Caso de estudio de la 2da unidad de probabilidad y estadística: Enfermedades crónicas y su relación con los fallecimientos por COVID-19
- Importar bibliotecas:
library(pacman)
p_load("base64enc", "htmltools", "mime", "xfun", "prettydoc","readr", "knitr","DT","dplyr", "ggplot2","plotly", "gganimate","gifski","scales")¿Que tan probable es que un munucipio con alta cantidad de diagnósticos por enfermedades crónicas también sea un municipio con tasas elevadas de mortalidad por COVID-19?
Dado que los pacientes con enfermedades crónicas tienen mayor probabilidad de desarrollar complicaciones si se contagian.
Enfermedades crónicas en Sonora
Fuente de los datos Obtenida de: https://datos.gob.mx/busca/dataset/expediente-clinico-electronico-unemes-enfermedades-cronicas--2018
URL de datos CSV crudos: http://www.cenaprece.salud.gob.mx/descargas/Excel/Diagnosticos18.csv
Expediente Clínico Electrónico UNEMES (unidades de especialidades médicas) Enfermedades Crónicas 2018
- El Centro Nacional de Programas Preventivos y Control de Enfermedades (CENAPRECE), es el órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud responsable de conducir e implementar los programas sustantivos para la prevención y control de enfermedades, para reducir la morbilidad y mortalidad en la población mexicana.
Importar datos
## [1] "data.frame"## Estado Jurisdiccion Uneme CLUES Cve.Persona Genero
## 1 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5910 Mujer
## 2 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5953 Mujer
## 3 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6045 Mujer
## 4 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6091 Mujer
## 5 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN6138 Mujer
## 6 Guanajuato IRAPUATO UNEME EC IRAPUATO GTSSA017250 GuIRUN5706 Hombre
## Cve.Diagn.f3.stico Diagnostico Fecha.Diagnostico
## 1 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 2 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 3 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 4 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 5 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018
## 6 E78.2 Dislipidemias 02/01/2018Formatear datos
Visualización
# Grouped
ggplot(SonoraS, aes(fill=Jurisdiccion, y=Diagnostico)) +
geom_bar(position="dodge", stat="count") +
xlab ("Número de casos") +
ylab ("Diagnóstico") +
ggtitle(" Enfermedades crónicas en Sonora, 2018 (CENAPRECE)") 
Ahora que se tienen los datos, podemos estimar la cantidad de personas diagnísticadas por jurisdicción (Ciudad):
## [1] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [5] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [9] SANTA ANA CABORCA CABORCA CABORCA
## [13] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [17] HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA HERMOSILLO
## [21] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [25] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [29] CIUDAD OBREGON CABORCA CABORCA CABORCA
## [33] CIUDAD OBREGON HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA
## [37] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [41] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [45] SANTA ANA SANTA ANA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
## [49] CIUDAD OBREGON HERMOSILLO CABORCA CABORCA
## [53] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [57] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [61] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA
## [65] SANTA ANA CABORCA SANTA ANA CABORCA
## [69] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [73] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [77] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA CABORCA
## [81] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [85] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [89] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [93] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [97] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [101] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [105] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [109] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [113] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [117] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [121] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [125] SANTA ANA CABORCA CABORCA CABORCA
## [129] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [133] CABORCA CIUDAD OBREGON HERMOSILLO HERMOSILLO
## [137] SANTA ANA HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA
## [141] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [145] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA
## [149] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [153] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [157] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [161] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA CABORCA
## [165] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [169] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [173] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [177] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [181] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [185] HERMOSILLO SANTA ANA HERMOSILLO SANTA ANA
## [189] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA CABORCA
## [193] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [197] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [201] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [205] CABORCA CABORCA CABORCA CIUDAD OBREGON
## [209] CABORCA CABORCA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
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## [217] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [237] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [245] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA
## [249] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [257] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
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## [265] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [269] CABORCA CABORCA CABORCA HERMOSILLO
