Requisitos para el uso de la plantilla de Reporte de ForestPlots.net
(Esta sección se puede eliminar una vez que esté listo para publicar su informe)
Esta plantilla es un documento R Markdown que utiliza datos de ForestPlots.net para crear un informe de fácil uso sobre los últimos resultados de sus parcelas.
Este archivo, produce un documento html que informa de la biomasa aérea (AGB) y densidad de arboles para sus parcelas seleccionadas. También mapear la ubicación de las parcelas y visualizar las tasas de cambio de la biomasa. La plantilla se puede modificar fácilmente para reportar la informacion que te interesa.
Requisitos de software
Usted tendrá que instalar R (versión 3.1.2 o posterior) y RStudio < http://www.rstudio.com/ > en su ordenador para modificar y ejecutar la plantilla.
Además de una serie de paquetes que se le pedirá instalar la primera vez que ejecuta un archivo R Markdown, también tendrá que descargar el paquete BiomasaFP para estimar la biomasa y otros parámetros forestales a partir de datos descargados de ForestPlots.net. Esto puede obtenerse a partir de http://www.ForestPlots.net.
Datos requieridos
Para usar esta plantilla, es necesario descargar tres archivos de datos desde ForestPlots.net que utilizan sus datos de sus parcelas:
a) El archivo csv de individuos de la Búsqueda Avanzada b) El archivo de densidad de la madera descargado desde la Biblioteca de Consulta c) El archivo de metadatdos de la Biblioteca de Consulta
Los tres archivos deben corresponder a las mismas parcela (PlotViewID) y deben ser guardados en el mismo directorio de trabajo, junto con el paquete BiomasaFP y este documento R Markdown.
Instrucciones
Una vez que haya instalado los programas y descargado sus datos, esta plantilla estara lista para correr. Abra la plantilla en RSutdio y seleccione el directorio de trabajo. De click en Knit HTML y se generara el documento; después de que el documento ha sido elaborado, hace clic en "Abrir en el explorador ’para ver el informe final con las tablas y mapas.
El texto en azul a continuación y en cursiva en el documento final puede ser actualizada de acuerdo con el conjunto de datos que está utilizando. Si usted está familiarizado con R, se puede personalizar cualquier aspecto de la plantilla para adaptarse al formato que le gustaría obtener.
Para mas informacion sobre como utilizar R Markdown visite http://rmarkdown.rstudio.com.
Introduccion
Este documento resume los datos de los inventarios forestales recogidos por la RAINFOR network (www.rainfor.org). Las parcelas en este informe se ajustan a los siguientes criterios: parcelas con censos multiples, diametro minimo de 100mm, area de la parcela mayor a 0.2 ha.
Los datos se descargaron de ForestPlots.net (Lopez-Gonzalez et al., 2011; Lopez-Gonzalez et al., 2009) en fecha. Las parcelas incluidas en este informe se pueden encontrar en la siguiente tabla.
Nota : haga clic en el encabezado de la columna para ordenar las filas.
Table 1. Datos de las Parcelas.
La ubicación de la parcela se muestra en la Figura 1.
Figura 1. Mapa de las parcelas.
La Tabla 2 muestra las estimaciones de la biomasa aérea para cada parcela usando la ecuacion de Chave et al.(2005) para bosque húmedo con la altura y la densidad de la madera como parámetros. La altura se estimó para cada árbol a partir de su diámetro utilizando un modelo Weibull de la relación altura/diámetro con los parámetros que de acuerdo a la región donde se encuentra la parcela(Feldpaush et al. 2011).
Tabla 2 Biomasa Area (Mg/ha) y numero de tallos por parcela, y por censo. El area de la parcela (ha) tambien se muestra.
El cambio biomasa aérea se estimó como la diferencia en AGB entre el primer y el último censo, dividido por el tiempo transcurrido (Figura 3) . En la Figura 3 el cambio de la biomasa con el tiempo se indica por el color, y el tamaño del marcador representa la AGB en el último censo .
Figura 3. Mapa de la tasa de cambio de la biomasa aérea (Mg/ha por año)
Nota: Este tipo de mapa incluye una opción para la visualización de la región o en el país de su interés, utilizando el código apropiado en la opción de “región” del comando gvisGeoChart. En las opciones de configuración que pueden encontrar los códigos de las regiones: https://developers.google.com/chart/interactive/docs/gallery/geomap
Referencias
Chave J, Coomes DA, Jansen S, Lewis SL, Swenson NG, Zanne AE. (2009). Towards a worldwide wood economics spectrum. Ecology Letters 12(4): 351-366. http://dx.doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01285.x
Chave J, Andalo S, Brown, et al. (2005). Tree allometry and improved estimation of carbon stocks and balance in tropical forests. Oecologia 145 (1):87-99. doi:10.1007/s00442-005-0100-x.
Chave J, Rejou-Mechain M, Burquez A et al. (2014). Improved allometric models to estimate the aboveground biomass of tropical trees. Global Change Biology 20: 3177-3190. doi: 10.1111/gcb.12629
Feldpausch TR, Banin L, Phillips OL, Baker TR, Lewis SL et al. (2011). Height-diameter allometry of tropical forest trees. Biogeosciences 8 (5):1081-1106. doi:10.5194/bg-8-1081-2011.
Lopez-Gonzalez G., Hamilton M and Baker TR (2015). BiomasaFP: Estimate biomass for data downloaded from ForestPlots.net. R package version 1.0.
Lopez-Gonzalez, G., Lewis, S.L., Burkitt, M. and Phillips, O.L. (2011). ForestPlots.net: a web application and research tool to manage and analyse tropical forest plot data. Journal of Vegetation Science 22: 610–613. doi: 10.1111/j.1654-1103.2011.01312.x
Lopez-Gonzalez, G., Lewis, S.L., Burkitt, M., Baker T.R. and Phillips, O.L. (2009). ForestPlots.net Database. www.forestplots.net. Date of extraction [dd,mm,yy].
R Core Team (2014). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL http://www.R-project.org/.
Zanne AE, Lopez-Gonzalez G, Coomes DA, Ilic J, Jansen S, Lewis SL, Miller RB, Swenson NG, Wiemann MC, Chave J. (2009). Data from: Towards a worldwide wood economics spectrum. Dryad Digital Repository. http://dx.doi.org/10.5061/dryad.234