Inventories were carried out in farms part of the sustainable cattle ranching project using standardized methods. In this map we depict the farms and dates of sampling.


Five ecoregions were sampled looking for birds using:

Summary of species counts by Departamento by year


Species accumulation curves showed a plateau exept Santander

Species list for Atlantico

Species 2016 2017
Accipiter bicolor 1 NA
Actitis macularius 1 1
Adelomyia melanogenys NA 1
Aglaeactis cupripennis NA 1
Aglaiocercus kingi NA 1
Amazilia fimbriata NA 1
Amazilia franciae NA 1
Amazilia saucerrottei 1 1
Amazilia tzacatl 1 1
Amazona mercenarius NA 1
Amazona ochrocephala 1 1
Amblycercus holosericeus NA 1
Ammodramus aurifrons 1 NA
Anabacerthia variegaticeps NA 1
Andigena nigrirostris NA 1
Anisognathus somptuosus NA 1
Anthracothorax nigricollis 1 1
Ara ararauna 1 NA
Ara macao 1 NA
Ara militaris 1 1
Ara severus 1 1
Aramides cajaneus 1 NA
Aramus guarauna 1 1
Ardea alba 1 1
Ardea cocoi 1 NA
Arremon basilicus 1 NA
Arremon brunneinucha NA 1
Arremon schlegeli 1 1
Arremon taciturnus 1 1
Arremonops conirostris 1 1
Atalotriccus pilaris 1 1
Athene cunicularia NA 1
Atlapetes albinucha NA 1
Atticora tibialis NA 1
Attila spadiceus 1 NA
Aulacorhynchus haematopygus NA 1
Aulacorhynchus prasinus NA 1
Basileuterus culicivorus 1 1
Basileuterus rufifrons 1 1
Basileuterus tristriatus NA 1
Boissonneaua flavescens NA 1
Brachygalba lugubris 1 1
Brotogeris jugularis 1 1
Bubulcus ibis 1 1
Burhinus bistriatus 1 1
Buteo nitidus NA 1
Buteo platypterus 1 1
Buteo swainsoni NA 1
Buteogallus meridionalis 1 1
Butorides striata 1 NA
Butorides virescens NA 1
Cacicus cela 1 1
Campephilus melanoleucos 1 1
Camptostoma obsoletum 1 1
Campylopterus falcatus 1 NA
Campylorhamphus trochilirostris 1 1
Campylorhynchus griseus 1 1
Campylorhynchus zonatus 1 NA
Cantorchilus leucotis 1 1
Capito auratus NA 1
Caprimulgus longirostris 1 NA
Caracara cheriway 1 1
Cardellina canadensis NA 1
Catamenia inornata NA 1
Cathartes aura 1 1
Cathartes burrovianus 1 1
Catharus ustulatus 1 1
Celeus flavus 1 NA
Ceratopipra erythrocephala 1 1
Cercibis oxycerca 1 NA
Cercomacra tyrannina 1 1
Chaetocercus mulsant NA 1
Chaetura brachyura 1 1
Chalybura buffonii 1 1
Chamaepetes goudotii NA 1
Chelidoptera tenebrosa NA 1
Chiroxiphia lanceolata 1 1
Chlorestes notata 1 NA
Chloroceryle aenea 1 1
Chloroceryle americana 1 1
Chlorophonia cyanea NA 1
Chlorospingus canigularis NA 1
Chlorospingus flavopectus NA 1
Chlorostilbon gibsoni 1 NA
Chlorostilbon melanorhynchus NA 1
Chlorostilbon mellisugus 1 1
Chondrohierax uncinatus 1 1
Chrysolampis mosquitus 1 NA
Chrysomus icterocephalus 1 NA
Claravis pretiosa 1 1
Cnemotriccus fuscatus 1 1
Coccycua minuta 1 1
Coccyzus americanus 1 1
Coeligena coeligena NA 1
Coereba flaveola 1 NA
Colaptes punctigula NA 1
Colaptes rivolii NA 1
Colaptes rubiginosus NA 1
Colibri coruscans NA 1
Colibri thalassinus NA 1
Colinus cristatus 1 1
Columbina minuta 1 NA
Columbina passerina 1 1
Columbina squammata NA 1
Columbina talpacoti 1 1
Contopus cinereus NA 1
Contopus virens 1 1
Coragyps atratus 1 1
Cranioleuca erythrops NA 1
Crotophaga ani 1 1
Crotophaga major 1 NA
Crotophaga sulcirostris 1 NA
Crypturellus cinereus 1 1
Crypturellus soui 1 1
Cyanerpes caeruleus NA 1
Cyanocompsa cyanoides 1 NA
Cyanocorax affinis 1 1
Cyanocorax violaceus 1 1
Cyanocorax yncas NA 1
Cyclarhis gujanensis 1 1
Dacnis cayana 1 1
Dacnis lineata NA 1
Daptrius ater 1 1
Dendrocincla fuliginosa 1 1
Dendrocygna autumnalis 1 1
Dendroplex picus 1 1
Diglossa albilatera NA 1
Diglossa caerulescens NA 1
Diglossa sittoides NA 1
Doryfera ludovicae NA 1
Drymophila caudata NA 1
Dryocopus lineatus 1 1
