Rスクリプトからレポート生成

spinning in knitr package

@kohske

Rスクリプトはこちら
https://gist.github.com/gists/2975392


内容


使い方

  1. スクリプトを書きます。
  2. コメントでマークダウン書きます。
  3. spinします。
  4. ブラウザで開きます。
> library(knitr)
+ spin("script.R")
+ browseURL(normalizePath("script.html"))

チャンクオプション例

こうすると

#+ echo = TRUE
mean(rnorm(100))

#+ echo = FALSE
sample(1:10)

こうなります

mean(rnorm(100))
## [1] -0.1442
##  [1]  3  4  7  2  8  6  9 10  1  5

library(ggplot2)
qplot(rnorm(100), rnorm(100), colour = rnorm(100)) + 
    guides(colour = "colourbar")

plot of chunk unnamed-chunk-5


xtableを使うとdata.frameを簡単に表形式で出力可。
チャンクにresults = "asis"オプションが必要。

#+ results = 'asis'
library(xtable)
print(xtable(head(iris)), type = "html")
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.10 3.50 1.40 0.20 setosa
2 4.90 3.00 1.40 0.20 setosa
3 4.70 3.20 1.30 0.20 setosa
4 4.60 3.10 1.50 0.20 setosa
5 5.00 3.60 1.40 0.20 setosa
6 5.40 3.90 1.70 0.40 setosa