## [273] HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA CABORCA
## [277] CABORCA CABORCA HERMOSILLO SANTA ANA
## [281] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [285] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [301] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [305] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [309] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [313] SANTA ANA CIUDAD OBREGON CABORCA CABORCA
## [317] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [321] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [325] SANTA ANA SANTA ANA CIUDAD OBREGON CABORCA
## [329] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [333] CABORCA CIUDAD OBREGON HERMOSILLO CIUDAD OBREGON
## [337] HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA CABORCA
## [341] CABORCA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [345] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [349] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [353] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [357] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [361] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [365] HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA CABORCA
## [369] HERMOSILLO CABORCA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
## [373] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [377] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [381] SANTA ANA CABORCA CABORCA SANTA ANA
## [385] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA HERMOSILLO
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## [421] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
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## [429] HERMOSILLO SANTA ANA HERMOSILLO HERMOSILLO
## [433] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [441] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [445] CABORCA SANTA ANA CABORCA CABORCA
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## [457] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO CIUDAD OBREGON
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## [517] CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON HERMOSILLO
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## [537] CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
## [541] HERMOSILLO HERMOSILLO CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
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## [577] HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [589] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [757] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [761] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [849] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
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## [1137] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1141] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1145] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1153] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [1233] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1273] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1277] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1285] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1305] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
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## [1317] CABORCA CABORCA CABORCA HERMOSILLO
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## [1325] HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA CABORCA
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## [1337] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [1341] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1345] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1349] HERMOSILLO CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1357] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [1361] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1365] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA
## [1369] CABORCA CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO
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## [1377] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [1381] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [1385] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1389] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
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## [1397] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1401] HERMOSILLO CABORCA CABORCA CABORCA
## [1405] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1409] HERMOSILLO HERMOSILLO CABORCA SANTA ANA
## [1413] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [1417] CABORCA CABORCA SANTA ANA SANTA ANA
## [1421] SANTA ANA SANTA ANA HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1425] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [1429] CABORCA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1433] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1437] SANTA ANA SANTA ANA HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1441] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1445] HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1449] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1453] HERMOSILLO CABORCA CABORCA CABORCA
## [1457] CABORCA CABORCA CABORCA HERMOSILLO
## [1461] HERMOSILLO HERMOSILLO SANTA ANA SANTA ANA
## [1465] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1469] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
## [1473] HERMOSILLO HERMOSILLO CIUDAD OBREGON HERMOSILLO
## [1477] CABORCA HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO
## [1481] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1485] SANTA ANA SANTA ANA CABORCA CABORCA
## [1489] SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA SANTA ANA
## [1493] HERMOSILLO HERMOSILLO HERMOSILLO CIUDAD OBREGON
## [1497] CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON CABORCA CABORCA
## [1501] CABORCA CABORCA CABORCA CABORCA
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## [1509] HERMOSILLO CABORCA CIUDAD OBREGON CIUDAD OBREGON
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## 91 Levels: \xc1LVARO OBREG\xd3N ACAPULCO ACU\xd1A ... ZACATECASPreguntas
- ¿Por qué razones si la población de Ciudad Obregón es más grande que la santa ana y de caborca, existen más personas con diagnóstico de enfermedades crónicas ?
Una de las razones principales es que tanto Santa Ana como Carborca se encuentran cercanos a Estados Unidos, mientras que Cd. Obregón, no. Esto quiere decir que adoptan los hábitos de dicho pais, como el mayor consumo de comida rápida, el sedentarismo, entre otras. Por otra parte, Cd. Obregón sigue adoptando hábitos de pueblo como lo es el comer en casa, ir a parques, salir a caminar. Por ello, se puede decir que las personas de Obregón se encuentran más saludables.
¿Cuánta gente habita en cada ciudad?
