Media ± desviación estándar; R2 : coeficiente de determinación; F: valor de Fisher; p: probabilidad; letras iguales indican no diferencia estadísticamente significativa entre los sistemas (LSD, p>0.05)
Fig. 1. Distribución de los niveles de pH dentro de los sistemas (Control y Pennisetum sp.) a partir de interpolaciones cuadrática entre los pizometros. Cruces de color blanco indican posición de los pizometros; gradiente de color y curvas de nivel indican la intensidad de pH de bajo (azul) a alto (rojo); KW: Krukall-Wallis; R2: coeficiente de determinación; p: probabilidad; letras iguales indican no diferencia estadísticamente significativa entre la posición de los pizometros en filas (Bonferroni, p>0.05).
Fig. 2. Distribución de los niveles de OD dentro de los sistemas (Control y Pennisetum sp.) a partir de interpolaciones cuadrática entre los pizometros. Cruces de color blanco indican posición de los pizometros; gradiente de color y curvas de nivel indican la intensidad de OD de bajo (azul) a alto (rojo); KW: Krukall-Wallis; R2: coeficiente de determinación; p: probabilidad.
Fig. 3. Distribución de los niveles de conductividad eléctrica dentro de los sistemas (Control y Pennisetum sp.) a partir de interpolaciones cuadrática entre los pizometros. Cruces de color blanco indican posición de los pizometros; gradiente de color y curvas de nivel indican la intensidad de conductividad de bajo (azul) a alto (rojo); KW: Krukall-Wallis; R2: coeficiente de determinación; p: probabilidad; letras iguales indican no diferencia estadísticamente significativa entre la posición de los pizometros en filas (Bonferroni, p>0.05).
Fig. 4. Distribución de los niveles de temperatura (°C) dentro de los sistemas (Control y Pennisetum sp.) a partir de interpolaciones cuadrática entre los pizometros. Cruces de color blanco indican posición de los pizometros; gradiente de color y curvas de nivel indican la intensidad de temperatura de bajo (azul) a alto (rojo); KW: Krukall-Wallis; R2: coeficiente de determinación; p: probabilidad.
Fig. 5. Distribucción de los niveles de ORP dentro de los sistemas (Control y Pennisetum sp.) a partir de interpolaciones cuadrática entre los pizometros. Cruces de color blanco indican posición de los pizometros; gradiente de color y curvas de nivel indican la intensidad de ORP de bajo (azul) a alto (rojo); KW: Krukall-Wallis; R2: coeficiente de determinación; p: probabilidad; letras iguales indican no diferencia estadísticamente significativa entre la posición de los pizometros en filas (Bonferroni, p>0.05).
Fig. 6. Correlaciones de Spearman entre los parámetros físico-químicos (pH, temperatura, conductividad, ORP y OD) al nivel de sistema (control o Pennisetum sp.) y ambos sistemas en conjunto.
Agradecemos al Dr. Junior Pérez Molina y a la Dr. Carola Scholz, ambos profesores de la Universidad Nacional de Costa Rica, por su apoyo y tutoría brindada en esta investigación.
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#------------------------------------------------
# Packages
#------------------------------------------------
library("readxl")
library(openxlsx)
library(Rmisc)
library(fields) #https://www.rdocumentation.org/packages/fields/versions/9.8-6/topics/interp.surface
library(plot3D) #https://rpubs.com/yoshio/95844
library(yarrr)
library(broom)
library(car)
library(lsmeans)
library(multcompView)
library(multcomp)
library(dplyr)
library(GGally)
library(factoextra)
library(cowplot)
library(ggplot2)
library(grid)
library(gridExtra)
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Loading - Database
#------------------------------------------------
dat<-read_excel("C:/Users/jabar/Downloads/humedal/humedal/Data/Data.xlsx", sheet = "Data")
dat<-data.frame(dat)
dat$Rep<-format(dat$Rep,"%H:%M:%S")
dat$Fecha<-as.Date(dat$Fecha)
pe<-dat[dat$Tratamiento=="Entrada", ]
ps_p<-dat[dat$Tratamiento=="Salida Pennisetum", ]
ps_c<-dat[dat$Tratamiento=="Salida Control", ]
str(dat)
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Cuadro 1 - Comparaci?n entrada y salida de los sistemas (Control y Pennisetum)
#------------------------------------------------
g<-merge(pe, ps_c, all=TRUE)
g<-merge(g, ps_p, all=TRUE)
g$Tratamiento_Fecha<-paste(g$Tratamiento, g$Fecha, sep="*")
g$Tratamiento_Fecha_Rep<-paste(g$Tratamiento_Fecha, g$Rep, sep="*")
g$Fecha<-as.factor(g$Fecha)
g$Rep<-as.factor(g$Rep)
g$Tratamiento<-as.factor(g$Tratamiento)
str(g)
#------------------------------------------------
fun.table<-function(model1, model2, Variable){
shapiro.test(model1$residuals)
inf<-round(glance(model1),3)
P.value<-round(as.numeric(inf[5]),3)
P.value<-ifelse(P.value<0.001, "***",
ifelse(P.value<0.01, "**",
ifelse(P.value<0.05, "*","n.s.")))
