U1A3 Distribución de frecuencia de casos confirmados, decesos, recuperados de COVID-19 en CUBA usando datos de la universidad Johns Hopkins

library(readr) #Leer archivos
library(plotly) #Graficos interactivos
## Loading required package: ggplot2
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
library(tidyverse) #paquete de ciencia de datos 
## -- Attaching packages --------- tidyverse 1.3.0 --
## v tibble  3.0.3     v dplyr   1.0.2
## v tidyr   1.1.2     v stringr 1.4.0
## v purrr   0.3.4     v forcats 0.5.0
## -- Conflicts ------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks plotly::filter(), stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()
library(gganimate) #Animar graficas
library(gifski) #Hacer GIF's

#Leer las URL de datos del repositorio de JHU

url_conf <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv"
url_decesos <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_deaths_global.csv"
url_recuperados <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_recovered_global.csv"

Descargar los archivos .csv de las URL Archibos de valores separados por comas csv* read.csv

datos_conf <- read.csv(url_conf)
datos_decesos <-read.csv(url_decesos)
datos_recuperados <- read.csv(url_recuperados)

*Extraer(Filtrar) los datos para México

conf_mex <- t(datos_conf [datos_conf$Country.Region=="Cuba" ,])
dec_mex <- t(datos_decesos [datos_decesos$Country.Region=="Cuba" ,])
rec_mex <- t(datos_recuperados [datos_recuperados$Country.Region=="Cuba" ,])

*Figura 1 grafica de confirmados simple

plot(conf_mex)
## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción

plot(dec_mex)
## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción

plot(rec_mex)
## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción

*Vector de fecha

Fecha = seq(from = as.Date("2020-01-22"), to = as.Date("2020-09-08"), by = 'day')

*Casos confirmados

vec1 <- as.vector(conf_mex) #Transformacion de lista a vector
vec2 <-vec1[5:235] #Filtrado de valores
num1 <- as.numeric(vec2) #Transformacion a numerico
Confirmados <- as.vector(num1) #Vector numerico

*decesos

vec1 <- as.vector(dec_mex)
vec2 <-vec1[5:235]
num1 <- as.numeric(vec2)
Decesos <- as.vector(num1)

*recuperados

vec1 <- as.vector(rec_mex)
vec2 <-vec1[5:235]
num1 <- as.numeric(vec2)
Recuperados <- as.vector(num1)

*Generacion de un data frame

datos1 <- data.frame(Fecha, Confirmados,Decesos, Recuperados)

*Figura 2 confirmados ggplot

ggplot(data = datos1) +
  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Confirmados))

*Figura 3 Decesos ggplot

ggplot(data = datos1) +
  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Decesos))

*Figura 4 Recuperados ggplot

ggplot(data = datos1) +
  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Recuperados))

*Animacion simple

ggplot(data = datos1) +  ggtitle("Casos confirmados COVID-19 en Cuba (Fuente: JHU CSSE)")+  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Confirmados))+  transition_reveal(Fecha)

*Figura 4 multi ejes ggplot

ggplot(data=datos1) +geom_line(aes(x=Fecha,y=Confirmados),color='red') + geom_line(aes(x=Fecha,y=Decesos),color='blue') +   geom_line(aes(x=Fecha,y=Recuperados),color='green')+ylab('COVID-19 Cuba') + xlab('Fecha')

*Animacion 2

ggplot(data=datos1) +geom_line(aes(x=Fecha,y=Confirmados),colour='red')+ geom_line(aes(x=Fecha,y=Decesos),colour='blue') +   geom_line(aes(x=Fecha,y=Recuperados),colour="green") +ylab('COVID-19 Cuba') + xlab('Fecha')+ transition_reveal(Fecha)

*Grafica interactiva compuesta

gcov <-ggplot(data=datos1) +  geom_line(aes(x=Fecha,y=Confirmados),colour='red') +   geom_line(aes(x=Fecha,y=Decesos),colour='blue') +   geom_line(aes(x=Fecha,y=Recuperados),colour="green")+  ylab('COVID-19 Cuba') + xlab('Fecha') +transition_reveal(Fecha)
ggplotly(gcov)