Supplementary Data

local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

if(!require(visreg)){install.packages("visreg")}

## Loading required package: visreg

if(!require(qdapTools)){install.packages("qdapTools")}

## Loading required package: qdapTools

if(!require(psych)){install.packages("psych")}

## Loading required package: psych

## 
## Attaching package: 'psych'

## The following object is masked from 'package:qdapTools':
## 
##     lookup

if(!require(car)){install.packages("car")}

## Loading required package: car

## Loading required package: carData

## 
## Attaching package: 'car'

## The following object is masked from 'package:psych':
## 
##     logit

if(!require(binda)){install.packages("binda")}

## Loading required package: binda

## Loading required package: entropy

if(!require(data.table)){install.packages("data.table")}

## Loading required package: data.table

## 
## Attaching package: 'data.table'

## The following object is masked from 'package:qdapTools':
## 
##     shift

if(!require(remotes)){install.packages("remotes")}

## Loading required package: remotes

if(!require(Epi)){install.packages("Epi")}

## Loading required package: Epi

if(!require(nnet)){install.packages("nnet")}

## Loading required package: nnet

if(!require(reshape2)){install.packages("reshape2")}

## Loading required package: reshape2

## 
## Attaching package: 'reshape2'

## The following objects are masked from 'package:data.table':
## 
##     dcast, melt

if(!require(plyr)){install.packages("plyr")}

## Loading required package: plyr

## 
## Attaching package: 'plyr'

## The following object is masked from 'package:qdapTools':
## 
##     id

## The following object is masked from 'package:here':
## 
##     here

if(!require(Weighted.Desc.Stat)){install.packages("Weighted.Desc.Stat")}

## Loading required package: Weighted.Desc.Stat

if(!require(poLCA)){githubinstall::gh_install_packages("poLCA", ref = github_pull("14"))}

## Loading required package: poLCA

## Loading required package: scatterplot3d

## Loading required package: MASS

if(!require(ggplot2)){install.packages("ggplot2")}

## Loading required package: ggplot2

## 
## Attaching package: 'ggplot2'

## The following objects are masked from 'package:psych':
## 
##     %+%, alpha

if(!require(ggparallel)){install.packages("ggparallel")}

## Loading required package: ggparallel

if(!require(igraph)){install.packages("igraph")}

## Loading required package: igraph

## 
## Attaching package: 'igraph'

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     decompose, spectrum

## The following object is masked from 'package:base':
## 
##     union

if(!require(tidyr)){install.packages("tidyr")}

## Loading required package: tidyr

## 
## Attaching package: 'tidyr'

## The following object is masked from 'package:igraph':
## 
##     crossing

## The following object is masked from 'package:reshape2':
## 
##     smiths

if(!require(knitr)){install.packages("knitr")}

## Loading required package: knitr

if(!require(broom)){install.packages("broom")}

## Loading required package: broom

if(!require(survey)){install.packages("survey")}

## Loading required package: survey

## Loading required package: grid

## Loading required package: Matrix

## 
## Attaching package: 'Matrix'

## The following objects are masked from 'package:tidyr':
## 
##     expand, pack, unpack

## Loading required package: survival

## 
## Attaching package: 'survey'

## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     dotchart

if(!require(dplyr)){install.packages("dplyr")}

## Loading required package: dplyr

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:igraph':
## 
##     as_data_frame, groups, union

## The following object is masked from 'package:MASS':
## 
##     select

## The following objects are masked from 'package:plyr':
## 
##     arrange, count, desc, failwith, id, mutate, rename, summarise,
##     summarize

## The following objects are masked from 'package:data.table':
## 
##     between, first, last

## The following object is masked from 'package:car':
## 
##     recode

## The following object is masked from 'package:qdapTools':
## 
##     id

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

if(!require(poLCA)){install.packages("jtools")}
if(!require(DiagrammeR)){install.packages("DiagrammeR")}

## Loading required package: DiagrammeR

if(!require(plotly)){install.packages("plotly")}

## Loading required package: plotly

## 
## Attaching package: 'plotly'

## The following object is masked from 'package:igraph':
## 
##     groups

## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot

## The following object is masked from 'package:MASS':
## 
##     select

## The following objects are masked from 'package:plyr':
## 
##     arrange, mutate, rename, summarise

## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter

## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout

if(!require(tidyr)){install.packages("tidyr")}
if(!require(tidylog)){install.packages("tidylog")}

## Loading required package: tidylog

## 
## Attaching package: 'tidylog'

## The following objects are masked from 'package:plotly':
## 
##     distinct, filter, group_by, mutate, rename, select, slice,
##     summarise, transmute, ungroup

## The following objects are masked from 'package:dplyr':
## 
##     add_count, add_tally, anti_join, count, distinct, distinct_all,
##     distinct_at, distinct_if, filter, filter_all, filter_at, filter_if,
##     full_join, group_by, group_by_all, group_by_at, group_by_if,
##     inner_join, left_join, mutate, mutate_all, mutate_at, mutate_if,
##     relocate, rename, rename_all, rename_at, rename_if, rename_with,
##     right_join, sample_frac, sample_n, select, select_all, select_at,
##     select_if, semi_join, slice, slice_head, slice_max, slice_min,
##     slice_sample, slice_tail, summarise, summarise_all, summarise_at,
##     summarise_if, summarize, summarize_all, summarize_at, summarize_if,
##     tally, top_frac, top_n, transmute, transmute_all, transmute_at,
##     transmute_if, ungroup

## The following objects are masked from 'package:tidyr':
## 
##     drop_na, fill, gather, pivot_longer, pivot_wider, replace_na,
##     spread, uncount

## The following object is masked from 'package:MASS':
## 
##     select

## The following objects are masked from 'package:plyr':
## 
##     count, mutate, rename, summarise, summarize

## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter

if(!require(GPArotation)){install.packages("GPArotation")}

## Loading required package: GPArotation

## 
## Attaching package: 'GPArotation'

## The following object is masked from 'package:entropy':
## 
##     entropy

if(!require(tableone)){install.packages("tableone")}

## Loading required package: tableone

## Warning: package 'tableone' was built under R version 4.0.3

if(!require(parallel)){install.packages("parallel")}

## Loading required package: parallel

if(!require(doParallel)){install.packages("doParallel")}

## Loading required package: doParallel

## Warning: package 'doParallel' was built under R version 4.0.3

## Loading required package: foreach

## Loading required package: iterators

if(!require(githubinstall)){install.packages("githubinstall")}

## Loading required package: githubinstall

## Warning: package 'githubinstall' was built under R version 4.0.3

#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_
source("poLCA.R")
#\item{Gsq.pvalue}{Likelihood ratio/deviance statistic.}
#\item{Chisq}{Pearson Chi-square goodness of fit statistic for fitted vs. observed multiway tables p-value.}
#\item{Chisq.pvalue}{Pearson Chi-square goodness of fit statistic for fitted vs. observed multiway tables p-value.}
source("vcov.poLCA.R")
source("rmulti.R")
source("print.poLCA.R")
source("poLCA.ylik.C.R")
source("poLCA.vectorize.R")
source("poLCA.updatePrior.R")
source("poLCA.unvectorize.R")
source("poLCA.table.R")
source("poLCA.simdata.R")
source("poLCA.se.R")
source("poLCA.reorder.R")
source("poLCA.probHat.C.R")
source("poLCA.predcell.R")
source("poLCA.posterior.R")
source("poLCA.postClass.C.R")
source("poLCA.makeplot.poly.R")
source("poLCA.makeplot.dich.R")
source("poLCA.entropy.R")
source("poLCA.dLL2dBeta.C.R")
source("poLCA.compress.R")
source("plot.poLCA.R")
source("coef.poLCA.R")
#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#

copiar_nombres <- function(x,row.names=FALSE,col.names=TRUE,dec=",",...) {
  if(class(ungroup(x))[1]=="tbl_df"){
        if(options()$OutDec=="."){
            options(OutDec = dec)
            write.table(format(data.frame(x)),"clipboard",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=col.names,...)
            options(OutDec = ".")
          return(x)
        } else {
            options(OutDec = ",")
            write.table(format(data.frame(x)),"clipboard",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=col.names,...)
            options(OutDec = ",")
          return(x)    
        }
  } else {
        if(options()$OutDec=="."){
            options(OutDec = dec)
            write.table(format(x),"clipboard",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=col.names,...)
            options(OutDec = ".")
          return(x)
        } else {
            options(OutDec = ",")
            write.table(format(x),"clipboard",sep="\t",row.names=FALSE,col.names=col.names,...)
            options(OutDec = ",")
          return(x)       
  }
 }
}  
guardar_tablas <- function (x,y) {writexl::write_xlsx(as.data.frame(x, keeprownames= T),paste0(y,".xlsx"))}
#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
lca_entropia <- function(x,seed,k,f,dat,nbr_repet,na_rm){
  #x=texto distintivo
  #y =seed ej: 4345
  #k= cuantos modelos se van a calcular
  #f= función
  #dat= datos
  #nbr_repet= número de repeeticiones
  #na_rm= permitir valores perdidos
  max_II <- -100000
  min_bic <- 100000
  set.seed(seed)
      assign(paste("lc", 1, "_", x, sep = ""),#get(paste("lc", i, "_", x, sep = "")) 
           poLCA(f, dat, nclass=1, maxiter=5000,
                 tol=1e-5, na.rm=na_rm,
                 nrep=nbr_repet, verbose=F, calc.se=TRUE)
           )
  set.seed(seed)
  for(i in 2:k){
    assign(paste("lc", i, "_", x, sep = ""),#get(paste("lc", i, "_", x, sep = "")) 
           poLCA(f, dat, nclass=i, maxiter=5000,
                 tol=1e-5, na.rm=na_rm,
                 nrep=nbr_repet, verbose=F, calc.se=TRUE)
           )
    if(get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$bic < min_bic){
        min_bic <- get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$bic
        LCA_best_model<-get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))
    }
  }
  
