.56	20.55	23.36
3 After	22.08	0.95	20.80	21.14	22.17	22.73	23.50

Table 1.1: Описательная статистика экзосомы, Dh нм

Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
91.84	2.18	89.66	89.78	90.43	93.76	96.91

Table 1.1: Описательная статистика холестерина, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	5.34	0.68	4.23	4.86	5.20	5.89	6.39
2 Before	7.45	0.57	6.50	7.07	7.46	7.77	8.53
3 After	5.40	0.70	4.23	4.90	5.53	5.94	6.39

Table 1.1: Описательная статистика ЛНП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	2.74	0.52	1.71	2.43	2.65	3.08	3.64
2 Before	4.03	0.60	2.88	3.61	3.96	4.40	5.44
3 After	2.68	0.65	1.93	2.14	2.53	3.08	4.00

Table 1.1: Описательная статистика ЛПОНП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	0.47	0.21	0.21	0.32	0.37	0.54	0.92
2 Before	0.86	0.50	0.27	0.57	0.76	1.02	2.65
3 After	0.91	0.45	0.36	0.51	0.75	1.35	1.52

Table 1.1: Описательная статистика ЛВП, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	2.13	0.45	1.40	1.73	2.09	2.40	2.99
2 Before	2.59	0.63	1.27	2.22	2.40	2.94	3.90
3 After	2.06	0.64	1.01	1.61	2.05	2.71	2.99

Table 1.1: Описательная статистика триглицериды, ммоль/л

Group	Среднее	СКО	Мин.	Q1	Медиана	Q3	Макс.
1 NoTherapy	1.03	0.46	0.47	0.71	0.82	1.18	2.02
2 Before	1.73	0.66	0.59	1.26	1.67	2.24	2.95
3 After	2.00	0.99	0.79	1.12	1.64	2.97	3.35

Figure 1.1: Данные измерений плазмы, парные сравнения (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

1.2 Межгрупповая статистика

Расчтёт межгрупповой статистики для групп Контроль, до терапии и после терапии без учета парных сравнений представлены в Таблице 1.2.

Table 1.2: Межгрупповая статистика

Параметр	Группа 1	Группа 2	t-критерий	df	p	p.adj.signif
Cholesterol	1 NoTherapy	2 Before	-10.701593	35.37322	0.000000	****
Cholesterol	1 NoTherapy	3 After	-0.301478	38.39141	0.765000	ns
Cholesterol	2 Before	3 After	10.685700	40.44577	0.000000	****
ExoM	1 NoTherapy	2 Before	-8.249012	26.66221	0.000000	****
ExoM	1 NoTherapy	3 After	1.744699	24.27134	0.094000	ns
ExoM	2 Before	3 After	9.397363	22.03425	0.000000	****
ExoS	1 NoTherapy	2 Before	3.197519	37.68087	0.003000	**
ExoS	1 NoTherapy	3 After	-2.357942	30.92833	0.025000	*
ExoS	2 Before	3 After	-5.543268	30.20980	0.000005	****
HDL	1 NoTherapy	2 Before	-2.762749	37.77235	0.009000	*
HDL	1 NoTherapy	3 After	0.362405	37.52154	0.719000	ns
HDL	2 Before	3 After	2.764401	41.98396	0.008000	*
LDL	1 NoTherapy	2 Before	-7.431522	38.99833	0.000000	****
LDL	1 NoTherapy	3 After	0.314161	38.73629	0.755000	ns
LDL	2 Before	3 After	7.157517	41.66411	0.000000	****
SIC_LDL	1 NoTherapy	2 Before	-5.872872	36.64602	0.000001	****
SIC_LDL	1 NoTherapy	3 After	0.050075	37.31018	0.960000	ns
SIC_LDL	2 Before	3 After	6.162588	35.05665	0.000000	****
Triglycerides	1 NoTherapy	2 Before	-3.970823	37.54462	0.000312	***
Triglycerides	1 NoTherapy	3 After	-4.077208	30.63077	0.000300	***
Triglycerides	2 Before	3 After	-1.047938	36.49663	0.302000	ns
VLDL	1 NoTherapy	2 Before	-3.348694	29.20581	0.002000	**
VLDL	1 NoTherapy	3 After	-4.077208	30.63077	0.000300	***
VLDL	2 Before	3 After	-0.351565	41.64479	0.727000	ns

1.3 Корреляция

Данные корреляции представленыдля группы без терапии в Таблице 1.3, до терапии в Таблице 1.4 и после терапии в Таблице 1.5.

