Tải thư viện
require(summarytools)
require(readxl)
Loading required package: summarytools
Registered S3 method overwritten by 'pryr':
method from
print.bytes Rcpp
For best results, restart R session and update pander using devtools:: or remotes::install_github('rapporter/pander')
Loading required package: readxl
Đọc dữ liệu
covid <- read_xlsx("/Volumes/GoogleDrive/My Drive/00. Documents/00. BM Thong ke/08. VietBao (Paper)/2019-20/05. covid (BM)/Data/Covid19_data_v2.1.xlsx")
covid$NgayKhoiPhat <- as.Date(as.numeric(covid$NgayKhoiPhat),origin="1899-12-30")
Warning message in as.Date(as.numeric(covid$NgayKhoiPhat), origin = "1899-12-30"):
“NAs introduced by coercion”
patient’s characteristics (age, sex, occupation, location, nationality);
freq(covid[,c("NhomTuoi","Gioi","NgheNghiep","QuocTich")]) # patient’s characteristics (age, sex, occupation, location, nationality);
-
A summarytools: 9 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
1.Từ 1-5
|
2
|
0.8368201
|
0.8368201
|
0.8368201
|
0.8368201
|
|
2.Từ 6-15
|
5
|
2.0920502
|
2.9288703
|
2.0920502
|
2.9288703
|
|
3.Từ 16-25
|
73
|
30.5439331
|
33.4728033
|
30.5439331
|
33.4728033
|
|
4.Từ 26-40
|
74
|
30.9623431
|
64.4351464
|
30.9623431
|
64.4351464
|
|
5.Từ 41-60
|
62
|
25.9414226
|
90.3765690
|
25.9414226
|
90.3765690
|
|
6.Từ 61-70
|
18
|
7.5313808
|
97.9079498
|
7.5313808
|
97.9079498
|
|
7.Trên 70
|
5
|
2.0920502
|
100.0000000
|
2.0920502
|
100.0000000
|
|
<NA>
|
0
|
NA
|
NA
|
0.0000000
|
100.0000000
|
|
Total
|
239
|
100.0000000
|
100.0000000
|
100.0000000
|
100.0000000
|
-
A summarytools: 4 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Nam
|
105
|
43.93305
|
43.93305
|
43.93305
|
43.93305
|
|
Nữ
|
134
|
56.06695
|
100.00000
|
56.06695
|
100.00000
|
|
<NA>
|
0
|
NA
|
NA
|
0.00000
|
100.00000
|
|
Total
|
239
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
-
A summarytools: 49 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Bác sĩ
|
2
|
1.2658228
|
1.265823
|
0.8368201
|
0.8368201
|
|
Chuyên gia
|
1
|
0.6329114
|
1.898734
|
0.4184100
|
1.2552301
|
|
Cán bộ nhà nước
|
1
|
0.6329114
|
2.531646
|
0.4184100
|
1.6736402
|
|
Công nhân
|
8
|
5.0632911
|
7.594937
|
3.3472803
|
5.0209205
|
|
Doanh nhân
|
1
|
0.6329114
|
8.227848
|
0.4184100
|
5.4393305
|
|
Du học sinh
|
35
|
22.1518987
|
30.379747
|
14.6443515
|
20.0836820
|
|
Giáo viên
|
2
|
1.2658228
|
31.645570
|
0.8368201
|
20.9205021
|
|
Giáo viên Ngoại ngữ
|
2
|
1.2658228
|
32.911392
|
0.8368201
|
21.7573222
|
|
Giúp việc
|
3
|
1.8987342
|
34.810127
|
1.2552301
|