  tab.modfit<-data.frame(matrix(rep(999,14),nrow=1))
  names(tab.modfit)<-c("log-likelihood","Chi2","Chi2_pval",
                       "resid. df","BIC",
                       "aBIC","cAIC","likelihood-ratio","LLik_pval","Entropy", "Entropy.R2","Dev Change","df","pval")
  relative.entropy<-function(lc){
    en<--sum(lc$posterior*
               log(lc$posterior),na.rm=T)
    e<-1-en/(nrow(lc$posterior)*log(ncol(lc$posterior)))
    return(e)
  }
  machine_tolerance <- sqrt(.Machine$double.eps)
  entropy.R2 <- function(fit) {
  entropy <- function(p) {
    p <- p[p > machine_tolerance] # since Lim_{p->0} p log(p) = 0
    sum(-p * log(p))
  }
  error_prior <- entropy(fit$P) # Class proportions
  error_post <- mean(apply(fit$posterior, 1, entropy))
  R2_entropy <- (error_prior - error_post) / error_prior
  R2_entropy
}
  for(i in 2:k){
    tab.modfit<-rbind(tab.modfit,
                      c(get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$llik,
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Chisq,
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Chisq.pvalue,
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$resid.df,
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$bic,
                        (-2*get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$llik) +
                          ((log((get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$N + 2)/24)) *
                             get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$npar),
                        (-2*get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$llik) +
                          get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$npar *
                          (1 + log(get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$N)),
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Gsq,
                        get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Gsq.pvalue,
                        relative.entropy(get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))),
                        entropy.R2(get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))),
                        (get(paste("lc",i-1,"_",x,sep=""))$Gsq- get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Gsq),
                        (get(paste("lc",i-1,"_",x,sep=""))$resid.df- get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$resid.df),
                        (pchisq( get(paste("lc",i-1,"_",x,sep=""))$Gsq- get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$Gsq,  get(paste("lc",i-1,"_",x,sep=""))$resid.df- get(paste("lc",i,"_",x,sep=""))$resid.df))
                        ))
  }
  tab.modfit<-round(tab.modfit[-1,],2)
  tab.modfit$Nclass<-2:k

  newList <- list("lc_entropy_table" = tab.modfit, 
                  "lc_entropy_best_model" = LCA_best_model)
  return(list2env(newList ,.GlobalEnv))
}
#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
#' Bivariate residuals for latent class models
#' 
#' Calculate the "bivariate residuals" (BVRs) between pairs of variables 
#' in a latent class model.
#' 
#' This function compares the model-implied (expected) counts in the crosstables
#' of all pairs of observed dependent variables to the observed counts. For each
#' pair, it calculates a "chi-square" statistic,
#' 
#' \deqn{\text{BVR} = \sum_{j, j'} \frac{(n_{jj'} - e_{jj'})^2}{e_{jj'}}},
#' 
#' where \eqn{n_{jj'}} are the observed counts for categories \eqn{j} and \eqn{j'} 
#' of the variables being crosstabulated, and \eqn{e_{jj'}} are
#' the expected counts under the latent class model. 
#' 
#' Note that the BVR does not follow an asymptotic chi-square distribution and
#' for accurate p-values, parametric bootstrapping is necessary (Oberski et al. 2013).
#' 
#' @param fit A poLCA fit object
#' @param tol Optional: tolerance for small expected counts
#' @param rescale_to_df Optional: whether to divide the pairwise "chi-square" values by 
#' the degrees of freedom of the local crosstable. Default is TRUE.
#' @return The table of bivariate residuals
#' @author Daniel Oberski (daniel.oberski@gmail.com)
#' @seealso \code{\link{poLCA}} for fitting the latent class model.
#' @references 
#' Oberski, DL, Van Kollenburg, GH and Vermunt, JK (2013). 
#'   A Monte Carlo evaluation of three methods to detect local dependence in binary data latent class models. 
#'   Advances in Data Analysis and Classification 7 (3), 267-279.
#' @examples
#' data(values)
#' f <- cbind(A, B, C, D) ~ 1
#' M0 <- poLCA(f,values, nclass=1, verbose = FALSE) 
#' bvr(M0) # 12.4, 5.7, 8.3, 15.6, ... 
bvr <- function(fit, tol = 1e-3, rescale_to_df = TRUE) {
  stopifnot(class(fit) == "poLCA")

  ov_names <- names(fit$predcell)[1:(ncol(fit$predcell) - 2)]
  ov_combn <- combn(ov_names, 2)

  get_bvr <- function(ov_pair) {
    form_obs <- as.formula(paste0("observed ~ ", ov_pair[1], " + ", ov_pair[2]))
    form_exp <- as.formula(paste0("expected ~ ", ov_pair[1], " + ", ov_pair[2]))

    counts_obs <- xtabs(form_obs, data = fit$predcell)
    counts_exp <- xtabs(form_exp, data = fit$predcell)
    counts_exp <- ifelse(counts_exp < tol, tol, counts_exp) # Prevent Inf/NaN

    bvr_df <- prod(dim(counts_exp) - 1)
    bvr_value <- sum((counts_obs - counts_exp)^2 / counts_exp)

    if(rescale_to_df) bvr_value <- bvr_value / bvr_df

    attr(bvr_value, "df") <- bvr_df

    bvr_value
  }

  bvr_pairs <- apply(ov_combn, 2, get_bvr)

  attr(bvr_pairs, "rescale_to_df") <- rescale_to_df
  attr(bvr_pairs, "class") <- "dist"
  attr(bvr_pairs, "Size") <- length(ov_names)
  attr(bvr_pairs, "Labels") <- ov_names
  attr(bvr_pairs, "Diag") <- FALSE
  attr(bvr_pairs, "Upper") <- FALSE

  bvr_pairs
}

#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
poLCA.entropy.fix <- function (lc)
{
  K.j <- sapply(lc$probs, ncol)
  fullcell <- expand.grid(sapply(K.j, seq, from = 1))
  P.c <- poLCA.predcell(lc, fullcell)
  return(-sum(P.c * log(P.c), na.rm = TRUE))
}

#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
#Calculate entropy R2 for poLCA model

# MIT license
# Author: Daniel Oberski
# Input: result of a poLCA model fit
# Output: entropy R^2 statistic (Vermunt & Magidson, 2013, p. 71)
# See: daob.nl/wp-content/uploads/2015/07/ESRA-course-slides.pdf
# And: https://www.statisticalinnovations.com/wp-content/uploads/LGtecnical.pdf
machine_tolerance <- sqrt(.Machine$double.eps)
entropy.R2 <- function(fit) {
  entropy <- function(p) {
    p <- p[p > machine_tolerance] # since Lim_{p->0} p log(p) = 0
    sum(-p * log(p))
  }
  error_prior <- entropy(fit$P) # Class proportions
  error_post <- mean(apply(fit$posterior, 1, entropy))
  R2_entropy <- (error_prior - error_post) / error_prior
  R2_entropy
}

#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:
#http://researchdata.gla.ac.uk/879/1/Survey_data_processed_using_R.pdf
##Function to plot variable probabilites by latent class

## Function to undertake chisquare analayis and plot graphs of residuals and contributions
chisquaretest.predictions.function <-
 function(indfactor.data,
 predclass.data,
 noclasses,
 pitem,
 gitem,
 chirows,
 chicols) {
 chisquare.results <- chisq.test(indfactor.data, predclass.data)
 residuals.data <- chisquare.results$residuals
 colnames(residuals.data) <- chicols
 rownames(residuals.data) <- chirows
 title.text <-
 paste(
 "Residuals: chi Square Crosstabulation of\n",
 pitem,
 "and",
 gitem,
 "\n(Chisquare =",
 round(chisquare.results$statistic, 3),
 " p <",
 round(chisquare.results$p.value, 3),
 ")",
 sep = " "
 )
 corrplot(
 residuals.data,
 is.cor = FALSE,
 title = title.text,
 mar = c(0, 0, 4, 0)
 )
 contrib.data <-
 100 * residuals.data ^ 2 / chisquare.results$statistic
 round(contrib.data, 3)
 colnames(contrib.data) <- chicols
 rownames(contrib.data) <- chirows
 title.text <-
 title.text <-
 paste(
 "Contributions: chi Square Crosstabulation of\n",
 pitem,
 "and",
 gitem,
 "\n(Chisquare =",
 round(chisquare.results$statistic, 3),
 " p <",
 round(chisquare.results$p.value, 3),
 ")",
 sep = " "
 )
 corrplot(
 contrib.data,
 is.cor = FALSE,
 title = title.text,
 mar = c(0, 0, 4, 0)
 )
 return(chisquare.results)
 }
##Funciton for Cramers V test
cv.test = function(x, y) {
 CV = sqrt(chisq.test(x, y, correct = FALSE)$statistic /
 (length(x) * (min(
 length(unique(x)), length(unique(y))
 ) - 1)))
 print.noquote("Cramér V / Phi:")
 return(as.numeric(CV))
}

Explore Data

Data is weighted following a poststratification by sex and region, according to the National Survey of Employment (Encuesta Nacional de Empleo) of the first three months of 2018 (variable weight). This is why we need to weight values in each variable.

