Polar plot

Datos generados a partir de rata R3, los datos fueron procesados con el script de ImageJ en la computadora de Ricardo. NOTA: Se corrio parte de la imagen, porque se transformó en tif. Repetir con el archivo original “.czi”. Las gráficas se realizarán tomando como ejemplo: https://www.r-graph-gallery.com/2d-density-plot-with-ggplot2.html#hist Los datos resultantes son 3 vectores, en los tres ejes:

Cargamos librerias necesarias

library(ggplot2)

Importamos vectores del proyecto R

vec.x <- as.numeric(read.csv("C:/Users/acard/CloudStation/Apoyos/RicardoSanta/result/R3_vec_x.csv", sep="")[,1])
vec.y <- as.numeric(read.csv("C:/Users/acard/CloudStation/Apoyos/RicardoSanta/result/R3_vec_y.csv", sep="")[,1])
vec.z <- as.numeric(read.csv("C:/Users/acard/CloudStation/Apoyos/RicardoSanta/result/R3_vec_z.csv", sep="")[,1])

Creamos una data.frames con los vectores numéricos

data2D <- data.frame(x = vec.x,
                     y = vec.y)
data3D <- data.frame(x = vec.x,
                     y = vec.y,
                     z = vec.z)

Las bases de datos se muestran así

head(data2D)
##        x      y
## 1 1883.5 1578.5
## 2 1884.5 1578.5
## 3 1885.5 1578.5
## 4 1878.5 1579.5
## 5 1880.5 1579.5
## 6 1883.5 1579.5
head(data3D)
##        x      y   z
## 1 1883.5 1578.5 -17
## 2 1884.5 1578.5 -17
## 3 1885.5 1578.5 -17
## 4 1878.5 1579.5 -17
## 5 1880.5 1579.5 -17
## 6 1883.5 1579.5 -17

Gráficos

Gráfico básico

ggplot(data2D, aes(x=x, y=y) ) +
  geom_point()

Gráfico histograma 2D

Esta es una versión 2D del clásico histograma.

ggplot(data2D, aes(x=x, y=y) ) +
  geom_bin2d() +
  theme_bw()

Gráfico histograma 2D con control de los bins

Los bins son los cuadros en los que se divie la información presentada

ggplot(data2D, aes(x=x, y=y) ) +
  geom_bin2d(bins = 70) +
  scale_fill_continuous(type = "viridis") +
  theme_bw()

Gráfico hexagonal

Una alternativa es dividir el área en hexágonos y graficarlos así

ggplot(data2D, aes(x=x, y=y) ) +
  geom_hex() +
  theme_bw()

Gráfico hexgonal

Podemos cambiar el parámetro bins para cambiar el número de divisiones por eje.

ggplot(data2D, aes(x=x, y=y) ) +
  geom_hex(bins = 70) +
  scale_fill_continuous(type = "viridis") +
  theme_bw()