Usando la base de datos del repositorio del ministerio de ciencias, genera un dataframe que responda lo siguiente:
¿Que proporción de las comunas ha tenido en algún momento mas de 50 casos por cada 100.000 - habitantes?
Genera un dataframe, donde aparezca para cada comuna que haya tenido sobre 50 casos por cada 100.000 habitantes, cuantos días ha tenido sobre ese valor.
Genera una tabla de cuales comunas han tenido sobre 50 casos por cada 100.000 habitantes y de esas comunas crea una variable que sea la prevalencia máxima de dicha comuna.
library(tidyverse)
library(knitr)
library(kableExtra)
Casos_Activos <- read_csv("https://raw.githubusercontent.com/MinCiencia/Datos-COVID19/master/output/producto19/CasosActivosPorComuna_std.csv")
Casos_Activos %>%
head() %>%
kable()| Region | Codigo region | Comuna | Codigo comuna | Poblacion | Fecha | Casos activos |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Arica y Parinacota | 15 | Arica | 15101 | 247552 | 2020-04-13 | 88 |
| Arica y Parinacota | 15 | Camarones | 15102 | 1233 | 2020-04-13 | 0 |
| Arica y Parinacota | 15 | General Lagos | 15202 | 810 | 2020-04-13 | 0 |
| Arica y Parinacota | 15 | Putre | 15201 | 2515 | 2020-04-13 | 0 |
| Arica y Parinacota | 15 | Desconocido Arica y Parinacota | NA | NA | 2020-04-13 | NA |
| Arica y Parinacota | 15 | Total | NA | 252110 | 2020-04-13 | 88 |
#comunas con mas de 50 casos por 100000 habitantes
Comunas_50 <- Casos_Activos %>%
filter(Comuna !="Total" , !grepl("Desconocido", Comuna)) %>%
group_by(Comuna) %>%
mutate(Casos100= (`Casos activos`/Poblacion)*100000) %>%
filter(Casos100>50)
Com50<-Comunas_50 %>%
count(unique(Comuna)) %>%
nrow()
#Casos por comuna
Comunas <- Casos_Activos %>%
filter(!grepl("Desconocido", Comuna)) %>%
group_by(Comuna) %>%
mutate(Casos100= (`Casos activos`/Poblacion)*100000)
Com<-Comunas %>%
count(unique(Comuna)) %>%
nrow()
#Proporción
(Com50*100)/Com## [1] 89.62536Comunas_50 %>%
summarise(Dias_alerta=n()) %>%
arrange(desc(Dias_alerta)) %>%
kable() %>%
kable_styling() %>%
scroll_box(width = "100%", height = "400px")| Comuna | Dias_alerta |
|---|---|
| Maria Elena | 32 |
| Mejillones | 31 |
| Independencia | 30 |
| Pica | 30 |
| La Pintana | 29 |
| Recoleta | 29 |
| San Joaquin | 29 |
| San Ramon | 29 |
| Cerrillos | 28 |
| Cerro Navia | 28 |
| Conchali | 28 |
| El Bosque | 28 |
| Estacion Central | 28 |
| La Cisterna | 28 |
| Lo Barnechea | 28 |
| Lo Espejo | 28 |
| Lo Prado | 28 |
| Pedro Aguirre Cerda | 28 |
| Pirque | 28 |
| Quilicura | 28 |
| Quinta Normal | 28 |
| Renca | 28 |
| Alto Hospicio | 27 |
| Bulnes | 27 |
| Huara | 27 |
| La Florida | 27 |
| La Granja | 27 |
| Macul | 27 |
| Penalolen | 27 |
| Pudahuel | 27 |
| Puente Alto | 27 |
| San Bernardo | 27 |
| San Jose de Maipo | 27 |
| San Miguel | 27 |
| Antofagasta | 26 |
| Huechuraba | 26 |