Egretta caerulea 1 1
Egretta thula NA 1
Elaenia chiriquensis NA 1
Elaenia flavogaster 1 1
Elaenia frantzii NA 1
Elaenia pallatangae NA 1
Emberizoides herbicola NA 1
Empidonax traillii NA 1
Empidonax virescens 1 1
Eriocnemis vestita NA 1
Eubucco bourcierii NA 1
Eudocimus ruber 1 1
Euphonia cyanocephala NA 1
Euphonia laniirostris 1 1
Euphonia minuta NA 1
Euphonia trinitatis 1 1
Euphonia xanthogaster 1 1
Eupsittula pertinax 1 1
Eurypyga helias 1 1
Falco femoralis NA 1
Falco sparverius 1 1
Florisuga mellivora 1 1
Fluvicola pica 1 1
Formicarius analis 1 NA
Formicivora grisea 1 1
Forpus conspicillatus 1 1
Forpus xanthopterygius 1 NA
Furnarius leucopus 1 1
Galbula albirostris 1 NA
Galbula ruficauda 1 1
Galbula tombacea 1 1
Gampsonyx swainsonii 1 1
Geothlypis philadelphia NA 1
Geothlypis semiflava 1 NA
Geranoaetus albicaudatus NA 1
Geranospiza caerulescens 1 1
Glaucis hirsutus 1 1
Glyphorynchus spirurus 1 1
Grallaria ruficapilla NA 1
Gymnomystax mexicanus NA 1
Heliangelus exortis NA 1
Helicolestes hamatus NA 1
Heliodoxa schreibersii 1 NA
Hellmayrea gularis NA 1
Helmitheros vermivorum 1 NA
Hemispingus frontalis NA 1
Hemispingus melanotis NA 1
Henicorhina leucophrys 1 1
Herpetotheres cachinnans 1 1
Himantopus mexicanus 1 NA
Hylophilus flavipes NA 1
Hypnelus ruficollis 1 1
Icterus auricapillus 1 1
Icterus chrysater NA 1
Icterus galbula 1 NA
Icterus icterus 1 NA
Icterus nigrogularis 1 1
Ictinia plumbea 1 1
Inezia caudata 1 NA
Inezia tenuirostris 1 1
Jacana jacana 1 1
Legatus leucophaius NA 1
Lepidocolaptes lacrymiger NA 1
Leptopogon amaurocephalus 1 1
Leptopogon rufipectus NA 1
Leptopogon superciliaris NA 1
Leptotila rufaxilla NA 1
Leptotila verreauxi 1 1
Machaeropterus regulus 1 1
Machetornis rixosa NA 1
Malacoptila mystacalis 1 NA
Manacus manacus 1 1
Margarornis squamiger NA 1
Megaceryle torquata 1 1
Megarynchus pitangua 1 1
Melanerpes cruentatus 1 1
Melanerpes formicivorus NA 1
Melanerpes rubricapillus 1 1
Merganetta armata NA 1
Mesembrinibis cayennensis 1 1
Metallura tyrianthina NA 1
Micrastur semitorquatus 1 1
Milvago chimachima 1 1
Mimus gilvus 1 1
Mionectes oleagineus 1 1
Mionectes olivaceus 1 NA
Mionectes striaticollis NA 1
Mniotilta varia 1 1
Molothrus bonariensis 1 1
Molothrus oryzivorus 1 1
Momotus aequatorialis 1 1
Momotus momota NA 1
Momotus subrufescens 1 1
Monasa flavirostris 1 NA
Monasa nigrifrons 1 1
Myadestes ralloides NA 1
Mycteria americana 1 NA
Myiarchus apicalis 1 1
Myiarchus ferox 1 NA
Myiarchus tuberculifer 1 1
Myiarchus tyrannulus 1 NA
Myioborus miniatus NA 1
Myiodynastes chrysocephalus NA 1
Myiodynastes maculatus 1 1
Myiotheretes fumigatus NA 1
Myiothlypis coronata NA 1
Myiothlypis fulvicauda 1 NA
Myiotriccus ornatus NA 1
Myiozetetes cayanensis 1 1
Myiozetetes similis 1 1
Myornis senilis NA 1
Myrmeciza longipes 1 NA
Nemosia pileata 1 NA
Nyctidromus albicollis 1 1
Ocreatus underwoodii NA 1
Odontophorus gujanensis 1 NA
Odontophorus hyperythrus NA 1
Opisthocomus hoazin NA 1
Oreothlypis peregrina 1 1
Ornithion brunneicapillus 1 NA
Ornithion inerme NA 1
Orochelidon murina NA 1
Ortalis garrula 1 1
Ortalis guttata 1 1
Pachyramphus polychopterus 1 1
Pandion haliaetus NA 1
Panyptila cayennensis 1 NA
Parkesia noveboracensis 1 1
Patagioenas cayennensis 1 1
Patagioenas fasciata NA 1
Patagioenas speciosa NA 1
Patagioenas subvinacea 1 1
Penelope jacquacu 1 1
Penelope montagnii NA 1
Phaeomyias murina 1 1
Phaethornis anthophilus 1 1
Phaethornis atrimentalis NA 1
Phaethornis guy NA 1
Phaethornis hispidus 1 1
Phalacrocorax brasilianus NA 1
Pheucticus ludovicianus NA 1
Pheugopedius coraya 1 1
Pheugopedius mystacalis 1 1
Pheugopedius rutilus NA 1
Phimosus infuscatus 1 1
