Texas Covid 19 Cases, Deaths (Adjusted for CDC Excess Deaths), Inferred Infections
George Robertson
November, 07, 2020
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Excess Deaths for Texas
The CDC provides a weekly report on deaths for any cause. The average of daily deaths from 2015 to 2019 is calculated. The daily deaths for any cause is netted against the average giving excess deaths for 2020.
The excess deaths are then used to qualify the reported TX Covid 19 deaths. The reported deaths are approximately 60% of the CDC excess deaths.
The excess deaths from the CDC weekly report is “disaggregated”, converted from weekly to daily. This daily excess death is then cumulative summed.
Ratio of cumulative excess deaths to reported deaths
The TX reported deaths percentage of TX cumulative excess deaths is shown.
CDC excess deaths are used to adjust reported deaths
The reported deaths are adjusted upwards by dividing them by the percentage of reported deaths to excess deaths. The objective is to identify the presence and growth of Covid 19, not to account for the severity or co-morbidty.
Daily Adjusted Deaths
Smoothed daily adjusted deaths will be used below.
Daily new cases and smoothed daily new cases
Daily new cases shown with the smoothed daily new cases overlayed.
Smoothed daily new cases will be used below.
Data is from the NY Times github data repository.
Daily new cases compared to daily deaths
Daily deaths are multiplied by ten in the plot below so as to have similar scale so as to see if there is correlation.
Daily deaths scatter plotted against new case
Daily Deaths Lagged, Daily New Cases
Daily Deaths are lagged by 18 days (the mean of Covid 19 time to death after infection). The lagged daily deaths are multiped by 10X so as to be on similar scale. Daily cases and lagged daily deaths are compared by plot line and then by scatter plot.
Data table
## death dai daism adjdeath daiadj daiadjsm xcess
## 2020-03-02 0 0 0.00 0 0 0.09 NA
## 2020-03-03 0 0 -0.02 0 0 0.08 NA
## 2020-03-04 0 0 -0.03 0 0 0.05 NA
## 2020-03-05 0 0 -0.04 0 0 0.03 NA
## 2020-03-06 0 0 -0.03 0 0 0.02 NA
## 2020-03-07 0 0 -0.02 0 0 0.02 0.22
## 2020-03-08 0 0 0.00 0 0 0.04 0.19
## 2020-03-09 0 0 0.00 0 0 0.09 0.14
## 2020-03-10 0 0 0.08 0 0 0.19 0.05
## 2020-03-11 0 0 0.08 0 0 0.28 -0.05
## 2020-03-12 0 0 0.15 0 0 0.56 -0.19
## 2020-03-13 0 0 0.31 0 0 0.83 -0.36
## 2020-03-14 0 0 0.38 0 0 0.93 -0.55
## 2020-03-15 0 0 0.38 0 0 1.11 -0.28
## 2020-03-16 1 1 0.54 3 3 1.30 0.46
## 2020-03-17 1 0 0.54 3 0 1.67 1.65
## 2020-03-18 2 1 0.85 5 3 2.22 3.30
## 2020-03-19 4 2 1.00 10 5 3.14 5.42
## 2020-03-20 5 1 1.62 13 3 4.25 8.00
## 2020-03-21 5 0 1.92 13 0 5.08 11.04
## 2020-03-22 7 2 2.31 18 5 6.01 13.88
## 2020-03-23 7 0 2.62 18 0 7.39 16.52
## 2020-03-24 11 4 3.46 28 10 9.33 18.97
## 2020-03-25 13 2 4.23 34 5 10.99 21.22
## 2020-03-26 21 8 4.69 54 21 12.82 23.27
## 2020-03-27 25 4 5.77 65 10 15.58 25.12
## 2020-03-28 30 5 7.15 78 13 19.53 26.77
## 2020-03-29 35 5 9.00 91 13 22.83 27.89
## 2020-03-30 46 11 9.92 119 28 25.84 28.47
## 2020-03-31 57 11 11.38 147 28 29.22 28.51
## 2020-04-01 65 8 12.62 168 21 31.95 28.01
## 2020-04-02 80 15 13.38 207 39 35.67 26.97
## 2020-04-03 98 18 15.62 253 46 39.47 25.39
## 2020-04-04 124 26 16.85 320 67 42.00 23.27
## 2020-04-05 