Table 1.3: Коэффициенты корреляции, БЕЗ терапии

row	column	cor	p
ExoM	ExoS	-0.422	0.072
ExoM	Cholesterol	0.925	0.000
ExoS	Cholesterol	-0.318	0.184
ExoM	LDL	0.728	0.000
ExoS	LDL	-0.186	0.447
Cholesterol	LDL	0.782	0.000
ExoM	VLDL	0.345	0.147
ExoS	VLDL	-0.294	0.221
Cholesterol	VLDL	0.403	0.087
LDL	VLDL	0.429	0.067
ExoM	HDL	0.398	0.091
ExoS	HDL	-0.130	0.597
Cholesterol	HDL	0.423	0.071
LDL	HDL	-0.170	0.487
VLDL	HDL	-0.354	0.137
ExoM	Triglycerides	0.345	0.147
ExoS	Triglycerides	-0.294	0.221
Cholesterol	Triglycerides	0.403	0.087
LDL	Triglycerides	0.429	0.067
VLDL	Triglycerides	1.000	0.000
HDL	Triglycerides	-0.354	0.137

Table 1.4: Коэффициенты корреляции, терапия ДО

row	column	cor	p
ExoM	ExoS	-0.604	0.003
ExoM	Cholesterol	0.975	0.000
ExoS	Cholesterol	-0.570	0.006
ExoM	LDL	0.748	0.000
ExoS	LDL	-0.284	0.199
Cholesterol	LDL	0.744	0.000
ExoM	VLDL	0.190	0.398
ExoS	VLDL	0.420	0.052
Cholesterol	VLDL	0.187	0.406
LDL	VLDL	0.338	0.124
ExoM	HDL	0.047	0.837
ExoS	HDL	-0.467	0.029
Cholesterol	HDL	0.076	0.737
LDL	HDL	-0.497	0.019
VLDL	HDL	-0.735	0.000
ExoM	Triglycerides	0.221	0.323
ExoS	Triglycerides	0.207	0.355
Cholesterol	Triglycerides	0.215	0.337
LDL	Triglycerides	0.367	0.093
VLDL	Triglycerides	0.757	0.000
HDL	Triglycerides	-0.693	0.000

Table 1.5: Коэффициенты корреляции, терапия ПОСЛЕ

row	column	cor	p
ExoM	ExoS	-0.134	0.552
ExoM	Cholesterol	0.545	0.009
ExoS	Cholesterol	0.232	0.298
ExoM	LDL	0.284	0.200
ExoS	LDL	-0.300	0.175
Cholesterol	LDL	0.359	0.101
ExoM	VLDL	0.186	0.406
ExoS	VLDL	-0.041	0.857
Cholesterol	VLDL	0.401	0.065
LDL	VLDL	0.399	0.066
ExoM	HDL	0.100	0.659
ExoS	HDL	0.167	0.457
Cholesterol	HDL	0.160	0.476
LDL	HDL	-0.384	0.078
VLDL	HDL	-0.329	0.135
ExoM	Triglycerides	0.186	0.406
ExoS	Triglycerides	-0.041	0.857
Cholesterol	Triglycerides	0.401	0.065
LDL	Triglycerides	0.399	0.066
VLDL	Triglycerides	1.000	0.000
HDL	Triglycerides	-0.329	0.135

С целью оценки и исключения влияния зависимых переменных провели рассчёт частной корреляции Таблице ??, Таблице ?? и Таблице ??.