Phoenicopterus ruber NA 1
Phyllomyias nigrocapillus NA 1
Phylloscartes poecilotis NA 1
Piaya cayana 1 1
Picumnus cinnamomeus 1 1
Picumnus olivaceus NA 1
Picumnus squamulatus 1 1
Pilherodius pileatus NA 1
Pionites melanocephalus 1 NA
Pionus chalcopterus NA 1
Pionus menstruus 1 1
Pionus tumultuosus NA 1
Pipraeidea melanonota NA 1
Pipreola riefferii NA 1
Piranga leucoptera NA 1
Piranga olivacea 1 1
Piranga rubra 1 1
Pitangus lictor 1 1
Pitangus sulphuratus 1 1
Poecilotriccus latirostris NA 1
Poecilotriccus ruficeps NA 1
Poecilotriccus sylvia 1 1
Polioptila plumbea 1 NA
Progne tapera 1 NA
Protonotaria citrea 1 1
Psarocolius angustifrons NA 1
Psarocolius bifasciatus 1 NA
Psarocolius decumanus 1 1
Pseudotriccus ruficeps NA 1
Psittacara wagleri NA 1
Pteroglossus castanotis 1 1
Pteroglossus pluricinctus NA 1
Pulsatrix perspicillata 1 NA
Pygochelidon cyanoleuca NA 1
Pyrocephalus rubinus 1 1
Pyroderus scutatus NA 1
Pyrrhomyias cinnamomeus NA 1
Quiscalus lugubris 1 1
Ramphastos sulfuratus 1 1
Ramphastos tucanus 1 1
Ramphocaenus melanurus 1 NA
Ramphocelus carbo 1 1
Ramphocelus dimidiatus 1 1
Ramphocelus flammigerus NA 1
Ramphotrigon megacephalum 1 NA
Rhodinocichla rosea 1 1
Rupornis magnirostris 1 1
Sakesphorus canadensis 1 1
Saltator atripennis NA 1
Saltator coerulescens 1 1
Saltator maximus 1 1
Saltator striatipectus 1 1
Sarcoramphus papa 1 NA
Sayornis nigricans NA 1
Schistochlamys melanopis 1 1
Sclerurus albigularis NA 1
Sericossypha albocristata NA 1
Serpophaga cinerea NA 1
Setophaga aestiva NA 1
Setophaga cerulea 1 1
Setophaga fusca 1 1
Setophaga petechia 1 1
Setophaga pinus 1 NA
Setophaga pitiayumi 1 1
Setophaga ruticilla 1 1
Setophaga striata NA 1
Sicalis flaveola 1 1
Spinus psaltria NA 1
Spiza americana 1 1
Sporophila intermedia NA 1
Sporophila nigricollis 1 1
Stelgidopteryx ruficollis 1 1
Streptoprocne rutila NA 1
Streptoprocne zonaris 1 1
Sturnella magna 1 1
Sturnella militaris NA 1
Synallaxis albescens NA 1
Synallaxis azarae NA 1
Synallaxis candei 1 1
Synallaxis unirufa NA 1
Syrigma sibilatrix 1 1
Tachornis squamata 1 1
Tachycineta albiventer 1 1
Tachyphonus luctuosus 1 1
Tachyphonus rufus NA 1
Tangara arthus NA 1
Tangara cayana 1 1
Tangara cyanicollis NA 1
Tangara cyanoptera 1 1
Tangara guttata 1 NA
Tangara gyrola NA 1
Tangara heinei NA 1
Tangara labradorides NA 1
Tangara mexicana 1 1
Tangara nigrocincta NA 1
Tangara nigroviridis NA 1
Tangara parzudakii NA 1
Tangara ruficervix NA 1
Tangara vitriolina NA 1
Tersina viridis 1 1
Thalurania furcata 1 NA
Thamnophilus atrinucha 1 1
Thamnophilus doliatus 1 1
Thamnophilus melanonotus 1 1
Thamnophilus punctatus 1 1
Thraupis cyanocephala 1 NA
Thraupis episcopus 1 1
Thraupis glaucocolpa 1 1
Thraupis palmarum 1 1
Thryophilus rufalbus 1 1
Tiaris obscurus NA 1
Tiaris olivaceus NA 1
Tigrisoma fasciatum NA 1
Tigrisoma lineatum NA 1
Tityra cayana NA 1
Tityra inquisitor NA 1
Tityra semifasciata 1 NA
Todirostrum cinereum 1 1
Tolmomyias flaviventris 1 1
Tolmomyias poliocephalus 1 NA
Tolmomyias sulphurescens 1 1
Troglodytes aedon 1 1
Trogon personatus NA 1
Trogon rufus NA 1
Trogon viridis 1 1
Turdus fuscater NA 1
Turdus ignobilis 1 1
Turdus leucomelas 1 1
Turdus nudigenis NA 1
Tyrannulus elatus NA 1
Tyrannus melancholicus 1 1
Tyrannus savana 1 1
Tyrannus tyrannus NA 1
Vanellus chilensis 1 1
Veniliornis kirkii 1 NA
Veniliornis passerinus 1 NA
Vireo leucophrys 1 1
Vireo olivaceus 1 1
Volatinia jacarina 1 1
Vultur gryphus NA 1
Xenops minutus 1 1
Xenops rutilans NA 1
Xiphocolaptes promeropirhynchus 1 1
Xiphorhynchus susurrans 1 NA
Xiphorhynchus triangularis NA 1
Zenaida auriculata 1 1
Zimmerius chrysops NA 1
Zonotrichia capensis NA 1