R2<-round(as.numeric(inf[2]),2)
F<-round(as.numeric(inf[4]),1)
coef<-Anova(model1, type="II")
P<-data.frame(round(coef$`Pr(>F)`,3))
P<-data.frame(t(P))
sum = summarySE(g, measurevar= Variable, groupvars=c("Tratamiento"), na.rm=TRUE)
sum<-sum[c(1,2,3,5,6)]
sum<-data.frame(sum)
sum<-data.frame(Sistema= sum$Tratamiento, mean=paste(round(sum[,3], 1), round(sum[,4], 2), sep=" ± "))
sum<-data.frame(t(sum))
names(sum)<-c("Entrada", "Salida Control","Salida Pennisetum")
sum<-sum[-1,]
if(P[,3]<0.05){
lsm = lsmeans(model2, pairwise ~ Tratamiento, adjust="LSD")
t1<-data.frame(cld(lsm[[1]], alpha=.05, Letters=letters))
t2<-data.frame(t1[c(1)],t1[c(7)])
t2<-t2[order(t2$Tratamiento),]
rm.whitespace <- function (x) gsub("^\\s+|\\s+$", "", x)
t2$.group<-rm.whitespace(t2$.group)
} else {
t2<-data.frame(Tratamiento=c("","",""),".group"=c("","",""))
}
p<-data.frame(Variable=Variable,Fecha=P[,1],Hora=P[,2],Sistema=P[,3],
Entrada=paste(sum[1,1], t2[1,2], sep=" "),
"Salida Control"=paste(sum[1,2], t2[2,2], sep=" "),
"Salida Pennisetum"=paste(sum[1,3], t2[3,2], sep=" "),
R2, F, P.value)
s<-ifelse(p[,c(2,3,4)]<0.001, "***",
ifelse(p[,c(2,3,4)]<0.01, "**",
ifelse(p[,c(2,3,4)]<0.05, "*","n.s.")))
p[,2]<-s[,1]
p[,3]<-s[,2]
p[,4]<-s[,3]
return(p)
}
#------------------------------------------------
OD_es<-aov(OD ~ Fecha + Rep + Tratamiento, data=g)
summary(OD_es)
shapiro.test(OD_es$residuals)
leveneTest(g$OD, g$Tratamiento)
OD_es2<-aov(OD ~ Tratamiento, data=g)
summary(OD_es2)
OD_t<-fun.table(model1=OD_es, model2= OD_es2,Variable="OD")
#------------------------------------------------
pH_es<-aov(pH ~ Fecha + Rep + Tratamiento, data=g)
summary(pH_es)
shapiro.test(pH_es$residuals)
leveneTest(g$pH, g$Tratamiento)
pH_es2<-aov(pH ~ Tratamiento, data=g)
summary(pH_es2)
pH_t<-fun.table(model1=pH_es, model2= pH_es2,Variable="pH")
#------------------------------------------------
ORP_es<-aov(ORP ~ Fecha + Rep + Tratamiento, data=g)
summary(ORP_es)
shapiro.test(ORP_es$residuals)
leveneTest(g$ORP, g$Tratamiento)
ORP_es2<-aov(ORP ~ Tratamiento, data=g)
summary(ORP_es2)
ORP_t<-fun.table(model1=ORP_es, model2= ORP_es2,Variable="ORP")
#------------------------------------------------
Temperatura_es<-aov(Temperatura ~ Fecha + Rep + Tratamiento, data=g)
summary(Temperatura_es)
shapiro.test(Temperatura_es$residuals)
leveneTest(g$Temperatura, g$Tratamiento)
Temperatura_es2<-aov(Temperatura ~ Tratamiento, data=g)
summary(Temperatura_es2)
Temperatura_t<-fun.table(model1=Temperatura_es, model2= Temperatura_es2,Variable="Temperatura")
#------------------------------------------------
Conductividad_es<-aov(Conductividad ~ Fecha + Rep + Tratamiento, data=g)
summary(Conductividad_es)
shapiro.test(Conductividad_es$residuals)
leveneTest(g$Conductividad, g$Tratamiento)
Conductividad_es2<-aov(Conductividad ~ Tratamiento, data=g)
summary(Conductividad_es2)
Conductividad_t<-fun.table(model1=Conductividad_es, model2= Conductividad_es2,Variable="Conductividad")
#------------------------------------------------
Cuadro_1<-merge(ORP_t, Conductividad_t, all = TRUE)
Cuadro_1<-merge(Cuadro_1, OD_t, all = TRUE)
Cuadro_1<-merge(Cuadro_1, Temperatura_t, all = TRUE)
Cuadro_1<-merge(Cuadro_1, pH_t, all = TRUE)
Cuadro_1
