# Load the igraph package (install if needed)
require(igraph)
## Loading required package: igraph
# Data format. The data is in 'edges' format meaning that each row records a relationship (edge) between two people (vertices).
# Additional attributes can be included. Here is an example:
# Supervisor Examiner Grade Spec(ialization)
# AA BD 6 X
# BD CA 8 Y
# AA DE 7 Y
# ... ... ... ...
# In this anonymized example, we have data on co-supervision with additional information about grades and specialization.
# It is also possible to have the data in a matrix form (see the igraph documentation for details)
# Load the data. The data needs to be loaded as a table first:
bsk<-read.table("http://www.dimiter.eu/Data_files/edgesdata3.txt", sep='\t', dec=',', header=T)#specify the path, separator(tab, comma, ...), decimal point symbol, etc.
# Transform the table into the required graph format:
bsk.network<-graph.data.frame(bsk, directed=F) #the 'directed' attribute specifies whether the edges are directed
# or equivelent irrespective of the position (1st vs 2nd column). For directed graphs use 'directed=T'
# Inspect the data:
V(bsk.network) #prints the list of vertices (people)
## Vertex sequence:
## [1] "AA" "AB" "AF" "DD" "CD" "BA" "CB" "CC" "BC" "ED" "AE" "CA" "EB" "BF"
## [15] "BB" "AC" "DC" "BD" "DB" "CF" "DF" "BE" "EA" "CE" "EE" "EF" "FF" "FD"
## [29] "GB" "GC" "GD" "AD" "KA" "KF" "LC" "DA" "EC" "FA" "FB" "DE" "FC" "FE"
## [43] "GA" "GE" "KB" "KC" "KD" "KE" "LB" "LA" "LD" "LE"
E(bsk.network) #prints the list of edges (relationships)
## Edge sequence:
##
## [1] DD -- AA
## [2] DD -- AB
## [3] BA -- AF
## [4] DA -- DD
## [5] EC -- CD
## [6] CE -- DD
## [7] FA -- CD
## [8] CC -- CD
## [9] BA -- AF
## [10] CA -- CB
## [11] CA -- CC
## [12] CA -- CD
## [13] CA -- BC
## [14] DA -- DD
## [15] AD -- ED
## [16] AC -- AE
## [17] BA -- AB
## [18] EC -- CD
## [19] CA -- CC
## [20] EB -- CC
## [21] CE -- BF
## [22] BB -- CD
## [23] AC -- AE
## [24] FB -- CC
## [25] DC -- BB
## [26] CF -- BD
## [27] DA -- DB
## [28] DA -- DD
## [29] DB -- DD
## [30] BC -- AF
## [31] DE -- CF
## [32] DF -- BF
## [33] CA -- CB
## [34] BE -- CA
## [35] EA -- CA
## [36] CA -- CB
## [37] CA -- CB
## [38] CA -- CC
## [39] CA -- CD
## [40] CA -- BC
## [41] BF -- CA
## [42] CE -- CA
## [43] AD -- AC
## [44] BE -- BD
## [45] DF -- AE
## [46] DF -- CB
## [47] DF -- AC
## [48] DD -- AA
## [49] DD -- AA
## [50] DD -- AA
## [51] CD -- DD
## [52] DD -- AA
## [53] EE -- DD
## [54] CD -- DD
## [55] DB -- AA
## [56] FC -- AA
## [57] BE -- CC
## [58] FD -- EF
## [59] FE -- CF
## [60] BB -- DD
## [61] CD -- DD
## [62] BA -- AB
## [63] EC -- CD
## [64] EE -- BE
## [65] CE -- CC
## [66] CC -- CD
## [67] ED -- CC
## [68] BB -- CC
## [69] CE -- BE
## [70] CE -- DD
## [71] AC -- CD
## [72] ED -- CD
## [73] FF -- CD
## [74] AC -- CD
## [75] CD -- DD
## [76] CD -- DD
## [77] GA -- AE
## [78] GA -- AE
## [79] GA -- AE
## [80] GA -- AE
## [81] ED -- BA
## [82] BE -- ED
## [83] EB -- ED
## [84] ED -- CD
## [85] FD -- EF
## [86] FD -- EF
## [87] BB -- CD
## [88] BB -- BF
## [89] BB -- BC
## [90] CF -- BB
## [91] AC -- AE
## [92] DA -- DD
## [93] BE -- CA
## [94] BE -- CA
## [95] CA -- CB
## [96] CA -- CB
## [97] CA -- CC
## [98] BE -- CC
## [99] BE -- CC
## [100] DB -- DD
## [101] BE -- CD
## [102] ED -- CD
## [103] ED -- CD
## [104] BB -- CD
## [105] BC -- CD
## [106] ED -- AF
## [107] BF -- AF
## [108] CF -- AF
## [109] BC -- AF
## [110] GB -- BC
## [111] BC -- AF
## [112] BC -- AF
## [113] AC -- BA
## [114] BA -- AB
## [115] CF -- AE
## [116] DB -- AA
## [117] DF -- AA
## [118] GC -- AA
