Resultados2

Resultados de Mutaciones de Ca no Celulas Pequeñas- Pulmon

Primera parte del analisis: 1) Descripcion por mutacion 2) Descripcion por año

409 Observaciones Originales Base de datos 359 Pacientes con Ca no Celulas Pequeñas 233 que se les realizo estudio de mutacion

pulmon2 %>%
  tabyl(mutacion_egfr)

##  mutacion_egfr   n     percent
##              0 150 0.417827298
##              1  74 0.206128134
##             98 134 0.373259053
##             NA   1 0.002785515

pulmon2$mutacion_egfr <- as.numeric(pulmon2$mutacion_egfr)

## Warning: NAs introducidos por coerción

pulmon2 %>%
  tabyl(egfr)

##  egfr   n     percent valid_percent
##     0 124 0.345403900     0.3473389
##     1 233 0.649025070     0.6526611
##    NA   2 0.005571031            NA

egfr <- pulmon2 %>% ### SOLO LOS QUE SE LES HIZO EL EXAMEN
  filter(egfr == 1)

##### CUADRO PARA ARREGLAR LA PRESENTACION DE LOS DATOS
egfr$mutacion_egfr <- as.factor(egfr$mutacion_egfr)
levels(egfr$mutacion_egfr) <- c("No", "Si","NA")

egfr %>%
  tabyl(mutacion_egfr)

##  mutacion_egfr   n    percent
##             No 150 0.64377682
##             Si  74 0.31759657
##             NA   9 0.03862661

egfr$l858r <- as.factor(egfr$l858r)
levels(egfr$l858r) <- c("No", "Si","NA")


egfr %>%
  tabyl(l858r)

##  l858r   n   percent
##     No  42 0.1802575
##     Si  31 0.1330472
##     NA 160 0.6866953

egfr$supresion_exon <- as.factor(egfr$supresion_exon)
levels(egfr$supresion_exon) <- c("No", "Si","NA")

egfr %>%
  tabyl(supresion_exon)

##  supresion_exon   n   percent
##              No  37 0.1587983
##              Si  36 0.1545064
##              NA 160 0.6866953

egfr$t790m <- as.factor(egfr$t790m)
levels(egfr$t790m) <- c("No", "Si","NA")


egfr %>%
  tabyl(t790m)

##  t790m   n     percent
##     No  61 0.261802575
##     Si   2 0.008583691
##     NA 170 0.729613734

egfr$g719a <- as.factor(egfr$g719a)
levels(egfr$g719a) <- c("No", "Si","NA")


egfr %>%
  tabyl(g719a)

##  g719a   n     percent
##     No  61 0.261802575
##     Si   1 0.004291845
##     NA 171 0.733905579

egfr$insecion_exon <- as.factor(egfr$insecion_exon)
egfr$insecion_exon[egfr$insecion_exon == 99] <- 98
egfr$insecion_exon[is.na(egfr$insecion_exon)] <- 98


levels(egfr$insecion_exon) <- c("No", "Si","NA", "NA")


egfr %>%
  tabyl(insecion_exon)

##  insecion_exon   n     percent
##             No  62 0.266094421
##             Si   2 0.008583691
##             NA 169 0.725321888

egfr$s768i <- as.factor(egfr$s768i)
levels(egfr$s768i) <- c("No", "Si","NA")

egfr %>%
  tabyl(s768i)

##  s768i   n     percent
##     No  62 0.266094421
##     Si   1 0.004291845
##     NA 170 0.729613734

egfr$l861q <- as.factor(egfr$l861q)
levels(egfr$l861q) <- c("No", "Si","NA")


egfr %>%
  tabyl(l861q)

##  l861q   n     percent
##     No  61 0.261802575
##     Si   1 0.004291845
##     NA 171 0.733905579

egfr$otra <- as.factor(egfr$otra)
levels(egfr$otra) <- c("No", "Si","NA")

egfr %>%
  tabyl(otra)

##  otra   n     percent
##    No  58 0.248927039
##    Si   2 0.008583691
##    NA 173 0.742489270

#############################################################
### Distributed by Year x FECHA INGRESO SISTEMA


egfr$fecha_ingreso_sistema <- format(as.Date(egfr$fecha_ingreso_sistema, format = "%Y/%m/%d"),"%Y")



egfr %>%
  tabyl(mutacion_egfr, fecha_ingreso_sistema)

##  mutacion_egfr 2019 2020
##             No    0  150
##             Si    1   73
##             NA    0    9

egfr %>%
  tabyl(l858r,fecha_ingreso_sistema)

##  l858r 2019 2020
##     No    1   41
##     Si    0   31
##     NA    0  160

egfr %>%
  tabyl(supresion_exon,fecha_ingreso_sistema)

##  supresion_exon 2019 2020
##              No    0   37
##              Si    1   35
##              NA    0  160

egfr %>%
  tabyl(t790m,fecha_ingreso_sistema)

##  t790m 2019 2020
##     No    0   61
##     Si    0    2
##     NA    1  169

egfr %>%
  tabyl(g719a,fecha_ingreso_sistema)

##  g719a 2019 2020
##     No    0   61
##     Si    0    1
##     NA    1  170

egfr %>%
  tabyl(insecion_exon,fecha_ingreso_sistema)

##  insecion_exon 2019 2020
##             No    0   62
##             Si    0    2
##             NA    1  168

egfr %>%
  tabyl(s768i,fecha_ingreso_sistema)

##  s768i 2019 2020
##     No    0   62
##     Si    0    1
##     NA    1  169

egfr %>%
  tabyl(l861q,fecha_ingreso_sistema)

##  l861q 2019 2020
##     No    0   61
##     Si    0    1
##     NA    1  170

egfr %>%
  tabyl(otra,fecha_ingreso_sistema)

##  otra 2019 2020
##    No    0   58
##    Si    0    2
##    NA    1  172