attr(BD_2020_input$weight, "label") <- 'Weight (ponderador)'
attr(BD_2020_input$zona, "label") <- 'Región (Adimark)'
attr(BD_2020_input$mujer, "label") <- 'Sexo (1=Mujer)'
attr(BD_2020_input$hombre, "label") <- 'Sexo Hombre (=Hombre)'

attr(BD_2020_input$autonaq, "label") <- 'Autocategorización según Definición NAQ (A21)'
attr(BD_2020_input$acoso_auto, "label") <- 'Suma acoso sexual, psicológico y físico, Araucaria, más Autocategorización NAQ'
attr(BD_2020_input$acoso_auto_rec, "label") <- 'Al menos una forma de victimización acoso sexual, físico, psi o autonaq'
attr(BD_2020_input$frec_acos21_1, "label") <- 'Autocategorización Acoso Frecuente (Varias veces por semana y A diario)'
attr(BD_2020_input$frec_acos_ecotest, "label") <- 'Presencia acoso psicologico Araucaria (A22)'
attr(BD_2020_input$testigo, "label") <- 'Testigo de acoso sexual (A28)'
attr(BD_2020_input$agr_fisica, "label") <- 'Agresión física últimos 12 meses'
attr(BD_2020_input$acos_sex, "label") <- 'Acoso sexual últimos 12 meses'
attr(BD_2020_input$acos_psico_freq, "label") <- 'Acoso Psicológico Seguido y Muy Seguido (Art. Ximena y Amalia)'
attr(BD_2020_input$jerarquia_acoso, "label") <- 'Expuestos a Acoso Psicológico, Físico o Sexual, Jerarquía Agresores (1)'
attr(BD_2020_input$jerarquia_acoso2, "label") <- 'Expuestos a Acoso Psicológico, Físico o Sexual, Jerarquía Agresores (2)'

attr(BD_2020_input$k2_muyelevado, "label") <- 'Distrés muy elevado (>12 en suma de puntajes brutos)'
attr(BD_2020_input$k2_elevado, "label") <- 'Distrés elevado o muy elevado (>6)'
attr(BD_2020_input$k6_2, "label") <- 'Suma de puntajes brutos Distrés K6'
attr(BD_2020_input$k6, "label") <- 'Distrés elevado o muy elevado (>6)'

attr(BD_2020_input$latdec_dic, "label") <- 'Baja latitud decisional (Dicotomizada)'
attr(BD_2020_input$democ, "label") <- 'Demandas Psicológicas (JCQ) y Demandas Emocionales (ISTAS 21)'
attr(BD_2020_input$democ_dic, "label") <- 'Altas demandas emocionales (Dicotomizada)'
attr(BD_2020_input$aposoc_tot, "label") <- 'Bajo apoyo social'
attr(BD_2020_input$tenpsi, "label") <- 'JOBSTRAIN/Tensión Psíquica (Dicotomizada)'
attr(BD_2020_input$iso, "label") <- 'ISOSTRAIN'
attr(BD_2020_input$salgen, "label") <- 'Salud General (1, "label") <-Mala o Muy Mala)'

attr(BD_2020_input$naq1, "label") <- 'Alguien le ha ocultado información que ha afectado a su rendimiento.(NAQ1)'
attr(BD_2020_input$naq2, "label") <- 'Ha sido humillado o ridiculizado en relación a su trabajo.(NAQ2)'
attr(BD_2020_input$naq3, "label") <- 'Le han ordenado realizar un trabajo que está por debajo de su nivel de competencia o calificación.(NAQ3)'
attr(BD_2020_input$naq4, "label") <- 'Le han cambiado de realizar tareas de responsabilidad por otras más triviales o desagradables.(NAQ4)'
attr(BD_2020_input$naq5, "label") <- 'Se han extendido rumores sobre usted.(NAQ5)'
attr(BD_2020_input$naq6, "label") <- 'Ha sido ignorado, excluido o le han dejado de hablar.(NAQ6)'
attr(BD_2020_input$naq7, "label") <- 'Le han insultado u ofendido con comentarios sobre usted, sus actitudes o su vida privada.(NAQ7)'
attr(BD_2020_input$naq8, "label") <- 'Le han gritado o ha sido objeto de enfados espontáneos.(NAQ8)'
attr(BD_2020_input$naq9, "label") <- 'Ha sufrido conductas intimidatorias como ser apuntado con el dedo, la invasión de su espacio personal, empujones, que no le dejen pasar, etc.(NAQ9)'
attr(BD_2020_input$naq10, "label") <- 'Ha visto detalles o indirectas de otros que le sugieran abandonar su trabajo.(NAQ10)'
attr(BD_2020_input$naq11, "label") <- 'Le han recordado continuamente sus errores y fallos.(NAQ11)'
attr(BD_2020_input$naq12, "label") <- 'Ha sido ignorado o ha recibido una reacción hostil cuando se ha acercado a alguien.(NAQ12)'
attr(BD_2020_input$naq13, "label") <- 'Ha recibido críticas persistentes sobre su trabajo y esfuerzo(NAQ13)'
attr(BD_2020_input$naq14, "label") <- 'Sus opiniones y puntos de vista han sido ignorados.(NAQ14)'
attr(BD_2020_input$naq15, "label") <- 'Ha recibido bromas pesadas de gente con la que no se lleva bien.(NAQ15)'
attr(BD_2020_input$naq16, "label") <- 'Le han asignado tareas u objetivos inalcanzables.(NAQ16)'
attr(BD_2020_input$naq17, "label") <- 'Ha recibido acusaciones (reclamos) en su contra.(NAQ17)'
attr(BD_2020_input$naq18, "label") <- 'Ha sido excesivamente supervisado en su trabajo.(NAQ18)'
attr(BD_2020_input$naq19, "label") <- 'Ha sido presionado para no reclamar algo a lo que tiene derecho (p. Ej., licencia por enfermedad, vacaciones, viáticos, etc.)(NAQ19)'
attr(BD_2020_input$naq20, "label") <- 'Ha sido objeto de numerosas tomaduras de pelo y sarcasmos.(NAQ20)'
attr(BD_2020_input$naq21, "label") <- 'Ha sido expuesto a una excesiva carga de trabajo.(NAQ21)'
attr(BD_2020_input$naq22, "label") <- 'Ha recibido amenazas de violencia o de abusos físicos.(NAQ22)'
attr(BD_2020_input$naq_dic, "label") <- 'Suma puntajes dicotomizado (NAQ) (Dichotomized sum score)'
attr(BD_2020_input$naq_leyman, "label") <- 'NAQ Criterio Leymann'
attr(BD_2020_input$naq_my_e, "label") <- 'NAQ Criterio Mikkelsen y Einarsen'
attr(BD_2020_input$naq_a, "label") <- 'NAQ Criterio Agervold'
attr(BD_2020_input$naq_sum, "label") <- 'Acosados de vez en cuando o víctimas de acoso (Puntaje Bruto NAQ)'
attr(BD_2020_input$naq_dic_logit, "label") <- 'Suma puntajes dicotomizados NAQ Leymann (OCM), 3 niveles(ags)'
attr(BD_2020_input$naq_sum_cuartil, "label") <- 'Suma ptjes brutos NAQ-R (por cuartiles) (correcto 1995 casos)'

attr(BD_2020_input$depre, "label") <- 'Sintomatología depresiva'
attr(BD_2020_input$psicotrop, "label") <- 'Consumo de psicotrópicos'

attr(BD_2020_input$superv, "label") <- 'Supervisa a otros'
attr(BD_2020_input$jef_hogar, "label") <- 'Jefe de Hogar (1=Sí)'
attr(BD_2020_input$educacion_media, "label") <- 'Educación Menor a Nivel de Enseñanza Media Completa (Art. Magdalena)'
attr(BD_2020_input$cont_def, "label") <- 'Contrato Definido (Art. Magdalena)'
attr(BD_2020_input$ocuprev_nocalif, "label") <- 'Ocupación Sin Calificación (Operarios, Técnicos, Conductores y Trabajdores No-Calificados) (Art. Magdalena)'
attr(BD_2020_input$carga_dom, "label") <- 'Y sin considerar su trabajo remunerado, durante la semana, ¿usted dedica además tiempo para hacer tareas domésticas y/o de cuidado, pero no remunerado? (A16)'
attr(BD_2020_input$educacion277, "label") <- 'Recodificación de Nivel Educacional (Art. Ximena y Amalia)'
attr(BD_2020_input$ocuprev_xi_am277, "label") <- 'Recodificación de Ocupación (Art. Ximena y Amalia)'
attr(BD_2020_input$ing_hog_xi_am277, "label") <- 'Recodificación de Ingreso Hogar Mensual (Art. Ximena y Amalia)'
attr(BD_2020_input$lid_des_leyman, "label") <- 'Exposición a Liderazgos Destructivos (OCM Leyman) (Art JPT)'

attr(BD_2020_input$democ_paper, "label") <- 'Demandas Psicológicas (JCQ) y Demandas Emocionales (ISTAS 21) (ags)'
attr(BD_2020_input$bajarecompensa, "label") <- 'Baja Recompensa (Art JPT)'
attr(BD_2020_input$altoesfuerzo, "label") <- 'Alto Esfuerzo (Art JPT)'
attr(BD_2020_input$desbalance, "label") <- 'esfuerzo/(recompensas* 0.4285)'
attr(BD_2020_input$desbalance_dic, "label") <- 'Desbalance Esfuerzo-Recompensa'


BD_2020_input$educacion277<- factor(BD_2020_input$educacion277,labels=c("Sin Educacion o Basica", 
                                            "Media o Tecnica Incomp",
                                            "Tecnica Comp o Univ Incomp",
                                            "Universitaria Comp o Postgr"))
BD_2020_input$ocuprev_xi_am277<- factor(BD_2020_input$ocuprev_xi_am277,labels=c("Jef Intermedias", 
                                                "Prof y Tecnicos",
                                                "Emp Oficina y Vendedores",
                                                "Op, conductores y calif",
                                                "No calificados"))
BD_2020_input$ing_hog_xi_am277<- factor(BD_2020_input$ing_hog_xi_am277,labels=c("Hasta 540.000 pesos",
                                                "Desde 540.001 hasta 913.000 pesos",
                                                "Desde 913.001 o mas" ))
BD_2020_input$jerarquia_acoso<- factor(BD_2020_input$jerarquia_acoso,labels=c("Superiores", "Companeros", "Subalternos", "Externos"))
BD_2020_input$jerarquia_acoso2<- factor(BD_2020_input$jerarquia_acoso2,labels=c("Companeros", "Subalternos", "Externos"))
BD_2020_input$zona<- factor(BD_2020_input$zona,labels=c("Santiago", "Valparaíso", "Concepción"))
BD_2020_input$mujer<- factor(BD_2020_input$mujer,labels=c("Hombre", "mujer"))

#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:#:

#BD_2020_input %>% 
#dplyr::mutate_at(.vars= vars(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, #naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22),.funs = ~dplyr::case_when(.))

#table(BD_2020_input$naq21)
BD_2020_input2<-
BD_2020_input %>% 
dplyr::mutate_at(.vars= vars(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22),.funs = ~as.numeric(.))

BD_2020_input3<-
  BD_2020_input%>%
    mutate_at(paste0("naq",1:22), ~factor(case_when(as.numeric(.)-1==0~"1.Never",
                                                    as.numeric(.)-1==4~"5.Daily",
                                                    TRUE~as.character(.))))

