U1A3
Adolfo Amado
5/9/2020
U1A3 DISTRIBUCIONES DE FRECUENCIA y COVID-19
- El objetivo de este ejercicio es analizar la frecuencia con la que ocurren los contagios, recuperaciones y muertes por COVID-19 en México.
Para esto, utilizamos datos de la universidad Johns Hopkins
Importación de paquetes
library(readr)#Leer datos
library(plotly)#Gráficos interactivos## Loading required package: ggplot2##
## Attaching package: 'plotly'## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layoutlibrary(tidyverse)#Ciencia de datos## -- Attaching packages -------------------------------------------------------------- tidyverse 1.3.0 --## v tibble 3.0.3 v dplyr 1.0.2
## v tidyr 1.1.1 v stringr 1.4.0
## v purrr 0.3.4 v forcats 0.5.0## -- Conflicts ----------------------------------------------------------------- tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks plotly::filter(), stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()library(gganimate)#Animaciones gráficas
library(gifski)#Fabricar GIFsImportar URL (Lectura de datos)
- Los datos se leerán desde el repositorio de JHSU
url_conf <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv"
url_decesos <-"https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_deaths_global.csv"
url_recuperados <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_recovered_global.csv"- Leer archivos .csv de las url
datos_conf <- read.csv(url_conf)
datos_decesos <- read.csv(url_decesos)
datos_recuperados<- read.csv(url_recuperados)- Extraer datos para Brazil
conf_bra <- t(datos_conf[datos_conf$Country.Region =="Brazil" ,])
dec_bra <- t(datos_decesos[datos_decesos$Country.Region =="Brazil" ,])
rec_bra <- t(datos_recuperados[datos_recuperados$Country.Region =="Brazil" ,])ORDENAR Y TRANSFORMAR
- Figura 1 Primer gráfico simple de confirmados de COVID-19 al 2 de Septiembre de 2020 para Brazil
plot(rec_bra)## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción
* En este apartado se van a transformar los datos confirmados, recuperados, decesos de covid-19 en Brazil a vectores numéricos (numéricos)para después ser ordenados en un marco de datos (Data frame) junt con un vector de fechas (Date).
#Elaborar un vector de fechas
Fecha <- seq(from = as.Date("2020-01-22"), to = as.Date("2020-09-03"), by = "day")
#Transformación de datos a vectores
#Confirmados
vec1 <- as.vector(conf_bra)
vec2 <- vec1[5:230]
num1 <- as.numeric(vec2)
confirmados <- as.vector(num1)
#Decesos
vec1 <- as.vector(dec_bra)
vec2 <- vec1[5:230]
num1 <- as.numeric(vec2)
decesos <- as.vector(num1)
#Recuperados
vec1 <- as.vector(rec_bra)
vec2 <- vec1[5:230]
num1 <- as.numeric(vec2)
recuperados <- as.vector(num1)
#Ordenar los datos en un data frame, marco de datos, matriz.
datos1 <-data.frame(Fecha, confirmados, decesos, recuperados)** Visualizar
ggplot(data= datos1) +
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = confirmados))
ggplot(data= datos1) +
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = decesos))
ggplot(data= datos1) +
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = recuperados))
ggplot(data = datos1) +
geom_line(aes(x = Fecha, y = confirmados), color = 'red')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = decesos), color = 'blue')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = recuperados), color = 'green')+
ylab('Covid-19 Brazil') + xlab('Fecha')
theme_bw()## List of 93
## $ line :List of 6
## ..$ colour : chr "black"
## ..$ size : num 0.5
## ..$ linetype : num 1
## ..$ lineend : chr "butt"
## ..$ arrow : logi FALSE
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_line" "element"
## $ rect :List of 5
## ..$ fill : chr "white"
## ..$ colour : chr "black"
## ..$ size : num 0.5
## ..$ linetype : num 1
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_rect" "element"
## $ text :List of 11
## ..$ family : chr ""
## ..$ face : chr "plain"
## ..$ colour : chr "black"
## ..$ size : num 11
## ..$ hjust : num 0.5
## ..$ vjust : num 0.5
## ..$ angle : num 0
## ..$ lineheight : num 0.9
## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 0pt 0pt 0pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## ..$ debug : logi FALSE
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ title : NULL
## $ aspect.ratio : NULL
## $ axis.title : NULL
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## ..$ family : NULL
## ..$ face : NULL
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 2.75pt 0pt 0pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## ..$ debug : NULL
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.title.x.top :List of 11
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## ..$ face : NULL
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 0pt 0pt 2.75pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## ..$ debug : NULL
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.title.x.bottom : NULL
## $ axis.title.y :List of 11
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## ..$ vjust : num 1
## ..$ angle : num 90
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 0pt 2.75pt 0pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.title.y.left : NULL
## $ axis.title.y.right :List of 11
## ..$ family : NULL
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## ..$ angle : num -90
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## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.text :List of 11
