Analisis comparativo de casos confirmados de COVID-19 en Sonora y Sinaloa

Importar paquetes

library(pacman)
p_load("base64enc", "htmltools", "mime", "xfun", "prettydoc", "readr","knitr", "DT","scales",  "tidyverse","gridExtra","modeest","fdth")

Importar datos

datos <- read.csv("Casos_Diarios_Estado_Nacional_Confirmados_20200913.csv")

Transformar y filtrar

sonora <- t(datos[datos$nombre == "SONORA" ,])
sonora <- as.vector(sonora)
sonora <- sonora[4:248]
sonora <- as.numeric(sonora) #Datos absolutos diarios
asonora <- cumsum(sonora) #Estos son los datos acumulados

chihuahua <- t(datos[datos$nombre == "CHIHUAHUA" ,])
chihuahua <- as.vector(chihuahua)
chihuahua <- chihuahua[4:248]
chihuahua <- as.numeric(chihuahua) #Datos absolutos diarios
achihuahua <- cumsum(chihuahua)

coahuila <- t(datos[datos$nombre == "COAHUILA" ,])
coahuila <- as.vector(coahuila)
coahuila <- coahuila[4:248]
coahuila <- as.numeric(coahuila) #Datos absolutos diarios
acoahuila <- cumsum(coahuila) 

#Estructuración de los datos en un marco de datos (DATA FRAME)

Fecha <- seq(from= as.Date("2020-01-12"), to=as.Date("2020-09-12"), by= "day" ) #Vector de fechas desde el 12 de enero al 12 de septiembre de 2020

#Data frame de datos absolutos

coachi <- data.frame(Fecha, chihuahua, coahuila)

#Data frame de datos acumulados

acoachi <- data.frame(Fecha, achihuahua ,acoahuila)

Visualizar

Tabla

#Tabla interactiva de datos diarios absolutos
datatable(coachi)
#Tabla interactiva de datos diarios acumulados
datatable(acoachi)

Gráficas

Gráficas utilizando GGplot

#Datos absolutos

ggplot(data=coachi)+geom_line(aes(Fecha, chihuahua, colour="Chihuahua"))+geom_line(aes(Fecha, coahuila, colour="Coahuila"))+xlab("Mes del año 2020") + ylab("Casos diarios")+ ggtitle("Casos diarios confirmados de COVID-19 en Chihuahua y Coahuila")

#Datos acumulados

ggplot(data=acoachi)+geom_line(aes(Fecha, achihuahua, colour="Chihuahua"))+geom_line(aes(Fecha, acoahuila, colour="Coahuila"))+xlab("Mes del año 2020") + ylab("Casos diarios acumulados")+ ggtitle("Casos diarios confirmados acumulados de COVID-19 en Chihuahua y Coahuila") + scale_y_continuous(labels= comma)

Grafica combinada de datos acumulados y absolutos

Grafica para Chihuahua

chihuahua1 <- data.frame(Fecha, chihuahua, achihuahua)

g2 <- ggplot(data=chihuahua1)+geom_col(aes(Fecha, chihuahua))+ xlab("Mes del año 2020")+ ylab("Casos acumulados")+ ggtitle("A) Casos diarios acumulados de COVID-19 en Chihuahua")

g3 <- ggplot(data = chihuahua1)+ geom_line(aes(Fecha, chihuahua))+ xlab("Mes del año 2020")+ ylab("Casos diarios")+ ggtitle("B) Casos diarios de COVID-19 en Chihuahua")

grid.arrange(g2, g3)

Grafica para Coahuila

coahuila1 <- data.frame(Fecha, coahuila, acoahuila)

g2 <- ggplot(data=coahuila1)+geom_col(aes(Fecha, acoahuila))+ xlab("Mes del año 2020")+ ylab("Casos acumulados")+ ggtitle("A) Casos diarios acumulados de COVID-19 en Coahuila")

g3 <- ggplot(data = coahuila1)+ geom_line(aes(Fecha, coahuila))+ xlab("Mes del año 2020")+ ylab("Casos diarios")+ ggtitle("B) Casos diarios de COVID-19 en Coahuila")

grid.arrange(g2, g3)

Medidas de posición central

Cálculo individual de las medidas principales de valores de casos confirmados para Chihuahua y Coahuila (MMM)

Media

mean(chihuahua) #Media para Chihuahua
## [1] 36.65714
mean(coahuila) #Media para Coahuila
## [1] 98.13469

Mediana

median(chihuahua) #Mediana para Chihuahua
## [1] 31
median(coahuila) #Mediana para Coahuila
## [1] 26

Moda

mfv(chihuahua)#Moda para Chihuahua
## [1] 0
mfv(coahuila) #moda pra coahuila
## [1] 0

Resumen de posición central

summary(chihuahua) #Resumen Chihuahua
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##    0.00    0.00   31.00   36.66   68.00  114.00
summary(coahuila) #Resumen Coahuila
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##    0.00    0.00   26.00   98.13  187.00  424.00

Gráfico de caja y bigote

boxplot(chihuahua) #

boxplot(coahuila) #

Varianza

var(chihuahua)
## [1] 1175.57
var(coahuila)
## [1] 15370.71

Desviación estándar

sd(chihuahua)
## [1] 34.28659
sd(coahuila)
## [1] 123.9787

Histogramas

Histograma Absoluto

dist <- fdt(chihuahua, breaks="Sturges")
#Se crea esta variable para obtener la distribución de frecuencia de Chihuahua, aplicando el reglamento de Sturges.

dist1 <- fdt(coahuila, breaks= "Sturges") #Se crea esta variable para obtener la distribución de frecuencia de Coahuila, aplicando el reglamento de Sturges.
hist(chihuahua, breaks= "Sturges") #Histograma de frecuencia absoluta de Chihuahua.

hist(coahuila, type="Sturges") #Histograma de frecuencia absoluta de Coahuila.
## Warning in plot.window(xlim, ylim, "", ...): graphical parameter "type" is
## obsolete
## Warning in title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...):
## graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(1, ...): graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(2, ...): graphical parameter "type" is obsolete

hist(achihuahua, type="Sturges") #Histograma de frecuencua acumuladas de Chihuahua.
## Warning in plot.window(xlim, ylim, "", ...): graphical parameter "type" is
## obsolete
## Warning in title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...):
## graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(1, ...): graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(2, ...): graphical parameter "type" is obsolete

hist(acoahuila, type="Sturges") #Histograma de frecuencua acumuladas de Coahuila.
## Warning in plot.window(xlim, ylim, "", ...): graphical parameter "type" is
## obsolete
## Warning in title(main = main, sub = sub, xlab = xlab, ylab = ylab, ...):
## graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(1, ...): graphical parameter "type" is obsolete
## Warning in axis(2, ...): graphical parameter "type" is obsolete

plot(dist, type="cfh") #Poligono de frecuencia absoluto de Chichuahua.

plot(dist1, type="cfh") #Poligono de frecuencia absoluto de Coahuila.

plot(dist, type="cfp") #Poligono de frecuencia acumulada de Chihuahua.

plot(dist1, type="cfp") #Poligono de frecuencia acumulada de Coahuila.

Conclusión

Gracias a todos los gráficos que hemos desarrollado a lo largo del archivo, se puede apreciar que los casos confirmados de COVID-19 en el estado de Coahuila ha sido mayor que el de su estado vecino Chihuahua. En esta versión actualizada de U1A6, hemos implementado gráficas utilizando GGplot y también la hemos complementado con gráfica que hemos aprendido desde el inicio del curso.