23.0125523
|
|
Giảng viên đại học
|
1
|
0.6329114
|
35.443038
|
0.4184100
|
23.4309623
|
|
Hướng dẫn viên
|
1
|
0.6329114
|
36.075949
|
0.4184100
|
23.8493724
|
|
Học sinh
|
3
|
1.8987342
|
37.974684
|
1.2552301
|
25.1046025
|
|
Hồi hương
|
1
|
0.6329114
|
38.607595
|
0.4184100
|
25.5230126
|
|
Khách du lịch
|
24
|
15.1898734
|
53.797468
|
10.0418410
|
35.5648536
|
|
Khám bệnh ở Bạch Mai
|
1
|
0.6329114
|
54.430380
|
0.4184100
|
35.9832636
|
|
Kinh doanh
|
1
|
0.6329114
|
55.063291
|
0.4184100
|
36.4016736
|
|
Kinh doanh tự do, hồi hương
|
1
|
0.6329114
|
55.696203
|
0.4184100
|
36.8200837
|
|
Kỹ thuật viên
|
1
|
0.6329114
|
56.329114
|
0.4184100
|
37.2384937
|
|
Lao động
|
2
|
1.2658228
|
57.594937
|
0.8368201
|
38.0753138
|
|
Lao động tự do tại Đức
|
1
|
0.6329114
|
58.227848
|
0.4184100
|
38.4937238
|
|
Lái xe
|
2
|
1.2658228
|
59.493671
|
0.8368201
|
39.3305439
|
|
Lễ tân khách sạn
|
1
|
0.6329114
|
60.126582
|
0.4184100
|
39.7489540
|
|
Người bệnh Bạch Mai
|
2
|
1.2658228
|
61.392405
|
0.8368201
|
40.5857741
|
|
Người bệnh ở Bạch Mai
|
2
|
1.2658228
|
62.658228
|
0.8368201
|
41.4225941
|
|
Người chăm ở Bạch Mai
|
5
|
3.1645570
|
65.822785
|
2.0920502
|
43.5146444
|
|
Người nhà của nhân viên Trường Sinh
|
1
|
0.6329114
|
66.455696
|
0.4184100
|
43.9330544
|
|
Nhân viên
|
4
|
2.5316456
|
68.987342
|
1.6736402
|
45.6066946
|
|
Nhân viên Bảo Việt
|
1
|
0.6329114
|
69.620253
|
0.4184100
|
46.0251046
|
|
Nhân viên Trường Sinh
|
26
|
16.4556962
|
86.075949
|
10.8786611
|
56.9037657
|
|
Nhân viên ngoại giao
|
2
|
1.2658228
|
87.341772
|
0.8368201
|
57.7405858
|
|
Nhân viên phục vụ bàn
|
1
|
0.6329114
|
87.974684
|
0.4184100
|
58.1589958
|
|
Nhân viên quán Bar Buddha
|
1
|
0.6329114
|
88.607595
|
0.4184100
|
58.5774059
|
|
Nhân viên quán ăn
|
1
|
0.6329114
|
89.240506
|
0.4184100
|
58.9958159
|
|
Nhân viên sản xuất
|
1
|
0.6329114
|
89.873418
|
0.4184100
|
59.4142259
|
|
Nhân viên thiết kế đồ họa
|
1
|
0.6329114
|
90.506329
|
0.4184100
|
59.8326360
|
|
Nhân viên trạm xăng
|
1
|
0.6329114
|
91.139241
|
0.4184100
|
60.2510460
|
|
Nhân viên văn phòng
|
2
|
1.2658228
|
92.405063
|
0.8368201
|
61.0878661
|
|
Phi công
|
1
|
0.6329114
|
93.037975
|
0.4184100
|
61.5062762
|
|
Sống và làm tại Mỹ
|
1
|
0.6329114
|
93.670886
|
0.4184100
|
61.9246862
|
|
Sống và làm tại Pháp
|
1
|
0.6329114
|
94.303797
|
0.4184100
|
62.3430962
|
|
Thông tấn xã
|
1
|
0.6329114
|
94.936709
|
0.4184100
|
62.7615063
|
|
Tiếp viên hàng không
|
2
|
1.2658228
|
96.202532
|
0.8368201
|
63.5983264
|
|
Trẻ em
|
1
|
0.6329114
|