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Cuadro 2 - Comparaci?n entre las filas y columnas dentro de cada sistema
#------------------------------------------------
dat$Columna<-dat$Punto
dat$Fila<-dat$Punto
dat$Columna[dat$Punto==1]<-2.70
dat$Columna[dat$Punto==2]<-5.95
dat$Columna[dat$Punto==3]<-9.2
dat$Columna[dat$Punto==4]<-2.70
dat$Columna[dat$Punto==5]<-5.95
dat$Columna[dat$Punto==6]<-9.2
dat$Columna[dat$Punto==7]<-2.70
dat$Columna[dat$Punto==8]<-5.95
dat$Columna[dat$Punto==9]<-9.2
dat$Columna[dat$Punto==10]<-2.70
dat$Columna[dat$Punto==11]<-5.95
dat$Columna[dat$Punto==12]<-9.2
dat$Fila[dat$Punto==1]<-2.80
dat$Fila[dat$Punto==2]<-2.80
dat$Fila[dat$Punto==3]<-2.80
dat$Fila[dat$Punto==4]<-7.15
dat$Fila[dat$Punto==5]<-7.15
dat$Fila[dat$Punto==6]<-7.15
dat$Fila[dat$Punto==7]<-11.5
dat$Fila[dat$Punto==8]<-11.5
dat$Fila[dat$Punto==9]<-11.5
dat$Fila[dat$Punto==10]<-15.85
dat$Fila[dat$Punto==11]<-15.85
dat$Fila[dat$Punto==12]<-15.85
#------------------------------------------------
e<-as.numeric(c(row.names(dat[dat$Tratamiento=="Entrada",]),
row.names(dat[dat$Tratamiento=="Salida Control",]),
row.names(dat[dat$Tratamiento=="Salida Pennisetum",])))
dat2<-dat[-c(e),]
#------------------------------------------------
ORP_aov<-aov( ORP ~ Columna + Fila, data=dat2)
summary.lm(ORP_aov)
shapiro.test(ORP_aov$residuals)
bartlett.test(dat2$ORP, dat2$Fila)
#------------------------------------------------
Conductividad_aov<-aov( Conductividad ~ Columna + Fila, data=dat2)
summary.lm(Conductividad_aov)
shapiro.test(Conductividad_aov$residuals)
bartlett.test(dat2$Conductividad, dat2$Fila)
#------------------------------------------------
OD_aov<-aov( OD ~ Columna + Fila, data=dat2)
summary.lm(OD_aov)
shapiro.test(OD_aov$residuals)
bartlett.test(dat2$OD, dat2$Fila)
#------------------------------------------------
Temperatura_aov<-aov( Temperatura ~ Columna + Fila, data=dat2)
summary.lm(Temperatura_aov)
shapiro.test(Temperatura_aov$residuals)
bartlett.test(dat2$Temperatura, dat2$Fila)
#------------------------------------------------
pH_aov<-aov( pH ~ Fila, data=dat2)
summary.lm(pH_aov)
shapiro.test(pH_aov$residuals)
bartlett.test(dat2$pH, dat2$Fila)
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Figure - Analisis espacial
#------------------------------------------------
fun.plot3d<-function(data, var1, var2, tratamiento1, tratamiento2, Variable){
# Paso 1
sum = summarySE(data, measurevar= Variable, groupvars=c("Tratamiento", "Punto"), na.rm=TRUE)
sum<-sum[,c(1,2,3,4,6,7)]
sum<-data.frame(Variable, sum)
names(sum)<-c("Variable","Tratamiento","Punto","N","Mean","S.E.","C.I.95")
sum
sum1<-matrix(sum$Mean[sum$Tratamiento=="Control"],nrow = 3, ncol = 4)
sum2<-matrix(sum$Mean[sum$Tratamiento=="Pennisetum"],nrow = 3, ncol = 4)
# Paso 2A
layout(matrix(c(1,1, 2,2, 3,3, 4,4,
1,1, 2,2, 3,3, 4,4,
7,7, 5,5, 8,8, 6,6,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0,
0,0, 0,0, 0,0, 0,0), nrow = 5, byrow=T))
pm <- par("mfrow")
par(xpd = FALSE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(1.5,4,1.5,1))
boxplot(var1 ~ dat$Fila[dat$Tratamiento=="Control"], xlab=Variable, ylab= "Fila: Distancia (m)",horizontal=TRUE, col="gray45")
#-------------------
x=c(2.70, 5.95, 9.2)
y=c(2.8, 7.15, 11.5, 15.85)
#-------------------