## $estimate
##             [,1]        [,2]        [,3]       [,4]        [,5]        [,6]
## [1,]  1.00000000 -0.38558549  0.91495754  0.6152099  0.02048571  0.54706575
## [2,] -0.38558549  1.00000000  0.23347880  0.3139255 -0.23720850  0.07443926
## [3,]  0.91495754  0.23347880  1.00000000 -0.5703090 -0.07655472 -0.69001516
## [4,]  0.61520994  0.31392553 -0.57030898  1.0000000  0.50406808  0.12415369
## [5,]  0.02048571 -0.23720850 -0.07655472  0.5040681  1.00000000 -0.20917235
## [6,]  0.54706575  0.07443926 -0.69001516  0.1241537 -0.20917235  1.00000000
## [7,]  0.02048571 -0.23720850 -0.07655472  0.5040681 -1.00000000 -0.20917235
##             [,7]
## [1,]  0.02048571
## [2,] -0.23720850
## [3,] -0.07655472
## [4,]  0.50406808
## [5,] -1.00000000
## [6,] -0.20917235
## [7,]  1.00000000
## 
## $p.value
##              [,1]      [,2]         [,3]       [,4]       [,5]        [,6]
## [1,] 0.000000e+00 0.1733319 4.537490e-06 0.01919332 0.94458330 0.042907503
## [2,] 1.733319e-01 0.0000000 4.217753e-01 0.27438494 0.41418189 0.800339289
## [3,] 4.537490e-06 0.4217753 0.000000e+00 0.03320932 0.79477403 0.006312263
## [4,] 1.919332e-02 0.2743849 3.320932e-02 0.00000000 0.06607699 0.672388307
## [5,] 9.445833e-01 0.4141819 7.947740e-01 0.06607699 0.00000000 0.472953551
## [6,] 4.290750e-02 0.8003393 6.312263e-03 0.67238831 0.47295355 0.000000000
## [7,] 9.445833e-01 0.4141819 7.947740e-01 0.06607699        NaN 0.472953551
##              [,7]
## [1,] 9.445833e-01
## [2,] 4.141819e-01
## [3,] 7.947740e-01
## [4,] 6.607699e-02
## [5,] 2.399515e-86
## [6,] 4.729536e-01
## [7,] 0.000000e+00
## 
## $statistic
##             [,1]       [,2]       [,3]       [,4]        [,5]       [,6]
## [1,]  0.00000000 -1.4476511  7.8540578  2.7032584  0.07097949  2.2639049
## [2,] -1.44765111  0.0000000  0.8317832  1.1453712 -0.84585612  0.2585826
## [3,]  7.85405781  0.8317832  0.0000000 -2.4050834 -0.26597385 -3.3024308
## [4,]  2.70325837  1.1453712 -2.4050834  0.0000000  2.02178532  0.4334345
## [5,]  0.07097949 -0.8458561 -0.2659739  2.0217853  0.00000000 -0.7409858
## [6,]  2.26390492  0.2585826 -3.3024308  0.4334345 -0.74098576  0.0000000
## [7,]  0.07097949 -0.8458561 -0.2659739  2.0217853         NaN -0.7409858
##               [,7]
## [1,]  7.097949e-02
## [2,] -8.458561e-01
## [3,] -2.659739e-01
## [4,]  2.021785e+00
## [5,] -4.175319e+07
## [6,] -7.409858e-01
## [7,]  0.000000e+00
## 
## $n
## [1] 19
## 
## $gp
## [1] 5
## 
## $method
## [1] "pearson"

## $estimate
##            [,1]        [,2]       [,3]        [,4]        [,5]        [,6]
## [1,]  1.0000000 -0.39819134  0.9493633  0.82320718  0.46817470  0.72751108
## [2,] -0.3981913  1.00000000  0.2047178  0.09824247  0.55831926 -0.06640545
## [3,]  0.9493633  0.20471779  1.0000000 -0.81213268 -0.45429467 -0.85648861
## [4,]  0.8232072  0.09824247 -0.8121327  1.00000000 -0.08511559 -0.53079408
## [5,]  0.4681747  0.55831926 -0.4542947 -0.08511559  1.00000000 -0.21816979
## [6,]  0.7275111 -0.06640545 -0.8564886 -0.53079408 -0.21816979  1.00000000
## [7,]  0.1170667 -0.17519256 -0.1350874 -0.10454086  0.52431272 -0.36925633
##            [,7]
## [1,]  0.1170667
## [2,] -0.1751926
## [3,] -0.1350874
## [4,] -0.1045409
## [5,]  0.5243127
## [6,] -0.3692563
## [7,]  1.0000000
## 
## $p.value
##              [,1]       [,2]         [,3]         [,4]       [,5]         [,6]
## [1,] 0.000000e+00 0.11341725 6.083506e-09 4.919577e-05 0.05804913 9.333616e-04
## [2,] 1.134172e-01 0.00000000 4.305900e-01 7.075713e-01 0.01984338 8.000978e-01
## [3,] 6.083506e-09 0.43059005 0.000000e+00 7.497944e-05 0.06696234 1.139992e-05
## [4,] 4.919577e-05 0.70757125 7.497944e-05 0.000000e+00 0.74533283 2.836361e-02
## [5,] 5.804913e-02 0.01984338 6.696234e-02 7.453328e-01 0.00000000 4.002231e-01
## [6,] 9.333616e-04 0.80009784 1.139992e-05 2.836361e-02 0.40022307 0.000000e+00
## [7,] 6.545452e-01 0.50123459 6.052019e-01 6.896733e-01 0.03072807 1.446597e-01
##            [,7]
## [1,] 0.65454521
## [2,] 0.50123459
## [3,] 0.60520189
## [4,] 0.68967330
## [5,] 0.03072807
## [6,] 0.14465970
## [7,] 0.00000000
## 
## $statistic
##            [,1]       [,2]       [,3]       [,4]       [,5]       [,6]
## [1,]  0.0000000 -1.6812214 11.7030518  5.6157072  2.0520135  4.1067702
## [2,] -1.6812214  0.0000000  0.8100241  0.3823410  2.6064283 -0.2577561
## [3,] 11.7030518  0.8100241  0.0000000 -5.3907849 -1.9750494 -6.4265500
## [4,]  5.6157072  0.3823410 -5.3907849  0.0000000 -0.3308519 -2.4256692
## [5,]  2.0520135  2.6064283 -1.9750494 -0.3308519  0.0000000 -0.8658250
## [6,]  4.1067702 -0.2577561 -6.4265500 -2.4256692 -0.8658250  0.0000000
## [7,]  0.4565365 -0.6891766 -0.5280313 -0.4071158  2.3847245 -1.5388800
##            [,7]
## [1,]  0.4565365
## [2,] -0.6891766
## [3,] -0.5280313
## [4,] -0.4071158
## [5,]  2.3847245
## [6,] -1.5388800
## [7,]  0.0000000
## 
## $n
## [1] 22
## 
## $gp
## [1] 5
## 
## $method
## [1] "pearson"