136 12 17.69 350 31 44.60 22.15
## 2020-04-06 159 23 18.62 409 59 48.10 22.02
## 2020-04-07 177 18 20.23 455 46 53.01 22.87
## 2020-04-08 195 18 23.08 501 46 58.01 24.72
## 2020-04-09 228 33 24.23 585 84 61.54 27.57
## 2020-04-10 249 21 25.38 639 53 64.40 31.40
## 2020-04-11 265 16 25.92 679 41 65.63 36.22
## 2020-04-12 288 23 27.00 738 58 65.89 40.05
## 2020-04-13 320 32 26.46 819 81 65.88 42.88
## 2020-04-14 365 45 26.62 932 113 66.48 44.71
## 2020-04-15 395 30 27.46 1007 75 67.45 45.54
## 2020-04-16 428 33 26.38 1090 83 67.14 45.38
## 2020-04-17 461 33 27.08 1173 83 66.99 44.21
## 2020-04-18 487 26 27.69 1238 65 69.00 42.05
## 2020-04-19 503 16 28.77 1277 40 69.95 41.42
## 2020-04-20 523 20 27.38 1327 50 68.22 42.34
## 2020-04-21 552 29 25.69 1399 72 66.70 44.78
## 2020-04-22 571 19 26.38 1446 47 66.68 48.77
## 2020-04-23 601 30 26.77 1520 74 68.85 54.29
## 2020-04-24 625 24 28.23 1580 59 69.63 61.35
## 2020-04-25 662 37 28.15 1671 91 68.43 69.94
## 2020-04-26 676 14 28.62 1705 34 67.89 76.16
## 2020-04-27 699 23 28.23 1761 56 68.05 80.00
## 2020-04-28 738 39 27.85 1857 95 69.29 81.47
## 2020-04-29 776 38 29.54 1950 93 71.13 80.56
## 2020-04-30 828 52 29.54 2076 126 72.02 77.27
## 2020-05-01 853 25 30.08 2137 61 73.57 71.60
## 2020-05-02 875 22 30.54 2190 53 74.17 63.56
## 2020-05-03 890 15 31.54 2226 36 74.02 57.10
## 2020-05-04 914 24 31.62 2284 58 75.10 52.24
## 2020-05-05 955 41 30.69 2383 99 74.66 48.96
## 2020-05-06 985 30 30.23 2455 72 73.68 47.28
## 2020-05-07 1016 31 29.00 2529 74 73.17 47.18
## 2020-05-08 1059 43 31.00 2631 103 74.45 48.68
## 2020-05-09 1086 27 32.69 2696 64 76.57 51.76
## 2020-05-10 1110 24 33.85 2753 57 78.05 54.37
## 2020-05-11 1137 27 34.00 2817 64 77.35 56.53
## 2020-05-12 1169 32 31.31 2892 76 75.82 58.22
## 2020-05-13 1205 36 32.31 2977 85 76.44 59.44
## 2020-05-14 1256 51 32.85 3097 120 77.42 60.20
## 2020-05-15 1300 44 32.38 3200 103 75.64 60.49
## 2020-05-16 1330 30 31.69 3270 70 73.13 60.32
## 2020-05-17 1356 26 31.69 3331 61 71.68 60.24
## 2020-05-18 1362 6 30.46 3345 14 68.50 60.26
## 2020-05-19 1405 43 28.23 3445 100 65.07 60.38
## 2020-05-20 1443 38 26.69 3533 88 64.41 60.59
## 2020-05-21 1480 37 26.31 3618 85 62.49 60.90
## 2020-05-22 1498 18 24.46 3660 41 58.35 61.30
## 2020-05-23 1522 24 24.23 3715 55 56.89 61.80
## 2020-05-24 1533 11 24.62 3740 25 55.31 61.75
## 2020-05-25 1536 3 24.69 3747 7 54.18 61.13
## 2020-05-26 1552 16 22.31 3784 37 54.08 59.97
## 2020-05-27 1598 46 22.23 3889 105 53.11 58.25
## 2020-05-28 1618 20 22.00 3935 46 51.83 55.97
## 2020-05-29 1645 27 22.69 3996 62 51.72 53.13
## 2020-05-30 1676 31 23.00 4067 71 52.04 49.75
## 2020-05-31 1683 7 23.62 4083 16 51.17 47.20
## 2020-06-01 1695 12 23.85 4110 27 51.30 45.48
## 2020-06-02 1732 37 23.38 4194 84 52.95 44.61
## 2020-06-03 1766 34 22.15 4271 77 52.67 44.57
## 2020-06-04 1793 27 22.92 4332 61 51.74 45.38
## 2020-06-05 1821 28 22.85 4395 63 51.80 47.02
## 2020-06-06 1840 19 22.23 4437 43 50.82 49.50
## 2020-06-07 1846 6 23.54 4451 13 50.11 52.11
## 2020-06-08 1856 10 23.08 4473 22 50.87 54.85
## 2020-06-09 1886 30 22.00 4540 67 51.80 57.73
## 2020-06-10 1916 30 22.38 4607 67 52.45 60.75
## 2020-06-11 1942 26 23.54 4665 58 53.82 63.89
## 2020-06-12 1965 23 24.31 4716 51 54.81 67.17
## 2020-06-13 1989 24 25.23 