10/07/2020

Idisba-Unitat Bioinformàtica

9 de juliol de 2020

Punts comentats en l’anterior reunió

  • Enrequiment amb els FC significatius

    • Es fa un erequiment dels gens amb FC > 1.2 i p valor <0.05 (genes DE).

    • Es mira si els gens en les vies identificades estan presents en el modul seleccionat

  • Distribució dels gens d’interés en els mòduls

  • S’afegeix gens ratio a les vies

    • El gene ratio que es reporta per defecte és el número de gens implicats a la via vs els gens en total.
  • Test per a la infrarepresentivitat (pendent)

Gens diferencialment detectats

Numero de gens amb fold change > 1.2

53

## Warning in instance$preRenderHook(instance): It seems your data is too big
## for client-side DataTables. You may consider server-side processing: https://
## rstudio.github.io/DT/server.html

Enrequiment amb els gens DE

KEGG

Gens DE implicats en la pathway i en el mòdul:

GO

Gens DE implicats en la pathway i en el mòdul:

WikiPathway

MGI

MGI FC 1.1

Mòduls. Resum