## $estimate
##             [,1]        [,2]      [,3]        [,4]        [,5]        [,6]
## [1,]  1.00000000 -0.30184421 0.5107970  0.01067626 -0.07763211  0.02616266
## [2,] -0.30184421  1.00000000 0.4637505 -0.38189252 -0.08172798 -0.08756395
## [3,]  0.51079701  0.46375045 1.0000000  0.39697011  0.38098143  0.36543209
## [4,]  0.01067626 -0.38189252 0.3969701  1.00000000  0.07975670 -0.41068239
## [5,] -0.07763211 -0.08172798 0.3809814  0.07975670  1.00000000 -0.34836425
## [6,]  0.02616266 -0.08756395 0.3654321 -0.41068239 -0.34836425  1.00000000
## [7,] -0.07763211 -0.08172798 0.3809814  0.07975670 -1.00000000 -0.34836425
##             [,7]
## [1,] -0.07763211
## [2,] -0.08172798
## [3,]  0.38098143
## [4,]  0.07975670
## [5,] -1.00000000
## [6,] -0.34836425
## [7,]  1.00000000
## 
## $p.value
##            [,1]      [,2]       [,3]      [,4]      [,5]      [,6]
## [1,] 0.00000000 0.2390137 0.03614333 0.9675612 0.7671144 0.9206054
## [2,] 0.23901366 0.0000000 0.06078830 0.1303650 0.7551714 0.7382452
## [3,] 0.03614333 0.0607883 0.00000000 0.1146302 0.1313615 0.1491897
## [4,] 0.96756121 0.1303650 0.11463020 0.0000000 0.7609130 0.1015268
## [5,] 0.76711442 0.7551714 0.13136146 0.7609130 0.0000000 0.1705867
## [6,] 0.92060541 0.7382452 0.14918966 0.1015268 0.1705867 0.0000000
## [7,] 0.76711442 0.7551714 0.13136146 0.7609130       NaN 0.1705867
##               [,7]
## [1,]  7.671144e-01
## [2,]  7.551714e-01
## [3,]  1.313615e-01
## [4,]  7.609130e-01
## [5,] 1.750647e-112
## [6,]  1.705867e-01
## [7,]  0.000000e+00
## 
## $statistic
##             [,1]       [,2]     [,3]        [,4]       [,5]       [,6]
## [1,]  0.00000000 -1.2262324 2.301158  0.04135133 -0.3015780  0.1013623
## [2,] -1.22623245  0.0000000 2.027277 -1.60035984 -0.3175935 -0.3404414
## [3,]  2.30115763  2.0272765 0.000000  1.67509890  1.5958927  1.5204712
## [4,]  0.04135133 -1.6003598 1.675099  0.00000000  0.3098835 -1.7444655
## [5,] -0.30157801 -0.3175935 1.595893  0.30988354  0.0000000 -1.4393723
## [6,]  0.10136225 -0.3404414 1.520471 -1.74446545 -1.4393723  0.0000000
## [7,] -0.30157801 -0.3175935 1.595893  0.30988354        NaN -1.4393723
##               [,7]
## [1,] -3.015780e-01
## [2,] -3.175935e-01
## [3,]  1.595893e+00
## [4,]  3.098835e-01
## [5,] -9.823732e+07
## [6,] -1.439372e+00
## [7,]  0.000000e+00
## 
## $n
## [1] 22
## 
## $gp
## [1] 5
## 
## $method
## [1] "pearson"

