U1A3
Fernando
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U1A3 distribución de frecuencia de casos confirmados, decesos, recuperados de COVID-19 de Egipto usando datos de la universidad Jhons Hopkins
Importan paquetes
library(readr) #Leer archivos
library(plotly) #Leer plotly## Loading required package: ggplot2##
## Attaching package: 'plotly'## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layoutlibrary(tidyverse) #Paquete de ciencia de datos## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.0 --## v tibble 3.0.3 v dplyr 1.0.2
## v tidyr 1.1.1 v stringr 1.4.0
## v purrr 0.3.4 v forcats 0.5.0## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks plotly::filter(), stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()library(gganimate) #Animar gráficas
library(gifski) #Hacer gif's#Leer las URL de datos del repositorios de JHU
url_conf <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv"
url_decesos <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_deaths_global.csv"
url_recuperados <- "https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_recovered_global.csv"datos_conf <- read.csv(url_conf)
datos_decesos <-read.csv(url_decesos)
datos_recuperados <- read.csv(url_recuperados)- Extraer (filtrar) los datos para Egipto
conf_egy <- t(datos_conf [datos_conf$Country.Region=="Egypt" ,])
dec_egy <- t(datos_decesos [datos_decesos$Country.Region=="Egypt" ,])
rec_egy <- t(datos_recuperados [datos_recuperados$Country.Region=="Egypt" ,])plot(conf_egy)## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción
plot(dec_egy)## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción
plot(rec_egy)## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log): NAs introducidos por coerción
*Transformación de datos
Fecha <- seq(from = as.Date("2020-01-22"), to = as.Date("2020-09-08"), by= "day")
#Datos transformado a vectores numéricos
#Confirmad
vec1 <- as.vector(conf_egy) #Transformación de lista a vector
vec2 <- vec1[5:235] #Filtrado de los primeros 4 valores
num1 <- as.numeric(vec2) #Transformación a datos de tipo numérico
Confirmados <- as.vector(num1)#Vector numérico
#Recuperados
vec1 <- as.vector(rec_egy) #Transformación de lista a vector
vec2 <- vec1[5:235] #Filtrado de los primeros 4 valores
num1 <- as.numeric(vec2) #Transformación a datos de tipo numérico
Recuperados <- as.vector(num1)#Vector numérico
#Decesos
vec1 <- as.vector(dec_egy) #Transformación de lista a vector
vec2 <- vec1[5:235] #Filtrado de los primeros 4 valores
num1 <- as.numeric(vec2) #Transformación a datos de tipo numérico
Decesos <- as.vector(num1)#Vector numérico#Generación de un data frame
datos1 <- data.frame(Fecha, Confirmados, Decesos, Recuperados)
#Figura 2 confirmados ggplot
ggplot(data = datos1) +
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Confirmados))
#Figura 3 decesos ggplot
ggplot(data = datos1)+
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Decesos))
#Figura 4 recuperados ggplot
ggplot(data = datos1)+
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Recuperados))
#Animaciones
#Animación 1 simple
ggplot(data = datos1)+
ggtitle("Casos confirmados COVID-19 en Egipto (Fuente: JHU CSSE) @Acostafaja")+
geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Confirmados))+
transition_reveal(Fecha)
#Figura 5 multi ejes ggplot
ggplot(data = datos1)+
geom_line(aes(x = Fecha, y = Confirmados),color="red")+
geom_line(aes(x = Fecha, y = Decesos),color="blue")+
geom_line(aes(x = Fecha, y = Recuperados),color="green")+
ylab("COVID-19 México") + xlab("Fecha")
theme_bw()## List of 93
## $ line :List of 6
## ..$ colour : chr "black"
## ..$ size : num 0.5
## ..$ linetype : num 1
## ..$ lineend : chr "butt"
## ..$ arrow : logi FALSE
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_line" "element"
## $ rect :List of 5
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_rect" "element"
## $ text :List of 11
## ..$ family : chr ""
## ..$ face : chr "plain"
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## ..$ debug : logi FALSE
## ..$ inherit.blank: logi TRUE
## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 0pt 0pt 2.75pt 0pt
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## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## ..$ margin : 'margin' num [1:4] 2.2pt 0pt 0pt 0pt
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## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## $ axis.text.x.top :List of 11
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## .. ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## .. ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## $ axis.text.x.bottom : NULL
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## ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
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## $ plot.caption.position : chr "panel"
## $ plot.tag :List of 11
## ..$ family : NULL
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## $ plot.tag.position : chr "topleft"
## $ plot.margin : 'margin' num [1:4] 5.5pt 5.5pt 5.5pt 5.5pt
## ..- attr(*, "valid.unit")= int 8
## ..- attr(*, "unit")= chr "pt"
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## $ strip.text.y :List of 11
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## $ strip.text.y.left :List of 11
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## ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
## - attr(*, "class")= chr [1:2] "theme" "gg"
## - attr(*, "complete")= logi TRUE
## - attr(*, "validate")= logi TRUE#Animación 2
ggplot(data = datos1)+
ggtitle("Casos confirmados COVID-19 en Egipto (Fuente: JHU CSSE)@Acostafaja")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Confirmados),color="red")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Decesos),color="blue")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Recuperados),color="green")+
ylab("COVID-19 México")+xlab("Fecha")+
transition_reveal(Fecha)
#Grafica interactica compuesta
gcov <-ggplot(data = datos1)+
ggtitle("Casos confirmados COVID-19 en Egipto (Fuente: JHU CSSE)@Acostafaja")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Confirmados),color="red")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Decesos),color="blue")+
geom_line(aes(x=Fecha,y=Recuperados),color="green")+
ylab("COVID-19 México")+xlab("Fecha")+
transition_reveal(Fecha)
ggplotly(gcov)