96.835443
|
0.4184100
|
64.0167364
|
|
Tự do
|
1
|
0.6329114
|
97.468354
|
0.4184100
|
64.4351464
|
|
chơi tại Bar Buddha
|
1
|
0.6329114
|
98.101266
|
0.4184100
|
64.8535565
|
|
lao động tự do
|
1
|
0.6329114
|
98.734177
|
0.4184100
|
65.2719665
|
|
Điều dưỡng
|
2
|
1.2658228
|
100.000000
|
0.8368201
|
66.1087866
|
|
<NA>
|
81
|
NA
|
NA
|
33.8912134
|
100.0000000
|
|
Total
|
239
|
100.0000000
|
100.000000
|
100.0000000
|
100.0000000
|
-
A summarytools: 17 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Anh
|
17
|
7.1129707
|
7.112971
|
7.1129707
|
7.112971
|
|
Brazil
|
6
|
2.5104603
|
9.623431
|
2.5104603
|
9.623431
|
|
Canada
|
1
|
0.4184100
|
10.041841
|
0.4184100
|
10.041841
|
|
Czech
|
1
|
0.4184100
|
10.460251
|
0.4184100
|
10.460251
|
|
Ireland
|
1
|
0.4184100
|
10.878661
|
0.4184100
|
10.878661
|
|
Lavia
|
1
|
0.4184100
|
11.297071
|
0.4184100
|
11.297071
|
|
Mexico
|
1
|
0.4184100
|
11.715481
|
0.4184100
|
11.715481
|
|
Mỹ
|
5
|
2.0920502
|
13.807531
|
2.0920502
|
13.807531
|
|
Nam Phi
|
2
|
0.8368201
|
14.644351
|
0.8368201
|
14.644351
|
|
Pháp
|
5
|
2.0920502
|
16.736402
|
2.0920502
|
16.736402
|
|
Thụy Điển
|
1
|
0.4184100
|
17.154812
|
0.4184100
|
17.154812
|
|
Trung Quốc
|
2
|
0.8368201
|
17.991632
|
0.8368201
|
17.991632
|
|
Việt Nam
|
193
|
80.7531381
|
98.744770
|
80.7531381
|
98.744770
|
|
Đan Mạch
|
1
|
0.4184100
|
99.163180
|
0.4184100
|
99.163180
|
|
Đức
|
2
|
0.8368201
|
100.000000
|
0.8368201
|
100.000000
|
|
<NA>
|
0
|
NA
|
NA
|
0.0000000
|
100.000000
|
|
Total
|
239
|
100.0000000
|
100.000000
|
100.0000000
|
100.000000
|
source of contaimination: type of transmission (foreign oubreak/local outbreak);
freq(covid[,c("LoaiCaBenhDich")]) # source of contaimination: type of transmission (foreign oubreak/local outbreak);
A summarytools: 5 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Ca xác định
|
31
|
12.97071
|
12.97071
|
12.97071
|
12.97071
|
|
Ổ dịch nước ngoài
|
147
|
61.50628
|
74.47699
|
61.50628
|
74.47699
|
|
Ổ dịch nội địa
|
61
|
25.52301
|
100.00000
|
25.52301
|
100.00000
|
|
<NA>
|
0
|
NA
|
NA
|
0.00000
|
100.00000
|
|
Total
|
239
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
quarantine
freq(covid[,c(19,27)]) # quarantine
-
A summarytools: 5 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Cách ly tại nhà
|
4
|
1.67364
|
1.67364
|
1.67364
|
1.67364
|
|
Cách ly tại địa điểm tập trung
|
107
|
44.76987
|
46.44351
|
44.76987
|
46.44351
|
|
Không cách ly
|
128
|
53.55649
|
100.00000
|
53.55649
|
100.00000
|
|
<NA>
|
0
|
NA
|
NA
|
0.00000
|
