Introdução ao R Markdown

O que é R Markdown?

Uma linguagem de marcação simples para a escrita de vários formatos textos
Possibilita rodar códigos e criar documentos dinâmicos de alta qualidade
Projetado para facilitar a reprodutibilidade, já que tanto a código e narrativas estão no mesmo documento, e os resultados são automaticamente gerados a partir do código fonte.

O que é R Markdown?

Existem dois tipos de formatos de saída no pacote rmarkdown: documentos, e apresentações. Todos os formatos disponíveis estão listados abaixo:

beamer_presentation
github_document
html_document
ioslides_presentation
latex_document
md_document
odt_document

O que é R Markdown?

pdf_document
powerpoint_presentation
rtf_document
slidy_presentation
word_document.

R Markdown básico

O pacote knitr é um mecanismo rápido, elegante e flexível para gerar relatórios dinâmicos no R. Ele trabalha lado a lado com o rmarkdown para transformar arquivos .Rmd em diversos formatos, como html, pdf e até mesmo word. Misturando chunks de código em R com texto puro, LaTeX e html, a tarefa de criar outputs para análises estatísticas no R ficou muito mais simples.

Quando estamos trabalhando com arquivos rmarkdown no Rstudio, o diretório de trabalho é a própria pasta onde o Rmd está salvo.

R Markdown básico

O cabeçalho é onde são feitas as definições técnicas e definido o layout do documento, como:

o idioma do relatório
títulos e formato de capa
a extensão do documento
qual o tamanho e o tipo de fonte
as cores, temas, efeitos de sombreamento, dentre outros
Importante: O Markdown oferece ao usuário um cabeçalho básico que pode ser totalmente customizado pelo usuário.

R Markdown básico

Quando escrevemos um texto e dermos ‘enter’, o R Markdown faz tudo como se fosse um mesmo parágrafo.
Importante: Para ter um novo parágrafo, sempre salte uma linha.

R Markdown básico

Também é possível mudar a fonte das letras, o tamanho e a cor do texto
Mudando o tipo de fonte
Mudando tamanho da fonte
Mudando cor da fonte.

R Markdown básico

Expressões matemáticas
Colocar expressão entre ‘$$’. Exemplos:

$f(k) = {n \choose k} p^{k} (1-p)^{n-k}$ \[\begin{vmatrix}a & b\\ c & d \end{vmatrix}=ad-bc.\]

R Markdown básico

No Markdown, não podemos escrever o código na junto com o tempo, sendo que os códigos em R devem ser escritos dentre de “chunck”.
Um chunck entende que tem que rodar r quando ele tem r entre chaves, por isso quando usamos a tecla de atalho ele já gera um chunck que começa com {r}.
Se você quiser um chunck que não rode, você pode colocar o comecinho dele assim: {r, eval = FALSE}

R Markdown básico

Mais alguns pontos importantes sobre um chunck:

results: define como, e se, serão mostrados os resultados do chunk
echo: conforme dito, irá definir se o código do chunk será exibido ou não
eval: define se o chunk será validado
message e warning: define se as mensagens e avisos gerados pelo código serão mostrados
Em fig.align, fig.width, fig.height e fig.cap definem o alinhamento, dimensões das figuras geradas e a legenda das figuras geradas, respectivamente.

Usando o R

data(iris)
head(iris)

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

tail(iris,2)

##     Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
## 149          6.2         3.4          5.4         2.3 virginica
## 150          5.9         3.0          5.1         1.8 virginica

Usando o R

summary(iris)

##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
##

Usando o R

plot(iris$Sepal.Length ~ iris$Sepal.Width, 
  las = 1, pch = 18, 
  col=c("red2", "blue2", "green2")[iris$Species], 
  xlab="Comprimento da sépala", ylab="Largura da sépala")

Referências

https://rmarkdown.rstudio.com/
XIE, Y., ALLAIRE, J.J., GROLEMUND, G. R Markdown: The Definitive Guide. Chapman and Hall/CRC, 2018. 304 p.