California Covid 19 Cases, Deaths (Adjusted for CDC Excess Deaths), Inferred Infections
George Robertson
November, 09, 2020
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Excess Deaths for California
The CDC provides a weekly report on deaths for any cause. The average of daily deaths from 2015 to 2019 is calculated. The daily deaths for any cause is netted against the average giving excess deaths for 2020.
The excess deaths are then used to qualify the reported CA Covid 19 deaths. The reported deaths are approximately 60% of the CDC excess deaths.
The excess deaths from the CDC weekly report is “disaggregated”, converted from weekly to daily. This daily excess death is then cumulative summed.
Ratio of cumulative excess deaths to reported deaths
The CA reported deaths percentage of CA cumulative excess deaths is shown.
CDC excess deaths are used to adjust reported deaths
The reported deaths are adjusted upwards by dividing them by the percentage of reported deaths to excess deaths. The objective is to identify the presence and growth of Covid 19, not to account for the severity or co-morbidty.
Daily Adjusted Deaths
Smoothed daily adjusted deaths will be used below.
Daily new cases and smoothed daily new cases
Daily new cases shown with the smoothed daily new cases overlayed.
Smoothed daily new cases will be used below.
Data is from the NY Times github data repository.
Daily new cases compared to daily deaths
Daily deaths are multiplied by ten in the plot below so as to have similar scale so as to see if there is correlation.
Daily deaths scatter plotted against new case
Daily Deaths Lagged, Daily New Cases
Daily Deaths are lagged by 18 days (the mean of Covid 19 time to death after infection). The lagged daily deaths are multiped by 10X so as to be on similar scale. Daily cases and lagged daily deaths are compared by plot line and then by scatter plot.
Data table
## death dai daism adjdeath daiadj daiadjsm xcess cumx per cas
## 2020-03-02 0 0 0.4 0 0 1.3 13 13 0.5 38
## 2020-03-03 0 0 0.3 0 0 1.2 13 25 0.5 45
## 2020-03-04 1 1 0.3 2 2 1.1 13 38 0.5 55
## 2020-03-05 1 0 0.3 2 0 1.0 13 51 0.5 67
## 2020-03-06 1 0 0.3 2 0 0.9 13 64 0.5 81
## 2020-03-07 1 0 0.3 2 0 1.0 13 77 0.5 100
## 2020-03-08 1 0 0.4 2 0 1.1 12 89 0.5 112
## 2020-03-09 2 1 0.5 4 2 1.3 11 101 0.5 172
## 2020-03-10 3 1 0.8 6 2 1.9 10 110 0.5 179
## 2020-03-11 4 1 1.0 9 2 2.3 8 119 0.5 202
## 2020-03-12 4 0 1.2 9 0 2.6 6 124 0.5 252
## 2020-03-13 5 1 1.4 11 2 3.2 2 126 0.5 320
## 2020-03-14 5 0 1.8 11 0 3.8 2 128 0.5 381
## 2020-03-15 6 1 2.1 13 2 4.7 2 130 0.5 478
## 2020-03-16 11 5 2.5 24 11 5.5 2 132 0.5 588
## 2020-03-17 14 3 2.8 30 6 6.6 2 134 0.5 732
## 2020-03-18 17 3 3.7 37 6 8.7 2 136 0.5 893
## 2020-03-19 19 2 4.9 41 4 11.0 2 138 0.5 1067
## 2020-03-20 24 5 6.0 52 11 13.7 6 145 0.5 1283
## 2020-03-21 28 4 7.6 60 9 16.6 12 157 0.5 1544
## 2020-03-22 35 7 8.9 75 15 18.6 17 173 0.5 1851
## 2020-03-23 39 4 9.3 84 9 20.1 20 193 0.5 2240
## 2020-03-24 52 13 10.2 112 28 23.5 23 216 0.5 2644
## 2020-03-25 68 16 12.8 146 34 27.9 25 241 0.5 3183
## 2020-03-26 83 15 14.8 179 32 32.4 25 266 0.5 4060
## 2020-03-27 104 21 17.2 224 45 37.1 25 292 0.5 4915
## 2020-03-28 122 18 19.5 262 39 42.2 24 316 0.5 5566
## 2020-03-29 132 10 22.2 284 21 46.6 25 341 0.5 6321
## 2020-03-30 147 15 24.0 316 32 50.5 28 369 0.5 7421
## 2020-03-31 184 37 25.7 395 79 56.4 32 401 0.5 8583
## 