100.00000
|
|
Total
|
239
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
100.00000
|
-
A summarytools: 5 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Cơ sở tập trung
|
25
|
10.775862
|
10.77586
|
10.4602510
|
10.46025
|
|
Cơ sở điều trị
|
205
|
88.362069
|
99.13793
|
85.7740586
|
96.23431
|
|
Tại nhà
|
2
|
0.862069
|
100.00000
|
0.8368201
|
97.07113
|
|
<NA>
|
7
|
NA
|
NA
|
2.9288703
|
100.00000
|
|
Total
|
239
|
100.000000
|
100.00000
|
100.0000000
|
100.00000
|
type of hospitals
freq(covid$TenDiaDiemCachLy) # type of hospitals
A summarytools: 81 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
207/46 đường 3 tháng 2 Phường 11 quận 10 TPHCM
|
1
|
0.5
|
0.5
|
0.4184100
|
0.418410
|
|
BV Bệnh Nhiệt đới TPHCM
|
4
|
2.0
|
2.5
|
1.6736402
|
2.092050
|
|
BV Dã chiến Củ Chi
|
2
|
1.0
|
3.5
|
0.8368201
|
2.928870
|
|
BV Việt Nam-Thụy Điển
|
1
|
0.5
|
4.0
|
0.4184100
|
3.347280
|
|
BV ĐK tỉnh Ninh Thuận
|
1
|
0.5
|
4.5
|
0.4184100
|
3.765690
|
|
Bệnh Viện Đa khoa Ninh Bình
|
1
|
0.5
|
5.0
|
0.4184100
|
4.184100
|
|
Bệnh Viện Đa khoa Trung ương Huế CS 2
|
3
|
1.5
|
6.5
|
1.2552301
|
5.439331
|
|
Bệnh Viện Đa khoa tỉnh Bình Thuận
|
9
|
4.5
|
11.0
|
3.7656904
|
9.205021
|
|
Bệnh Viện Đa khoa Đà Nẵng
|
3
|
1.5
|
12.5
|
1.2552301
|
10.460251
|
|
Bệnh viện Bạch Mai
|
3
|
1.5
|
14.0
|
1.2552301
|
11.715481
|
|
Bệnh viện Bạch Mai cơ sở Hà Nam
|
2
|
1.0
|
15.0
|
0.8368201
|
12.552301
|
|
Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới TP. Hồ Chí Minh
|
1
|
0.5
|
15.5
|
0.4184100
|
12.970711
|
|
Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP HCM
|
1
|
0.5
|
16.0
|
0.4184100
|
13.389121
|
|
Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP. Hồ Chí Minh
|
2
|
1.0
|
17.0
|
0.8368201
|
14.225941
|
|
Bệnh viện COVID Cần Giờ
|
1
|
0.5
|
17.5
|
0.4184100
|
14.644351
|
|
Bệnh viện Dã chiến Củ Chi
|
11
|
5.5
|
23.0
|
4.6025105
|
19.246862
|
|
Bệnh viện Lao
|
1
|
0.5
|
23.5
|
0.4184100
|
19.665272
|
|
Bệnh viện Lao và Bv phổi Cần Thơ (hoặc TPHCM)
|
1
|
0.5
|
24.0
|
0.4184100
|
20.083682
|
|
Bệnh viện Nhi Đồng Trung ương cơ sở Đông Anh
|
1
|
0.5
|
24.5
|
0.4184100
|
20.502092
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới TPHCM
|
2
|
1.0
|
25.5
|
0.8368201
|
21.338912
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới Trung Ương
|
3
|
1.5
|
27.0
|
1.2552301
|
22.594142
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới Trung ương
|
1
|
0.5
|
27.5
|
0.4184100
|
23.012552
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới Trung ương cơ sở 2
|
63
|
31.5
|
