|Data Scientist|Business Analyst|Business Intelligence Specialist|Senior Project Management Officer|Senior Project Planning|
|EASA Part M CAMO 145 Technical Service Engineer|Aircraft Asset Management Specialist|
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### code chunk number 1: flexmix-intro
###################################################
set.seed(1504)
options(width=70, prompt = "R> ", continue = "+ ", useFancyQuotes = FALSE)
grDevices::ps.options(family="Times")
library("graphics")
library("flexmix")
data("NPreg")
###################################################
### code chunk number 2: flexmix-intro
###################################################
library("flexmix")
data("NPreg")
m1 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2)
m1
##
## Call:
## flexmix(formula = yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2)
##
## Cluster sizes:
## 1 2
## 100 100
##
## convergence after 15 iterations
###################################################
### code chunk number 3: flexmix-intro
###################################################
parameters(m1, component = 1)
## Comp.1
## coef.(Intercept) -0.20866478
## coef.x 4.81612095
## coef.I(x^2) 0.03632578
## sigma 3.47494722
###################################################
### code chunk number 4: flexmix-intro
###################################################
parameters(m1, component = 2)
## Comp.2
## coef.(Intercept) 14.7175699
## coef.x 9.8455831
## coef.I(x^2) -0.9682393
## sigma 3.4808477
###################################################
### code chunk number 5: flexmix-intro
###################################################
table(NPreg$class, clusters(m1))
##
## 1 2
## 1 95 5
## 2 5 95
###################################################
### code chunk number 6: flexmix-intro
###################################################
summary(m1)
##
## Call:
## flexmix(formula = yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2)
##
## prior size post>0 ratio
## Comp.1 0.494 100 145 0.690
## Comp.2 0.506 100 141 0.709
##
## 'log Lik.' -642.5451 (df=9)
## AIC: 1303.09 BIC: 1332.775
###################################################
### code chunk number 7: flexmix-intro
###################################################
par(mfrow=c(1,2))
plot(yn~x, col=class, pch=class, data=NPreg)
plot(yp~x, col=class, pch=class, data=NPreg)
###################################################
### code chunk number 8: flexmix-intro
###################################################
print(plot(m1))
###################################################
### code chunk number 9: flexmix-intro
###################################################
rm1 <- refit(m1)
summary(rm1)
## $Comp.1
## Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
## (Intercept) -0.208520 1.009207 -0.2066 0.8363
## x 4.814466 0.509610 9.4474 <2e-16 ***
## I(x^2) 0.036540 0.049755 0.7344 0.4627
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## $Comp.2
## Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
## (Intercept) 14.71321 1.32378 11.115 < 2.2e-16 ***
## x 9.84831 0.59158 16.647 < 2.2e-16 ***
## I(x^2) -0.96852 0.05526 -17.526 < 2.2e-16 ***
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
###################################################
### code chunk number 10: flexmix-intro
###################################################
options(width=55)
##
## Call:
## flexmix(formula = yp ~ x, data = NPreg, k = 2,
## model = FLXMRglm(family = "poisson"))
##
## prior size post>0 ratio
## Comp.1 0.532 112 197 0.569
## Comp.2 0.468 88 200 0.440
##
## 'log Lik.' -440.6424 (df=5)
## AIC: 891.2848 BIC: 907.7764
###################################################
### code chunk number 12: flexmix-intro
###################################################
options(width=65)
###################################################
### code chunk number 13: flexmix-intro
###################################################
print(plot(m2))
###################################################
### code chunk number 15: flexmix-intro
###################################################
print(plot(m3))
###################################################
### code chunk number 16: flexmix-intro
###################################################
m4 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2) | id2, data = NPreg, k = 2)
summary(m4)
##
## Call:
## flexmix(formula = yn ~ x + I(x^2) | id2, data = NPreg,
## k = 2)
##
## prior size post>0 ratio
## Comp.1 0.5 100 100 1
## Comp.2 0.5 100 100 1
##
## 'log Lik.' -561.5651 (df=9)
## AIC: 1141.13 BIC: 1170.815
###################################################
### code chunk number 17: flexmix-intro
###################################################
m5 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2,
control = list(iter.max = 15, verbose = 3, classify = "hard"))
## Classification: hard
## 3 Log-likelihood : -722.8041
## 5 Log-likelihood : -722.5276
## converged
###################################################
### code chunk number 18: flexmix-intro
###################################################
m6 <- flexmix(yp ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 4,
control = list(minprior = 0.2))
m6
##
## Call:
## flexmix(formula = yp ~ x + I(x^2), data = NPreg,
## k = 4, control = list(minprior = 0.2))
##
## Cluster sizes:
## 1 2
## 122 78
##
## convergence after 103 iterations
###################################################
### code chunk number 19: flexmix-intro
###################################################
m7 <- stepFlexmix(yp ~ x + I(x^2), data = NPreg,
control = list(verbose = 0), k = 1:5, nrep = 5)
## 1 : * * * * *
## 2 : * * * * *
## 3 : * * * * *
## 4 : * * * * *
## 5 : * * * * *
###################################################
### code chunk number 20: flexmix-intro
###################################################
getModel(m7, "BIC")
##
## Call:
## stepFlexmix(yp ~ x + I(x^2), data = NPreg, control = list(verbose = 0),
## k = 2, nrep = 5)
##
## Cluster sizes:
## 1 2
## 78 122
##
## convergence after 31 iterations
###################################################
### code chunk number 21: flexmix-intro
###################################################
library("flexmix")
set.seed(1504)
options(width=60)
grDevices::ps.options(family="Times")
suppressMessages(require("ellipse"))
suppressMessages(require("mvtnorm"))
source("C:/Users/Test/Documents/R/win-library/3.5/flexmix/doc/mymclust.R")
###################################################
### code chunk number 22: flexmix-intro
###################################################
data("Nclus")
m1 <- flexmix(Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust())
summary(m1)
##
## Call:
## flexmix(formula = Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust())
##
## prior size post>0 ratio
## Comp.1 0.159 92 165 0.558
## Comp.2 0.269 149 174 0.856
## Comp.3 0.397 213 488 0.436
## Comp.4 0.175 96 172 0.558
##
## 'log Lik.' -2447.3 (df=19)
## AIC: 4932.6 BIC: 5014.488
###################################################
### code chunk number 23: flexmix-intro
###################################################
m2 <- flexmix(Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust(diagonal = FALSE))
summary(m2)
##
## Call:
## flexmix(formula = Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust(diagonal = FALSE))
##
## prior size post>0 ratio
## Comp.1 0.177 97 132 0.735
## Comp.2 0.368 203 247 0.822
## Comp.3 0.272 150 176 0.852
## Comp.4 0.182 100 112 0.893
##
## 'log Lik.' -2223.678 (df=23)
## AIC: 4493.356 BIC: 4592.484
###################################################
### code chunk number 24: flexmix-intro
###################################################
par(mfrow=1:2)
plotEll(m1, Nclus)
plotEll(m2, Nclus)
###################################################
### code chunk number 25: flexmix-intro
###################################################
SI <- sessionInfo()
pkgs <- paste(sapply(c(SI$otherPkgs, SI$loadedOnly), function(x)
paste("\\\\pkg{", x$Package, "} ",
x$Version, sep = "")), collapse = ", ")