Figure 1: C57BL/6J
Figure 1: C57BL/6J
Figure 2: NZO/HlLtJ
Nous avons extrait de la base données “Mouse Phenome Database” (https://phenome.jax.org/) des informations phénotypiques sur deux lignées de souris, la C57BL/6J et la NZO/HlLtJ.
Ces données sont une toute petite partie de l’étude effectuée à la clinique de la souris (German Mouse Clinic) sur les huit lignées fondatrices du projet Collaborative Cross. Une analyse extensive de plus de 300 phénotypes est proposée dans (Kollmus 2020).
Nous avons extrait de cette base de données les mesures des 4 phénotypes suivants :
periphery_distance, distance parcourue en périphérie en 20 minutes (cm)1 cf. GMC01,pelvic_elev, score d’élévation du pelvis (0 = moins de 5, 1 = plus de 5)2 mesuré lors du protocole SHIRPA modifié (link), cf. GMC03,urinate, miction (0 = présence, 1 = absence)3 mesuré lors du protocole SHIRPA modifié (link), cf. GMC03,PLCR, le ratio (en %) de grande plaquettes4 cf. GMC15,dans le fichier souris.txt, pour les deux lignées de souris considérées. Les deux premières colonnes de ce fichier contiennent les informations sur la lignée et le sexe des souris.
Explorez ce petit jeu de données, formulez des hypothèses, proposez une stratégie d’analyse, et implémentez la en R.
Kollmus, H. et al. 2020. “A comprehensive and comparative phenotypic analysis of the collaborative founder strains identifies new and known phenotypes.” Mammalian Genome 31 (1-2): 30–48. https://doi.org/10.1007/s00335-020-09827-3.