59.0
|
26.3598326
|
49.372385
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới thành phố Hồ Chí Minh
|
2
|
1.0
|
60.0
|
0.8368201
|
50.209205
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới trung ương HCM
|
2
|
1.0
|
61.0
|
0.8368201
|
51.046025
|
|
Bệnh viện Nhiệt đới Đông Anh
|
1
|
0.5
|
61.5
|
0.4184100
|
51.464435
|
|
Bệnh viện Việt Nam Thụy Điển - Uông Bí
|
1
|
0.5
|
62.0
|
0.4184100
|
51.882845
|
|
Bệnh viện bệnh Nhiệt đới Trung ương cơ sở Kim Chung
|
1
|
0.5
|
62.5
|
0.4184100
|
52.301255
|
|
Bệnh viện dã chiến Củ Chi
|
4
|
2.0
|
64.5
|
1.6736402
|
53.974895
|
|
Bệnh viện dã chiến cơ sở 2 tại tỉnh Quảng Ninh
|
1
|
0.5
|
65.0
|
0.4184100
|
54.393305
|
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
|
Lục quân 1- tại Thạch Thất
|
1
|
0.5
|
78.5
|
0.4184100
|
65.69038
|
|
Lữ đoàn 241 - tỉnh Ninh Bình
|
3
|
1.5
|
80.0
|
1.2552301
|
66.94561
|
|
Lữ đoàn 241- Quỳnh Lưu- Nho Quan - Ninh Bình
|
2
|
1.0
|
81.0
|
0.8368201
|
67.78243
|
|
Lữ đoàn 241- xã Quỳnh Lưu- huyện Nho Quan- Ninh Bình
|
1
|
0.5
|
81.5
|
0.4184100
|
68.20084
|
|
Nhà riêng tại số 28 Quảng Khánh, Quảng An, Tây Hồ, Hà Nội
|
1
|
0.5
|
82.0
|
0.4184100
|
68.61925
|
|
Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật HCM
|
1
|
0.5
|
82.5
|
0.4184100
|
69.03766
|
|
Trung tâm Y tế Cầu Giấy
|
1
|
0.5
|
83.0
|
0.4184100
|
69.45607
|
|
Trung tâm Y tế huyện Bình Đại
|
1
|
0.5
|
83.5
|
0.4184100
|
69.87448
|
|
Trung tâm Y tế huyện Cần Giờ
|
1
|
0.5
|
84.0
|
0.4184100
|
70.29289
|
|
Trung tâm Y tế huyện Thanh Miện
|
1
|
0.5
|
84.5
|
0.4184100
|
70.71130
|
|
Trung tâm Y tế quận Hải Châu
|
2
|
1.0
|
85.5
|
0.8368201
|
71.54812
|
|
Trung tâm kiểm soát bệnh tật Trà Vinh
|
2
|
1.0
|
86.5
|
0.8368201
|
72.38494
|
|
Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh Hà Tĩnh
|
1
|
0.5
|
87.0
|
0.4184100
|
72.80335
|
|
Trung tâm kiểm soát bệnh tật Đồng Tháp
|
4
|
2.0
|
89.0
|
1.6736402
|
74.47699
|
|
Trung đoàn 10, huyện Nhà Bè, Thành phố Hồ Chí Minh
|
1
|
0.5
|
89.5
|
0.4184100
|
74.89540
|
|
Trung đoàn 855, tỉnh Ninh Bình
|
2
|
1.0
|
90.5
|
0.8368201
|
75.73222
|
|
Trung đoàn E834
|
1
|
0.5
|
91.0
|
0.4184100
|
76.15063
|
|
Trường HUFLIT, huyện Hóc Môn, TPHCM
|
1
|
0.5
|
91.5
|
0.4184100
|
76.56904
|
|
Trường Quân sự Quân khu 7, Quận 12, TPHCM
|
1
|
0.5
|
92.0
|
0.4184100
|
76.98745
|
|
Trường Thiếu sinh quân, huyện Củ Chi
|
2
|
1.0
|
93.0
|
0.8368201
|
77.82427
|
|
Trường Văn hóa nghệ thuật Vĩnh Phúc
|
4
|
2.0
|
95.0
|
1.6736402
|
79.49791
|
|
Trường quân sự tỉnh Ninh Bình
|
1
|
0.5
|
95.5
|
0.4184100
|
79.91632