par(xpd = TRUE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(1.5,0.5,2,2.5)) #contour = list(lwd = 2, col = jet.col(11))
obj<- list( x= x, y=y, z= sum1)
set.seed(123)
grid.list<- list( x= seq( min(x),max(x),,100), y= seq( min(y),max(y),,100))
m<-interp.surface.grid(obj, grid.list)
image2D(z = m, lwd = 3, shade = 0.2, rasterImage = TRUE, contour=TRUE, main = tratamiento1, clab = sum$Variable[1], xlab="", ylab="")
grid <- mesh(dat$Columna, dat$Fila)
points(grid, pch=3, lwd=2, cex=1, col="White")
par(xpd = FALSE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(1.5,4,1.5,1))
boxplot(var2 ~ dat$Fila[dat$Tratamiento=="Pennisetum"], xlab=Variable, ylab= "Fila: Distancia (m)",horizontal=TRUE, col="gray45")
par(xpd = TRUE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(1.5,0.5,2,2.5)) #contour = list(lwd = 2, col = jet.col(11))
obj<- list( x= x, y=y, z= sum2)
set.seed(123)
grid.list<- list( x= seq( min(x),max(x),,100), y= seq( min(y),max(y),,100))
m<-interp.surface.grid(obj, grid.list)
image2D(z = m, lwd = 3, shade = 0.2, rasterImage = TRUE, contour=TRUE, main = expression(paste(italic("Pennisetum"), " sp.")), clab = sum$Variable[1], xlab="", ylab="")
grid <- mesh(dat$Columna, dat$Fila)
points(grid, pch=3, lwd=2, cex=1, col="White")
par(xpd = FALSE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(3,1,1,3))
boxplot(var1 ~ dat$Columna[dat$Tratamiento=="Control"], ylab=Variable, xlab= "Columna: Distancia (m)", horizontal=FALSE, col="gray45")
par(xpd = FALSE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(3,1,1,3))
boxplot(var2 ~ dat$Columna[dat$Tratamiento=="Pennisetum"], ylab=Variable, xlab= "Columna: Distancia (m)", horizontal=FALSE, col="gray45")
#------------------------------------------------
par(xpd = FALSE, mgp = c(1.5,0.5,0), mar = c(0,0,0,0)) #contour = list(lwd = 2, col = jet.col(11))
obj<- list( x= x, y=y, z= sum1)
set.seed(123)
grid.list<- list( x= seq( min(x),max(x),,100), y= seq( min(y),max(y),,100))
m<-interp.surface.grid(obj, grid.list)
x <- 1 : nrow(m$z)
y <- 1 : ncol(m$z)
panelfirst <- function(pmat) {
XY <- trans3D(x = rep(1, ncol(m$z)), y = y,
z = m$z[50,], pmat = pmat)
scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = m$z[50,],
type = "l", lwd = 3, add = TRUE, colkey = FALSE)
XY <- trans3D(x = x, y = rep(ncol(m$z), nrow(m$z)),
z = m$z[,50], pmat = pmat)
scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = m$z[,50],
type = "l", lwd = 3, add = TRUE, colkey = FALSE)
}
pmat <- persp3D(z = m$z, x = x, y = y, scale = FALSE, theta = 30,
expand = 0.1, panel.first = panelfirst, colkey = FALSE,contour=FALSE)
XY <- trans3D(x = rep(50, ncol(m$z)), y = y, z = m$z[50,],
pmat = pmat)
lines(XY, lwd = 1, lty = 3)
XY <- trans3D(x = x, y = rep(50, nrow(m$z)), z = m$z[,50],
pmat = pmat)
lines(XY, lwd = 1, lty = 3)
#-------------------
x=c(2.70, 5.95, 9.2)
y=c(2.8, 7.15, 11.5, 15.85)
#-------------------
obj<- list( x= x, y=y, z= sum2)
set.seed(123)
grid.list<- list( x= seq( min(x),max(x),,100), y= seq( min(y),max(y),,100))
m<-interp.surface.grid(obj, grid.list)
x <- 1 : nrow(m$z)
y <- 1 : ncol(m$z)
panelfirst <- function(pmat) {
XY <- trans3D(x = rep(1, ncol(m$z)), y = y,
z = m$z[50,], pmat = pmat)
scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = m$z[50,],
