#U1A7
setwd("~/VERANOPYE")

#El Estado de Nayarit colinda con los estados de Sinaloa, Durango y Zacatecas 
#hacia el norte y con el estado de Jalisco hacia el sur. Es un estado 
#reconocido por la Rivera Nayarit con un paraiso tropical y el grupo etnico
#mas conocido son los huicholes. El Estado de Jalisco colinda con los 
#estados de Nayarit, Zacatecas, Aguascalientes, San Luis Potosi y Michoacan. 
#Es un estado reconocido por su tequila y tradiciones.

#cargar las bibliotecas con el paquete pacman
library(readr)
library(tidyverse)
## -- Attaching packages --------------------- tidyverse 1.3.0 --
## v ggplot2 3.3.1     v dplyr   1.0.0
## v tibble  3.0.1     v stringr 1.4.0
## v tidyr   1.1.0     v forcats 0.5.0
## v purrr   0.3.4
## -- Conflicts ------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()
library(plotly)
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
library(ggplot2)
library(gifski)
library(gganimate)

#Para recopilar los datos de los casos diarios confirmados del COVID-19 
#de las ciudades de Nayarit y Jalisco  se obtuvieron del siguiente URL:
#https://coronavirus.gob.mx/datos/#DownZCSV

#Leer datos de la direccion general de epidemiologia

datos <- read.csv("Casos_Diarios_Estado_Nacional_Confirmados_20200609.csv")

#Dar formato a los datos diarios (absolutos) de Nayarit
Nayarit <- t(datos[datos$nombre=="NAYARIT" ,])
Nayarit <- as.vector(Nayarit)
Nayarit <- Nayarit [4:153] #filtrar datos
Nayarit <- as.numeric(Nayarit) #para convertir a numérico
Nayarit <- as.vector(Nayarit)
cNayarit <- cumsum(Nayarit) #Datos acumulados diarios

#Estadistica descriptiva
#Figura 1
plot(Nayarit) #Grafico de puntos de datos absolutos

summary(Nayarit)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##   0.000   0.000   0.000   5.587   6.750  39.000
boxplot(Nayarit)

hist(Nayarit)

#En la figura 1 podemos observar los datos absolutos del COVID-19 en el 
#Estado de Nayarit en el cual el maximo es de 39, la media es de 5.587. 
#En el histograma podemos observar que en el mayor numero de frecuencia 
#se encuentra en la clase del 0 al 10.

#Dar formato a los datos diarios (absolutos) de Jalisco
Jalisco <- t(datos[datos$nombre=="JALISCO" ,])
Jalisco <- as.vector(Jalisco)
Jalisco <- Jalisco [4:153] #filtrar datos
Jalisco <- as.numeric(Jalisco) #para convertir a numérico
Jalisco <- as.vector(Jalisco)
cJalisco <- cumsum(Jalisco) #Datos acumulados diarios

plot(Jalisco)

plot(cJalisco)

#En el primer grafico de Jalisco podemos observar los datos absolutos del COVID-19 
#en el Estado de Jalisco en el cual el maximo es de 207, la media es de 21.45.
#y la media es de 5. 
#En el segundo grafico de Jalisco se puede observar los datos acumulados 
#diarios en el cual el maximo es de 3218, la dia es de 459.4 y la mediana es 
#de 99.5.

#Construir un vector de Fechas
Fecha <- seq(from = as.Date("2020-01-12"), to = as.Date("2020-06-09"), by= "day")

#crear un arreglo matricial (marco de datos "data frame", "tibble")
NayJal <- data.frame(Fecha, Nayarit, Jalisco) #datos absolutos
cNayJal <- data.frame(Fecha, cNayarit, cJalisco) #datos acumulados

#grafica para Nayarit de datos absolutos con ggplot
ggplot(data = NayJal) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en Nayarit (DGE)") +
  geom_line(mapping = aes(x= Fecha, y= Nayarit))

#En esta grafica se puede observar ls casos diarios de COVID-19 en Nayarit
#en el cual en el ultimo mes habido mas casos confirmados.

#grafica para Jalisco de datos absolutos con ggplot
ggplot(data = NayJal) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en Jalisco (DGE)") +
  geom_line(mapping = aes(x= Fecha, y= Jalisco))

#En esta grafica se puede observar ls casos diarios de COVID-19 en Jalisco
#en el cual en el ultimo mes habido mas casos confirmados.
#Pero haciendo una comparacion de los dos estados se puede observar que el 
#Estado de Jalisco tiene mayor numero de casos diarios confirmados de COVID-19 
#que en el Estado de Nayarit

#Animacion grafica comparativa de frecuencias acumuladas
#por fechas para los estados de Nayarit y Jalisco
#codificados por color

ggplot(data=cNayJal)+
  geom_line(aes(Fecha, cJalisco, colour = 'Jalisco')) +
  geom_line(aes(Fecha, cNayarit, colour = 'Nayarit')) +
  xlab('Fecha') +
  ylab('Casos diarios acumulados') +
  labs(colour ='Estados') +
  transition_reveal(Fecha)

#En esta representacion se puede obsevar los casos diarios acumulados
#de ambos Estados. En el cual el Estado de Nayarit es la tercera parte 
#de casos diarios acumulados en el Estado de Jalisco.

gNayJal <- ggplot(data=cNayJal)+
  ggtitle('COVID-19 en Nayarit y Jalisco') +
  geom_line(aes(Fecha, cJalisco, colour = 'Jalisco')) +
  geom_line(aes(Fecha, cNayarit, colour = 'Nayarit')) +
  xlab('Fecha') +
  ylab('Casos diarios acumulados') +
  labs(colour ='Estados')

gNayJal

ggplotly(gNayJal)
#Como nos podemos dar cuenta con la grafica anterior y comparando estos 
#dichos estados. El Estado de Jalisco empezo a tener casos confirmados 
#entre los meses de marzo y abril en el cual se fue de forma acelerada sus 
#casos confirmados porque hasta el 9 de junio del 2020 tiene mas de 3000 
#personas confirmadas. El Estado de Nayarit empezo a tener casos confirmados
#entre los meses de abril y mayoen el cual se fue de forma menos acelerada 
#sus casos confirmados porque hasta el dia 9 de junio de 2020 tiene menos de
#1000 personas confirmadas.