DOCUMENTO BASICO DE R MARKDOWN

R Markdown es un lenguaje que facilita la creacion de textos, podiendo incluir codigos, graficos o imagentes dentro de estos. Esta simple herramienta genera documentos HTML, PDF, PPTX, Doc, sitios web, libros, etc. Ademas la mayor ventaja es que cualquier dato que se agregue en este archivo se actualizara y añadira dentro del documento final.

Un archivo basico de R Markdown esta compuesto por: * Los metadatos: Los metadatos se escriben entre un par de tres guiones —, esta parte tambien de llama YAML, que es el nombre de la sintaxis que lo contiene Dentro de ese par se encontran: el titulo del documento, el autor, la fecha de creacion y el formato de salida del archivo creado.

  • El texto: Solo se escribe dentro de documento.

  • El codigo: Para ingresar los codigos se agregan dentro de “chunk”, estos inician con tres comilla (""").

a <- 2
b <- 3
a+b
## [1] 5

Tambien se debe colocar entre llaves el lenguaje del codigo, para el caso de r se coloca {r}.

FORMATOS DE SALIDAS

Se pueden generar informes en Word, PDF o HTML, se tiene que saber que cada formato cambia el aspecto del informe.

Salida en PDF

  • Los informe generados con este formato usan tipografia tipo Times, con tamaño estandar para el cuerpo 13 y 16 para titulos.
  • Para editar ficheros PDF se necesitan herramientas especiales como Adobe Acrobat o alguna alternativa.
  • Se puede cambiar o editar el propio generador del PDF para obtener un documento final, que no necesite ninguna edicion.

Salida en HTML

  • La ventaja que da es que mantiene actulizada la pagina web con análisis, o centros de mandos con gráficos, etc.
  • Es visible en cualquier navegador o explorador.
  • Se puede editar con cualquer editor de paginas webs.
  • Pero la idea es no tener que editar el documento final sino editar el generador de informes y obtener el informe final.

Salida en Word.

  • Cuando se genera el informe en fichero Word, el documento es completamente editable.
  • Los gráficos se verán como imágenes en el documento de Word.
  • El título del documento se genera en tipo de letra Calibrí, tamaño 18 puntos, en un color azul marino y el cuerpo del documento usa la tipografía Cambria con tamaño 12.

FORMATO DE TEXTOS

Cualquier texto escrito dentro del fichero aparecerá tal cual se escriba en el informe final.

Para agregar subtítulos, o caracteres en negrita, o ecuaciones, tendremos que introducir una sintaxis específica.

Encabezados

Para agregar encabezados o subtitulos se utilizan los #

# Titulo

## Encabezado 2
### Encabeado 3

Resaltar texto

  • Para lograr resaltar el texto, como por ejemplo aplicar que este en negrita una frase, para lograrlo se coloca el texto entre asteriscos (** **)
# **Hola mundo**

Hola mundo

  • Para lograr resaltar el texco, se puede poner en cursiva el texto, se logra cologando el texo entre asterisco (* *)
# Hola mundo es diferente a *Hola mundo*

Hola mundo es diferente a Hola mundo

  • Tambien se pueden resaltar palabras dentro del texto.
# Hola Mundo , mi nombre es `Abel` y me gusta esta en el `Mundo`

Hola Mundo , mi nombre es Abel y me gusta esta en el Mundo

OPCIONES DE CHUNK

La salida de chunk se puede personalizar con las opciones de a traves de argumentos establecidos.

  • include = FALSE, para evitar que el codigo y su resultado se muestre en el informe final pero si puede ser utilizado por otro fragmentos.

  • echo = FALSE, para que el codigo no se muestre en el archivo final.

  • message = FALSE, evita que los mensages generados por el codigo se muestren en el informe final.

  • warning = FALSE, evita que se muestren las adevertencias que genere el codigo.

  • fig.cap = “…”, para agregar un título a los resultados gráficos.

FORMULAS MATEMATICAS

La forma de incluir fórmulas matemáticas en R Markdown se basa en la sintaxis del sistema de composición de textos científicos LATEX.

  • Para las fórmulas o ecuaciones dentro del mismo párrafo, se escribe el código entre dos signos de dolar ($ $)
# $código$
  • Para las fórmulas o ecuaciones aparezcan centradas en una línea aparte, se debe escribir el código entre dos dobles $
# $$código$$

Un ejemplo: Las raíces de la ecuación \(xˆ2= 2\) son \(x=\sqrt{ 2}\) y \(x=-\sqrt{2}\) en general, las raíces de \(axˆ2+b x+c=0\), con \(a\neq 0\), vienen dadas por la fórmula \[x=\frac{-b\pm\sqrt{bˆ2-4 a c}}{2a}.\]

# Hola Mundo, $2+2$ es `r sum(2,2)`, si no saben eso entonces es preocupante.

Hola Mundo, \(2+2\) es 4, si no saben eso entonces es preocupante.

TABLAS

Existe dos opciones para insetar tablas en los documentos R MArkdown:

  1. La funcion kble()

  2. LA funcion pander(), se necesita el paquete pander, es mas potente que la otra función pues puede mostrar tabla de mas tipos de datos, por ejemplo resultados de regresiones o simple vectores.

summary(iris)
##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
## 
library("pander")
## Warning: package 'pander' was built under R version 3.6.3
pander(summary(iris))
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
Min. :4.300 Min. :2.000 Min. :1.000 Min. :0.100 setosa :50
1st Qu.:5.100 1st Qu.:2.800 1st Qu.:1.600 1st Qu.:0.300 versicolor:50
Median :5.800 Median :3.000 Median :4.350 Median :1.300 virginica :50
Mean :5.843 Mean :3.057 Mean :3.758 Mean :1.199 NA
3rd Qu.:6.400 3rd Qu.:3.300 3rd Qu.:5.100 3rd Qu.:1.800 NA
Max. :7.900 Max. :4.400 Max. :6.900 Max. :2.500 NA

PRESENTACIONES (diapos)

Para generar presentaciones, se debe especificar el formato de salida slidy_presentation en los metadatos YAML de su documento.

  • Las imágenes y las tablas siempre se colocarán en nuevas diapositivas.

  • Los únicos elementos que pueden coexistir con una imagen o tabla en una diapositiva son el encabezado de la diapositiva y el título de la imagen / tabla.

  • Cuando tiene un párrafo de texto y una imagen en la misma diapositiva, la imagen se moverá a una nueva diapositiva automáticamente.

PAQUETES NECESARIOS

Para crear un documento en R Markdown, es necesario instalar los siguientes paquetes:

  • knitr

  • rmarkdown

  • mardown

Para instalar los paquetes mencionados, se corre el siguiente codigo.

# pkage <- c("knitr", "rmarkdown", "mardown")
# sapply(pkage, install.packages, character.only = TRUE)
# sapply(pkage, library, character.only = TRUE)

PUBLICACICON DE DOCUMENTO (Rpubs)

Luego de editar el documento R Markdown, se puuede publicar el documento dando click a la opcion Knit. A continuacion, se abrira una ventana mostrando el documento final, sin publicar, para poder finalmente publicarlo en Rpubs se da en el boton Publish y asi se estara publicando nuestro ducumento en la pagina de Rpubs.

Previamente, se de crear una cuenta en la pagina y luego entrar desde Rstudio.