MotherGEN. GO amb mòduls per junts
Es seleccionen els top mòduls correlacionats amb el fenotip MotherGEN (dos positius i 2 negatius).
La estructura dels resultats és:
Tipus d’Ontologia
Taula
Gràfics:
- Dotplot
- Xarxa de funcions+gens
- Circular de funcions+gens
- Heatmap de classificació funcional
- Mapa d’enriquiment
- Upset plot
S’ha afegit el fold change dels gens (no està en logaritmic). Si algún gen no te color (color marró siena) es que no s’ha pogut afegir el fold change. Són molt pocs
Enriquiment 1
Es fa l’enriquiment de tots els gens del mòdul com a gens d’interés. Com a gens univers es consideren els gens utilitzats per fer el WCGNA.
Mòdul ALL TOP 4 mòduls
Ontologia ALL
| ONTOLOGY | ID | Description | GeneRatio | BgRatio | pvalue | p.adjust | qvalue | geneID | Count | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GO:0016570 | BP | GO:0016570 | histone modification | 43/1025 | 98/4275 | 9.5e-06 | 0.0385993 | 0.0385993 | Kansl3/Smyd2/Rif1/Ash1l/Tet2/Trrap/Cdk5/Kmt2c/Ep400/Kdm3a/Ppp5c/Wdr82/Setd2/Kmt2a/Tbl1x/Ogt/Huwe1/Atrx/Jmjd1c/Dot1l/Ncor1/Myocd/Ezh1/Ncoa1/Mbip/Nsd1/Kat6b/Mir208b/Ubr5/Kmt2d/Yeats2/Usp7/Paxbp1/Akap8/Akap8l/Vegfa/Ubr2/Iws1/Slk/Ldb1/Eid1/Prmt6/Riox1 | 43 |
| GO:0016569 | BP | GO:0016569 | covalent chromatin modification | 44/1025 | 104/4275 | 2.3e-05 | 0.0468859 | 0.0468859 | Kansl3/Smyd2/Rif1/Ash1l/Tet2/Trrap/Cdk5/Kmt2c/Ep400/Kdm3a/Ppp5c/Mbd3l2/Wdr82/Setd2/Kmt2a/Tbl1x/Ogt/Huwe1/Atrx/Jmjd1c/Dot1l/Ncor1/Myocd/Ezh1/Ncoa1/Mbip/Nsd1/Kat6b/Mir208b/Ubr5/Kmt2d/Yeats2/Usp7/Paxbp1/Akap8/Akap8l/Vegfa/Ubr2/Iws1/Slk/Ldb1/Eid1/Prmt6/Riox1 | 44 |
Enriquiment 2
Es fa l’enriquiment dels gens tenint en conte la correrlació amb el fenotip. Els gens d’interés són els correlacionats amb el fenotip com a seleccionats. Com a gens univers es consideren els gens utilitzats per fer el WCGNA.
Taules i gràfiques
Mòdul ALL TOP 4 mòduls
Ontologia ALL
| ONTOLOGY | ID | Description | GeneRatio | BgRatio | pvalue | p.adjust | qvalue | geneID | Count | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GO:0035145 | CC | GO:0035145 | exon-exon junction complex | 2/37 | 5/4177 | 0.0007509 | 0.0632655 | 0.0582092 | Rbm8a/Magohb | 2 |
| GO:0071013 | CC | GO:0071013 | catalytic step 2 spliceosome | 3/37 | 24/4177 | 0.0011396 | 0.0632655 | 0.0582092 | Rbm8a/Magohb/Snrpd1 | 3 |
| GO:0062023 | CC | GO:0062023 | collagen-containing extracellular matrix | 5/37 | 96/4177 | 0.0014059 | 0.0632655 | 0.0582092 | Fmod/Cst3/Ang/Ccn3/Lox | 5 |
| GO:0031012 | CC | GO:0031012 | extracellular matrix | 5/37 | 108/4177 | 0.0023739 | 0.0801201 | 0.0737168 | Fmod/Cst3/Ang/Ccn3/Lox | 5 |
| GO:0005507 | MF | GO:0005507 | copper ion binding | 3/36 | 12/3884 | 0.0001520 | 0.0205173 | 0.0203173 | Mt1/Ang/Lox | 3 |
Enriquiment 3
Es fa l’enriquiment dels gens tenint en conte el foldchange amb el fenotip. Els gens d’interés són els correlacionats amb el fenotip com a seleccionats. Com a gens univers es consideren els gens utilitzats per fer el WCGNA.
Taules i gràfiques
[1] 1