Introducción

Este informe es una segunda entrega de las estimaciones preliminares del número efectivo de reproducción (Rt) observado en el brote COVID-19 de la ciudad de Cali.

El número efectivo de reproducción (Rt) es un indicador epidemiológico importante en el seguimiento y evaluación de las medidas de intervención implementadas para mitigar y/o contener brotes.

El periodo de análisis está comprendido entre el 2020-03-16 y el 2020-04-15, y se actualizará oportunamente conforme esté disponible nueva información depurada.

Adicionalmente se está preparando una nueva version de este informe que incluye estimaciones por ESEs.

Este informe ha sido elaborado gracias a la intensa colaboración entre funcionarios e investigadores de las Secretarías de Salud Municipal y Departamental, la Universidad del Valle, y la Pontificia Universidad Javeriana Cali. La información técnico-científica está siendo consolidada y socializada adecuadamente.

Grupo de Análisis COVID-19:

Contacto (sobre este documento):

Edgar Muñoz, Stat, MS Epi

+57 300 929 1044 (Colombia)

Resultados

Una mirada a los datos del periodo entre el 2020-03-16 y el 2020-04-15.

Distribución por tipo de caso
Tipo de caso n
Probables 5523
Confirmados 462
Descartados 97
Otro-ajuste 4
Fallecidos 30

Curva Epidémica

La cuarentena ha tenido un efecto en la reducción del numero de casos. Sin embargo, debido al potencial subregistro y a los tiempos de confirmación de casos, esta tendencia debe interpretarse con cierta cautela.

Más adelante en este documento se presentan análisis adicionales, usando la serie del número efectivo de reproducción (Rt) y sus respectivos intervalos de credibilidad (IC), con la cual se pueden tomar decisiones mejor informadas sobre las estrategias de mitigación y/o contención.

Número efectivo de reproducción (Rt) e Intervalo Serial (SI)

Para estimar este indicador se necesita tener información sobre la distribución del intervalo serial (SI).

Intervalo Serial (SI)

La distribución del intervalo serial (SI) se puede estimar a partir de la información de seguimiento de contactos. En este informe preliminar, se utiliza una simulación de más de un millón de estas distribuciones a partir de parámetros previamente conocidos y adaptados para Cali. En los dias siguientes estaremos incorporando la distribución empírica observada a partir del seguimiento.

Número Efectivo de Reproducción (Rt)

Número Efectivo de Reproducción (Rt)
Fecha Rt IC 95%
3 2020-02-21 3.29 0.13 10.60
4 2020-02-22 3.37 0.08 13.30
5 2020-02-23 7.29 0.89 20.61
6 2020-02-24 2.53 0.06 9.76
7 2020-02-25 2.51 0.06 9.27
8 2020-02-26 2.69 0.06 9.96
9 2020-02-27 2.79 0.07 10.11
10 2020-02-28 2.97 0.06 10.92
11 2020-02-29 3.13 0.08 11.75
12 2020-03-01 6.61 0.74 18.81
13 2020-03-02 8.29 1.50 20.74
14 2020-03-03 2.12 0.04 8.64
15 2020-03-04 1.83 0.04 7.22
16 2020-03-05 1.82 0.04 6.96
17 2020-03-06 1.92 0.05 7.08
18 2020-03-07 2.02 0.05 7.65
19 2020-03-08 4.38 0.49 13.08
20 2020-03-09 7.68 2.08 17.23
21 2020-03-10 5.87 1.20 14.33
22 2020-03-11 2.20 0.20 7.41
23 2020-03-12 8.49 3.11 19.34
24 2020-03-13 2.75 0.48 8.03
25 2020-03-14 5.19 1.76 12.94
26 2020-03-15 5.97 2.20 14.00
27 2020-03-16 5.42 1.85 12.58
28 2020-03-17 1.66 0.45 4.32
29 2020-03-18 2.32 0.98 5.20
30 2020-03-19 2.80 1.43 5.45
31 2020-03-20 2.54 1.31 4.56
32 2020-03-21 1.56 0.76 2.85
33 2020-03-22 0.95 0.44 1.76
34 2020-03-23 1.83 1.10 2.81
35 2020-03-24 1.23 0.68 1.98
36 2020-03-25 1.02 0.54 1.65
37 2020-03-26 1.49 0.91 2.21
38 2020-03-27 0.68 0.32 1.16
39 2020-03-28 0.82 0.43 1.35
40 2020-03-29 0.43 0.16 0.84
41 2020-03-30 0.99 0.50 1.70
42 2020-03-31 0.78 0.36 1.39
43 2020-04-01 0.81 0.38 1.42
44 2020-04-02 0.93 0.45 1.59
45 2020-04-03 0.61 0.24 1.15
46 2020-04-04 0.65 0.25 1.24
47 2020-04-05 0.70 0.27 1.32
48 2020-04-06 0.85 0.35 1.59
49 2020-04-07 0.45 0.12 1.01
50 2020-04-08 0.85 0.33 1.67
51 2020-04-09 1.30 0.60 2.33
52 2020-04-10 0.65 0.21 1.35
53 2020-04-11 0.68 0.22 1.40
54 2020-04-12 0.44 0.09 1.07
55 2020-04-13 0.48 0.09 1.21
56 2020-04-14 0.35 0.04 1.03

Número Efectivo de Reproducción (Rt) vs. Curva Epidémica

Número Efectivo de Reproducción (Rt) - Últimos dias

Número Efectivo de Reproducción (Rt): Últimos 10 días
Fecha Rt 95% IC
47 2020-04-05 0.70 0.27 1.32
48 2020-04-06 0.85 0.35 1.59
49 2020-04-07 0.45 0.12 1.01
50 2020-04-08 0.85 0.33 1.67
51 2020-04-09 1.30 0.60 2.33
52 2020-04-10 0.65 0.21 1.35
53 2020-04-11 0.68 0.22 1.40
54 2020-04-12 0.44 0.09 1.07
55 2020-04-13 0.48 0.09 1.21
56 2020-04-14 0.35 0.04 1.03

Número Efectivo de Reproducción (Rt) - Comunas

El número efectivo de reproducción a nivel de comuna, ESEs u otras areas geograficas al interior de la ciudad es inestable si se estima usando únicamente los casos confirmados, por lo tanto se procede en esta etapa a utilizar además de los casos confirmados, los individuos clasificados como probables para tener mayor información sobre el potencial de trasmisibilidad del virus. En la medida en que se disponga de un mayor número de casos confirmados en cada área, se procederá a utilizar más esa información.

Nota: Por convención y para facilitar el procesamiento, las areas rurales fueron agrupadas en una hipotética area identificada como “Comuna 25”. Dado que NO se trata de areas contigüas, la interpretación de Rt en esta area es de poca utilidad.