U2A3

HéctorZapata

8/11/2020

library(pacman)
p_load('fdth','readr','readxl','DT','ggplot2','dplyr')
library(readxl)
datosdalud <- read_excel("~/Probabilidad y Estadistica/datosdalud.xlsx")
datatable(datosdalud)
library(readr)
datosDiagnostico <- read.csv("~/Probabilidad y Estadistica/Diagnosticos18.csv",encoding = "UTF-8")
class(datosDiagnostico)
## [1] "data.frame"
sonora <- t(datosDiagnostico [datosDiagnostico$Estado == "Sonora", ])
sonora <- (datosDiagnostico [datosDiagnostico$Estado == "Sonora", ])

ggplot(sonora, aes(fill=Jurisdiccion, y=Diagnostico)) + 
    geom_bar(position="dodge", stat="count") +
    xlab ("Número de casos") +
    ylab ("Diagnóstico") +
  ggtitle(" Enfermedades crónicas en Sonora, 2018 (CENAPRECE)") 

Caso de estudio

¿Qué variables hacen que aumente o disminuyan las defunciones por covid-19 en Sonora?

Uno de los factores mas criticos a la hora de cuantificar y clasificar el porque de las defunciones es el factor cronico y el factor de salud, en el crinico es mas factible un aumento de casos de covid por el echo de que las personas con enfermedades cronicas no tiene las defensas muy altas y el covid es el primer punto que ataca, otro punto es el factor general de la salud asi como el uso de drogas, obsidad entre otros.

head(datosdalud)
## # A tibble: 4 x 9
##   Municipio Poblacion2015 Fallecidos Dx10000  Aleer `Asistencia Esc~
##   <chr>             <dbl>      <dbl>   <dbl>  <dbl>            <dbl>
## 1 Caborca           85631         95   11.1   14882            80708
## 2 Santa Ana         16248         13    8.00   2809            15374
## 3 Cajeme           433050        625   14.4   66782           411496
## 4 Hermosil~        884273       1010   11.4  140278           837720
## # ... with 3 more variables: NoAsistencia <dbl>,
## #   ProcentajeIngresoMenorBienestar <dbl>, Pobreza <dbl>
head(sonora)
##     Estado Jurisdiccion                 Uneme       CLUES Cve.Persona Genero
## 240 Sonora    SANTA ANA  UNEME EC AGUA PRIETA SRSSA018453  SoSAUN1253  Mujer
## 241 Sonora    SANTA ANA  UNEME EC AGUA PRIETA SRSSA018453  SoSAUN1735 Hombre
## 588 Sonora      CABORCA UNEME EC RIO COLORADO SRSSA018441   SoCAUN910  Mujer
## 589 Sonora      CABORCA UNEME EC RIO COLORADO SRSSA018441   SoCAUN930  Mujer
## 627 Sonora    SANTA ANA  UNEME EC AGUA PRIETA SRSSA018453  SoSAUN1801  Mujer
## 628 Sonora    SANTA ANA      UNEME EC NOGALES SRSSA018465    SoSAUN77  Mujer
##     Cve.Diagn.f3.stico  Diagnostico Fecha.Diagnostico
## 240              I10.X Hipertension        04/01/2018
## 241              I10.X Hipertension        04/01/2018
## 588              E10.9     Diabetes        08/01/2018
## 589              E10.9     Diabetes        08/01/2018
## 627              I10.X Hipertension        08/01/2018
## 628              E11.9     Diabetes        08/01/2018

Caso de estudio: Relación entre enfermedades crónicas y covid-19

¿Son lugares que tienen más personas reportadas con enfermedades crónicas los lugares que también tienen más personas fallecidas por covid-19?

No en todos los casos, la ciudad de hermosillo es la que registra una mayor cantidad de habitantes con enferdades cronicas y no es la que registra el mayor numero de muertes por covid-19.

Para responder esto tenemos el dato más nuevo de número de personas con diagnóstico de enfermedades crónicas, para esto usamos datos provenientes de: www.cenaprece.salud.gob.mx/descargas/Excel/Diagnosticos18.csv https://datos.gob.mx/busca/dataset/expediente-clinico-electronico-unemes-enfermedades-cronicas--2018

Podemos ver la gráfica y código aquí: https://rpubs.com/jigbadouin/MSDatos ________________________________________________________________________________________________________

sonora <- t(datosDiagnostico [datosDiagnostico$Estado == "Sonora", ])
sonora <- (datosDiagnostico [datosDiagnostico$Estado == "Sonora", ])

ggplot(sonora, aes(fill=Jurisdiccion, y=Diagnostico)) + 
    geom_bar(position="dodge", stat="count") +
    xlab ("Número de casos") +
    ylab ("Diagnóstico") +
  ggtitle(" Enfermedades crónicas en Sonora, 2018 (CENAPRECE)") 

¿Por qué razones si la población de Ciudad Obregón es más grande que la santa ana y de caborca, existen más personas con diagnóstico de enfermedades crónicas ?

Este es un punto muy interesante, en ciudad obregon hay mas centros de salud que en navojoa, guaymas, entre los pueblos y ciudades vecinas, esto hace que seamos uno de los mas visitados en el estado de sonora.