Fuente: http://cuentame.inegi.org.mx/monografias/informacion/son/territorio/div_municipal.aspx?tema=me&e=26
En Hermosillo habitan 884 273 personas
En Cajeme habitan 433 050 personas
En Caborca habitan 85 631 personas
En Santa Ana habitan 16 248 personas
Si hacemos una relación de número de personas fallecidas por cada 10000 habitantes, para poder comparar en proporción
Defunciones por COVID-19 en Sonora
Importar datos
## [1] "data.frame"## cve_ent poblacion nombre X02.03.2020 X03.03.2020 X04.03.2020 X05.03.2020
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## 3 1 1 0 1 0 3
## 4 0 0 0 0 0 0
## X14.09.2020 X15.09.2020 X16.09.2020 X17.09.2020 X18.09.2020 X19.09.2020
## 1 0 0 0 0 0 0
## 2 1 0 1 1 0 0
## 3 0 0 0 0 1 4
## 4 0 0 0 0 0 0
## X20.09.2020 X21.09.2020 X22.09.2020 X23.09.2020 X24.09.2020 X25.09.2020
## 1 0 0 0 0 0 0
## 2 1 2 0 2 1 0
## 3 3 0 1 3 2 1
## 4 0 0 0 0 0 0
## X26.09.2020 X27.09.2020 X28.09.2020 X29.09.2020 X30.09.2020 X01.10.2020
## 1 0 0 0 1 0 2
## 2 0 0 0 1 4 2
## 3 2 3 1 3 0 0
## 4 0 0 0 0 0 0
## X02.10.2020 X03.10.2020 X04.10.2020 X05.10.2020 X06.10.2020 X07.10.2020
## 1 0 0 0 1 0 1
## 2 0 0 1 0 0 2
## 3 0 1 2 0 0 2
## 4 0 1 0 0 0 0
## X08.10.2020 X09.10.2020 X10.10.2020 X11.10.2020 X12.10.2020 X13.10.2020
## 1 0 0 0 1 0 0
## 2 0 1 1 1 1 1
## 3 0 1 3 2 2 2
## 4 0 0 0 0 0 0
## X14.10.2020 X15.10.2020 X16.10.2020 X17.10.2020 X18.10.2020 X19.10.2020
## 1 0 0 0 0 0 0
## 2 0 0 1 1 1 2
## 3 4 0 0 0 0 3
## 4 0 0 0 0 0 0
## X20.10.2020 X21.10.2020 X22.10.2020 X23.10.2020 X24.10.2020 X25.10.2020
## 1 0 0 0 0 0 0
## 2 0 1 1 0 1 0
## 3 1 1 1 0 1 2
## 4 0 0 0 0 0 0
## X26.10.2020 X27.10.2020 X28.10.2020 X29.10.2020 X30.10.2020 X31.10.2020
## 1 0 0 0 0 0 0
## 2 1 1 0 0 0 1
## 3 3 2 1 1 3 1
## 4 0 0 0 0 0 0
## X01.11.2020 X02.11.2020 X03.11.2020 X04.11.2020
## 1 0 0 0 0
## 2 2 1 0 0
## 3 0 1 0 0
## 4 0 0 0 0Total de defunciones en Caborca: 95
Total de defunciones en Cajeme: 625
Total de defunciones en Hermosillo: 1010
Total de defunciones en Santa Ana: 113
Con esta forma de comparar
Realizando relaciones por cada 10,000 personas queda de la siguiente forma:
Total de defunciones en Caborca: 12
Total de defunciones en Cajeme: 15
Total de defunciones en Hermosillo: 12
Total de defunciones en Santa Ana: 70
¿Cuál ciudad tiene proporcionalmente más fallecidos?
Con respecto a los datos anteriores, es Santa Ana por mucho, debido a que tiene muy pocos habitantes y aun así un gran número de defunciones.
¿Las ciudades con más personas diagnosticadas son las que proporcionalmente presentan más fallecidos?
Pasa algo muy curioso, debido a que Santa Ana si cuenta con muchas personas diagnosticadas. Sin embargo, Cajeme cuenta con una relación mayor a la de las otras ciudades y también cuenta con menos personas diagnosticadas. No obstante, la relación entre Cajeme y Santa Ana es muy diferente y entonces se podría decir que Santa Ana, al estar más cerca de la frontera cuenta con más personas diagnosticadas y más fallecimientos.
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