🦇“La draculina de un Drácula chileno”🦇
Kyara Matus Ponce
Taller Escolar de Verano Genes y Genomas -
15/01/2021
Sabías que en Chile ¡¡HAY VAMPIROS!! :o
Pero no te asustes… Es solo Desmodus rotundus, una especie de murciélago que habita desde México, hasta el centro de Chile y Argentina.
Normalmente se le conoce como murciélago vampiro, debido a que este pequeño animalito es hematófago, es decir, se alimenta de sangre de vertebrados sin causarle grandes daños a sus víctimas. Beben alrededor de 25 ml de sangre en media hora.
¿Cómo lo hace?🦇
Al hacer una herida con sus grandes incisivos introduce, por medio de su saliva, una proteína llamada draculina (desmoteplasa o DSPA), esta actúa como anticoagulante inhibiendo la acción del factor IX y X, permitiéndole así lamer la herida que no para de sangrar. Esta proteína está siendo estudiada para el tratamiento de víctimas de derrames cerebrales, entre otras cosas.
Análisis de la proteína 🦇
##Proteína Draculina
draculina <- readAAStringSet("sequence.fasta")
Nombre de la secuencia
## [1] "JAA65087.1 Draculin-1, partial [Desmodus rotundus]"
Número de aminoácidos
## [1] 388
Largo de la secuencia
## [1] 1
Análisis de la proteína 🦇
Primeros 20 aminoácidos
subseq(draculina, start = 1, end = 20)
## AAStringSet object of length 1:
## width seq names
## [1] 20 MKLLFLALLSLLALGPSLAA JAA65087.1 Dracul...
Análisis de la proteína completa
alphabetFrequency(draculina)
## A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V U O B J Z X * - +
## [1,] 44 26 12 17 16 17 15 39 4 9 42 24 3 13 24 33 10 5 13 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0
## . other
## [1,] 0 0
¿Los humanos tenemos anticoagulantes?
Claro que sí, gracias al gen PROC, producimos la proteína C (autotrombina II-A y factor de coagulación XIV), que actúa como anticoagulante interfiriendo en la producción de trombina (que es procoagulante), además de regular la muerte celular y mantener la permeabilidad de las paredes de los vasos sanguíneos.
Análisis de la proteína
##Proteína C
proteinc<- readAAStringSet("protein c.fasta")
Nombre de la secuencia
## [1] "AAA60166.1 Protein C [Homo sapiens]"
Número de aminoácidos
## [1] 461
Largo de la secuencia
## [1] 1
Análisis de la proteína
Primeros 20 aminoácidos
subseq(proteinc, start = 1, end = 20)
## AAStringSet object of length 1:
## width seq names
## [1] 20 MWQLTSLLLFVATWGISGTP AAA60166.1 Protei...
Análisis de la proteína completa
alphabetFrequency(proteinc)
## A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V U O B J Z X * -
## [1,] 24 28 13 30 24 15 34 35 18 18 49 24 8 15 20 36 18 15 8 29 0 0 0 0 0 0 0 0
## + . other
## [1,] 0 0 0
¿Qué tan parecidas son estas dos proteínas anticoagulantes?
Alineamiento de las dos secuencias
comp<- pairwiseAlignment(draculina,proteinc, type="global")
## Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
## pattern: MKLLFLALLSLLALGPSLA-ARRRGVRWCTISKP...ARWAQRSCASASS------GVARAMG--Q-----
## subject: MWQLTSLLLFVATWGISGTPAPLDSVF----SSS...LLHNYGVYTKVSRYLDWIHGHIRDKEAPQKSWAP
## score: -1951.518
Comparación alineamiento de las dos secuencias
## [1] "M??L???LL?????G?S??-A????V?++++S??E?A?++++Q????R?R??S?????R?S?LE--CI??I?----AK???????D--A????????D?????P?????????????T??????????D--S???????Q???S?+++LN?S?--G????-----VG??R???--G???????LQ???A??F+++++PC??????????R--L???T??-----D??????K????G?S?????L?D?????A?--V??--S?V????????E?????--L???D??R????E???????+V??H?????S??+++D????LL??AQ??????T?????L??S??--------GQ??L????G--------A??-------F??IP?????E?????S???????L?-GI-G?R?----GD?GGP------------GL------CG???????????S?------G??R???--Q"
Alineamiento
Número de Match
## [1] 104
Número de Mismatch
## [1] 264
Porcentaje de identidad
## [1] 21.84874
