Este documento sirve de base para la elaboración de su informe sobre Termoregulación en Anolis . El archivo original de los datos en GoogleDrive lo puede acceder usando este enlace: LabEcoGen termoregulacion Anolis 20200218.
La metadata necesaria para su informe se encuentra en el documento (GoogleSheet) que contiene los datos.
Los datos se cargan a RStudio utilizando un archivo Excel, obtenido (‘Download’) a partir del archivo GoogleSheet original. Es posible conectarse directamente desde R a GoogleDrive, pero eso lo podemos implementar más adelante.
library(readxl)
Anolis <- read_excel("LabEcoGen termoregulacion Anolis 20200218.xlsx",
sheet = "master")
head(Anolis)La primera hipótesis alterna formulada fue:
\(H_{A_1}:\) Los lagartijos Anolis son poiquilotermos, por lo tanto su comportamiento será tratar de estar expuestos al sol, especialmente en la mañana, luego de la noche.
library(ggplot2)
#gráfica de barras
expo_bar <- ggplot(Anolis, aes(group = hora)) +
geom_bar(aes(x = exposicion, y = ..prop.., fill=hora), position = "dodge") +
scale_fill_brewer(palette = "Blues") +
#scale_fill_manual(aes(x=exposicion),labels="Intermedio","Sombra","Sol") +
labs(x="Exposición", y="Frecuencia") +
scale_x_discrete(labels=c("Intermedia","Sombra","Sol"))
expo_barFIGURA 1. Frecuencia relativa de observación de lagartijos (frec), en diversos niveles de exposición, para horas de la mañana (AM) y de la tarde (PM).
Para determinar si el comportamiento de exposición al sol de los lagartijos es diferente entre la mañana y la tarde, efectuamos una prueba de independencia de chi-cuadrado (\(\chi^2\)):
TABLA 1 Tabla de frecuencias de observaciones de lagartijos en tres niveles de exposición y en la mañana y la tarde.
library(dplyr)
library(kableExtra)
# tabla de contingencia
expoT <- table(Anolis$hora, Anolis$exposicion)
colnames(expoT) <- c("Intermedio","Sombra","Sol")
expoT %>%
kable() %>%
kable_styling()TABLA 2. Prueba chi-cuadrado para la independencia de las frecuencias de lagartijos, entre el nivel de exposición (sombra, intermedio, sol) y las horas de la mañana (AM) y las de la tarde (PM). Para rechazar la hipótesis nula de independencia debemos tener P < 0.05.
library(pander)
#prueba chi-cuadrado de independencia
indepExp <- chisq.test(expoT)
pander(indepExp)La hipótesis formulada en el laboratorio fue:
\(H_{A_2}:\) Luego de adquirir calor en la mañana, los lagartijos necesitan retenerlo, por lo que esperamos que utilizarán diferentes substratos a lo largo del día, árboles en la mañana, y suelo en la tarde.
library(ggplot2)
#gráfica de barras
expo_bar <- ggplot(Anolis, aes(group = hora)) +
geom_bar(aes(x = substrato, y = ..prop.., fill=hora), position = "dodge") +
scale_fill_brewer(palette = "Greens") +
labs(x="Substrato", y="Frecuencia") +
scale_x_discrete(labels=c("Arbol","Cemento/Roca","Otros","Suelo"))
expo_barFIGURA 2. Frecuencia relativa de observación de lagartijos (Frecuencia), en diversos substratos, para horas de la mañana (AM) y de la tarde (PM).
Para determinar si el comportamiento de ubicación en un substrato, de los lagartijos, es diferente entre la mañana y la tarde, efectuamos una prueba de independencia de chi-cuadrado (\(\chi^2\)):
TABLA 3. Tabla de frecuencias de observaciones de lagartijos en cuatro tipos de substratos, y en la mañana y la tarde.
library(dplyr)
library(kableExtra)
# tabla de contingencia
subsT <- table(Anolis$hora, Anolis$substrato)
colnames(subsT) <- c("Arbol","Cemento/Roca","Otro","Suelo")
subsT %>%
kable() %>%
kable_styling()TABLA 4. Prueba chi-cuadrado para la independencia de las frecuencias de lagartijos, entre el tipo de substrato y las horas de la mañana (AM) y las de la tarde (PM). Para rechazar la hipótesis nula de independencia debemos tener P < 0.05.
library(pander)
#prueba chi-cuadrado de independencia
indep.sust <- chisq.test(subsT)
pander(indep.sust)La hipótesis formulada en el laboratorio fue:
\(H_{A_3}:\) Luego de la noche, con temperaturas más bajas, los lagartijos estarán menos activos y alertas en horas de la mañana, en comparación con la tarde.
library(ggplot2)
#gráfica de barras
expo_bar <- ggplot(Anolis, aes(group = hora)) +
geom_bar(aes(x = estado, y = ..prop.., fill=hora), position = "dodge") +
scale_fill_brewer(palette = "Oranges") +
labs(x="Actividad", y="Frecuencia") +
scale_x_discrete(labels=c("Alerta","Echado","Moviéndose"))
expo_barFIGURA 3. Frecuencia relativa de observación de lagartijos, en diversas actividades, para horas de la mañana (AM) y de la tarde (PM).
TABLA 5. Tabla de frecuencias de observaciones de lagartijos en cuatro tipos de substratos, y en la mañana y la tarde.
library(kableExtra)
# tabla de contingencia
actT <- table(Anolis$hora, Anolis$estado)
colnames(actT) <- c("Alerta","Echado","Movimiento")
actT %>%
kable() %>%
kable_styling()Para determinar si las actividades de los lagartijos, son diferentes entre la mañana y la tarde, efectuamos una prueba de independencia de chi-cuadrado (\(\chi^2\)):
TABLA 6. Prueba chi-cuadrado para la independencia de las frecuencias de lagartijos, entre las actividades y las horas de la mañana (AM) y las de la tarde (PM). Para rechazar la hipótesis nula de independencia debemos tener P < 0.05.
library(pander)
#prueba chi-cuadrado de independencia
indep.acti <- chisq.test(actT)
pander(indep.acti)Gvozdík, L. 2002. To heat or to save time? Thermoregulation in the lizard Zootoca vivipara (Squamata: Lacertidae) in different thermal environments along an altitudinal gradient. Can. J. Zool. 80, 479–492.
Hertz, P.E., Huey, R.B. 1981. Compensation for altitudinal changes in the thermal environment by some Anolis lizards on Hispaniola. Ecology 62, 515–521.
Leal, M., Fleishman, L.J. 2002. Evidence for habitat partitioning based on adaptation to environmental light in a pair of sympatric lizard species. Proc. R. Soc. Lond. B, B 269, 351–359.