type = "l", lwd = 3, add = TRUE, colkey = FALSE)
XY <- trans3D(x = x, y = rep(ncol(m$z), nrow(m$z)),
z = m$z[,50], pmat = pmat)
scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = m$z[,50],
type = "l", lwd = 3, add = TRUE, colkey = FALSE)
}
pmat <- persp3D(z = m$z, x = x, y = y, scale = FALSE, theta = 30,
expand = 0.1, panel.first = panelfirst, colkey = FALSE,contour=FALSE)
XY <- trans3D(x = rep(50, ncol(m$z)), y = y, z = m$z[50,],
pmat = pmat)
lines(XY, lwd = 1, lty = 3)
XY <- trans3D(x = x, y = rep(50, nrow(m$z)), z = m$z[,50],
pmat = pmat)
lines(XY, lwd = 1, lty = 3)
#------------------------------------------------
return(sum)
}
#------------------------------------------------
ORP<-fun.plot3d(data= dat, var1=dat$ORP[dat$Tratamiento=='Control'],var2=dat$ORP[dat$Tratamiento=='Pennisetum'],tratamiento1= "Control", tratamiento2= "Pennisetum", Variable="ORP")
ORP
pH<-fun.plot3d(data= dat, var1=dat$pH[dat$Tratamiento=='Control'],var2=dat$pH[dat$Tratamiento=='Pennisetum'],tratamiento1= "Control", tratamiento2= "Pennisetum", Variable="pH")
pH
OD<-fun.plot3d(data= dat, var1=dat$OD[dat$Tratamiento=='Control'],var2=dat$OD[dat$Tratamiento=='Pennisetum'],tratamiento1= "Control", tratamiento2= "Pennisetum", Variable="OD")
OD
Temperatura<-fun.plot3d(data= dat, var1=dat$Temperatura[dat$Tratamiento=='Control'],var2=dat$Temperatura[dat$Tratamiento=='Pennisetum'],tratamiento1= "Control", tratamiento2= "Pennisetum", Variable="Temperatura")
Temperatura
Conductividad<-fun.plot3d(data= dat, var1=dat$Conductividad[dat$Tratamiento=='Control'],var2=dat$Conductividad[dat$Tratamiento=='Pennisetum'],tratamiento1= "Control", tratamiento2= "Pennisetum", Variable="Conductividad")
Conductividad
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Fig. Spearman - Correlations.
#------------------------------------------------
shapiro.test(dat2$pH)
shapiro.test(dat2$OD)
shapiro.test(dat2$Temperatura)
shapiro.test(dat2$ORP)
shapiro.test(dat2$Conductividad)
shapiro.test(dat2$pH[dat2$Tratamiento=='Control'])
shapiro.test(dat2$OD[dat2$Tratamiento=='Control'])
shapiro.test(dat2$Temperatura[dat2$Tratamiento=='Control'])
shapiro.test(dat2$ORP[dat2$Tratamiento=='Control'])
shapiro.test(dat2$Conductividad[dat2$Tratamiento=='Control'])
shapiro.test(dat2$pH[dat2$Tratamiento=='Pennisetum'])
shapiro.test(dat2$OD[dat2$Tratamiento=='Pennisetum'])
shapiro.test(dat2$Temperatura[dat2$Tratamiento=='Pennisetum'])
shapiro.test(dat2$ORP[dat2$Tratamiento=='Pennisetum'])
shapiro.test(dat2$Conductividad[dat2$Tratamiento=='Pennisetum'])
d <- dat2[, c(3, 5:9)]
str(d)
d<-na.omit(d)
names(d)<-c("Tratamiento","pH","OD","Temp","ORP","Cond")
d<-d[order(d$Tratamiento),]
d2<-d[,1]
d<-d[,-1]
hc <- hclust(as.dist(1-cor(d, method='spearman', use='pairwise.complete.obs')))
hc.order <- order.dendrogram(as.dendrogram(hc))
#d <- d[ ,hc]
d[ ,hc.order]
gr <- as.factor(d2)
cols.key <- scales::muted(c('black', 'black'))
cols.key <- adjustcolor(cols.key, alpha.f=1)
pchs.key <- c(19,17)
panel.hist <- function(x, ...) {
usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
par(usr=c(usr[1:2], 0, 1.5))
h <- hist(x, plot=FALSE)
breaks <- h$breaks
nB <- length(breaks)
y <- h$counts; y <- y/max(y)
rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col='gray', ...)
