Caso de estudio de la 2da unidad de probabilidad y estadística: Enfermedades crónicas y su relación con los fallecimientos por COVID-19

Enfermedades crónicas y COVID-19

setwd("~/PYE1112ITSON")
library(pacman)
p_load("base64enc", "htmltools", "mime", "xfun", "prettydoc","readr", "knitr","DT","dplyr", "ggplot2","plotly", "gganimate","gifski","scales")

Enfermedades crónicas en Sonora

  • Fuente de los datos Obtenida de:

https://datos.gob.mx/busca/dataset/expediente-clinico-electronico-unemes-enfermedades-cronicas--2018

  • URL de datos CSV crudos:

http://www.cenaprece.salud.gob.mx/descargas/Excel/Diagnosticos18.csv

Expediente Clínico Electrónico UNEMES (unidades de especialidades médicas) Enfermedades Crónicas 2018

  • El Centro Nacional de Programas Preventivos y Control de Enfermedades (CENAPRECE), es el órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud responsable de conducir e implementar los programas sustantivos para la prevención y control de enfermedades, para reducir la morbilidad y mortalidad en la población mexicana.

Importar datos

datos2 <- read.csv("Diagnosticos18.csv",encoding = "UTF-8")
class(datos2)
## [1] "data.frame"
head(datos2)
##       Estado Jurisdiccion             Uneme        CLUES Cve.Persona Genero
## 1 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN5910  Mujer
## 2 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN5953  Mujer
## 3 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN6045  Mujer
## 4 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN6091  Mujer
## 5 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN6138  Mujer
## 6 Guanajuato     IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250   GuIRUN5706 Hombre
##   Cve.Diagn.f3.stico   Diagnostico Fecha.Diagnostico
## 1              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018
## 2              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018
## 3              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018
## 4              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018
## 5              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018
## 6              E78.2 Dislipidemias        02/01/2018

Formatear datos

SonoraS <- t(datos2 [datos2$Estado == "Sonora", ])
SonoraS <- (datos2 [datos2$Estado == "Sonora", ])

Visualización

# Grouped
ggplot(SonoraS, aes(fill=Jurisdiccion, y=Diagnostico)) + 
    geom_bar(position="dodge", stat="count") +
    xlab ("Número de casos") +
    ylab ("Diagnóstico") +
  ggtitle(" Enfermedades crónicas en Sonora, 2018 (CENAPRECE)")

Ahora que se tienen los datos, podemos estimar la cantidad de personas diagnísticadas por jurisdicción (ciudad)

  • ¿Por qué razones si la población de Ciudad Obregón es más grande que la Santa Ana y de Caborca, existen más personas con diagnóstico de enfermedades crónicas?

Puede deberse a diferentes motivos, entre ellos encontramos que estas dos últimas ciudades se encuentran localizadas más cerca de la frontera con Estados Unidos, propiciando así adoptar ciertos hábitos del estilo de vida estadounidense como el sedentarismo, y consumismo de comida chatarra o procesada. Probablemente la población de Ciudad Obregón, en su mayoría, aún acostumbre a comer en casa (más sano) y a salir a caminar (a parques, por ejemplo).

  • ¿Cuánta gente habita en cada ciudad?

Fuente: http://cuentame.inegi.org.mx/monografias/informacion/son/territorio/div_municipal.aspx?tema=me&e=26

Clave Municipio Población

017 Caborca: 85631

058 Santa Ana: 16248

018 Cajeme: 433050

030 Hermosillo: 884273

Total de defunciones en Caborca: 95

Total de defunciones en Cajeme: 625

Total de defunciones en Hermosillo: 1010

Total de defunciones en Santa Ana: 113

  • Si hacemos una relación de número de personas fallecidas por cada 10,000 habitantes, para poder comparar en proporción, tenemos que por cada 10,000 habitantes*:

Defunciones en Caborca*: 12

Defunciones en Cajeme*: 15

Defunciones en Hermosillo*: 12

Defunciones en Santa Ana*: 70

Para el cálculo de los datos anteriores, se dividió el número de fallecidos por COVID-19 en cada municipio, entre su población total dividida entre diez mil.

  • Con esta forma de comparar, ¿Cuál ciudad tiene proporcionalmente más fallecidos? Santa Ana ¿Las ciudades con más personas diagnosticadas son las que proporcionalmente presentan más fallecidos? No; Hermosillo presenta muchísimos más diagnósticos de enfermedades crónicas y sin embargo presenta menos fallecidos por cada diez mil habitantes que Ciudad Obregón. Esto puede deberse, a que ciudad Hermosillo es capital del estado, y es una ciudad más próxima a EEUU, teniendo posiblemente acceso a mejores servicios de salud (instalaciones, personal capacitado, etc). Las medidas tomadas por cada ayuntamiento para afrontar la pandemia también pueden ser un factor a considerar.