## mutate_at: changed 1,421 values (71%) of 'naq1' (0 new NA)

##            changed 1,615 values (81%) of 'naq2' (0 new NA)

##            changed 1,524 values (76%) of 'naq3' (0 new NA)

##            changed 1,445 values (72%) of 'naq4' (0 new NA)

##            changed 1,487 values (75%) of 'naq5' (0 new NA)

##            changed 1,651 values (83%) of 'naq6' (0 new NA)

##            changed 1,641 values (82%) of 'naq7' (0 new NA)

##            changed 1,550 values (78%) of 'naq8' (0 new NA)

##            changed 1,745 values (87%) of 'naq9' (0 new NA)

##            changed 1,645 values (82%) of 'naq10' (0 new NA)

##            changed 1,520 values (76%) of 'naq11' (0 new NA)

##            changed 1,660 values (83%) of 'naq12' (0 new NA)

##            changed 1,383 values (69%) of 'naq13' (0 new NA)

##            changed 1,368 values (69%) of 'naq14' (0 new NA)

##            changed 1,491 values (75%) of 'naq15' (0 new NA)

##            changed 1,567 values (79%) of 'naq16' (0 new NA)

##            changed 1,564 values (78%) of 'naq17' (0 new NA)

##            changed 1,318 values (66%) of 'naq18' (0 new NA)

##            changed 1,600 values (80%) of 'naq19' (0 new NA)

##            changed 1,713 values (86%) of 'naq20' (0 new NA)

##            changed 1,306 values (65%) of 'naq21' (0 new NA)

##            changed 1,833 values (92%) of 'naq22' (0 new NA)

attr(BD_2020_input3$naq1, "label") <- 'Alguien le ha ocultado información que ha afectado a su rendimiento. [1. Someone withholding information which affects your performance ]'
attr(BD_2020_input3$naq2, "label") <- 'Ha sido humillado o ridiculizado en relación a su trabajo. [2. Being humiliated or ridiculed in connection with your work]'
attr(BD_2020_input3$naq3, "label") <- 'Le han ordenado realizar un trabajo que está por debajo de su nivel de competencia o calificación. [3. Being ordered to do work below your level of competence]'
attr(BD_2020_input3$naq4, "label") <- 'Le han cambiado de realizar tareas de responsabilidad por otras más triviales o desagradables. [4. Having key areas of responsibility removed or replaced with more trivial or unpleasant tasks]'
attr(BD_2020_input3$naq5, "label") <- 'Se han extendido rumores sobre usted. [5. Spreading of gossip and rumors about you]'
attr(BD_2020_input3$naq6, "label") <- 'Ha sido ignorado, excluido o le han dejado de hablar. [6. Being ignored or excluded]'
attr(BD_2020_input3$naq7, "label") <- 'Le han insultado u ofendido con comentarios sobre usted, sus actitudes o su vida privada. [7. Having insulting or offensive remarks made about your person]'
attr(BD_2020_input3$naq8, "label") <- 'Le han gritado o ha sido objeto de enfados espontáneos. [8. Being shouted at or being the target of spontaneous anger]'
attr(BD_2020_input3$naq9, "label") <- 'Ha sufrido conductas intimidatorias como ser apuntado con el dedo, la invasión de su espacio personal, empujones, que no le dejen pasar, etc. [9. Intimidating behavior such as finger-pointing, invasion of personal space, shoving, blocking/barring the way]'
attr(BD_2020_input3$naq10, "label") <- 'Ha visto detalles o indirectas de otros que le sugieran abandonar su trabajo. [10. Hints or signals from others that you should quit your job]'
attr(BD_2020_input3$naq11, "label") <- 'Le han recordado continuamente sus errores y fallos. [11. Repeated reminders of your errors or mistakes]'
attr(BD_2020_input3$naq12, "label") <- 'Ha sido ignorado o ha recibido una reacción hostil cuando se ha acercado a alguien. [12. Being ignored or facing a hostile reaction when you approach]'
attr(BD_2020_input3$naq13, "label") <- 'Ha recibido críticas persistentes sobre su trabajo y esfuerzo [13. Persistent criticism of your work and effort]'
attr(BD_2020_input3$naq14, "label") <- 'Sus opiniones y puntos de vista han sido ignorados. [14. Having your opinions and views ignored ]'
attr(BD_2020_input3$naq15, "label") <- 'Ha recibido bromas pesadas de gente con la que no se lleva bien. [15. Practical jokes carried out by people you do not get on with]'
attr(BD_2020_input3$naq16, "label") <- 'Le han asignado tareas u objetivos inalcanzables. [16. Being given tasks with unreasonable or impossible targets or deadlines]'
attr(BD_2020_input3$naq17, "label") <- 'Ha recibido acusaciones (reclamos) en su contra. [17. Having allegations made against you]'
attr(BD_2020_input3$naq18, "label") <- 'Ha sido excesivamente supervisado en su trabajo. [18. Excessive monitoring of your work]'
attr(BD_2020_input3$naq19, "label") <- 'Ha sido presionado para no reclamar algo a lo que tiene derecho (p. Ej., licencia por enfermedad, vacaciones, viáticos, etc.) [19. Pressure not to claim something which by right you are entitled to]'
attr(BD_2020_input3$naq20, "label") <- 'Ha sido objeto de numerosas tomaduras de pelo y sarcasmos. [20. Being the subject of excessive teasing and sarcasm]'
attr(BD_2020_input3$naq21, "label") <- 'Ha sido expuesto a una excesiva carga de trabajo. [21. Being exposed to an unmanageable workload]'
attr(BD_2020_input3$naq22, "label") <- 'Ha recibido amenazas de violencia o de abusos físicos. [22. Threats of violence or physical abuse or actual abuse]'
attr(BD_2020_input3$zona, "label") <- 'Región. [Metropolitan Region]'
attr(BD_2020_input3$a52, "label") <- 'Sexo. [Sex]'
BD_2020_input3$a52<- factor(BD_2020_input3$a52,labels=c("Men", "Women"))

dsgn_BD_naq <- survey::svydesign(ids = ~1, data = BD_2020_input3, weights = ~weight)
dsgn_BD_naq2 <- survey::svydesign(ids = ~1, data = BD_2020_input2, weights = ~weight)

dsgn_mujer<- subset(dsgn_BD_naq2,mujer==1)
dsgn_hombre<- subset(dsgn_BD_naq2,mujer==0)

library(DiagrammeR) #⋉
DiagrammeR::grViz("
digraph causal {

  # Nodes
  LCA [label = 'Latent\nClasses',fontsize=10,shape = circle]
  NAQ1 [label = 'NAQ\n1',fontsize=10,shape = box]
  NAQ2 [label = 'NAQ\n2',fontsize=10,shape = box]
  NAQ3 [label = 'NAQ\n3',fontsize=10,shape = box]
  NAQ4 [label = 'NAQ\n4',fontsize=10,shape = box]
  NAQ5 [label = 'NAQ\n5',fontsize=10,shape = box]
  NAQ6 [label = 'NAQ\n6',fontsize=10,shape = box]
  NAQ7 [label = 'NAQ\n7',fontsize=10,shape = box]
  NAQ8 [label = 'NAQ\n8',fontsize=10,shape = box]
  NAQ9 [label = 'NAQ\n9',fontsize=10,shape = box]
  NAQ10 [label = 'NAQ\n10',fontsize=10,shape = box]
  NAQ11 [label = 'NAQ\n11',fontsize=10,shape = box]
  NAQ12 [label = 'NAQ\n12',fontsize=10,shape = box]
  NAQ13 [label = 'NAQ\n13',fontsize=10,shape = box]
  NAQ14 [label = 'NAQ\n14',fontsize=10,shape = box]
  NAQ15 [label = 'NAQ\n15',fontsize=10,shape = box]
  NAQ16 [label = 'NAQ\n16',fontsize=10,shape = box]
  NAQ17 [label = 'NAQ\n17',fontsize=10,shape = box]
  NAQ18 [label = 'NAQ\n18',fontsize=10,shape = box]
  NAQ19 [label = 'NAQ\n19',fontsize=10,shape = box]
  NAQ20 [label = 'NAQ\n20',fontsize=10,shape = box]
  NAQ21 [label = 'NAQ\n21',fontsize=10,shape = box]
  NAQ22 [label = 'NAQ\n22',fontsize=10,shape = box]
  
  # Nodes
  LCA -> {NAQ1 NAQ2 NAQ3 NAQ4 NAQ5 NAQ6 NAQ7 NAQ8 NAQ9 NAQ10 NAQ11 NAQ12 NAQ13 NAQ14 NAQ15 NAQ16 NAQ17 NAQ18 NAQ19 NAQ20 NAQ21 NAQ22}
  # Graph
  graph [overlap = true]
}")

Figure 1. Directed Acyclic Graph

#  {rank=same ; A -> B -> C -> D};
#       {rank=same ;           F -> E[dir=back]};
#https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3733703/
#Cohort matching on a variable associated with both outcome and censoring
#Cohort matching on a confounder. We let A denote an exposure, Y denote an outcome, and C denote a confounder and matching variable. The variable S indicates whether an individual in the source population is selected for the matched study (1: selected, 0: not selected). See Section 2-7 for details.
#https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7064555/

Descriptivo

#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_
#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_
#TO SEE HOW DATA BEHAVE
#data%>% dplyr::filter(sig==1)%>% dplyr::select(date)

kableone <- function(x, ...) {
  capture.output(x <- print(x,...))
  knitr::kable(x,format= "html", format.args= list(decimal.mark= ".", big.mark= ","))
}
#data%>% dplyr::filter(time>0)%>% group_by(year)%>% summarise(min(as.Date(date)),max(as.Date(date)))
#data%>% dplyr::filter(post>0)%>% group_by(year)%>% summarise(min(as.Date(date)),max(as.Date(date)))
#data%>% dplyr::filter(yearday>0)%>% group_by(year)%>% summarise(min(as.Date(date)),max(as.Date(date)),n())
naq <- paste0("naq", 1:22)