## [119] BF -- ED
## [120] BF -- AF
## [121] BF -- CA
## [122] CA -- CC
## [123] AC -- CA
## [124] CA -- AE
## [125] CA -- CB
## [126] CA -- CC
## [127] AD -- AC
## [128] BA -- AF
## [129] BA -- AF
## [130] BE -- BB
## [131] BE -- CC
## [132] BE -- CC
## [133] BE -- CC
## [134] DF -- CB
## [135] DF -- CB
## [136] DF -- CB
## [137] DD -- AA
## [138] DD -- AA
## [139] DD -- AA
## [140] CD -- DD
## [141] CD -- DD
## [142] DD -- AA
## [143] BC -- DD
## [144] DB -- AA
## [145] FD -- EA
## [146] FD -- EF
## [147] GE -- CC
## [148] DD -- AA
## [149] EE -- BE
## [150] EE -- BE
## [151] GD -- CC
## [152] BB -- CC
## [153] CA -- CC
## [154] CC -- CD
## [155] CA -- CC
## [156] BB -- CC
## [157] CE -- DF
## [158] CE -- CA
## [159] GA -- AE
## [160] DC -- ED
## [161] BB -- ED
## [162] ED -- CD
## [163] BF -- ED
## [164] DF -- ED
## [165] KB -- CC
## [166] AD -- EA
## [167] EF -- EA
## [168] KC -- CF
## [169] EE -- BB
## [170] BB -- CC
## [171] BB -- BC
## [172] KD -- CD
## [173] CF -- AE
## [174] DF -- AC
## [175] DF -- AC
## [176] AC -- ED
## [177] KA -- CA
## [178] BB -- CA
## [179] CA -- CB
## [180] CA -- CC
## [181] EB -- CA
## [182] BE -- CC
## [183] BE -- CD
## [184] CB -- CD
## [185] KE -- CB
## [186] ED -- AB
## [187] KF -- AB
## [188] BA -- AF
## [189] CC -- AF
## [190] CA -- AF
## [191] BC -- AF
## [192] ED -- BC
## [193] AC -- BA
## [194] DF -- BF
## [195] BF -- CA
## [196] CA -- CB
## [197] AC -- CA
## [198] CA -- CC
## [199] CA -- CC
## [200] CA -- CC
## [201] CA -- CC
## [202] EB -- CA
## [203] CA -- BC
## [204] CA -- CB
## [205] CA -- CC
## [206] EB -- CA
## [207] AD -- ED
## [208] AD -- BA
## [209] KA -- BA
## [210] CF -- BA
## [211] BA -- AB
## [212] DF -- CB
## [213] DF -- CB
## [214] DF -- AC
## [215] CD -- DD
## [216] CD -- DD
## [217] CD -- DD
## [218] BC -- DD
## [219] BC -- DD
## [220] FE -- AA
## [221] EE -- BA
## [222] BB -- CC
## [223] CA -- CC
## [224] CA -- CD
## [225] EB -- ED
## [226] FD -- EF
## [227] FD -- EA
## [228] EF -- EA
## [229] KF -- EA
## [230] BB -- BC
## [231] AE -- CB
## [232] AC -- BA
## [233] AC -- CB
## [234] AC -- CB
## [235] CA -- CB
## [236] AC -- CA
## [237] CA -- CC
## [238] CA -- CC
## [239] CA -- CC
## [240] BD -- CC
## [241] BE -- CC
## [242] ED -- CC
## [243] CA -- CC
## [244] CC -- CD
## [245] CD -- DD
## [246] DF -- AF
## [247] BA -- AF
## [248] BA -- AF
## [249] ED -- AF
## [250] BC -- AF
## [251] BC -- BA
## [252] CA -- BC
## [253] CA -- BC
## [254] DE -- CF
## [255] ED -- AA
## [256] DF -- BF
## [257] CA -- CC
## [258] CA -- CC
## [259] CA -- CC
## [260] ED -- BA
## [261] BA -- AB
## [262] LB -- CD
## [263] LA -- BA
## [264] BB -- CC
## [265] CE -- AC
## [266] CE -- CA
## [267] KF -- ED
## [268] FD -- EF
## [269] KA -- BB
## [270] BB -- ED
## [271] BB -- EB
## [272] DF -- CF
## [273] AD -- AC
## [274] DF -- AC
## [275] DF -- AC
## [276] DA -- DB
## [277] DA -- DB
## [278] LC -- CA
## [279] BA -- AF
## [280] CF -- BD
## [281] LD -- AF
## [282] AD -- AE
## [283] AC -- AE
## [284] EA -- AC
## [285] DF -- CB
## [286] AD -- AC
## [287] CD -- DD
## [288] LE -- BA
## [289] BA -- AB
## [290] DF -- CB
degree(bsk.network) #print the number of edges per vertex (relationships per people)
## AA AB AF DD CD BA CB CC BC ED AE CA EB BF BB AC DC BD DB CF DF BE EA CE EE
## 18 9 23 36 40 26 24 50 21 27 15 62 7 12 23 27 2 4 8 12 23 20 8 10 6
## EF FF FD GB GC GD AD KA KF LC DA EC FA FB DE FC FE GA GE KB KC KD KE LB LA
## 8 1 8 1 1 1 9 3 3 1 7 3 1 1 2 1 2 5 1 1 1 1 1 1 1
## LD LE
## 1 1
# First try. We can plot the graph right away but the results will usually be unsatisfactory:
plot(bsk.network)
