La guía asume que ya tienen RStudio. La sección para instalar R y RStudio en varios sistemas se encuentra más abajo.
Script de instalación de paquetes, actualizado a 2020-10-11. Detalles, instrucciones, y troubleshooting escritos más abajo.
CRAN (Comprehensive R Archive Network) es el repositorio principal de R, con más de 16,000 paquetes disponibles en multiples ambitos de analisis de datos, ciencias (astronomia, biología, matematica, sociología, etc.) y economía. De aqui instalamos:
options(install.packages.check.source = "yes") # Chequea la fuente de los paquetes
install.packages("devtools") # Utilidades de manejo de archivos, descargas, etc.
install.packages("tidyverse") # Set de paquetes que hacen muchas cosas
# Analisis no lineal, manipulación de texto, etc...
# Paquetes que deberian estar incluidos en Tidyverse
install.packages("broom") # Convierte objetos de R a Tibbles, como "readr"
install.packages("dbplyr") # Manipulación de bases de datps (eg. SQL)
install.packages("dplyr") # Manipulación de datos mediante gramatica propia
install.packages("fs") # Operaciones agnosticas de sistemas de archivos
install.packages("haven") # Trabaja con archivos SPSS, Stata y SAS
install.packages("httr") # Herramientas del protocolo HTTP, como GET, etc...
install.packages("magrittr") # Operadores cañeria (pipes) %>%
install.packages("modelr") # Funciones de modelado compatibles con pipes
install.packages("openssl") # Trabaja con certificados y encriptación SSL
install.packages("readr") # Traducción (pharsing) de archivos a una tibble
install.packages("readxl") # Permite leer archivos de Excel
install.packages("stringr") # Operadores consistentes para strings
install.packages("tibble") # Dataframes del Siglo 21 (moderniza sintaxis)
install.packages("gapminder") # data de Gapminder
install.packages("gifski") # encoding de GIFs
install.packages("av") # herramientas de audio y video
install.packages("webshot") # screenshots de paginas web
# Paquetes de graficos
install.packages("ggplot2") # Graficos complejos
install.packages("GGally") # extensión de ggplot2
install.packages("ggsci") # paletas de colores para publicación
install.packages("ggpubr") # ggplot simplificado para publicaciones
install.packages("gganimate") # graficos animados
install.packages("ggmuller") # diagrama de evolucionarios Muller
install.packages("autoplotly") # visualizaciones interactivas
install.packages("gridExtra") # extensión de grid, para la creación de figuras
# Paqutes para completación de datos
install.packages("missRanger") # Permite completar data incompleta (gaps)
install.packages("outForest") # Detección y reemplazo de outliers y gaps
install.packages("OutlierDetection") # Detección avanzada de outliersUna vez instalados los paquetes, R no es necesario correr estos comandos de nuevo, solo se convocan via library(PAQUETE).
El repositorio funciona como una red sincronizada, y existen dos instancias en Chile: https://cran.dcc.uchile.cl/ (Departamento de Ciencias de la Computación) y https://cran.dme.ufro.cl/ (Departamento de Matematicas y Estadistica). Por motivos de velocidad y para reducir carga sobre la red, es recomendable cambiar la configuración de RStudio en “Global Options / Packages / Primary CRAN Repository” y seleccionar uno de estos (asumiendo que estén en Chile).
Los monopolios son malos, y cualquier partida con (ex)amigos es prueba de ello. Existen otros repositorios especializados que contienen paquetes dedicados a areas especificas de investigación.
Bioconductor tiene una colección dedicada al analisis de datos genomicos y pipelines asociadas a estos, con más de 1,900 paquetes, y software adicional no-basado en R. Estos se actualizan semi-anualmente siguiendo los releases de R.
La isntalación de Bioconductor y paquetes asociados se maneja con el paquete BiocManager, disponible en CRAN.
# Instalando Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager") # Instala BiocManager de CRAN
BiocManager::install() # Instala los paquetes base de Bioconductor
# Requiere input del usuario en la consola (a)# Instalando paquetes de Bioconductor
BiocManager::install("Biostrings") # Manipulación de strings en biología
BiocManager::install("biomaRt") # Acceso a bases de datos biomedicas
BiocManager::install("GEOquery") # Bases de datos de expresión genica
# Paquetes complejos compilados desde codigo fuente
# Lasciate ogni speranza, voi ch'entrate
BiocManager::install("RforProteomics", # Tidiverse para proteómica
ask = F, # sin promps de "Instalar (y/n)"
dependencies = TRUE, # con Dependencias
type = "source", # Compila de fuente
checkBuilt = TRUE) # Valida install
BiocManager::install("MSnbase", # Funciones para espectrometria de masas
ask = F, # sin promps de "Instalar (y/n)"
dependencies = TRUE, # con Dependencias
type = "source", # Compila de fuente
checkBuilt = TRUE) # Valida installRStudio es un Integrated Development Enviroment (IDE) para R, similar a una mascara para dar una interfaz amigable. No contiene R en si. Por ello, es necesario descargar R de CRAN, instalar el ejecutable, y luego descargar e instalar RStudio.
Un gestor de paquetes es como apt-get de Debian, o install.packages() de R. Windows no trae uno incluido, pero existen soluciones como Chocolatey. Este se instala y maneja desde la consola de comandos PowerShell.
Set-ExecutionPolicy Bypass -Scope Process -Force; iex ((New-Object System.Net.WebClient).DownloadString('https://chocolatey.org/install.ps1')). Esto instala Chocolatey.choco install r R.Studio --yes. Esto instala R y RStudio.Ciertos paquetes estan escritos en C/C++ por motivos de rendimiento, por lo que Windows requiere un compilador C para instalarlos. En R, este se suple por R-tools, distribuido en forma de un instalador ejecutable (desafortunadamente no en Chocolatey).
R-tools (64bit & 32bit) o para sistemas antiguos de 32bit
Luego, en R ejecutar
FONDECYT Postdoctoral Fellow, Universidad de Chile, deepen.data@gmail.com↩︎
Pregrado, Universidad de Chile↩︎