#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_
#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_#_
#pvals <- compareGroups::getResults(table, "p.overall")

tab1<-
   svyCreateTableOne(vars =c("naq1",  "naq2",  "naq3",  "naq4",  "naq5",  "naq6",  "naq7",  "naq8",  "naq9",  "naq10", "naq11", "naq12", "naq13", "naq14", "naq15", "naq16", "naq17", "naq18", "naq19", "naq20","naq21","naq22","a52","zona") , data= dsgn_BD_naq, factorVars=c("naq1","naq2","naq3","naq4","naq5","naq6","naq7","naq8","naq9","naq10naq11","naq12","naq13", "naq14","naq15","naq16","naq17","naq18","naq19","naq20","naq21","naq22","a52","zona"), includeNA =T)

## Warning in ModuleReturnVarsExist(factorVars, data$variables): The data frame
## does not have: naq10naq11 Dropped

kableone(tab1, #nonnormal= c("edad_ini_cons","edad_al_ing"),
                       test=T, varLabels=T,noSpaces=T, printToggle=T, dropEqual=F) %>% 
    kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover","condensed"),font_size= 9) %>%
    kableExtra::row_spec(1, bold = T) %>%
    kableExtra::add_footnote(paste0("Note. Total cases ()"), notation = "none") %>% 
    kableExtra::scroll_box(width = "100%", height = "400px")

	Overall
n	1995.9
Alguien le ha ocultado información que ha afectado a su rendimiento. [1. Someone withholding information which affects your performance ] (%)
1.Never	1366.8 (68.5)
2	437.6 (21.9)
3	103.5 (5.2)
4	42.0 (2.1)
5.Daily	26.9 (1.3)
NA	19.0 (1.0)
Ha sido humillado o ridiculizado en relación a su trabajo. [2. Being humiliated or ridiculed in connection with your work] (%)
1.Never	1596.2 (80.0)
2	287.9 (14.4)
3	65.7 (3.3)
4	28.2 (1.4)
5.Daily	15.6 (0.8)
NA	2.3 (0.1)
Le han ordenado realizar un trabajo que está por debajo de su nivel de competencia o calificación. [3. Being ordered to do work below your level of competence] (%)
1.Never	1480.7 (74.2)
2	347.5 (17.4)
3	93.7 (4.7)
4	47.0 (2.4)
5.Daily	22.6 (1.1)
NA	4.5 (0.2)
Le han cambiado de realizar tareas de responsabilidad por otras más triviales o desagradables. [4. Having key areas of responsibility removed or replaced with more trivial or unpleasant tasks] (%)
1.Never	1406.8 (70.5)
2	428.3 (21.5)
3	109.5 (5.5)
4	31.6 (1.6)
5.Daily	16.3 (0.8)
NA	3.4 (0.2)
Se han extendido rumores sobre usted. [5. Spreading of gossip and rumors about you] (%)
1.Never	1457.5 (73.0)
2	377.1 (18.9)
3	78.9 (4.0)
4	31.0 (1.6)
5.Daily	25.9 (1.3)
NA	25.5 (1.3)
Ha sido ignorado, excluido o le han dejado de hablar. [6. Being ignored or excluded] (%)
1.Never	1617.6 (81.0)
2	276.5 (13.9)
3	56.2 (2.8)
4	27.7 (1.4)
5.Daily	14.8 (0.7)
NA	3.1 (0.2)
Le han insultado u ofendido con comentarios sobre usted, sus actitudes o su vida privada. [7. Having insulting or offensive remarks made about your person] (%)
1.Never	1603.3 (80.3)
2	301.8 (15.1)
3	48.6 (2.4)
4	29.0 (1.5)
5.Daily	8.3 (0.4)
NA	4.9 (0.2)
Le han gritado o ha sido objeto de enfados espontáneos. [8. Being shouted at or being the target of spontaneous anger] (%)
1.Never	1519.1 (76.1)
2	361.0 (18.1)
3	77.6 (3.9)
4	22.5 (1.1)
5.Daily	12.6 (0.6)
NA	3.1 (0.2)
Ha sufrido conductas intimidatorias como ser apuntado con el dedo, la invasión de su espacio personal, empujones, que no le dejen pasar, etc. [9. Intimidating behavior such as finger-pointing, invasion of personal space, shoving, blocking/barring the way] (%)
1.Never	1719.2 (86.1)
2	208.7 (10.5)
3	37.5 (1.9)
4	17.3 (0.9)
5.Daily	8.1 (0.4)
NA	5.2 (0.3)
Ha visto detalles o indirectas de otros que le sugieran abandonar su trabajo. [10. Hints or signals from others that you should quit your job] (%)
1.Never	1610.0 (80.7)
2	275.5 (13.8)
3	70.2 (3.5)
4	25.6 (1.3)
5.Daily	11.6 (0.6)
NA	3.1 (0.2)
Le han recordado continuamente sus errores y fallos. [11. Repeated reminders of your errors or mistakes] (%)
1.Never	1488.9 (74.6)
2	390.6 (19.6)
3	70.8 (3.5)
4	24.4 (1.2)
5.Daily	18.6 (0.9)
NA	2.7 (0.1)
Ha sido ignorado o ha recibido una reacción hostil cuando se ha acercado a alguien. [12. Being ignored or facing a hostile reaction when you approach] (%)
1.Never	1636.0 (82.0)
2	277.9 (13.9)
3	39.6 (2.0)
4	22.2 (1.1)
5.Daily	16.0 (0.8)
NA	4.2 (0.2)
Ha recibido críticas persistentes sobre su trabajo y esfuerzo [13. Persistent criticism of your work and effort] (%)
1.Never	1366.0 (68.4)
2	513.0 (25.7)
3	76.1 (3.8)
4	20.9 (1.0)
5.Daily	17.6 (0.9)
NA	2.3 (0.1)
Sus opiniones y puntos de vista han sido ignorados. [14. Having your opinions and views ignored ] (%)
1.Never	1360.2 (68.2)
2	514.3 (25.8)
3	68.1 (3.4)
4	31.2 (1.6)
5.Daily	18.0 (0.9)
NA	4.1 (0.2)
Ha recibido bromas pesadas de gente con la que no se lleva bien. [15. Practical jokes carried out by people you do not get on with] (%)
1.Never	1463.7 (73.3)
2	415.4 (20.8)
3	78.1 (3.9)
4	23.4 (1.2)
5.Daily	11.8 (0.6)
NA	3.6 (0.2)
Le han asignado tareas u objetivos inalcanzables. [16. Being given tasks with unreasonable or impossible targets or deadlines] (%)
1.Never	1549.5 (77.6)
2	347.6 (17.4)
3	67.4 (3.4)
4	20.5 (1.0)
5.Daily	8.2 (0.4)
NA	2.7 (0.1)
Ha recibido acusaciones (reclamos) en su contra. [17. Having allegations made against you] (%)
1.Never	1550.8 (77.7)
2	367.5 (18.4)
3	54.3 (2.7)
4	16.5 (0.8)
5.Daily	4.1 (0.2)
NA	2.7 (0.1)
Ha sido excesivamente supervisado en su trabajo. [18. Excessive monitoring of your work] (%)
1.Never	1255.1 (62.9)
2	423.8 (21.2)
3	148.4 (7.4)
4	93.3 (4.7)
5.Daily	71.8 (3.6)
NA	3.6 (0.2)
Ha sido presionado para no reclamar algo a lo que tiene derecho (p. Ej., licencia por enfermedad, vacaciones, viáticos, etc.) [19. Pressure not to claim something which by right you are entitled to] (%)
1.Never	1568.6 (78.6)
2	328.8 (16.5)
3	61.9 (3.1)
4	17.7 (0.9)
5.Daily	13.9 (0.7)
NA	5.0 (0.3)
Ha sido objeto de numerosas tomaduras de pelo y sarcasmos. [20. Being the subject of excessive teasing and sarcasm] (%)
1.Never	1688.0 (84.6)
2	241.9 (12.1)
3	36.1 (1.8)
4	16.8 (0.8)
5.Daily	10.4 (0.5)
NA	2.7 (0.1)
Ha sido expuesto a una excesiva carga de trabajo. [21. Being exposed to an unmanageable workload] (%)
1.Never	1233.1 (61.8)
2	463.6 (23.2)
3	133.9 (6.7)
4	96.5 (4.8)
5.Daily	66.6 (3.3)
NA	2.3 (0.1)
Ha recibido amenazas de violencia o de abusos físicos. [22. Threats of violence or physical abuse or actual abuse] (%)
1.Never	1810.9 (90.7)
2	144.5 (7.2)
3	23.1 (1.2)
4	6.6 (0.3)
5.Daily	8.6 (0.4)
NA	2.3 (0.1)
a52 = Women (%)	804.3 (40.3)
Región. [Metropolitan Region] (%)
Santiago	1298.2 (65.0)
Valparaíso	335.1 (16.8)
Concepción	362.6 (18.2)
Note. Total cases ()

Especificar Modelo de Clases Latentes

You can also embed plots, for example:

naq <- paste0("naq", 1:22)
mydata_naq <- BD_2020_input %>% mutate_at(paste0("naq",1:22), ~case_when(is.na(.)~6,TRUE~as.numeric(.))) #%>% janitor::tabyl(naq1)

## mutate_at: converted 'naq1' from factor to double (23 fewer NA)

##            converted 'naq2' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq3' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq4' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq5' from factor to double (34 fewer NA)

##            converted 'naq6' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq7' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq8' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq9' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq10' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq11' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq12' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq13' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq14' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq15' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq16' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq17' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq18' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq19' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq20' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq21' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq22' from factor to double (2 fewer NA)

f_naq<-with(mydata_naq, cbind(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22)~1)
#qdapTools::mtabulate(mydata_naq)

#<div style="border: 1px solid #ddd; padding: 5px; overflow-y: scroll; height:400px; overflow-x: scroll; width:100%">
# f is the selected variables
# dat is the data
# nb_var is the number of selected variables
# k is the number of latent class generated
# nbr_repet is the number of repetition to
# reach the convergence of EM algorithm
# x es el código para las variables de los modelos
#seed es el numero random para las semillas. ej: 4345.
#Modo de calcular el mejor modelo.
old <- Sys.time()
lca_entropia(x="naq_lca",seed = 4345,k=10,f=f_naq, dat=mydata_naq, nbr_repet = clus_iter,na_rm=T)

## <environment: R_GlobalEnv>

#lca_select(f_naq, mydata_naq,k=10,nbr_repet=clus_iter, x="naq", seed=4345)
#</div>
new<-(Sys.time())
time_diff <- (Sys.time() - old)/60
paste0("The model took ",round(time_diff,2), " hours")

## [1] "The model took 0.14 hours"

#Within poLCA, parameter estimates are obtained by a procedure that repeatedly improves estimates.
#This is stopped when no further improvements are obtained, or until a maximum number of iterations is reached. The starting values are the values at which such repetitions were started. Increasing the number 4 R. ACHTERHOF ET AL.of iterations (cycles within each estimation) and setting more different starting values for each repetition results in a greater likelihood that the global (rather than local) maximum of the log-likelihood function (and thus, the best possible solution) is reached. The maximum number of iterations was chosen as 10.000, and 500 different sets of starting values were used (thus going beyond the recommendations by Linzer & Lewis, 2011; Oberski, 2016). As such, the influence of chance was minimized while the reproducibility of the results was maximized.