}
panel.cor <- function(x, y, ...){
usr <- par('usr'); on.exit(par(usr))
par(usr=c(0,1,0,1))
r <- cor(x, y, method='spearman', use='pairwise.complete.obs')
zcol <- lattice::level.colors(r, at=seq(-1, 1, length=81), col.regions=colorRampPalette(c(scales::muted('red'),'white',scales::muted('blue')), space='rgb')(81))
ell <- ellipse::ellipse(r, level=0.95, type='l', npoints=50, scale=c(.2, .2), centre=c(.5, .5))
polygon(ell, col=zcol, border=zcol, ...)
text(x=.5, y=.5, lab=100*round(r, 2), cex=2, col='black')
pval <- cor.test(x, y, method='spearman', use='pairwise.complete.obs')$p.value
sig <- ifelse(pval<0.001,"***",ifelse(pval<0.01,"**", ifelse(pval<0.05,"*","n.s.")))#symnum(pval, corr=FALSE, na=FALSE, cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1), symbols = c('***', '**', '*', '.', ' '))
text(.6, .8, sig, cex=2, col='gray20')
}
panel.scatter <- function(x, y){
cols<-ifelse(as.numeric(gr)==1,'gray25','gray50')
points(x, y, col=cols, pch=pchs.key[gr], cex=1.15)
lines(lowess(x, y))
}
#------------------------------------------------
dat3<-dat2[,c(3, 5:9)]
dat3$Grupo<-dat3$Tratamiento
dat3$Grupo[dat3$Tratamiento=="Control"]<-"C"
dat3$Grupo[dat3$Tratamiento=="Pennisetum"]<-"P"
dat3 %>% ggpairs(.,legend = 1,columns = 2:5,mapping = ggplot2::aes(colour=Grupo),upper = list(continuous = wrap('cor', method = "spearman")),
lower = list(continuous = wrap("smooth", alpha = 0.5, size=2, pch=c(19)))) +
theme(legend.position = "bottom") +
theme_bw()
#------------------------------------------------
#------------------------------------------------
# Fig. Efecto tiempo (ver Cuadro 1)
#------------------------------------------------
str(g$Rep)
g$Rep<-as.character(g$Rep)
g$Time<-as.character(g$Rep)
g$Time[g$Rep=="08:00:00"]<-"8"
g$Time[g$Rep=="09:00:00"]<-"9"
g$Time[g$Rep=="10:00:00"]<-"10"
g$Time[g$Rep=="11:00:00"]<-"11"
g$Time[g$Rep=="12:00:00"]<-"12"
g$Time[g$Rep=="01:00:00"]<-"13"
g$Time[g$Rep=="02:00:00"]<-"14"
g$Time[g$Rep=="12:40:00"]<-"12"
g$Time[g$Rep=="10:40:00"]<-"11"
g$Time<- as.numeric(g$Time)
#------------------------------------------------
layout_matrix = rbind(c(1, 1, 1),
c(2, 2, 2))
layout(layout_matrix)
#------------------------------------------------
par(xpd = FALSE,mgp = c(2.5,0.5,0), mar = c(5,7,1,1))
pirateplot(formula = ORP ~ Time + Tratamiento, data = g,
main = "", xlab = "", ylab = "ORP (mV, ? SE)",
ylim=c(-180,160),point.pch=NA,
bar.f.col=c("white", "gray20"),avg.line.fun=mean,plot=TRUE,
theme = 4, gl.col = NA,
avg.line.col = "gray10",
inf.f.col = "gray10",
jitter.val = 0.09,
avg.line.o = 1,bar.b.o=1,
avg.line.lwd=3,
inf.lwd=1,
inf.method="se")
#------------------------------------------------
par(xpd = FALSE,mgp = c(2.5,0.5,0), mar = c(5,7,1,1))
pirateplot(formula = Temperatura ~ Time + Tratamiento, data = g,
main = "", xlab = "", ylab = "Temperatura (?C, ? SE)",
ylim=c(20,30),point.pch=NA,
bar.f.col=c("white", "gray20"),avg.line.fun=mean,plot=TRUE,
theme = 4, gl.col = NA,
avg.line.col = "gray10",
inf.f.col = "gray10",
jitter.val = 0.09,
avg.line.o = 1,bar.b.o=1,
avg.line.lwd=3,
inf.lwd=1,
inf.method="se")
#------------------------------------------------
datc<-dat2[dat2$Tratamiento=="Control",]
datp<-dat2[dat2$Tratamiento=="Pennisetum",]
#Correlación
#OD y pH
ODc<-(datc$OD)
shapiro.test(ODc)
pHc<-(datc$pH)
shapiro.test(pHc)
cor.test(ODc, pHc, method = "spearman")
ODp<-(datp$OD)
shapiro.test(ODp)
pHp<-(datp$pH)
shapiro.test(pHp)
cor.test(ODp, pHp, method = "s")
ODg<-(dat2$OD)
shapiro.test(ODg)
pHg<-(dat2$pH)
shapiro.test(pHg)
cor.test(ODg, pHg, method = "s")
#ORP y Temperatura
ORPc<-(datc$ORP)
shapiro.test(ORPc)
Tempc<-(datc$Temperatura)
