#Analisis de datos de COVID 19 en Mexico 
library(pacman)
## Warning: package 'pacman' was built under R version 3.6.3
p_load(markdown,knitr,dplyr,tidyr, tidyverse, lubridate,
       summarytools,ggpubr, kableExtra, reshape2,
       sf, tmap, readr,rcpp, devtools, plotly, gganimate, gifski)
## Installing package into 'C:/Users/braya/OneDrive/Documentos/R/win-library/3.6'
## (as 'lib' is unspecified)
## Warning: package 'rcpp' is not available (for R version 3.6.2)
## Warning: Perhaps you meant 'Rcpp' ?
## Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.6:
##   no fue posible abrir la URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES'
## Warning in p_install(package, character.only = TRUE, ...):
## Warning in library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE,
## logical.return = TRUE, : there is no package called 'rcpp'
## Warning in p_load(markdown, knitr, dplyr, tidyr, tidyverse, lubridate, summarytools, : Failed to install/load:
## rcpp
devtools::install_github("nathan-russell/hashmap")
## Skipping install of 'hashmap' from a github remote, the SHA1 (39d547d5) has not changed since last install.
##   Use `force = TRUE` to force installation
#Leer datos
datos<- read.csv("Casos_Diarios_Estado_Nacional_Confirmados_20200514.csv")

#Casos diarios Guanajuato
Guanajuato<- t(datos[datos$nombre=="GUANAJUATO" ,])
Guanajuato <- as.vector(Guanajuato)
Guanajuato<-Guanajuato[4:121]
Guanajuato <- as.numeric(Guanajuato)
Guanajuato <- as.vector(Guanajuato)
cGuanajuato <- cumsum(Guanajuato)

#Casos diarios Durango
Durango<- t(datos[datos$nombre=="DURANGO" ,])
Durango <- as.vector(Durango)
Durango<-Durango[4:121]
Durango <- as.numeric(Durango)
Durango <- as.vector(Durango)
cDurango <- cumsum(Durango)

#Fecha
Fecha = seq(from = as.Date("2020-01-05"), to = as.Date("2020-05-01"), by = 'day')

Guanango <-data.frame(Fecha, Guanajuato, Durango) #Casos diarios
cGuanango <-data.frame(Fecha, cGuanajuato, cDurango) #Casos acomulados

#Graficos de casos diarios confirmados
plot(Durango)

#Grafica Guanajuato
ggplot(data = Guanango) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en Guanajuato")+
  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Guanajuato ))

#Guanajuato y Durango
ggplot(data=cGuanango) +
  geom_line(aes(Fecha, cDurango, colour = 'Durango')) + 
  geom_line(aes(Fecha, cGuanajuato, colour ='Guanajuato') )+ 
  xlab('Fecha')+
  ylab('Casos Diarios Acomulados') +
  labs(colour = "Estados")+
  ggtitle ("Comparativa Guanajuato y Durango de COVID 19")

#transition_reveal(Fecha)

#Grafica interactiva Covid Guanajuato-Durango
g <- ggplot(data=cGuanango) +
  geom_line(aes(Fecha, cDurango, colour = 'Durango')) + 
  geom_line(aes(Fecha, cGuanajuato, colour ='Guanajuato') )+ 
  xlab('Fecha')+
  ylab('Casos Diarios') +
  labs(colour = "Estados")+
  ggtitle("Comparativa Jalisco y Nuevo Leon COVID-19")
ggplotly(g)
Guanajuato1 <-data.frame(Fecha,Guanajuato,cGuanajuato)

#Diarios y acumulados para Guanajuato

g2 <- ggplot(data=Guanajuato1)+
  geom_col(aes(Fecha,cGuanajuato))+
  xlab('Fecha')+
  ylab('Casos diarios Acumulados')+
  ggtitle("Confirmados de COVID-19 en Guanajuato 14 mayo 2020")

g3 <- ggplot(data=Guanajuato1)+
  geom_line(aes(Fecha,Durango))+
  xlab('Fecha')+
  ylab('Casos diarios')+
  ggtitle("Confirmados de COVID-19 en Durango 14 mayo 2020")

p_load(gridExtra)
grid.arrange(g2,g3)