Once models were selected, we can appreciate Una vez que se seleccionan los modelos, se puede apreciar los índices de ajuste de los distintos modelos, asumiendo distintas cantidades de clases latentes, de 2 a 10.

to_string <- as_labeller(c(`0` = "Sig. Outcomes", `1` = "Non Sig. Outcomes"))

manualcolors<-c('indianred1','cornflowerblue', 'gray50', 'darkolivegreen4', 'slateblue2', 
                'firebrick4', 'goldenrod4')
#"#FF0000" "#00A08A" "#F2AD00" "#F98400" "#5BBCD6"
#"#798E87" "#C27D38" "#CCC591" "#29211F"

lc_entropy_table%>%
  #dplyr::mutate_at(.vars=vars(Gsq, Llik, AIC, mAIC, AICc, HT, cAIC, AICu, BIC, aBIC, HQ), .funs = funs(`zw`=scale(.)))%>%
  tidyr::pivot_longer(cols = -Nclass,names_to="indices", values_to="value",values_drop_na = F)%>%
  #dplyr::group_by(Nclass)%>%
  
  dplyr::mutate(indices=factor(indices, levels=c('resid. df', 'likelihood-ratio', 'log-likelihood',"LLik_pval",'Chi2', 'Chi2_pval', 'BIC', 'aBIC', 'cAIC',"Entropy","Entropy.R2","Dev Change","df","pval"),labels=c('Degrees of Freedom', "Deviance","Log-Likelihood",'p value','Chi2','p value','Akaike Information\nCriterion',"Bayesian Information\nCriterion (BIC)","Adjusted BIC","Entropy","Entropy R2", "Deviance Change\n(with previous model)", "df", "pval of diffs"))) %>% 
  dplyr::filter(indices %in% c('Akaike Information\nCriterion',"Bayesian Information\nCriterion (BIC)","Adjusted BIC")) %>%
  dplyr::mutate(Nclass=factor(Nclass)) %>% 
  ggplot(aes(x=Nclass,y=value,color=indices, group=indices))+
  geom_line()+
  geom_point()+
  theme_classic()+
  labs(x="Number of Classes", y="Value")+
  labs(color = "Indices")+
  geom_vline(xintercept=3)+
  labs(caption="Vertical line= Selected model")

Figure 2. Comparative of models of latent classes (2 to 10, from left to right)

#,'Gsq_zw', 'Llik_zw', 'AIC_zw', 'mAIC_zw', 'AICc_zw', 'HT_zw', 'cAIC_zw', 'AICu_zw', 'BIC_zw', 'aBIC_zw', 'HQ_zw'

#lca_selectnaq %>% dplyr::arrange(BIC) 

#International Journal of Workplace Health Management  (Zhang et al., 2018).

#Si probs.start se establece en NULL (predeterminado) al llamar Polca, a continuación, la función genera los valores de partida al azar en cada ejecución. Esto significa que repite carreras de Polca normalmente producirán resultados con los mismos parámetros estimados (correspondiente a la misma el máximo diario de probabilidad), pero con etiquetas de clase latentes reordenados
lc_entropy_best_model_naq_lca<-lc_entropy_best_model
lc_entropy_table_naq_lca<-lc_entropy_table

#A list of matrices of class-conditional response probabilities to be used as the starting values for the estimation algorithm. Each matrix in the list corresponds to one manifest variable, with one row for each latent class, and one column for each outcome. The default is NULL, producing random starting values. Note that if nrep>1, then any user-specified probs.start values are only used in the first of the nrep attempts.

#The poLCA.reorder function takes as its first argument the list of starting values probs.start, and as its second argument a vector describing the desired reordering of the latent classes.
new.probs.start <-  poLCA.reorder(lc_entropy_best_model_naq_lca$probs.start, order(lc_entropy_best_model_naq_lca$P, decreasing = TRUE))
#new.probs.start <-poLCA.reorder(probs.start,c(4,1,3,2))
#A continuación, ejecute PoLCA, una vez más, esta vez utilizando los valores iniciales reordenados en la llamada de función.

#The argument nrep=5 tells the program to repeat nrep times, and keep the fit with the highest likelihood to try to avoid local maxima.

#.maxiter – The maximum number of iterations through which the estimation algorithm will cycle.
#.nrep - Number of times to estimate the model, using different values of probs.start. (default is one)
set.seed(4345)
LCA_best_model_naq<-
   poLCA(f_naq, mydata_naq, nclass=length(lc_entropy_best_model_naq_lca$P), maxiter=10000,tol=1e-5, na.rm=FALSE,nrep=1, verbose=TRUE, calc.se=TRUE,probs.start=new.probs.start) 

## Conditional item response (column) probabilities,
##  by outcome variable, for each class (row) 
##  
## $naq1
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9338 0.0560 0.0000 0.0030 0.0010 0.0062
## class 2:  0.6029 0.3213 0.0528 0.0102 0.0000 0.0127
## class 3:  0.2236 0.5344 0.1146 0.0587 0.0481 0.0206
## class 4:  0.3050 0.1261 0.2693 0.1582 0.1082 0.0332
## 
## $naq2
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9885 0.0111 0.0000 0.0000 0.0004 0.0000
## class 2:  0.7931 0.1740 0.0245 0.0059 0.0025 0.0000
## class 3:  0.3450 0.5200 0.0951 0.0399 0.0000 0.0000
## class 4:  0.2380 0.2172 0.2438 0.1462 0.1327 0.0221
## 
## $naq3
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9675 0.0234 0.0026 0.0035 0.0021 0.0010
## class 2:  0.6556 0.2792 0.0505 0.0091 0.0055 0.0000
## class 3:  0.3853 0.4323 0.1073 0.0418 0.0333 0.0000
## class 4:  0.2198 0.1296 0.2808 0.2455 0.0911 0.0332
## 
## $naq4
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9462 0.0498 0.0008 0.0012 0.0020 0.0000
## class 2:  0.6074 0.3244 0.0523 0.0113 0.0031 0.0015
## class 3:  0.3165 0.5022 0.1344 0.0293 0.0139 0.0036
## class 4:  0.1993 0.1807 0.3366 0.1592 0.1021 0.0221
## 
## $naq5
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9642 0.0261 0.0030 0.0000 0.0000 0.0067
## class 2:  0.6691 0.2738 0.0206 0.0093 0.0077 0.0196
## class 3:  0.2459 0.5552 0.1110 0.0199 0.0360 0.0320
## class 4:  0.1527 0.1854 0.3120 0.1718 0.1120 0.0662
## 
## $naq6
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9928 0.0062 0.0000 0.0000 0.0000 0.0010
## class 2:  0.8341 0.1482 0.0131 0.0030 0.0015 0.0000
## class 3:  0.3601 0.5471 0.0602 0.0217 0.0109 0.0000
## class 4:  0.2277 0.1412 0.2875 0.1778 0.1327 0.0332
## 
## $naq7
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9960 0.0020 0.0000 0.0000 0.0000 0.0020
## class 2:  0.8459 0.1444 0.0067 0.0031 0.0000 0.0000
## class 3:  0.3188 0.6077 0.0579 0.0155 0.0000 0.0000
## class 4:  0.2014 0.1738 0.2737 0.2184 0.0995 0.0332
## 
## $naq8
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9817 0.0125 0.0049 0.0010 0.0000 0.0000
## class 2:  0.7643 0.2154 0.0167 0.0000 0.0036 0.0000
## class 3:  0.2131 0.6658 0.0754 0.0301 0.0119 0.0036
## class 4:  0.2002 0.1384 0.4055 0.1297 0.0931 0.0332
## 
## $naq9
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9900 0.0080 0.0020 0.0000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.9301 0.0636 0.0021 0.0027 0.0000 0.0015
## class 3:  0.4801 0.4580 0.0361 0.0220 0.0000 0.0038
## class 4:  0.3355 0.1671 0.2627 0.1131 0.0885 0.0332
## 
## $naq10
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9864 0.0105 0.0010 0.0010 0.0000 0.0010
## class 2:  0.8473 0.1332 0.0149 0.0047 0.0000 0.0000
## class 3:  0.3669 0.5328 0.0857 0.0072 0.0073 0.0000
## class 4:  0.1714 0.1672 0.3186 0.2101 0.0995 0.0332
## 
## $naq11
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9624 0.0338 0.0019 0.0020 0.0000 0.0000
## class 2:  0.7311 0.2337 0.0250 0.0040 0.0061 0.0000
## class 3:  0.2472 0.6424 0.0891 0.0080 0.0133 0.0000
## class 4:  0.1893 0.2232 0.3042 0.1574 0.0927 0.0332
## 
## $naq12
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9913 0.0087 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.9071 0.0897 0.0000 0.0017 0.0016 0.0000
## class 3:  0.2517 0.6800 0.0471 0.0104 0.0036 0.0073
## class 4:  0.1958 0.1833 0.2661 0.2110 0.1106 0.0332
## 
## $naq13
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9285 0.0698 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.5705 0.4061 0.0164 0.0023 0.0046 0.0000
## class 3:  0.2537 0.6158 0.1087 0.0084 0.0135 0.0000
## class 4:  0.1713 0.2061 0.3301 0.1678 0.1026 0.0221
## 
## $naq14
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.8994 0.0923 0.0040 0.0023 0.0010 0.0010
## class 2:  0.5977 0.3589 0.0267 0.0120 0.0046 0.0000
## class 3:  0.2314 0.6602 0.0774 0.0132 0.0178 0.0000
## class 4:  0.1844 0.2514 0.2714 0.1808 0.0898 0.0221
## 
## $naq15
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9568 0.0417 0.0000 0.0005 0.0000 0.0010
## class 2:  0.6555 0.3199 0.0189 0.0057 0.0000 0.0000
## class 3:  0.3259 0.5159 0.1048 0.0212 0.0285 0.0036
## class 4:  0.2748 0.1820 0.3202 0.1549 0.0461 0.0221
## 
## $naq16
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9693 0.0300 0.0000 0.0007 0.0000 0.0000
## class 2:  0.6995 0.2587 0.0354 0.0047 0.0016 0.0000
## class 3:  0.4471 0.4428 0.0802 0.0154 0.0109 0.0036
## class 4:  0.3295 0.1614 0.2660 0.1657 0.0553 0.0221
## 
## $naq17
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3) Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9761 0.0229 0.0010 0.000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.7524 0.2342 0.0119 0.000 0.0000 0.0015
## class 3:  0.3311 0.6059 0.0593 0.000 0.0036 0.0000
## class 4:  0.2530 0.1834 0.3204 0.188 0.0332 0.0221
## 
## $naq18
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.8813 0.0835 0.0135 0.0128 0.0079 0.0010
## class 2:  0.4669 0.3262 0.1149 0.0539 0.0380 0.0000
## class 3:  0.2676 0.3951 0.1548 0.1025 0.0800 0.0000
## class 4:  0.0893 0.1820 0.3416 0.2030 0.1510 0.0332
## 
## $naq19
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9788 0.0192 0.0000 0.0010 0.0000 0.0010
## class 2:  0.7703 0.2012 0.0227 0.0026 0.0017 0.0016
## class 3:  0.3856 0.5389 0.0458 0.0155 0.0142 0.0000
## class 4:  0.2387 0.1769 0.3621 0.1115 0.0776 0.0332
## 
## $naq20
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9971 0.0029 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.8423 0.1501 0.0045 0.0000 0.0015 0.0015
## class 3:  0.5372 0.4018 0.0388 0.0113 0.0109 0.0000
## class 4:  0.3249 0.2290 0.2038 0.1427 0.0774 0.0221
## 
## $naq21
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.8854 0.0951 0.0088 0.0090 0.0017 0.0000
## class 2:  0.4678 0.3185 0.0864 0.0872 0.0401 0.0000
## class 3:  0.1858 0.4673 0.1510 0.0957 0.1002 0.0000
## class 4:  0.1755 0.2235 0.2879 0.1708 0.1202 0.0221
## 
## $naq22
##            Pr(1)  Pr(2)  Pr(3)  Pr(4)  Pr(5)  Pr(6)
## class 1:  0.9981 0.0019 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
## class 2:  0.9295 0.0673 0.0031 0.0000 0.0000 0.0000
## class 3:  0.7242 0.2553 0.0133 0.0000 0.0073 0.0000
## class 4:  0.4934 0.1492 0.2026 0.0774 0.0552 0.0221
## 
## Estimated class population shares 
##  0.4929 0.324 0.1378 0.0453 
##  
## Predicted class memberships (by modal posterior prob.) 
##  0.4977 0.3183 0.1398 0.0441 
##  
## ========================================================= 
## Fit for 4 latent classes: 
## ========================================================= 
## number of observations: 1995 
## number of estimated parameters: 443 
## residual degrees of freedom: 1552 
## maximum log-likelihood: -24911.96 
##  
## AIC(4): 50709.91
## BIC(4): 53190
## G^2(4): 27268.24 (p= 1) (Likelihood ratio/deviance statistic) 
## X^2(4): 4.45014e+32 (p= 0) (Chi-square goodness of fit) 
## 

