Caso de estudio de la 2da unidad de probabilidad y estadística: Enfermedades crónicas y su relación con los fallecimientos por COVID-19
- Importar bibliotecas:
setwd("~/PyE")
library(pacman)
p_load("base64enc", "htmltools", "mime", "xfun", "prettydoc","readr", "knitr","DT","dplyr", "ggplot2","plotly", "gganimate","gifski","scales")¿Que tanp probable es que un munucipio con alta cantidad de diagnósticos por enfermedades crónicas también sea un municipio con tasas elevadas de mortalidad por COVID-19?
Dado que los pacientes con enfermedades crónicas tienen mayor probabilidad de desarrollar complicaciones si se contagian.
Enfermedades crónicas en Sonora
Fuente de los datos Obtenida de: https://datos.gob.mx/busca/dataset/expediente-clinico-electronico-unemes-enfermedades-cronicas--2018
URL de datos CSV crudos: http://www.cenaprece.salud.gob.mx/descargas/Excel/Diagnosticos18.csv
Expediente Clínico Electrónico UNEMES (unidades de especialidades médicas) Enfermedades Crónicas 2018
- El Centro Nacional de Programas Preventivos y Control de Enfermedades (CENAPRECE), es el órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud responsable de conducir e implementar los programas sustantivos para la prevención y control de enfermedades, para reducir la morbilidad y mortalidad en la población mexicana.
Importar datos
## [1] "data.frame"
## Estado Jurisdiccion Uneme CLUES Cve.Persona Genero
## 1 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5910 Mujer
## 2 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5953 Mujer
## 3 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6045 Mujer
## 4 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6091 Mujer
## 5 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6138 Mujer
## 6 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5706 Hombre
## Cve.Diagn.f3.stico Diagnostico Fecha.Diagnostico
## 1 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 2 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 3 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 4 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 5 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 6 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
Formatear datos
Visualización
# Grouped
ggplot(SonoraS, aes(fill=Jurisdiccion, y=Diagnostico)) +
geom_bar(position="dodge", stat="count") +
xlab ("Número de casos") +
ylab ("Diagnóstico") +
ggtitle(" Enfermedades crónicas en Sonora, 2018 (CENAPRECE)") Ahora que se tienen los datos, podemos estimar la cantidad de personas diagnísticadas por jurisdicción (Ciudad):
## [1] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [5] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [9] SANTA ANA CABORCA CABORCA CABORCA
## [13] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [17] HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA HERMOSILLO
## [21] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [25] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [29] CIUDAD OBREGON CABORCA CABORCA CABORCA
## [33] CIUDAD OBREGON HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA
## [37] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [41] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [45] SANTA ANA SANTA ANA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
## [49] CIUDAD OBREGON HERMOSILLO CABORCA CABORCA
## [53] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [57] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [61] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA
## [65] SANTA ANA CABORCA SANTA ANA CABORCA
## [69] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [73] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [77] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA CABORCA
## [81] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [85] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [89] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [93] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [97] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [101] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [105] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [109] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [113] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [117] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [121] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [125] SANTA ANA CABORCA CABORCA CABORCA
## [129] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [133] CABORCA CIUDAD OBREGON HERMOSILLO HERMOSILLO
## [137] SANTA ANA HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA
## [141] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [145] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA
## [149] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [153] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [157] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [161] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA CABORCA
## [165] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
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## [181] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [193] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [197] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [201] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [205] CABORCA CABORCA CABORCA CIUDAD OBREGON
## [209] CABORCA CABORCA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
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## [305] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [309] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [369] HERMOSILLO CABORCA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
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## [1413] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [1417] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
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## [1429] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1433] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [1441] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1445] HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1449] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [1457] CABORCA CABORCA CABORCA HERMOSILLO
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## [1501] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
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## 91 Levels: \xc1LVARO OBREG\xd3N ACAPULCO ACU\xd1A ... ZACATECAS
- ¿Por qué razones si la población de Ciudad Obregón es más grande que la Santa Ana y de Caborca, existen más personas con diagnóstico de enfermedades crónicas estas últimas?
En Ciudad Obregón la gente sigue teniendo las costumbres de los pueblos que hay a su alrededor, caborca, al contrario, adquirió costumbres de Estados Unidos al estar tan cerca de la frontera.
¿Cuánta gente habita en cada ciudad? Fuente: http://cuentame.inegi.org.mx/monografias/informacion/son/territorio/div_municipal.aspx?tema=me&e=26
Hermosillo 884 273 personas
Cajeme 433 050 personas
Caborca 85 631 personas
Santa Ana 16 248 personas
Datos de defunciones
Importar datos
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Defunciones en Caborca: 95
Defunciones en Cajeme: 625
Defunciones en Hermosillo: 1010
Defunciones en Santa Ana: 113
Realizando relaciones por cada 10,000 personas queda de la siguiente forma:
Defunciones en Caborca: 12
Defunciones en Cajeme: 15
Defunciones en Hermosillo: 12
Defunciones en Santa Ana: 70
Con esta forma de comparar, ¿Cuál ciudad tiene proporcionalmente más fallecidos? ¿Las ciudades con más personas diagnosticadas son las que proporcionalmente presentan más fallecidos?
Fallecidos: https://datos.covid-19.conacyt.mx/#DownZCSV
Santa Ana es la ciudad que más presenta defunciones en proporción a sus habitantes, sin embargo, la ciudad que cuenta con más diagnósticos de enfermedades crónicas es Hermosillo.