2020-04-01 212 28 29.2 454 60 63.2 38 440 0.5 9857
## 2020-04-02 247 35 32.5 529 74 68.3 46 486 0.5 11190
## 2020-04-03 282 35 34.2 603 74 72.2 56 542 0.5 12569
## 2020-04-04 323 41 36.3 690 87 75.4 68 609 0.5 13796
## 2020-04-05 351 28 38.5 749 59 79.4 78 687 0.5 15202
## 2020-04-06 386 35 40.7 823 74 84.3 86 773 0.5 16361
## 2020-04-07 447 61 41.6 952 128 87.9 93 866 0.5 17540
## 2020-04-08 506 59 43.5 1075 124 94.7 98 964 0.5 19043
## 2020-04-09 548 42 49.1 1163 88 104.0 102 1065 0.5 20191
## 2020-04-10 594 46 53.0 1259 96 110.7 104 1169 0.5 21366
## 2020-04-11 632 38 55.9 1338 79 117.6 104 1273 0.5 22421
## 2020-04-12 676 44 61.2 1430 91 121.5 105 1378 0.5 23323
## 2020-04-13 725 49 60.8 1531 101 122.3 107 1485 0.5 24334
## 2020-04-14 778 53 59.7 1641 109 125.1 110 1595 0.5 25758
## 2020-04-15 885 107 62.3 1860 220 130.5 113 1708 0.5 27107
## 2020-04-16 971 86 67.5 2036 176 139.4 117 1825 0.5 28142
## 2020-04-17 1050 79 73.4 2197 161 146.5 121 1946 0.5 29398
## 2020-04-18 1146 96 75.9 2391 194 150.4 126 2072 0.5 30829
## 2020-04-19 1176 30 78.2 2451 60 151.1 130 2202 0.5 31544
## 2020-04-20 1223 47 76.2 2546 95 151.7 132 2335 0.5 33862
## 2020-04-21 1316 93 78.6 2732 186 155.8 133 2468 0.5 35844
## 2020-04-22 1425 109 76.8 2949 217 155.2 133 2601 0.5 37573
## 2020-04-23 1548 123 76.2 3193 243 153.0 131 2732 0.5 39534
## 2020-04-24 1619 71 77.5 3333 140 153.7 127 2859 0.5 41368
## 2020-04-25 1692 73 77.0 3476 143 151.7 122 2981 0.5 42590
## 2020-04-26 1716 24 79.8 3522 47 148.5 118 3099 0.5 43691
## 2020-04-27 1800 84 77.8 3686 164 148.7 113 3212 0.5 45208
## 2020-04-28 1884 84 75.5 3849 163 148.8 110 3322 0.5 46570
## 2020-04-29 1961 77 73.9 3998 149 146.6 106 3428 0.5 48904
## 2020-04-30 2057 96 71.5 4182 184 141.8 103 3531 0.5 50470
## 2020-05-01 2147 90 72.5 4354 172 139.6 100 3631 0.5 52318
## 2020-05-02 2213 66 73.7 4480 126 140.8 98 3729 0.5 53753
## 2020-05-03 2235 22 78.2 4522 42 141.9 96 3824 0.5 55072
## 2020-05-04 2297 62 74.5 4639 117 140.2 93 3918 0.5 56333
## 2020-05-05 2386 89 72.0 4807 168 137.2 91 4009 0.5 58848
## 2020-05-06 2478 92 72.4 4979 173 138.8 89 4098 0.5 60787
## 2020-05-07 2561 83 73.6 5134 155 135.8 87 4185 0.5 62481
## 2020-05-08 2650 89 68.6 5300 165 134.5 85 4271 0.5 64616
## 2020-05-09 2732 82 75.3 5452 152 137.8 84 4355 0.5 66824
## 2020-05-10 2769 37 78.4 5520 68 138.1 83 4437 0.5 68051
## 2020-05-11 2820 51 76.4 5614 94 136.7 83 4520 0.5 69514
## 2020-05-12 2902 82 72.0 5764 150 135.0 84 4604 0.5 71150
## 2020-05-13 3014 112 72.6 5968 204 135.0 85 4689 0.5 73218
## 2020-05-14 3039 25 73.3 6013 45 136.0 88 4777 0.5 74947
## 2020-05-15 3192 153 74.9 6290 277 135.7 91 4869 0.5 77015
## 2020-05-16 3254 62 73.7 6401 111 133.3 96 4964 0.5 78933
## 2020-05-17 3290 36 76.8 6466 65 131.7 98 5063 0.5 80366
## 2020-05-18 3322 32 74.6 6523 57 128.4 99 5162 0.5 81943
## 2020-05-19 3422 100 69.7 6701 178 124.0 99 5261 0.5 83981
## 2020-05-20 3514 92 65.0 6865 163 120.8 97 5358 0.5 86125
## 2020-05-21 3624 110 70.9 7059 194 123.2 93 5452 0.5 88488
## 2020-05-22 3690 66 65.4 7174 116 122.9 88 5540 0.5 90801
## 2020-05-23 3768 78 68.5 7311 136 119.6 81 5621 0.5 92815
## 2020-05-24 3790 22 71.1 7349 38 119.3 76 5698 0.5 94743
## 2020-05-25 3808 18 70.8 7381 31 119.4 73 5771 0.5 97017
## 2020-05-26 3859 51 66.5 7469 89 118.1 72 5843 0.5 99924
## 2020-05-27 3961 102 65.1 7646 177 114.1 72 5915 0.5 101873
## 2020-05-28 