|
|
Trường Đại học FPT
|
1
|
0.5
|
96.0
|
0.4184100
|
80.33473
|
|
Yên Duyên, Yên Sở, Hoàng Mai
|
1
|
0.5
|
96.5
|
0.4184100
|
80.75314
|
|
doanh trại quân đội Hương Khê
|
1
|
0.5
|
97.0
|
0.4184100
|
81.17155
|
|
khu cách ly tập chung tại Lữ đoàn 241- xã Quỳnh Lưu- huyện Nho Quan- Ninh Bình
|
1
|
0.5
|
97.5
|
0.4184100
|
81.58996
|
|
Đại học FPT- Hòa Lạc, Thạch Thất
|
4
|
2.0
|
99.5
|
1.6736402
|
83.26360
|
|
Đại học FPT-Hòa Lạc, Thạch Thất
|
1
|
0.5
|
100.0
|
0.4184100
|
83.68201
|
|
<NA>
|
39
|
NA
|
NA
|
16.3179916
|
100.00000
|
|
Total
|
239
|
100.0
|
100.0
|
100.0000000
|
100.00000
|
Chuyển dạng POSIX sang Date
covid$NgayVaoVien <- as.Date.character(covid$NgayVaoVien) # Chuyển dạng POSIX sang Date
Tính ngày ủ bệnh = NgayKhoiPhat - NgayVaoVien
covid$incubation.period <- with(covid,NgayKhoiPhat - NgayVaoVien) # Tính ngày ủ bệnh = NgayKhoiPhat - NgayVaoVien
Liệt kê danh sách đối chiếu
covid[,c("NgayVaoVien","NgayKhoiPhat")] # Liệt kê danh sách đối chiếu
A tibble: 239 × 2
|
NgayVaoVien
|
NgayKhoiPhat
|
|
<date>
|
<date>
|
|
2020-01-22
|
2020-01-17
|
|
2020-01-22
|
2020-01-20
|
|
2020-01-24
|
2020-01-18
|
|
2020-01-31
|
2020-01-26
|
|
2020-02-01
|
2020-01-29
|
|
2020-01-27
|
2020-01-25
|
|
2020-01-24
|
2020-01-24
|
|
2020-01-26
|
2020-01-21
|
|
2020-02-01
|
2020-01-26
|
|
2020-01-31
|
2020-01-31
|
|
2020-02-04
|
2020-02-03
|
|
2020-02-04
|
2020-02-04
|
|
2020-02-05
|
2020-02-04
|
|
2020-02-03
|
2020-01-31
|
|
2020-02-06
|
2020-02-06
|
|
2020-02-11
|
2020-02-11
|
|
2020-03-05
|
2020-02-29
|
|
2020-03-07
|
NA
|
|
2020-03-07
|
2020-03-06
|
|
2020-03-06
|
NA
|
|
2020-03-06
|
2020-03-05
|
|
2020-03-08
|
2020-03-07
|
|
2020-03-08
|
NA
|
|
2020-03-08
|
NA
|
|
2020-03-08
|
NA
|
|
2020-03-08
|
2020-03-19
|
|
2020-03-08
|
2020-03-11
|
|
2020-03-08
|
2020-03-20
|
|
2020-03-07
|
2020-03-12
|
|
2020-03-07
|
NA
|
|
⋮
|
⋮
|
|
2020-03-29
|
NA
|
|
2020-03-24
|
NA
|
|
2020-03-29
|
2020-03-29
|
|
2020-03-30
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
|
2020-03-31
|
NA
|
|
2020-03-31
|
2020-03-30
|
|
2020-03-31
|
2020-03-30
|
|
2020-03-31
|
2020-03-30
|
|
2020-03-25
|
NA
|
|
NA
|
2020-03-22
|
|
2020-03-29
|
2020-03-29
|
|
2020-03-22
|
NA
|
|
NA
|
2020-03-26
|
|
2020-04-01
|
NA
|
|
2020-03-30
|
NA
|
|
2020-04-01
|
2020-04-01
|
|
2020-03-31
|
NA
|
|
2020-03-30
|
2020-03-20
|
|
2020-03-30
|
2020-03-20
|
|
2020-03-30
|
2020-03-20
|
|
NA
|
NA
|
|
2020-04-02
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
|
2020-04-01
|
NA
|
|
2020-04-01
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