shapiro.test(Tempc)
cor.test(ORPc, Tempc, method = "s")
ORPp<-(datp$ORP)
shapiro.test(ORPp)
Tempp<-(datp$Temperatura)
shapiro.test(Tempp)
cor.test(ORPp, Tempp, method = "s")
ORPg<-(dat2$ORP)
shapiro.test(ORPg)
Tempg<-(dat2$Temperatura)
shapiro.test(Tempg)
cor.test(ORPg, Tempg, method = "s")
#ORP + pH
ORPC <- c(datc$ORP)
shapiro.test(ORPC)
pHC <- c(datc$pH)
shapiro.test(pHC)
cor.test(ORPC, pHC, method = "spearman")
ORPP <- (datp$ORP)
shapiro.test(ORPP)
pHP <- (datp$pH)
shapiro.test(pHP)
cor.test(ORPP, pHP, method = "spearman")
cor.test(ORPg, pHg , method = "spearman")
#Temperatura con OD
Tempc<-(datc$Temperatura)
shapiro.test(Tempc)
ODc<-(datc$OD)
shapiro.test(ODc)
cor.test(Tempc, ODc, method = "s")
Tempp<-(datp$Temperatura)
shapiro.test(Tempp)
ODp<-(datp$OD)
shapiro.test(ODp)
cor.test(Tempp, ODp, method = "s")
Tempg<-(dat2$Temperatura)
shapiro.test(Tempg)
ODg<-(dat2$OD)
shapiro.test(ODg)
cor.test(Tempg, ODg, method = "s")
#TEMPERATURA + pH
temperaturac <- (datc$Temperatura)
shapiro.test(temperaturac)
pHC <- (datc$pH)
shapiro.test(pHC)
cor.test(temperaturac, pHC, method = "spearman")
temperaturap <- (datp$Temperatura)
shapiro.test(temperaturap)
pHP <- (datp$pH)
shapiro.test(pHP)
cor.test(temperaturap, pHP, method = "s")
temperaturag <- (dat2$Temperatura)
shapiro.test(temperaturag)
pHG <- (dat2$pH)
shapiro.test(pHG)
cor.test(temperaturag, pHG, method = "spearman")
#Conductividad y pH
condg<-(dat2$Conductividad)
shapiro.test(condg) #no normal
cor.test(condg, pHG, method = "s")
condc<-(datc$Conductividad)
shapiro.test(condc) #no normal
cor.test(condc, pHC, method = "s")
condp<-(datp$Conductividad)
shapiro.test(condp) #no normal
cor.test(condp, pHP, method = "s")
#Conductividad y OD
cor.test(condg, ODG, method = "s")
cor.test(condc, ODC, method = "s")
cor.test(condp, ODp, method = "s")
#Conductividad y temperatura
cor.test(condg, temperaturag, method = "s")
cor.test(condc, temperaturac, method = "s")
cor.test(condp, temperaturap, method = "s")
#Conductividad y ORP
cor.test(condg, ORPG, method = "s")
cor.test(condc, ORPC, method = "s")
cor.test(condp, ORPP, method = "s")
#OD + ORP
ODC <-(datc$OD)
shapiro.test(ODC)
ORPC <-(datc$ORP)
shapiro.test(ORPC)
cor.test(ODC, ORPC, method = "spearman")
ODP <-(datp$OD)
shapiro.test(ODP)
ORPP <-(datp$ORP)
shapiro.test(ORPP)
cor.test(ODP, ORPP, method = "spearman")
ODG <- (dat2$OD)
shapiro.test(ODG)
ORPG <- (dat2$ORP)
shapiro.test(ORPG)
cor.test(ODG, ORPG, method = "spearman")
#ANDEVAS COLUMNAS
odcontrol<- aov(OD~Columna, data = datc)
shapiro.test(odcontrol$residuals)
tapply(datc$OD, datc$Columna, length)
fligner.test(datc$OD~datc$Columna)
kruskal.test(datc$OD~datc$Columna)
odpeni<- aov(OD~Columna, data=datp)
shapiro.test(odpeni$residuals)
tapply(datp$OD, datp$Columna, length)
bartlett.test(datp$OD~datp$Columna)
summary(odpeni)
orpcontrol <- aov(ORP~Columna, data = datc)
shapiro.test(orpcontrol$residuals)
tapply(datc$ORP, datc$Columna, length)
fligner.test(datc$ORP ~ datc$Columna)
kruskal.test(datc$ORP ~ datc$Columna)
orppennisetum <- aov(ORP~Columna, data = datp)
shapiro.test(orppennisetum$residuals)
tapply(datp$ORP, datp$Columna, length)
fligner.test(datp$ORP ~ datp$Columna)
kruskal.test(datp$ORP ~ datp$Columna)
pHc<-aov(pH~Columna,data = datc)
shapiro.test(pHc$residuals)
tapply(datc$pH,datc$Columna,length)
fligner.test(pH~Columna, data = datc)
kruskal.test(pH~Columna, data = datc)
pHp<-aov(pH~Columna,data = datp)
shapiro.test(pHp$residuals)
tapply(datp$pH,datp$Columna,length)
fligner.test(pH~Columna, data = datp)
kruskal.test(pH~Columna,data = datp)
Tc<-aov(datc$Temperatura~datc$Columna)
shapiro.test(Tc$residuals)