## ..$ family : NULL
## ..$ face : NULL
## ..$ colour : chr "grey30"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.text.x :List of 11
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## ..$ vjust : num 1
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 2.2pt 0pt 0pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## ..$ debug : NULL
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.text.x.top :List of 11
## ..$ family : NULL
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## ..$ vjust : num 0
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 0pt 0pt 2.2pt 0pt
## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.text.x.bottom : NULL
## $ axis.text.y :List of 11
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## ..$ hjust : num 1
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## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.text.y.left : NULL
## $ axis.text.y.right :List of 11
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## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ axis.ticks :List of 6
## ..$ colour : chr "grey20"
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## $ axis.ticks.length : 'unit' num 2.75pt
## ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_blank" "element"
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## ..$ colour : logi NA
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_rect" "element"
## $ legend.margin : 'margin' num [1:4] 5.5pt 5.5pt 5.5pt 5.5pt
## ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## $ legend.spacing : 'unit' num 11pt
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## ..$ colour : logi NA
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ legend.title.align : NULL
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## ..- attr(*, "valid.unit")= int 1
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## ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..$ fill : logi NA
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## $ panel.spacing : 'unit' num 5.5pt
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## $ plot.title :List of 11
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## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## $ plot.title.position : chr "panel"
## $ plot.subtitle :List of 11
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ plot.caption :List of 11
## ..$ family : NULL
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## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ plot.caption.position : chr "panel"
## $ plot.tag :List of 11
## ..$ family : NULL
## ..$ face : NULL
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ plot.tag.position : chr "topleft"
## $ plot.margin : 'margin' num [1:4] 5.5pt 5.5pt 5.5pt 5.5pt
## ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
## $ strip.background :List of 5
## ..$ fill : chr "grey85"
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## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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## $ strip.text.y :List of 11
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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## ..$ family : NULL
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## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## - attr(*, "class")= chr [1:2] "theme" "gg"
## - attr(*, "complete")= logi TRUE
## - attr(*, "validate")= logi TRUEggplot(data = datos1) +
ggtitle("Casos Confirmados COVID-19 en Brazil (Fuente: JHU CSSE) @AdolfoAmado") +
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = confirmados))+
transition_reveal(Fecha)
ggplot(data = datos1) +
geom_line(aes(x = Fecha, y = confirmados), color = 'red')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = decesos), color = 'blue')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = recuperados), color = 'green')+
ylab('Covid-19 Brazil') + xlab('Fecha') +
transition_reveal(Fecha) 
gcov <- ggplot(data = datos1) +
geom_line(aes(x = Fecha, y = confirmados), color = 'red')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = decesos), color = 'blue')+
geom_line(aes(x = Fecha, y = recuperados), color = 'green')+
ylab('Covid-19 Brazil') + xlab('Fecha') +
transition_reveal(Fecha)
ggplotly(gcov)**Redacción personal
Siendo el covid-19 un tema contemporáneo, es imprescindible el estudiar su avance para desarrollar toda clase de medidas preventivas y para combatir directamente su propagación. Algo que puede notarse de manera relativamente obvia es que las 3 gráficas no son iguales a pesar de parecerlo. Puede verse como el avance de decesos representa un incremento muchísimo mayor en comparación con las otras 2 gráficas, que se mantienen con una razón de cambio similar. Esto es algo bueno, sin embargo, el caso ideal es que la gráfica de casos confirmados se mantenga con una pendiente cercana al 0, ya que esto significaría una menor cantidad de personas enfermas distribuidas entre una mayor cantidad de tiempo, se vería reflejado en la calidad de atención que reciben los pacientes y por supuesto, también en la cantidad de decesos, que a pesar de ser menos del 5% de casos, al tratarse de millones de personas de las que se hablan, representa más de 100 mil personas fallecidas, un número extremadamente alarmante. Eso último indica como muchas veces, es mejor tomar en cuenta el número real por sobre el porcentaje que representa, pues en este caso al tratarse de vidas humanas, incluso uno muy pequeño sigue siendo de muchísima importancia.