Thống kê ngày ủ bệnh
dfSummary(covid$incubation.period) # Thống kê ngày ủ bệnh
covid$incubation.period was converted to a data frame
A summarytools: 1 × 8
|
|
No
|
Variable
|
Stats / Values
|
Freqs (% of Valid)
|
Graph
|
text.graph
|
Valid
|
Missing
|
|
|
<dbl>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
|
1
|
1
|
incubation.period
[difftime]
|
min : -12
med : -1
max : 12
units : days
|
18 distinct values
|
<img style=“border:none;background-color:transparent;padding:0” src=“data:image/png;base64, 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”>
|
:
:
: :
: :
. : : .
|
98
(41%)
|
141
(59%)
|
Symptoms onset: ICD10 rank
freq(covid$TrieuChungKhoiPhat) # Symptoms onset: ICD10 rank
A summarytools: 24 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Gai người, mệt mỏi, sốt
|
1
|
2.083333
|
2.083333
|
0.4184100
|
0.418410
|
|
Ho
|
9
|
18.750000
|
20.833333
|
3.7656904
|
4.184100
|
|
Ho, mệt, đau đầu
|
1
|
2.083333
|
22.916667
|
0.4184100
|
4.602510
|
|
Ho, rát họng
|
1
|
2.083333
|
25.000000
|
0.4184100
|
5.020921
|
|
Ho, sốt
|
4
|
8.333333
|
33.333333
|
1.6736402
|
6.694561
|
|
Ho, sốt, đau đầu
|
1
|
2.083333
|
35.416667
|
0.4184100
|
7.112971
|
|
Ho, đau họng và sốt
|
1
|
2.083333
|
37.500000
|
0.4184100
|
7.531381
|
|
Ho, đau mỏi người
|
1
|
2.083333
|
39.583333
|
0.4184100
|
7.949791
|
|
Hắt hơi
|
1
|
2.083333
|
41.666667
|
0.4184100
|
8.368201
|
|
Mệt mỏi, ho
|
1
|
2.083333
|
43.750000
|
0.4184100
|
8.786611
|
|
Rát họng
|
1
|
2.083333
|
45.833333
|
0.4184100
|
9.205021
|
|
Sốt
|
7
|
14.583333
|
60.416667
|
2.9288703
|
12.133891
|
|
Sốt, ho
|
2
|
4.166667
|
64.583333
|
0.8368201
|
12.970711
|
|
Sốt, ho khan
|
1
|
2.083333
|
66.666667
|
0.4184100
|
13.389121
|
|
Sốt, ho, đau họng
|
1
|
2.083333
|
68.750000
|
0.4184100
|
13.807531
|
|
Sốt, mệt mỏi
|
1
|
2.083333
|
70.833333
|
0.4184100
|
14.225941
|
|
Sốt, nhức mỏi người, đau họng
|
1
|
2.083333
|
72.916667
|
0.4184100
|
14.644351
|
|
Đau họng
|
6
|
12.500000
|
85.416667
|
2.5104603
|
17.154812
|
|
Đau họng, ho
|
2
|
4.166667
|
89.583333
|
0.8368201
|
17.991632
|
|
Đau họng, ho, sốt
|
1
|
2.083333
|
91.666667
|
0.4184100
|
18.410042
|
|
Đau họng, hắt hơi
|
1
|
2.083333
|
93.750000
|
0.4184100
|
18.828452
|
|
Đau, rát họng
|
3
|
6.250000
|
100.000000
|
1.2552301
|
20.083682
|
|
<NA>
|
191
|
NA
|
NA
|
79.9163180
|
100.000000
|
|
Total
|
239
|
100.000000
|
100.000000
|
100.0000000
|
100.000000
|
other chronic diseases
freq(covid$BenhNen) # other chronic diseases
A summarytools: 19 × 5 of type dbl
|
|
Freq
|
% Valid
|
% Valid Cum.
