U1A6

#Analisis comporativo de casos confirmados de COVID-19 en sonora y sinaloa Se importan desde un archivo local .csv los datos diarios de casos confirmados de COVID-19 para todo México desde la URL oficial: https://coronavirus.gob.mx/datos/#DownZCSV

*Establecer folder de trabajo

setwd("~/Documents/Probabilidad y estadistica ")

##Importar ##Importar paquetes

library(pacman)
p_load("base64enc","htmltools","mime","xfun","prettydoc","readr","knitr","DT","scales","tidyverse","gridExtra")

##Importar datos

datos <- read.csv("Casos_Diarios_Estado_Nacional_Confirmados_20200913.csv")

##Transformar y filtrar

#Datos diarios confirmados de sonora
sonora <- t(datos[datos$nombre == "SONORA" ,])
sonora <- as.vector(sonora)
sonora <- sonora[4:248]
sonora <- as.numeric(sonora)
sonora <- as.vector(sonora) #datos absolutos diarios
asonora <- cumsum(sonora) #datos acumulados

#Datos diarios confirmados de sonora
chiapas <- t(datos[datos$nombre == "CHIAPAS" ,])
chiapas <- as.vector(chiapas)
chiapas <- chiapas[4:248]
chiapas <- as.numeric(chiapas)
chiapas <- as.vector(chiapas) #datos absolutos diarios
achiapas <- cumsum(chiapas) #datos acumulados

#Datos diarios confirmados de sonora
Mexico <- t(datos[datos$nombre == "MEXICO" ,])
Mexico <- as.vector(Mexico)
Mexico <- Mexico[4:248]
Mexico <- as.numeric(Mexico)
Mexico <- as.vector(Mexico) #datos absolutos diarios
aMexico <- cumsum(Mexico) #datos acumulados

#Generar un vector de Fecha

Fecha <- seq(from = as.Date("2020-01-12"), to = as.Date("2020-09-12"), by = "day" )

#Estructurar los datos en un marco de datos (data frame)

sonsin <- data.frame(Fecha, sonora, chiapas, Mexico)
asonsin <- data.frame(Fecha, asonora, achiapas, aMexico)

Visualizar

Visualizar datos en forma de tabla interactiva

# Tabla de datos absolutos
datatable(sonsin)

#Tabla de datos acumulados
datatable(asonsin)

Visualizar los datos con gráficas usando ggplot2

• Gráfica de datos absolutos (datos diarios de casos confirmados de COVID-19 en Sonora,Chiapas y ciudad de mexico (desde el 12 de Enero al 12 de Septiembre de 2020))

ggplot(data=sonsin) +
  geom_line(aes(Fecha, sonora, colour = "sonora")) +
  geom_line(aes(Fecha, chiapas, colour = "chiapas")) +
  geom_line(aes(Fecha, Mexico,colour = "Mexico"))+
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos diarios absolutos") + 
  labs (colour = "Estados") +
  ggtitle("Casos diarios confirmados de COVID-19 en Sonora, chiapas y ciudad de Mexico") +
  scale_y_continuous(labels=comma)

* Gráfica combinada de datos acumulados y absolutos

sonora1 <- data.frame(Fecha,sonora,asonora)

s2 <- ggplot(data=sonora1) +
  geom_col(aes(Fecha,asonora)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos acumulados") +
  ggtitle("A) Confirmados de COVID-19 en Sonora (Acumulados)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

s3 <- ggplot(data=sonora1) +
  geom_line(aes(Fecha,sonora)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos diarios") +
  ggtitle("B) Confirmados de COVID-19 en Sonora (Absolutos)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

grid.arrange(s2,s3)

Chiapas1 <- data.frame(Fecha,chiapas,achiapas)

c2 <- ggplot(data=Chiapas1) +
  geom_col(aes(Fecha,achiapas)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos acumulados") +
  ggtitle("A) Confirmados de COVID-19 en Chiapas (Acumulados)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

c3 <- ggplot(data=Chiapas1) +
  geom_line(aes(Fecha,chiapas)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos diarios") +
  ggtitle("B) Confirmados de COVID-19 en Chiapas (Absolutos)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

grid.arrange(c2,c3)

Mexico1 <- data.frame(Fecha,Mexico,aMexico)

m2 <- ggplot(data=Mexico1) +
  geom_col(aes(Fecha,aMexico)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos acumulados") +
  ggtitle("A) Confirmados de COVID-19 en la ciudad de Mexico (Acumulados)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

m3 <- ggplot(data=Mexico1) +
  geom_line(aes(Fecha,Mexico)) +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos diarios") +
  ggtitle("B) Confirmados de COVID-19 en la ciudad de Mexico (Absolutos)"   ) +
  scale_y_continuous(labels=comma)

grid.arrange(m2,m3)