| Iquique | 26 |
| Lampa | 26 |
| Providencia | 26 |
| Punta Arenas | 26 |
| Buin | 25 |
| La Reina | 25 |
| Maipu | 25 |
| San Antonio | 25 |
| Santiago | 25 |
| Curacavi | 24 |
| Paine | 24 |
| Sierra Gorda | 24 |
| Padre Hurtado | 23 |
| Santa Barbara | 23 |
| Colina | 22 |
| El Monte | 22 |
| Las Condes | 22 |
| Llaillay | 22 |
| Melipilla | 22 |
| Penaflor | 22 |
| Pozo Almonte | 22 |
| Tiltil | 22 |
| Arica | 21 |
| Calera de Tango | 21 |
| Calle Larga | 21 |
| Curico | 21 |
| Los Andes | 21 |
| Negrete | 21 |
| Nunoa | 21 |
| Pelarco | 21 |
| Romeral | 21 |
| Santa Maria | 21 |
| Talagante | 21 |
| Antuco | 20 |
| Camina | 20 |
| Colchane | 20 |
| El Quisco | 20 |
| El Tabo | 20 |
| Rinconada | 20 |
| Taltal | 20 |
| Angol | 19 |
| Coronel | 19 |
| Laja | 19 |
| Rauco | 19 |
| San Felipe | 19 |
| San Rafael | 19 |
| Vina del Mar | 19 |
| Vitacura | 19 |
| Arauco | 18 |
| Catemu | 18 |
| Colbun | 18 |
| El Carmen | 18 |
| Hijuelas | 18 |
| Limache | 18 |
| Lota | 18 |
| San Clemente | 18 |
| San Esteban | 18 |
| San Nicolas | 18 |
| Tierra Amarilla | 18 |
| Valparaiso | 18 |
| Alto Biobio | 17 |
| Calama | 17 |
| Coinco | 17 |
| Copiapo | 17 |
| Maria Pinto | 17 |
| Ovalle | 17 |
| Panquehue | 17 |
| Penco | 17 |
| Putaendo | 17 |
| Quillon | 17 |
| San Javier | 17 |
| Villa Alemana | 17 |
| Yerbas Buenas | 17 |
| Calera | 16 |
| Cauquenes | 16 |
| Chillan Viejo | 16 |
| Hualqui | 16 |
| Isla de Maipo | 16 |
| La Ligua | 16 |
| Litueche | 16 |
| Maule | 16 |
| Monte Patria | 16 |
| Papudo | 16 |
| Quillota | 16 |
| Quintero | 16 |
| Rancagua | 16 |
| San Ignacio | 16 |
| San Juan de la Costa | 16 |
| San Pedro | 16 |
| Santo Domingo | 16 |
| Talca | 16 |
| Tucapel | 16 |
| Alhue | 15 |
| Casablanca | 15 |
| Chepica | 15 |
| Chillan | 15 |
| Concepcion | 15 |
| Hualpen | 15 |
| Illapel | 15 |
| La Estrella | 15 |
| Linares | 15 |
| Olivar | 15 |
| Petorca | 15 |
| Retiro | 15 |
| San Pedro de Atacama | 15 |
| San Pedro de la Paz | 15 |
| San Rosendo | 15 |
| Vallenar | 15 |
| Villa Alegre | 15 |
| Chiguayante | 14 |
| Codegua | 14 |
| Coltauco | 14 |
| Concon | 14 |
| Constitucion | 14 |
| Coquimbo | 14 |
| Donihue | 14 |
| La Cruz | 14 |
| La Serena | 14 |
| Machali | 14 |
| Maullin | 14 |
| Mostazal | 14 |
| Niquen | 14 |
| Nogales | 14 |
| Punitaqui | 14 |
| Quilaco | 14 |
| Rengo | 14 |
| Requinoa | 14 |
| San Carlos | 14 |
| San Vicente | 14 |
| Talcahuano | 14 |
| Teno | 14 |
| Yungay | 14 |
| Cabo de Hornos | 13 |
| Freirina | 13 |
| Graneros | 13 |
| Longavi | 13 |
| Los Alamos | 13 |
| Malloa | 13 |
| Molina | 13 |
| Ninhue | 13 |
| Ollague | 13 |
| Olmue | 13 |
| Quinta de Tilcoco | 13 |
| Saavedra | 13 |
| San Fernando | 13 |
| Cabildo | 12 |
| Calbuco | 12 |
| Cartagena | 12 |
| Coihueco | 12 |
| Curanilahue | 12 |
| Galvarino | 12 |