|
% Total
|
% Total Cum.
|
|
Béo phì độ 2/THA
|
1
|
5.882353
|
5.882353
|
0.41841
|
0.4184100
|
|
Dị ứng thời tiết
|
1
|
5.882353
|
11.764706
|
0.41841
|
0.8368201
|
|
Hen từ nhỏ
|
1
|
5.882353
|
17.647059
|
0.41841
|
1.2552301
|
|
Rối loạn tiền đình
|
1
|
5.882353
|
23.529412
|
0.41841
|
1.6736402
|
|
Suy tim
|
1
|
5.882353
|
29.411765
|
0.41841
|
2.0920502
|
|
THA
|
1
|
5.882353
|
35.294118
|
0.41841
|
2.5104603
|
|
THA/Nhiễm trùng tiết niệu
|
1
|
5.882353
|
41.176471
|
0.41841
|
2.9288703
|
|
THA/Đau cột sống
|
1
|
5.882353
|
47.058824
|
0.41841
|
3.3472803
|
|
Tan máu bẩm sinh/Viêm dạ dày
|
1
|
5.882353
|
52.941176
|
0.41841
|
3.7656904
|
|
Ung thư
|
1
|
5.882353
|
58.823529
|
0.41841
|
4.1841004
|
|
Ung thư vú
|
1
|
5.882353
|
64.705882
|
0.41841
|
4.6025105
|
|
Viêm dạ dày
|
1
|
5.882353
|
70.588235
|
0.41841
|
5.0209205
|
|
Viêm mũi xoang
|
1
|
5.882353
|
76.470588
|
0.41841
|
5.4393305
|
|
Viêm xoang mạn
|
1
|
5.882353
|
82.352941
|
0.41841
|
5.8577406
|
|
ĐTĐ Type II
|
1
|
5.882353
|
88.235294
|
0.41841
|
6.2761506
|
|
Đái tháo đường típ 2
|
1
|
5.882353
|
94.117647
|
0.41841
|
6.6945607
|
|
Động kinh/Hen/Ung thư vú
|
1
|
5.882353
|
100.000000
|
0.41841
|
7.1129707
|
|
<NA>
|
222
|
NA
|
NA
|
92.88703
|
100.0000000
|
|
Total
|
239
|
100.000000
|
100.000000
|
100.00000
|
100.0000000
|
time from first positive sample to the first negative s
covid[,c("KQXN1","KQXN2","KQXN3","KQXN4","KQXN5","KQXN6","KQXN7","KQXN8")] # time from first positive sample to the first negative s
A tibble: 239 × 8
|
KQXN1
|
KQXN2
|
KQXN3
|
KQXN4
|
KQXN5
|
KQXN6
|
KQXN7
|
KQXN8
|
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
<chr>
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Dương tính
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
Dương tính
|
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
⋮
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Âm tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Âm tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Nghi ngờ
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
|
Dương tính
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|
NA
|