La proteína Rb o pRB es una proteína supresora de tumores y está codificada por el gen Rb1, ubicado en el cromosoma 13.
Las mutaciones en el gen Rb1 provocan que esta proteína se vea alterada y sea una causante de varios tipos de cáncer, entre ellos: el cáncer de retina (que le da el nombre a la proteína), cáncer de pulmón, melanoma, cáncer de prostata y cáncer de mama.
Para qué sirve esta proteína
La proteína Rb actúa principalmente como un supresor de tumores, esto significa que regula el crecimiento de las células e impide que las células se dividan descontroladamente (proliferación celular).
Hoy también se sabe que tiene otras funciones, por ejemplo: el control de la diferenciación celular durante la embriogénesis y en tejidos adultos, la regulación de la muerte celular por apoptosis, mantenimiento de las células en un estado permanente de parada en el ciclo y preservación de la estabilidad cromosómica.
Análisis de la proteína Rb
Proteína_Rb <-readAAStringSet(file="sequence.fasta")Proteína_Rb_Chimpancé<-readAAStringSet(file="sequence1.fasta")# Nombre de la secuencianames(Proteína_Rb)
# Frecuencia de aminoácidos en la secuenciaalphabetFrequency(Proteína_Rb)
## A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V U O B J Z X *
## [1,] 44 46 45 45 15 35 73 29 17 60 101 76 28 39 60 79 55 7 28 46 0 0 0 0 0 0 0
## - + . other
## [1,] 0 0 0 0
Continuación del análisis (Comparación proteína humana con la del chimpancé)
# Alineamiento Proteína_Rb_alineamiento <-pairwiseAlignment(Proteína_Rb, Proteína_Rb_Chimpancé, type="overlap")# Calcula el número de coincidencias nmatch(Proteína_Rb_alineamiento)
## [1] 927
# Calcula el número de no coincidenciasnmismatch(Proteína_Rb_alineamiento)
## [1] 1
# Calcula porcentaje de identidadpid(Proteína_Rb_alineamiento)
