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Muestras que pueden presnetar problemas:
ClaS_FL_1.47
ClaS_FL_1.48
ClaS_FL_61
ClaS_FL_79
Se descartan los pacientes listados.
Se inlcuye la tabla clínica corregida (13/01/2021) # Datos de entrada
POD 6 vs Grupo bueno 5
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 36 |
| 2 | 5 |
Hay un clúster que agrupa los POD6 (rosa) junto con 2 pacientes grupo bueno 5.
Miro si hay alguna otra caracteristica que los agrup aparte de la expresión con un heatmap. La unica variable que parece distribuida de manera desigual es la aucendia de mo (moll d’os?) en el grupo pod-6
## null device
## 1## null device
## 1
Funcionalidad de los genes:
Se mira los genes DE en ernicher. Estan sobreexpressados en linas celulares DAUDI (lymphoma burkitt) y otras linias linfoides
POD 24 vs Grupo bueno 5
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 36 |
| 2 | 11 |
No hay ningun gen diferencialmente expresado
Funcionalidad de los genes
No ha ningún gen
Estratificación por tratamiento
En la base hay dos tratamientos:
Tratamiento 7
Tratamiento 1
POD 6 TRAT: 7
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 10 |
| 2 | 3 |
## Warning in cutplot.dendrogram(dendro, h = x$cluster$Col$cuth, cluscol =
## x$cluster$Col$col, : cutting height greater than tree height 3.38708208651968:
## tree uncut## png
## 2
Tratamiento 7
Se agrupan los pacientes de manera clara. Genes significativos
Funcionalidad
La sobreexpresión esta relacionada con la señalización de CD4
POD 6 TRAT: 1
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 26 |
| 2 | 2 |
Tratamiento 1
Hay dos pacientes en el grupo de POD6 no aggrupados pero si distintos a los demas pacientes. Uno sale con un perfil de expresión claramente diferente. El paciente 87 veo que tiene CHOP sin R, es correcto que este en este grupo?
POD 24 TRAT: 7
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 10 |
| 2 | 4 |
Tratamiento 7
Tres de cuatro POD24 se agrupan de manera clara tres de los cuatro POD24.
Funcionalidad
La sobreexpresión esta relacionada con la señalización de CD4
POD 24 TRAT: 1
| Grupo | Freq |
|---|---|
| 1 | 26 |
| 2 | 7 |
No hay ningun gen seleccionado