#U1A7
#Adalberto Encinas Icedo 
setwd("~/verano")

#En este documento analizaremos el desarrollo de la pandemia adentro de los 
#estados de Baja California y Baja California Sur. Son estados que son vecinos y 
#tienen muchas simiitudes.

#cargar las bibliotecas con el paquete pacman
library(pacman)
library(gifski)
library(gganimate)
## Loading required package: ggplot2
library(plotly)
## 
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
## 
##     layout
p_load(readr,tidyverse,plotly)

#Leer datos de la direccion general de epidemiologia (DGE)

datos <- read.csv("Casos_Diarios_Estado_Nacional_Confirmados_20200609.csv")

#dar formato a los datos diarios (absolutos) de Baja California
BCN <- t(datos[datos$nombre=="BAJA CALIFORNIA" ,])
BCN <- as.vector(BCN)
BCN <- BCN[4:153] #filtrar datos
BCN <- as.numeric(BCN) #para convertir a numerico
BCN <- as.vector(BCN)
cBCN <- cumsum(BCN) #Datos acumulados diarios

#estadistica descriptiva

#BAJA CALIFORNIA

plot(BCN)#grafico de puntos de datos absolutos

plot(cBCN)#grafico de datos acumulados

summary(BCN)#Resumen de datos absolutos
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##    0.00    0.00    7.00   41.98   85.75  183.00
summary(cBCN)#Resumen de datos acumulados
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##       0       1      71    1440    2512    6297
boxplot(BCN)#Grafico de Caja y bigote de datos Absolutos

boxplot(cBCN)#Grafico de Caja y bigote de datos acumulados

hist(BCN)#Histograma de datos absolutos

hist(cBCN)#Histograma de datos acumulados

#La poblacion de Baja California se concentra la mayor parte, en el norte del estado
#donde se encuentan las comunidades mas grandes, como Tijuana y Mexicali. 
#La mayoria de municipios de Baja California tienen una densidad de poblacion alta,
#sin embargo, la densidad de poblacion del estado no resulta ser muy alta. Tambien,
#cabe recalcar que este estado solamente tiene 7 municipios y la mayoria de ellos, 
#estan en el norte.
#Vale la pena mencionar que Baja California tiene un gran flujo de personas debido a que 
#es un estado fronterizo. Comparte frontera con California de Estados Unidos, que es el estado
#norteamericano mas poblado de su pais. Aparte, Baja California recibe mucho turismo nacional
#e internacional. Esto a causado que en Baja California tenga este desarrollo durante la 
#pandemia

#dar formato a los datos diarios (absolutos) de Baja California Sur
BCS <- t(datos[datos$nombre=="BAJA CALIFORNIA SUR" ,])
BCS<- as.vector(BCS)
BCS <- BCS [4:153] #filtrar datos
BCS <- as.numeric(BCS) #para convertir a numerico
BCS<- as.vector(BCS)
cBCS <- cumsum(BCS) #Datos acumulados diarios

#BAJA CALIFORNIA SUR

plot(BCS)#Grafico de datos absolutos

plot(cBCS)#Grafico de datos acumulados

summary(BCN)#Resumen de datos absolutos
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##    0.00    0.00    7.00   41.98   85.75  183.00
summary(cBCN)#Resumen de datos acumulados
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##       0       1      71    1440    2512    6297
boxplot(BCN)#Grafico de Caja y bigote de datos Absolutos

boxplot(cBCN)#Grafico de Caja y bigote de datos acumulados

hist(BCN)#Histograma de datos absolutos

hist(cBCN)#Histograma de datos acumulados

#El estado de Baja California Sur, es el segundo menos poblado y el primero menos denso
#poblado de de todo el pais, estando la mayoria de la poblacion concentrada en el sur del 
#estado. Cabe mencionar que Baja California Sur, solaente tiene 5 municipios.
#Sin embargo, Baja California Sur es el estado que mas turismo nacional e internacional 
#recibe en proporcion de su poblacion. Los municipios mas importantes del estado son
#La Paz y Los Cabos. Tambien vale la pena recalcar que este estado tiene una gran indice de
#desarrollo humano.

#Construir un vector de Fechas
Fecha <- seq(from = as.Date("2020-01-12"), to = as.Date("2020-06-09"), by= "day")

#crear un arreglo matricial (marco de datos "data frame", "tibble")
BCNS <- data.frame(Fecha, BCN, BCS) #datos absolutos
cBCNS <- data.frame(Fecha, cBCN, cBCS) #datos acumulados

#grafica para Baja California de datos absolutos con ggplot
ggplot(data = BCNS) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en Baja California (DGE)") +
  geom_line (mapping = aes(x= Fecha, y= BCN))

#grafica para Baja California Sur de datos absolutos con ggplot
ggplot(data = BCNS) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en Baja California Sur (DGE)") +
  geom_line (mapping = aes(x= Fecha, y= BCS))

#animacion grafica comparativa de frecuencias acumuladas
#por fechas para los estados de Baja California y Baja California Sur
#codificados por color 

ggplot(data=cBCNS)+
  geom_line(aes(Fecha, cBCN, colour = 'Baja California')) +
  geom_line(aes(Fecha, cBCS, colour = 'Baja California Sur')) +
  xlab('Fecha') +
  ylab('Casos diarios acumulados') +
  labs(colour ='Estados') +
  transition_reveal(Fecha)

gBCNS <- ggplot(data=cBCNS)+
  ggtitle('COVID-19 en Baja California y Baja California Sur') +
  geom_line(aes(Fecha, cBCN, colour = 'Baja California')) +
  geom_line(aes(Fecha, cBCS, colour = 'Baja California Sur')) +
  xlab('Fecha') +
  ylab('Casos diarios acumulados') +
  labs(colour ='Estados') 

#Baja California ha tenido mas casos positivos que Baja California Sur, esto puede ser 
#causado por su poblacion mas grande. Sin embargo, el promedio de edad de Baja California
#es 4 años mas joven que el de Baja California Sur. 
#La esperanza de vida en ambos estados es similar siendo de entre 78 y 79 años 
#en ambos estados.

gBCNS

ggplotly(gBCNS)
#Conclusion
#Podria decirse que esta comprobado que la situacion demografica y geografica de cada
#estado de la republica, influye mucho en el desarrollo de la pandemia de cada lugar.