Los paquetes a ocupar en esta práctica fueron los siguientes:

library(survival)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union
library(ggplot2)
library(easynls)
library(flexsurv)

Ahora se construye la función que va a crear los gráficos con los datos de supervivencia que se le vayan proporcionando, los parámetros que recibe son:

Datos: Son precisamente los tiempos de observación de nuestra muestra seleccionada.

n_muestra: Hace referencia al tamaño de la muestra.

ocurrencia: Nos va a marcar 0 o 1 si se presenta la falla o no durante la observación.

Graficas<-function(Datos,ocurrencia,n_muestra){
  tabla<-data.frame(Datos, ocurrencia)
  m<- tabla %>% select(Datos, ocurrencia) %>% sample_n(n_muestra)

  ggplot(m)+
    
    geom_point(aes(x=1:n_muestra,
                   y=m$Datos, 
                   shape=m$ocurrencia %>% as.factor(), 
                   colour=m$ocurrencia %>% as.factor()),
               size=4)+
    geom_point(aes(x=1:n_muestra,
                   y=m$Datos,alpha = 1))+
    
    scale_shape_manual(values=c(13, 8))+
    scale_color_manual(values=c('red','magenta4'))+
    
    geom_linerange(aes(x=1:n_muestra, 
                       ymin=0, 
                       ymax=m$Datos), 
                   linetype="dotdash", size=1)+
    
    labs(title="Tiempos de Falla o censura",y="Tiempo",x="Observaciones")+
    coord_cartesian(ylim = c(0,max(m$Datos)+5))+
    coord_flip()+
    theme_light()
  
}

Ejercicio de la clase

Con los datos que fueron subidos a classroom, se crea la primer gráfica.

HR <- read.csv("C:/Users/Bebesitos/Downloads/HR_comma_sep.csv")
set.seed(123)
Graficas(HR$time_spend_company, HR$left,20)
## Coordinate system already present. Adding new coordinate system, which will replace the existing one.

Trasplante de corazón

Ahora, para este caso se ocupan dos funciones del paquete Survival: stanford2 que contiene los datos del transplante de corazón de Stanford y jasa de la cual obtenemos los datos a gráficar.

data(stanford2)
data(jasa)

Al momento de graficar se coloca el tiempo de seguimiento, si está vivo o muerto y el tamaño que deseamos de la muestra.

Graficas(jasa$futime,jasa$fustat,15)   
## Coordinate system already present. Adding new coordinate system, which will replace the existing one.

Datos del catéter renal

Datos sobre los tiempos de recurrencia a la infección, en el punto de inserción del catéter, para pacientes renales que utilizan equipos portátiles de diálisis. Los catéteres pueden retirarse por distintas razones a la infección, en cuyo caso la observación está censurada. Cada paciente tiene exactamente dos observaciones.

data(kidney)

Al graficar se coloca el tiempo, el estatus del evento y el tamaño de la muestra.

Graficas(kidney$time,kidney$status,15) 
## Coordinate system already present. Adding new coordinate system, which will replace the existing one.

Quimioterapia para el cáncer de colon

Estos son datos de uno de los primeros ensayos exitosos de quimioterapia adyuvante para el cáncer de colon. El levamisol es un compuesto de baja toxicidad utilizado anteriormente para tratar infestaciones de gusanos en animales; El 5-FU es un agente de quimioterapia moderadamente tóxico (como sucede). Hay dos registros por persona, uno para recurrencia y otro para muerte.

data(colon)

Para la gráfica, al igual que en el ejercicio anterior se coloca tiempo, estatus del evento y tamaño de la muestra

Graficas(colon$time,colon$status,15) 
## Coordinate system already present. Adding new coordinate system, which will replace the existing one.