4042 81 61.4 7785 140 108.8 75 5990 0.5 104071
## 2020-05-29 4144 102 61.1 7960 175 105.4 79 6069 0.5 107043
## 2020-05-30 4214 70 60.2 8080 120 104.9 85 6154 0.5 110100
## 2020-05-31 4242 28 64.3 8128 48 104.8 89 6243 0.5 113114
## 2020-06-01 4287 45 65.0 8204 76 105.4 92 6335 0.5 115643
## 2020-06-02 4360 73 63.1 8328 124 108.4 94 6428 0.5 118081
## 2020-06-03 4422 62 62.6 8432 105 110.1 94 6522 0.5 120407
## 2020-06-04 4484 62 63.6 8537 104 108.6 92 6614 0.5 122917
## 2020-06-05 4550 66 61.3 8647 111 104.2 89 6703 0.5 126510
## 2020-06-06 4626 76 59.4 8774 127 100.6 84 6787 0.5 129147
## 2020-06-07 4653 27 62.8 8819 45 100.7 81 6868 0.5 131997
## 2020-06-08 4679 26 61.7 8863 43 99.8 79 6948 0.5 134287
## 2020-06-09 4775 96 58.5 9022 159 99.2 78 7026 0.5 137245
## 2020-06-10 4869 94 60.0 9177 155 100.4 79 7105 0.5 140139
## 2020-06-11 4941 72 61.5 9295 118 102.0 81 7185 0.5 143709
## 2020-06-12 4986 45 62.2 9369 74 102.5 83 7269 0.5 147285
## 2020-06-13 5059 73 61.5 9488 119 101.8 88 7356 0.5 150434
## 2020-06-14 5089 30 64.8 9537 49 100.9 90 7447 0.5 152953
## 2020-06-15 5120 31 64.5 9588 50 101.5 92 7539 0.5 155662
## 2020-06-16 5202 82 60.5 9721 133 101.0 92 7631 0.5 159131
## 2020-06-17 5283 81 59.1 9852 131 99.2 91 7722 0.5 163381
## 2020-06-18 5359 76 60.5 9974 122 99.2 89 7811 0.5 167135
## 2020-06-19 5425 66 63.4 10080 106 100.4 85 7897 0.5 170843
## 2020-06-20 5495 70 62.5 10191 112 98.7 80 7977 0.5 174854
## 2020-06-21 5517 22 62.5 10227 35 96.3 77 8055 0.5 178807
## 2020-06-22 5561 44 62.8 10297 70 97.0 76 8130 0.5 184620
## 2020-06-23 5637 76 59.8 10417 121 98.6 76 8207 0.5 191039
## 2020-06-24 5728 91 61.5 10561 144 99.6 78 8285 0.5 195889
## 2020-06-25 5810 82 62.2 10690 129 100.5 82 8367 0.5 201413
## 2020-06-26 5872 62 64.5 10787 97 100.4 87 8454 0.5 207027
## 2020-06-27 5902 30 63.1 10834 47 96.2 94 8548 0.5 211453
## 2020-06-28 5937 35 62.5 10888 55 93.9 101 8650 0.5 216955
## 2020-06-29 5979 42 62.2 10954 65 96.9 108 8757 0.5 223995
## 2020-06-30 6083 104 62.7 11115 161 100.6 114 8872 0.5 232153
## 2020-07-01 6168 85 64.2 11246 131 105.0 120 8992 0.5 239764
## 2020-07-02 6263 95 69.1 11392 146 109.3 126 9118 0.5 248198
## 2020-07-03 6315 52 73.3 11472 80 113.3 132 9250 0.6 256298
## 2020-07-04 6329 14 79.5 11494 21 118.1 137 9387 0.6 265176
## 2020-07-05 6369 40 82.7 11555 61 120.1 142 9528 0.6 271587
## 2020-07-06 6452 83 81.8 11681 126 119.7 146 9674 0.6 277869
## 2020-07-07 6563 111 77.2 11849 168 121.3 149 9824 0.6 287766
## 2020-07-08 6708 145 81.5 12067 218 125.6 152 9976 0.6 296304
## 2020-07-09 6825 117 85.0 12242 175 129.3 155 10131 0.6 303516
## 2020-07-10 6936 111 90.4 12408 165 133.6 157 10288 0.6 311505
## 2020-07-11 7012 76 98.3 12520 113 140.6 158 10446 0.6 320030
## 2020-07-12 7042 30 102.2 12564 44 142.9 160 10606 0.6 327676
## 2020-07-13 7086 44 96.8 12629 65 139.6 163 10770 0.6 336206
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## 2020-03-09 7 35 37976 7426 0.0011 39557045 2020-03-09
## 2020-03-10 23 42 46415 8439 0.0013 39557045 2020-03-10
## 2020-03-11 50 53 55728 9313 0.0014 39557045 2020-03-11
## 2020-03-12 68 65 65823 10095 0.0016 39557045 2020-03-12
## 2020-03-13 61 80 77101 11278 0.0020 39557045 2020-03-13
## 2020-03-14 97 99 89735 12634 0.0023 39557045 2020-03-14
## 2020-03-15 110 118 103404 13669 0.0027 39557045 2020-03-15
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