output_LCA_best_model_naq<-capture.output(LCA_best_model_naq)
glance_LCA_best_model_naq<-glance(LCA_best_model_naq)
BD_2020_input_LCA1 <- augment(LCA_best_model_naq, data = BD_2020_input)

## If you are interested in the population-shares of the classes, you can get them like this:
invisible(round(colMeans(LCA_best_model_naq$posterior)*100,2))
## or you inspect the estimated class memberships:
invisible(round(prop.table(table(LCA_best_model_naq$predclass)),4)*100)

lcmodel <- reshape2::melt(LCA_best_model_naq$probs, level=2)
lcmodel<-
lcmodel %>% 
  dplyr::mutate(L2= dplyr::case_when(L2=="naq1"~"naq01",
                               L2=="naq2"~"naq02",
                               L2=="naq3"~"naq03",
                               L2=="naq4"~"naq04",
                               L2=="naq5"~"naq05",
                               L2=="naq6"~"naq06",
                               L2=="naq7"~"naq07",
                               L2=="naq8"~"naq08",
                               L2=="naq9"~"naq09",
                               TRUE~L2)) %>% 
  dplyr::mutate(Var2 = factor(dplyr::case_when(as.character(Var2)=="Pr(6)"~NA_character_,
                                               TRUE~as.character(Var2))))
zp1 <- ggplot(lcmodel,aes(x = L2, y = value, fill = Var2))
zp1 <- zp1 + geom_bar(stat = "identity", position = "stack")
zp1 <- zp1 + facet_grid(Var1 ~ .) 
zp1 <- zp1 + scale_fill_brewer(type="seq", palette="Greys", na.value = "white") +theme_bw()
zp1 <- zp1 + labs(y = "Percentage of Probabilities of Response", 
                  x = "Items",
                  fill ="Cateorías de\nRespuesta")
zp1 <- zp1 + theme( axis.text.y=element_blank(),
                    axis.ticks.y=element_blank(),                    
                    panel.grid.major.y=element_blank())
zp1 <- zp1 + guides(fill = guide_legend(reverse=TRUE))
print(zp1)

Figure 3. Selected Model

#In this case, residuals are actual cell counts vs. expected cell counts. 
bvr_LCA_best_model_naq<-bvr(LCA_best_model_naq)

#conditional probabilities
#Pr(B1=1|Class 3)
posteriors <- data.frame(LCA_best_model_naq$posterior, predclass=LCA_best_model_naq$predclass) 

classification_table <- ddply(posteriors, .(predclass), function(x) colSums(x[,1:4]))
clasification_errors<- 1 - sum(diag(as.matrix(classification_table[,2:5]))) / sum(classification_table[,2:5]) 

classification_table <-round(classification_table,1)

entropy_alt <- function(p) sum(-p * log(p))
error_prior <- entropy_alt(LCA_best_model_naq$P) # Class proportions
error_post <- mean(apply(LCA_best_model_naq$posterior, 1, entropy_alt),na.rm=T)
R2_entropy_alt <- (error_prior - error_post) / error_prior

#\#minimum average posterior robability of cluster membership (\>0.7), interpretability (classes are clearly distinguishable), and parsimony (each class has a sufficient sample size for further analysis; n≥50).

Ver si la exclusión de casos que no calzan en alguna clase tiene consecuencias.

#To evaluate whether the exclusion of cases would bias the LCA results, a sensitivity analysis was carried out. We conducted T-Tests and Wilcoxon–Mann–Whitney tests (for non-parametric data) to compare included and excluded records in terms of demographic and clinical background characteristics and baseline pain scores (all 638 patients completed pain intensity, frequency and impairment scales).
tidy(LCA_best_model_naq) %>% 
  dplyr::mutate(variable= dplyr::case_when(variable=="naq1"~"naq01",
                               variable=="naq2"~"naq02",
                               variable=="naq3"~"naq03",
                               variable=="naq4"~"naq04",
                               variable=="naq5"~"naq05",
                               variable=="naq6"~"naq06",
                               variable=="naq7"~"naq07",
                               variable=="naq8"~"naq08",
                               variable=="naq9"~"naq09",
                               TRUE~variable)) %>% 
ggplot(aes(outcome, estimate, color = factor(class), group = class)) +
  geom_line() +
  facet_wrap(~variable, nrow = 4) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))+
  theme_bw()+
  theme(legend.position = "bottom")

Figure 4. Selected Model

#########################################################
#########################################################
### Posterior probability calculation                 ###
### Assign class based on maximum probability         ###
###   Note: additional prep for Table1 package        ###
###         1) Convert all categorical variables to   ###
###            factors                                ###
###         2) Continuous variables as numeric        ###
###         3) Pull out number from census strings    ###
#########################################################
#########################################################

Modelos con covariables. Latent Factor Analysis

library(ltm)

grm_naq<-ltm::grm(mydata_naq[,c(paste0("naq",1:22))], constrained = T, IRT.param = TRUE, Hessian = FALSE, 
    start.val = NULL, na.action = NULL, control = NULL)
grm_naq1<-ltm::grm(mydata_naq[,c(paste0("naq",1:22),"a52")], constrained = T, IRT.param = TRUE, Hessian = FALSE, 
    start.val = NULL, na.action = NULL, control = list("a52"))

anova(grm_naq,grm_naq1)
summary(grm_naq)
factor.scores(grm_naq, method="EAP") #3.4_14

plotjointICC(grm_naq, main="Item Characteristics (1PL)",ylab="Probability")
NPtest(as.matrix(WIRS),n=1000,method="Tpbis",idxt=1,idxs=2:6)
#https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/292088_49842a047b81414c88f7b262bddb5d51.html
#Una práctica común es presentar todas las gráficas individuales de ICC en una sola página, y luego todo lo que se necesita en el título de cada parcela es el NOMBRE (o como mucho Artículo: NOMBRE).
opar <- par(mfrow=c(5,5))
for (i in 1:22)
    plot(grm_naq, items=i, main=paste("Item", names(mydata_naq[,c(paste0("naq",1:22))])[i], sep=": "))
par(opar)

plot(grm_naq, type = "IIC", items = 0, lwd = 2, xlab = "Latent Trait", 
     cex.main = 1.5, cex.lab = 1.3, cex.axis = 1.1)

library(lordif)
Resp <- as.matrix(mydata_naq[paste("naq", 1:22, sep = "")])
Sex <- as.vector(mydata_naq$a52)
ageDIF <- lordif(Resp, mydata_naq$a52, criterion = "Chisqr", alpha = 0.05)
ageMC <- montecarlo(ageDIF, alpha = 0.05, nr = 1000)

