Nota:

Esto es una reproducción original gracias al Dr. Rafael A. Irizarry para el Puerto Rico Public Health Trust.

Introducción

De los informes diarios que provee el Departamento de Salud es posible extraer el número de pruebas moleculares positivas de COVID-19 que se reportan diariamente. Desafortunadamente estos datos por si solos no son útiles para monitorear la epidemia pues no sabes si un incremento en casos se debe simplemente al hecho de que se están haciendo más pruebas. Por lo tanto, necesitamos saber también cuantas pruebas salieron negativas, no solo las positivas.

A pesar de ser uno de los peores estados afectados en EEUU, Massachussets se ha destacado por la gran mejoría y ayer anunciaron 0 muertes por primera vez desde marzo. La epidemióloga del estado usa el porciento, no el total, de casos positivos por día como el instrumento principal de monitoreo. La Organización Mundial de la Salud (WHO) aconseja que antes de reabrir, las tasas de positividad deberían permanecer en 5% o menos por al menos 14 días.

Aunque el gobierno de Puerto Rico no comparte estos datos, Puerto Rico Science Trust (PRST) recoge esta información semanalmente de los laboratorios privados, los cuales hacen la gran mayoría de pruebas en Puerto Rico. El PRST ha compartido estos datos y por primera vez puedo calcular el porciento de casos positivos, aunque no son diarios sino semanales. Aquí mostramos algunas gráficas.

El patrón en Puerto Rico es parecido al de Nueva Zelandia

Las buenas noticias son que, basado en estos datos, parece que los efectos de la pandemia han sido muy leves en Puerto Rico. En la siguiente gráfica vemos los porcentajes de pruebas positivas por semana para Massachusetts, Nueva Zelandia y Puerto Rico. Vemos que el patrón en Puerto Rico se asemeja más a Nueva Zelandia que a Massachusetts. Noten que los datos para Nueva Zelandia incluyen casos probables y confirmados pues eso son los datos que proveen, mientras que para Puerto Rico y Massachusetts solo incluimos casos confirmados con pruebas PCR.

Aunque el porciento en Puerto Rico está bien bajo, es importante continuar monitoreando estos datos. Preferiblemente con datos diarios en vez semanales. Noten que en la última semana se ven un pequeño aumento en el porciento para Puerto Rico. Si esto continua, pues nos debemos preocupar.

Este monitoreo demuestra problemas en Florida

Como ejemplo de cómo esto monitoreo puede ayudar, mostramos los datos de Florida y los comparamos a los de Massachusetts donde la situación a mejorado mucho. Vemos que en Florido el porciento ha estado aumentando preocupantemente.

La tasa para las pruebas serologicas es diferente

Aquí definimos la tasa de positividad usando casos confirmados con pruebas moleculars (PCR). Las pruebas serologicas resultan en tasas diferentes. Aquí un ejemplo con Massachusetts:

Exploración de los datos de Puerto Rico

Los datos de Puerto Rico tienen algunas deficiencias. Por ejemplo los totales reportados semanalmente no cuadran con los totales acumulados reportados:

laboratory total_acumulado_calculado total_acumulado_reportado
Quest 83355 78020
Toledo 63475 64520
Borinquen 27740 30068
Immuno Reference 22980 36653
Core Plus 7072 7848
Ponce 5317 8002

En la siguiente gráfica vemos como las pruebas acumuladas han aumentado hasta sobre 20,000 por semana.

Cuando observamos los casos reportados por laboratorio vemos que algunos laboratorios parecen no haber reportado todas las semanas.

Finalmente vemos consistencia en los porcentajes de positividad calculados con los datos de cada laboratorio:

Actualización con datos 2020-07-06

Solo dos laboratoris reportaron datos: Toledo y Ponce. Aquí la tasa de positividad por semana basada en esos dos casos

Estos son los datos para todos los laboratorios

La subida en Puerto Rico ocurre alrededor de dos semanas de la subida en Florida, EEUU.