1.4 Данные линейной регрессии

Figure 1.2: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация экзомеров ~ холестерин)

1.5 Что то ещё

Figure 1.3: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация экзомеров ~ холестерин)

##  [1] 5.700183 4.205337 5.394289 5.281130 6.295263 5.773678 3.924006 4.157848
##  [9] 6.010076 4.814360 4.636733 5.973393 4.537847 4.782038 5.093002 4.660351
## [17] 6.130591 4.997129 4.875704 5.132960 8.907490 6.704388 7.044944 6.903568
## [25] 7.343695 8.263553 7.428268 6.962277 6.854614 6.407611 6.713945 6.130591
## [33] 6.169890 7.054542 7.066992 6.453063 6.693872 6.586930 7.039061 7.664243
## [41] 7.884059 8.237915 6.456217 4.456918 5.192859 3.690539 3.978327 4.982498
## [49] 4.075622 5.552271 4.723569 4.477359 3.896521 4.314977 4.412692 5.413260
## [57] 5.615817 3.886674 4.512811 4.742779 5.823912 6.029184 5.397527 4.274920

Figure 1.4: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация холестерин ~ экзосомы)

##  [1] 0.11489125 0.04242641 0.10630146 0.11704700 0.13341664 0.13453624
##  [7] 0.06928203 0.08246211 0.10954451 0.08831761 0.07000000 0.08185353
## [13] 0.09486833 0.10770330 0.07745967 0.06928203 0.11532563 0.08944272
## [19] 0.10770330 0.09591663 0.19672316 0.13341664 0.10295630 0.13038405
## [25] 0.14282857 0.16278821 0.16124515 0.12000000 0.14525839 0.12529964
## [31] 0.14798649 0.11532563 0.12806248 0.11269428 0.13601471 0.11916375
## [37] 0.13711309 0.11661904 0.14177447 0.14730920 0.14491377 0.18083141
## [43] 0.13601471 0.06782330 0.10908712 0.06480741 0.08185353 0.12124356
## [49] 0.06164414 0.11958261 0.09327379 0.09591663 0.07416198 0.09643651
## [55] 0.07937254 0.10099505 0.08185353 0.08426150 0.08602325 0.08944272
## [61] 0.12449900 0.12409674 0.08062258 0.10677078

Figure 1.5: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация холестерин ~ экзосомы)

Figure 1.6: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация холестерин ~ экзосомы)

Figure 1.7: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация холестерин ~ экзосомы)

## TableGrob (2 x 2) "arrange": 3 grobs
##   z     cells    name           grob
## 1 1 (1-1,1-1) arrange gtable[layout]
## 2 2 (1-1,2-2) arrange gtable[layout]
## 3 3 (2-2,1-1) arrange gtable[layout]

1.6 и еще что то

Table 1.6: Межгрупповая статистика, парные сравнения

Group	.y.	group1	group2	n1	n2	statistic	df	p	p.adj	p.adj.signif
After therapy	Mes	ExoM SIC%	ExoM SIC%+ЛПНП	22	22	-8.594312	21	2.56e-08	2.56e-08	****
Before therapy	Mes	ExoM SIC%	ExoM SIC%+ЛПНП	22	22	-13.812622	21	5.00e-12	5.00e-12	****
Without Therapy	Mes	ExoM SIC%	ExoM SIC%+ЛПНП	19	19	-9.350472	18	2.48e-08	2.48e-08	****

Figure 1.8: Данные измерений плазмы, парные сравнения (ns: p > 0.05, \(*\): p <= 0.05, \(**\): p <= 0.01, \(***\): p <= 0.001, \(****\): p <= 0.0001)

1.7 б…….

Figure 1.9: Линейная регрессия y ~ x (отн. конценртация холестерин ~ экзосомы)

## TableGrob (2 x 2) "arrange": 3 grobs
##   z     cells    name           grob
## 1 1 (1-1,1-1) arrange gtable[layout]
## 2 2 (1-1,2-2) arrange gtable[layout]
## 3 3 (2-2,1-1) arrange gtable[layout]