#requiere que se aplique primero el select.
#postscript("LCA_naq", width = 1400, height = 882, horizontal =F)
#autonaq tenpsi iso
naq_cov1 <- c(paste0("naq", 1:22),"a52")
mydata_naq_cov1 <- BD_2020_input %>% mutate_at(paste0("naq",1:22), ~case_when(is.na(.)~6,TRUE~as.numeric(.))) %>% dplyr::select(naq1:naq22,a52) %>%data.frame()

## mutate_at: converted 'naq1' from factor to double (23 fewer NA)

##            converted 'naq2' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq3' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq4' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq5' from factor to double (34 fewer NA)

##            converted 'naq6' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq7' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq8' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq9' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq10' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq11' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq12' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq13' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq14' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq15' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq16' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq17' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq18' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq19' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq20' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq21' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq22' from factor to double (2 fewer NA)

  #janitor::tabyl(naq1)
f_naq1<-with(mydata_naq_cov1, cbind(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22)~a52)

naq_cov2 <- c(paste0("naq", 1:22),"a52","zona")
mydata_naq_cov2 <- BD_2020_input %>% mutate_at(paste0("naq",1:22), ~case_when(is.na(.)~6,TRUE~as.numeric(.)))%>% dplyr::select(naq1:naq22,a52,zona) %>%data.frame()

## mutate_at: converted 'naq1' from factor to double (23 fewer NA)

##            converted 'naq2' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq3' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq4' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq5' from factor to double (34 fewer NA)

##            converted 'naq6' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq7' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq8' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq9' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq10' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq11' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq12' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq13' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq14' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq15' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq16' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq17' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq18' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq19' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq20' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq21' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq22' from factor to double (2 fewer NA)

  #janitor::tabyl(naq1)
f_naq2<-with(mydata_naq_cov2, cbind(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22)~a52+zona)

naq_cov3 <- c(paste0("naq", 1:22),"a52","zona","iso")
mydata_naq_cov3 <- BD_2020_input %>% mutate_at(paste0("naq",1:22), ~case_when(is.na(.)~6,TRUE~as.numeric(.))) %>% 
  dplyr::mutate(iso=dplyr::case_when(is.na(iso)~3, TRUE~as.numeric(iso))) %>% dplyr::select(naq1:naq22,a52,zona,iso) %>%data.frame()

## mutate_at: converted 'naq1' from factor to double (23 fewer NA)

##            converted 'naq2' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq3' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq4' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq5' from factor to double (34 fewer NA)

##            converted 'naq6' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq7' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq8' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq9' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq10' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq11' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq12' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq13' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq14' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq15' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq16' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq17' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq18' from factor to double (4 fewer NA)

##            converted 'naq19' from factor to double (5 fewer NA)

##            converted 'naq20' from factor to double (3 fewer NA)

##            converted 'naq21' from factor to double (2 fewer NA)

##            converted 'naq22' from factor to double (2 fewer NA)

  #janitor::tabyl(naq1)
f_naq3<-with(mydata_naq_cov3, cbind(naq1, naq2, naq3,naq4, naq5, naq6, naq7, naq8, naq9, naq10, naq11, naq12, naq13, naq14, naq15, naq16, naq17, naq18, naq19, naq20, naq21, naq22)~a52+zona+iso)

old_sex <- Sys.time()
lca_entropia(x="naq_lca_sex",seed = 4345,k=10,f=f_naq1, dat=mydata_naq_cov1, nbr_repet = clus_iter,na_rm=T)

## 
##  ALERT: covariates not allowed when nclass=1; will be ignored. 
##  
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.mix)): Se han producido NaNs

## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.mix)): Se han producido NaNs

## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
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## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
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## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Warning in sqrt(diag(VCE.mix)): Se han producido NaNs

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## Warning in sqrt(diag(VCE.beta)): Se han producido NaNs

## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)
## Error in h(simpleError(msg, call)) : 
##   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 1)

## Error in La.svd(x, nu, nv): error de código 1 en la rutina Lapack 'dgesdd'

new_sex<-(Sys.time())

lc_entropy_best_model_naq_lca_sex<-lc_entropy_best_model
lc_entropy_table_naq_lca_sex<-lc_entropy_table

new.probs.start_sex <-  poLCA.reorder(lc_entropy_best_model_naq_lca_sex$probs.start, order(lc_entropy_best_model_naq_lca_sex$P, decreasing = TRUE))

set.seed(4345)
LCA_best_model_naq_sex<-
    poLCA(f_naq1, mydata_naq_cov1, nclass=length(lc_entropy_table_naq_lca_sex$P), maxiter=10000,tol=1e-5, na.rm=FALSE,nrep=1, verbose=TRUE, calc.se=TRUE,probs.start=new.probs.start_sex) 

## Error in rep(0, S * (R - 1)): argumento 'times' inválido

output_LCA_best_model_naq_sex<-capture.output(LCA_best_model_naq_sex)

## Error in eval(expr, pf): objeto 'LCA_best_model_naq_sex' no encontrado

glance_LCA_best_model_naq_sex<-glance(LCA_best_model_naq_sex)

## Error in glance(LCA_best_model_naq_sex): objeto 'LCA_best_model_naq_sex' no encontrado

BD_2020_input_LCA_naq_sex <- augment(LCA_best_model_naq_sex, data = BD_2020_input)

## Error in augment(LCA_best_model_naq_sex, data = BD_2020_input): objeto 'LCA_best_model_naq_sex' no encontrado

Es importante ver si las diferencias son importantes enter BIC’s (mayores a 8) (ver si GLM mult aparece este estandar)

## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 18362)
## 
## Matrix products: default
## 
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Spanish_Chile.1252  LC_CTYPE=Spanish_Chile.1252   
## [3] LC_MONETARY=Spanish_Chile.1252 LC_NUMERIC=C                  
## [5] LC_TIME=Spanish_Chile.1252    
## 
## attached base packages:
## [1] parallel  grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets 
## [8] methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] githubinstall_0.2.2    doParallel_1.0.16      iterators_1.0.12      
##  [4] foreach_1.5.0          tableone_0.12.0        GPArotation_2014.11-1 
##  [7] tidylog_1.0.2          plotly_4.9.2.1         DiagrammeR_1.0.6.1    
## [10] dplyr_1.0.1            survey_4.0             survival_3.1-12       
## [13] Matrix_1.2-18          broom_0.7.0            knitr_1.29            
## [16] tidyr_1.1.1            igraph_1.2.5           ggparallel_0.2.0      
## [19] ggplot2_3.3.2          poLCA_1.5.0            MASS_7.3-51.6         
## [22] scatterplot3d_0.3-41   Weighted.Desc.Stat_1.0 plyr_1.8.6            
## [25] reshape2_1.4.4         nnet_7.3-14            Epi_2.40              
## [28] remotes_2.2.0          data.table_1.13.0      binda_1.0.3           
## [31] entropy_1.2.1          car_3.0-8              carData_3.0-4         
## [34] psych_2.0.7            qdapTools_1.3.5        visreg_2.7.0          
## [37] here_0.1               googledrive_1.0.1     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] colorspace_1.4-1    ellipsis_0.3.1      rio_0.5.16         
##  [4] rprojroot_1.3-2     fs_1.5.0            rstudioapi_0.11    
##  [7] farver_2.0.3        fansi_0.4.1         xml2_1.3.2         
## [10] codetools_0.2-16    splines_4.0.2       mnormt_2.0.1       
## [13] pkgload_1.1.0       jsonlite_1.7.0      readr_1.3.1        
## [16] compiler_4.0.2      httr_1.4.2          backports_1.1.7    
## [19] assertthat_0.2.1    lazyeval_0.2.2      gargle_0.5.0       
## [22] cli_2.0.2           prettyunits_1.1.1   visNetwork_2.0.9   
## [25] htmltools_0.5.0     tools_4.0.2         gtable_0.3.0       
## [28] glue_1.4.1          Rcpp_1.0.5          cellranger_1.1.0   
## [31] vctrs_0.3.2         nlme_3.1-148        xfun_0.16          
## [34] stringr_1.4.0       ps_1.3.3            rvest_0.3.6        
## [37] testthat_2.3.2      openxlsx_4.1.5      lifecycle_0.2.0    
## [40] devtools_2.3.1      zoo_1.8-8           scales_1.1.1       
## [43] clisymbols_1.2.0    hms_0.5.3           RColorBrewer_1.1-2 
## [46] yaml_2.2.1          curl_4.3            memoise_1.1.0      
## [49] labelled_2.5.0      stringi_1.4.6       highr_0.8          
## [52] desc_1.2.0          pkgbuild_1.1.0      zip_2.1.1          
## [55] chron_2.3-55        rlang_0.4.7         pkgconfig_2.0.3    
## [58] bitops_1.0-6        evaluate_0.14       lattice_0.20-41    
## [61] purrr_0.3.4         labeling_0.3        htmlwidgets_1.5.1  
## [64] cmprsk_2.2-10       tidyselect_1.1.0    processx_3.4.3     
## [67] magrittr_1.5        R6_2.4.1            generics_0.0.2     
## [70] DBI_1.1.0           pillar_1.4.6        haven_2.3.1        
## [73] foreign_0.8-80      withr_2.2.0         mgcv_1.8-31        
## [76] abind_1.4-5         RCurl_1.98-1.2      tibble_3.0.3       
## [79] etm_1.1             crayon_1.3.4        tmvnsim_1.0-2      
## [82] rmarkdown_2.5       usethis_1.6.1       readxl_1.3.1       
## [85] callr_3.4.3         forcats_0.5.0       webshot_0.5.2      
## [88] digest_0.6.25       numDeriv_2016.8-1.1 openssl_1.4.3      
## [91] munsell_0.5.0       kableExtra_1.1.0    viridisLite_0.3.0  
## [94] sessioninfo_1.1.1   mitools_2.4         askpass_1.1