| Las Cabras | 12 |
| Llanquihue | 12 |
| Pemuco | 12 |
| Pichidegua | 12 |
| Placilla | 12 |
| Portezuelo | 12 |
| Puerto Montt | 12 |
| Putre | 12 |
| Rio Claro | 12 |
| Santa Cruz | 12 |
| Tocopilla | 12 |
| Tome | 12 |
| Yumbel | 12 |
| Zapallar | 12 |
| Caldera | 11 |
| Coelemu | 11 |
| Curepto | 11 |
| Hualane | 11 |
| Los Angeles | 11 |
| Navidad | 11 |
| Pelluhue | 11 |
| Pencahue | 11 |
| Pinto | 11 |
| Puchuncavi | 11 |
| Quilleco | 11 |
| Quilpue | 11 |
| Ranquil | 11 |
| Rio Hurtado | 11 |
| Sagrada Familia | 11 |
| Algarrobo | 10 |
| Chanco | 10 |
| Cunco | 10 |
| Florida | 10 |
| Freire | 10 |
| Frutillar | 10 |
| Parral | 10 |
| Perquenco | 10 |
| Quirihue | 10 |
| Santa Juana | 10 |
| Carahue | 9 |
| Chanaral | 9 |
| Corral | 9 |
| La Higuera | 9 |
| Lolol | 9 |
| Nacimiento | 9 |
| Primavera | 9 |
| Renaico | 9 |
| Victoria | 9 |
| Camarones | 8 |
| Chimbarongo | 8 |
| Ercilla | 8 |
| Futrono | 8 |
| Loncoche | 8 |
| Los Lagos | 8 |
| Los Muermos | 8 |
| Los Vilos | 8 |
| Marchihue | 8 |
| Mulchen | 8 |
| Nancagua | 8 |
| Palmilla | 8 |
| Peumo | 8 |
| Empedrado | 7 |
| Fresia | 7 |
| Los Sauces | 7 |
| Peralillo | 7 |
| Pitrufquen | 7 |
| Cabrero | 6 |
| Canete | 6 |
| Cochamo | 6 |
| Curaco de Velez | 6 |
| Huasco | 6 |
| Licanten | 6 |
| Lonquimay | 6 |
| Mafil | 6 |
| Paredones | 6 |
| Purranque | 6 |
| Salamanca | 6 |
| Traiguen | 6 |
| Ancud | 5 |
| Andacollo | 5 |
| Canela | 5 |
| Contulmo | 5 |
| Diego de Almagro | 5 |
| San Gregorio | 5 |
| Tirua | 5 |
| Cholchol | 4 |
| Combarbala | 4 |
| General Lagos | 4 |
| Hualaihue | 4 |
| Lautaro | 4 |
| Lumaco | 4 |
| Nueva Imperial | 4 |
| Puerto Varas | 4 |
| Quemchi | 4 |
| Teodoro Schmidt | 4 |
| Vicuna | 4 |
| Chaiten | 3 |
| Gorbea | 3 |
| Melipeuco | 3 |
| Natales | 3 |
| Osorno | 3 |
| Paillaco | 3 |
| Pichilemu | 3 |
| Pucon | 3 |
| Vichuquen | 3 |
| Vilcun | 3 |
| Aysen | 2 |
| Lanco | 2 |
| Mariquina | 2 |
| Paiguano | 2 |
| Puerto Octay | 2 |
| Rio Negro | 2 |
| San Fabian | 2 |
| Tolten | 2 |
| Alto del Carmen | 1 |
| Collipulli | 1 |
| Curacautin | 1 |
| Guaitecas | 1 |
| Panguipulli | 1 |
| Porvenir | 1 |
| Puren | 1 |
| Puyehue | 1 |
| Torres del Paine | 1 |
| Treguaco | 1 |
df<-Comunas_50 %>%
filter(Casos100== max(Casos100)) %>%
select(Comuna, Casos100, Poblacion) %>%
rename(Prevalencia_max= Casos100) %>%
arrange(desc(Prevalencia_max))
df<- df[1:10,]
df %>%
kable() %>%
kable_styling() %>%
scroll_box(width = "100%", height = "400px")| Comuna | Prevalencia_max | Poblacion |
|---|---|---|
| Ollague | 3484.3206 | 287 |
| Colchane | 1705.6222 | 1583 |
| Pica | 1191.6751 | 5958 |
| Alto Biobio | 1166.0517 | 6775 |
| Camarones | 973.2360 | 1233 |
| Camarones | 973.2360 | 1233 |
| Camina | 945.4545 | 1375 |
| Huara | 933.3333 | 3000 |
| Huara | 933.3333 | 3000 |
| Pozo Almonte | 833.5729 | 17395 |