Recherche de valeurs normales d’AUC pour l’éverolimus

st_options(plain.ascii = FALSE,          # This is a must in Rmd documents
           style = "rmarkdown",          # idem
           dfSummary.varnumbers = FALSE, # This keeps results narrow enough
           dfSummary.valid.col = FALSE)
EVERO <- EVERO <- read_delim("~/Downloads/EVERO.csv", 
";", escape_double = FALSE, col_types = cols(Cmax = col_number(), 
        Taux_residuel = col_number(), Valeur_AUC = col_number()),  trim_ws = TRUE)
EVERO$`AUC/D`<-EVERO$Valeur_AUC/EVERO$Dose_matin
EVERO$`AUC/C0`<-EVERO$Valeur_AUC/EVERO$Taux_residuel
EVERO<-EVERO %>% filter(Dose_matin<5) %>% filter(!is.na(C2))
evero<-EVERO %>% select(Valeur_AUC, Dose_matin, Greffe_réelle, Taux_residuel, Cmax, Tmax, `AUC/D`, `AUC/C0`)

AucvsC0<-lm(Valeur_AUC~Taux_residuel, data=evero)
coeff=coefficients(AucvsC0)
# Equation de la droite de regression :  
eq = paste0("y = ", round(coeff[2],1), "*x + ", round(coeff[1],1))
eq

## [1] "y = 14.3*x + 24.7"

## Type de greffe
ggplot(evero) +
 aes(x = Greffe_réelle, fill = Greffe_réelle) +
 geom_bar() +
 scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
 theme_minimal() +
 theme(legend.position = "none")

## Type de greffe vs AUC
ggplot(evero) +
 aes(x = Greffe_réelle, y = Valeur_AUC, fill = Greffe_réelle) +
 geom_boxplot() +
 scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
 theme_minimal() +
 theme(legend.position = "none")

## Type de greffe vs AUC/D
ggplot(evero) +
 aes(x = Greffe_réelle, y =`AUC/D` , fill = Greffe_réelle) +
 geom_boxplot() +
 scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
 theme_minimal() +
 theme(legend.position = "none")

## Type de greffe vs AUC/C0
ggplot(evero) +
 aes(x = Greffe_réelle, y =`AUC/C0` , fill = Greffe_réelle) +
 geom_boxplot() +
 scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
 theme_minimal() +
 theme(legend.position = "none")

## C0 vs AUC
ggplot(evero) +
aes(x = Taux_residuel, y = Valeur_AUC) +
        geom_point(size = 2L) +
        stat_smooth(method = "lm", col = "red", se=FALSE) +
        scale_color_hue() +labs(title = paste("Adj R2 = ",signif(summary(AucvsC0)$adj.r.squared, 5),
                     "Intercept =",signif(AucvsC0$coef[[1]],5 ),
                     " Slope =",signif(AucvsC0$coef[[2]], 5),
                     " P =",signif(summary(AucvsC0)$coef[2,4], 5))) +
theme_minimal()

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

## C0 vs AUC (par typé de greffe)
ggplot(evero) +
 aes(x = Taux_residuel, y = Valeur_AUC, colour = Greffe_réelle) +
 geom_point(size = 2L) +
 scale_color_hue() +
 geom_smooth(method=lm)+
 theme_minimal()

## `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'

## Dose vs AUC
ggplot(evero) +
 aes(x = Dose_matin, y = Valeur_AUC, colour = Greffe_réelle) +
 geom_point(size = 2L) +
 scale_color_hue() +
 theme_minimal()

## Dose vs C0
ggplot(evero) +
 aes(x = Dose_matin, y = Taux_residuel, colour = Greffe_réelle) +
 geom_point(size = 2L) +
 scale_color_hue() +
 theme_minimal()

## Dose vs Cmax
ggplot(evero) +
 aes(x = Dose_matin, y = Cmax, colour = Greffe_réelle) +
 geom_point(size = 2L) +
 scale_color_hue() +
 theme_minimal()

## stat descriptive
table<-stat.desc(evero)
paged_table(table)

paged_table(skim(evero))

paged_table(evero %>% group_by(Greffe_réelle) %>% skim())

CreateTableOne(data = evero)

##                                  
##                                   Overall       
##   n                                  187        
##   Valeur_AUC (mean (SD))          118.08 (54.23)
##   Dose_matin (mean (SD))            1.52 (0.78) 
##   Greffe_réelle (%)                             
##      Greffe cardiaque                  5 ( 2.7) 
##      Greffe hépatique                  8 ( 4.3) 
##      Greffe pulmonaire                 1 ( 0.5) 
##      Greffe rénale                   172 (92.0) 
##      Greffe rénale + pancréatique      1 ( 0.5) 
##   Taux_residuel (mean (SD))         6.54 (3.51) 
##   Cmax (mean (SD))                 19.14 (9.62) 
##   AUC/D (mean (SD))                91.86 (47.78)
##   AUC/C0 (mean (SD))               20.76 (25.54)

Après calcul en se basant sur la corrélation AUC vs C0, la borne de l’interval d’AUC pour un C0 à 3 mg/L est de 67.6 h.mg/L et pour un C0 à 8 mg/L de 139.0 h.mg/L.