Rスクリプトからレポート生成

spinning in knitr package

@kohske

Rスクリプトはこちら
https://gist.github.com/gists/2975392

内容

• ごく普通のRスクリプトとroxygenスタイルコメント(#')を使ってレポートを作ります。
• 行頭#'に続けて、自由にマークダウンでマークアップできます。マークダウンでマークアップ。
• コードの直前に行頭#+でチャックオプション指定できます。

使い方

1. スクリプトを書きます。
2. コメントでマークダウン書きます。
3. spinします。
4. ブラウザで開きます。

> library(knitr)
+ spin("script.R")
+ browseURL(normalizePath("script.html"))

チャンクオプション例

こうすると

#+ echo = TRUE
mean(rnorm(100))

#+ echo = FALSE
sample(1:10)

こうなります

mean(rnorm(100))

## [1] -0.1442

##  [1]  3  4  7  2  8  6  9 10  1  5

図

library(ggplot2)
qplot(rnorm(100), rnorm(100), colour = rnorm(100)) + 
    guides(colour = "colourbar")

表

xtableを使うとdata.frameを簡単に表形式で出力可。
チャンクにresults = "asis"オプションが必要。

#+ results = 'asis'
library(xtable)
print(xtable(head(iris)), type = "html")