4770 53 54.87 70.58
## 2020-06-14 1995 6 26.15 4783 13 54.97 74.00
## 2020-06-15 2018 23 26.08 4834 51 55.80 77.42
## 2020-06-16 2057 39 25.15 4920 86 56.57 80.85
## 2020-06-17 2099 42 25.38 5013 93 57.92 84.28
## 2020-06-18 2137 38 26.92 5096 84 59.27 87.71
## 2020-06-19 2168 31 27.38 5164 68 60.78 91.15
## 2020-06-20 2186 18 28.69 5204 39 62.98 94.59
## 2020-06-21 2195 9 31.00 5223 20 64.14 97.35
## 2020-06-22 2213 18 30.00 5263 39 64.31 99.42
## 2020-06-23 2246 33 28.69 5335 72 65.07 100.80
## 2020-06-24 2292 46 29.46 5435 100 65.42 101.50
## 2020-06-25 2321 29 29.31 5497 63 65.22 101.51
## 2020-06-26 2362 41 30.31 5586 89 66.72 100.83
## 2020-06-27 2398 36 32.54 5664 78 69.25 99.47
## 2020-06-28 2408 10 34.69 5685 22 71.45 99.83
## 2020-06-29 2430 22 34.85 5732 47 75.36 101.90
## 2020-06-30 2482 52 36.92 5844 111 82.63 105.70
## 2020-07-01 2518 36 40.31 5921 77 92.06 111.22
## 2020-07-02 2562 44 47.23 6015 94 102.59 118.46
## 2020-07-03 2609 47 51.92 6114 100 111.42 127.42
## 2020-07-04 2646 37 56.23 6193 78 117.81 138.10
## 2020-07-05 2666 20 61.38 6235 42 122.76 149.76
## 2020-07-06 2726 60 62.77 6361 126 128.03 162.41
## 2020-07-07 2816 90 63.92 6550 189 136.93 176.03
## 2020-07-08 2935 119 71.62 6797 247 149.93 190.65
## 2020-07-09 3037 102 79.08 7007 210 164.63 206.24
## 2020-07-10 3129 92 87.31 7196 188 178.59 222.82
## 2020-07-11 3206 77 95.62 7353 157 188.01 240.38
## 2020-07-12 3246 40 100.46 7434 81 193.60 256.90
## 2020-07-13 3313 67 100.54 7569 135 200.40 272.37
## 2020-07-14 3449 136 103.38 7842 273 208.52 286.80
## 2020-07-15 3590 141 106.46 8121 280 217.18 300.19
## 2020-07-16 3744 154 114.23 8424 302 226.95 312.53
## 2020-07-17 3889 145 121.92 8706 282 235.83 323.83
## 2020-07-18 3972 83 128.46 8866 160 242.11 334.09
## 2020-07-19 4033 61 135.08 8983 117 247.33 342.97
## 2020-07-20 4160 127 136.69 9225 242 318.70 350.48
## 2020-07-21 4319 159 218.69 9525 300 390.79 356.61
## 2020-07-22 4522 203 225.23 9903 378 402.36 361.36
## 2020-07-23 4714 192 237.69 10256 353 408.32 364.74
## 2020-07-24 4876 162 238.31 10550 294 412.02 366.74
## 2020-07-25 5002 126 253.92 10777 227 423.36 367.37
## 2020-07-26 5090 88 264.92 10934 157 427.00 366.61
## 2020-07-27 6292 1202 258.46 12992 2057 426.09 364.46
## 2020-07-28 6518 226 259.85 13361 369 429.84 360.92
## 2020-07-29 6834 316 263.77 13868 507 429.74 355.99
## 2020-07-30 6987 153 264.46 14110 242 427.07 349.68
## 2020-07-31 7273 286 271.08 14556 446 431.12 341.97
## 2020-08-01 7477 204 282.92 14869 313 437.13 332.87
## 2020-08-02 7520 43 291.92 14935 66 438.68 323.90
## 2020-08-03 7697 177 207.08 15203 268 368.49 315.05
## 2020-08-04 7951 254 195.85 15582 379 297.94 306.33
## 2020-08-05 8152 201 190.54 15878 296 294.91 297.72
## 2020-08-06 8400 248 204.46 16239 360 295.41 289.24
## 2020-08-07 8680 280 200.46 16639 400 296.73 280.88
## 2020-08-08 8885 205 209.08 16928 289 292.87 272.65
## 2020-08-09 8984 99 219.92 17066 138 293.26 267.08
## 2020-08-10 9064 80 215.46 17178 111 289.56 264.18
## 2020-08-11 9311 247 200.62 17517 340 279.98 263.95
## 2020-08-12 9645 334 203.54 17969 452 277.53 266.39
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## 2020-08-01 14598.8738594793085213 0.5 448224 28701845 47261 3941399 3953660
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