Bản đồ 3D phân bố loài trong ô mẫu nghiên cứu

Đây là bài thực hành vẽ nhanh bản đồ phân bố các cá thể của 1 loài trong ô mẫu nghiên cứu với R.

Gọi thư viện

library(rasterVis)
library(rgl)
library(raster)

Mở file DEM

Mở bản đồ địa hình của ô mẫu nghiên cứu.

myplot_DEM <- raster("https://github.com/nlxbach/data/raw/main/myplot.tif")

Lấy điểm ngẫu nhiên

Lấy ví dụ 100 điểm ngẫu nhiên trong ô mẫu tượng trưng cho 100 cá thể của loài ghi nhận

set.seed(123)
my_indi <- sampleRandom(myplot_DEM, 100, xy = TRUE)

Bản đồ phân bố 2D

plot(myplot_DEM)
points(my_indi, pch = 19, col = "red")

Bản đồ phân bố 3D

Chúng ta sử dụng lệnh plot3D() cho phần bản đồ nền và lệnh points3d() để thêm điểm phân bố của cá thể lên trên bản đồ.

zfac=3
# hiệu chỉnh cao độ của điểm theo zfac
my_indi[,3] = my_indi[,3] * zfac

# vẽ bản đồ ô mẫu
plot3D(myplot_DEM, zfac=zfac, adjust = FALSE)

# thêm điểm phân bố của cá thể
points3d(x = my_indi[,1], 
         y = my_indi[,2], 
         z = my_indi[,3], 
         col = "red", 
         size = 10, 
         add = TRUE)