tapply(datc$Temperatura,datc$Columna,length)
fligner.test(Temperatura~Columna,data = datc)
kruskal.test(datc$Temperatura~datc$Columna)
Tp<-aov(datp$Temperatura~datp$Columna)
shapiro.test(Tp$residuals)
tapply(datp$Temperatura,datp$Columna,length)
fligner.test(Temperatura~Columna,data = datp)
kruskal.test(datp$Temperatura~datp$Columna)
conduc<-aov(datc$Conductividad~datc$Columna)
shapiro.test(conduc$residuals)
tapply(datc$Conductividad,datc$Columna,length)
fligner.test(datc$Conductividad~datc$Columna)
kruskal.test(datc$Conductividad~datc$Columna)
condup<-aov(datp$Conductividad~datp$Columna)
shapiro.test(condup$residuals)
tapply(datp$Conductividad,datp$Columna,length)
fligner.test(datp$Conductividad~datp$Columna)
kruskal.test(datp$Conductividad~datp$Columna)
#ANDEVAS FILAS
tempfilacontrol<- aov(Temperatura~Fila, data = datc)
shapiro.test(tempfilacontrol$residuals)
tapply(datc$Temperatura, datc$Fila, length)
fligner.test(datc$Temperatura~datc$Fila)
kruskal.test(datc$Temperatura~datc$Fila)
tempfilapen<- aov(Temperatura~Fila, data=datp)
shapiro.test(tempfilapen$residuals)
tapply(datp$Temperatura, datp$Fila, length)
fligner.test(datp$Temperatura~datp$Fila)
kruskal.test(datp$Temperatura~datp$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$Temperatura, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
orpcontrol <- aov(ORP~Fila, data = datc)
shapiro.test(orpcontrol$residuals)
tapply(datc$ORP, datc$Fila, length)
bartlett.test (datc$ORP ~ datc$Fila)
kruskal.test(datc$ORP ~ datc$Fila)
pairwise.wilcox.test(datc$ORP, datc$Fila, p.adjust.method = "b", exac=F)
orppenni <- aov(ORP~Fila, data = datp)
shapiro.test(orppenni$residuals)
tapply(datp$ORP, datp$Fila, length)
fligner.test(datp$ORP ~ datp$Fila)
kruskal.test(datp$ORP ~ datp$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$ORP, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exac=F)
condc<-aov(Conductividad~Fila, data = datc)
shapiro.test(condc$residuals)
tapply(datc$Conductividad, datc$Fila, length)
leveneTest(datc$Conductividad, datc$Fila)
kruskal.test(datc$Conductividad, datc$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$Conductividad, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
condp<-aov(Conductividad~Fila, data = datp)
shapiro.test(condp$residuals)
tapply(datp$Conductividad, datp$Fila, length)
bartlett.test(Conductividad~Fila, data = datp)
kruskal.test(Conductividad~Fila, data = datp)
pairwise.wilcox.test(datp$Conductividad, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
pHF<-aov(pH~Fila, data=datp)
shapiro.test(pHF$residuals)
tapply(datp$pH, datp$Fila, length)
fligner.test(pH~Fila, data=datp)
kruskal.test(datp$pH~datp$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$pH, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
pHFC<- aov(pH~Fila, data=datc)
shapiro.test(pHFC$residuals)
tapply(datc$pH, datc$Fila, length)
fligner.test(pH~Fila, data=datc)
kruskal.test(datc$pH~datc$Fila)
pairwise.wilcox.test(datc$pH, datc$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
ODF<-aov(Conductividad~Fila, data = datc)
shapiro.test(ODF$residuals)
tapply(datc$Conductividad, datc$Fila, length)
fligner.test(Conductividad~Fila, data = datc)
kruskal.test(datc$Conductividad~datc$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$Conductividad, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)
ODPF<-aov(Conductividad~Fila, data = datp)
shapiro.test(ODPF$residuals)
tapply(datp$Conductividad, datp$Fila, length)
fligner.test(Conductividad~Fila, data = datp)
kruskal.test(datp$Conductividad~datp$Fila)
pairwise.wilcox.test(datp$Conductividad, datp$Fila, p.adjust.method = "b", exact=F)