Ordene en una tabla: Municipio, Población2015, Diabetes, dislipidemias, hipertensión, obesidad, Defunciones por cada 10mil habitantes, defunciones

library(readxl)
DatosOrdenados <- read_excel("~/Probabilidad y Estadistica/DatosOrdenados.xlsx")
datatable(DatosOrdenados)

¿Son los lugares que proporcionalmente tienen más defunciones, los lugares que también tienen más diagnósticos?

No aplica ya que en ciudad obregon no hay tanto diagnostico en funcion al tamaño de su poblacion y sin enbargo sus defunciones son demasiado altas.

¿por qué si en cajeme hay menos enfermedades crónicas, proporcionalmente a su población hay más defunciones?

Este es un punto muy importante de cuestionar, en cajeme existe un increible nivel de marginacion y eso a existido desde generaciones, y esto a que lleva?, sencillo esto es un factor hereditario y las personas mas marginadas no cuentan con capital para su propia salud dando pasa a cientas de enfermedades y enfermedades las cuales se pasan de generacion en generacion y eso es algo debastador.

¿Que otra variable o variables nos pueden ayudar a entender este fenómeno?

El consumo de drogas, la contaminacion del aire, falta de empleo, ojo cuando hablamos falta de empleo nos referimos a falta de empleo que te proporcione un seguro social y atencion medica.

¿Cuánta gente habita en cada ciudad? Fuente: http://cuentame.inegi.org.mx/monografias/informacion/son/territorio/div_municipal.aspx?tema=me&e=26

017 Caborca 85631 058 Santa Ana 16248 018 Cajeme 433050 030 Hermosillo 884 273

Si hacemos una relación de número de personas fallecidas por cada 10000 habitantes, para poder comparar en proporción

Con esta forma de comparar, ¿Cuál ciudad tiene proporcionalmente más fallecidos? ¿Las ciudades con más personas diagnosticadas son las que proporcionalmente presentan más fallecidos?

datatable(select(datosdalud,Municipio,Dx10000))

La ciudad que presenta mas fallecidos es cajeme, presenta 14 fallecidos por cada 10,000 habitantes

Asignación

¿Qué características tendría un municipio que tuviera menos defunciones?

El indice de probresa hace que el las difunciones disminuyan.

¿Qué variables se correlacionan con el número de defunciones?

pairs(datosdalud[2:9])

Se puede ver curiosamente las muertes se relacionan con las personas que asisten a la escuela, esto probablemente significa que en donde hay mas personas que asisten a la escuela hay mas muertes por Covid-19, pero esto debe de ser influenciado por algún otro factor.

cor(datosdalud[2:9])
##                                 Poblacion2015 Fallecidos    Dx10000      Aleer
## Poblacion2015                       1.0000000  0.9901336  0.4729004  0.9998013
## Fallecidos                          0.9901336  1.0000000  0.5749140  0.9873561
## Dx10000                             0.4729004  0.5749140  1.0000000  0.4621700
## Aleer                               0.9998013  0.9873561  0.4621700  1.0000000
## Asistencia Escolar                  0.9999983  0.9903827  0.4740514  0.9997630
## NoAsistencia                       -0.9749900 -0.9442162 -0.2737888 -0.9763320
## ProcentajeIngresoMenorBienestar    -0.4416841 -0.3382622  0.5743740 -0.4504018
## Pobreza                             0.8630866  0.9246482  0.8201947  0.8542432
##                                 Asistencia Escolar NoAsistencia
## Poblacion2015                            0.9999983   -0.9749900
## Fallecidos                               0.9903827   -0.9442162
## Dx10000                                  0.4740514   -0.2737888
## Aleer                                    0.9997630   -0.9763320
## Asistencia Escolar                       1.0000000   -0.9747956
## NoAsistencia                            -0.9747956    1.0000000
## ProcentajeIngresoMenorBienestar         -0.4406805    0.6274609
## Pobreza                                  0.8639466   -0.7544904
##                                 ProcentajeIngresoMenorBienestar     Pobreza
## Poblacion2015                                       -0.44168411  0.86308665
## Fallecidos                                          -0.33826215  0.92464817
## Dx10000                                              0.57437403  0.82019469
## Aleer                                               -0.45040183  0.85424316
## Asistencia Escolar                                  -0.44068045  0.86394660
## NoAsistencia                                         0.62746091 -0.75449044
## ProcentajeIngresoMenorBienestar                      1.00000000  0.01132924
## Pobreza                                              0.01132924  1.00000000

En esta tabla nos muestra de manera detallada como influye la probreza con un 50% de probabilidad y en el lado de la salud un 92% en realcion, esto es sumamente critico.

¿Los municipios que tienen más gente escolarizada son los que menos tienen defunciones? En parte, los municipios que tiene mas genete escolarizada tiene menos difunciones debido al conocimiento y los medios que da una escuela para el cuidado de \(X\) esudiante.

https://datos.covid-19.conacyt.mx/#DownZCSV

Bosque aleatorio: https://fervilber.github.io/Aprendizaje-supervisado-en-R/bosques.html

https://datos.gob.mx/busca/dataset?theme=Salud

¿Qué otras variables podemos añadir al análisis? https://datos.gob.mx/

Añada variables a este análisis y explique porque hacen que aumente la cantidad de defunciones por municipio. añada estos datos al excel datossalud