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander

Species list for Guajira

Species 2016 2017
Accipiter bicolor 1 NA
Actitis macularius 1 1
Adelomyia melanogenys NA 1
Aglaeactis cupripennis NA 1
Aglaiocercus kingi NA 1
Amazilia fimbriata NA 1
Amazilia franciae NA 1
Amazilia saucerrottei 1 1
Amazilia tzacatl 1 1
Amazona mercenarius NA 1
Amazona ochrocephala 1 1
Amblycercus holosericeus NA 1
Ammodramus aurifrons 1 NA
Anabacerthia variegaticeps NA 1
Andigena nigrirostris NA 1
Anisognathus somptuosus NA 1
Anthracothorax nigricollis 1 1
Ara ararauna 1 NA
Ara macao 1 NA
Ara militaris 1 1
Ara severus 1 1
Aramides cajaneus 1 NA
Aramus guarauna 1 1
Ardea alba 1 1
Ardea cocoi 1 NA
Arremon basilicus 1 NA
Arremon brunneinucha NA 1
Arremon schlegeli 1 1
Arremon taciturnus 1 1
Arremonops conirostris 1 1
Atalotriccus pilaris 1 1
Athene cunicularia NA 1
Atlapetes albinucha NA 1
Atticora tibialis NA 1
Attila spadiceus 1 NA
Aulacorhynchus haematopygus NA 1
Aulacorhynchus prasinus NA 1
Basileuterus culicivorus 1 1
Basileuterus rufifrons 1 1
Basileuterus tristriatus NA 1
Boissonneaua flavescens NA 1
Brachygalba lugubris 1 1
Brotogeris jugularis 1 1
Bubulcus ibis 1 1
Burhinus bistriatus 1 1
Buteo nitidus NA 1
Buteo platypterus 1 1
Buteo swainsoni NA 1
Buteogallus meridionalis 1 1
Butorides striata 1 NA
Butorides virescens NA 1
Cacicus cela 1 1
Campephilus melanoleucos 1 1
Camptostoma obsoletum 1 1
Campylopterus falcatus 1 NA
Campylorhamphus trochilirostris 1 1
Campylorhynchus griseus 1 1
Campylorhynchus zonatus 1 NA
Cantorchilus leucotis 1 1
Capito auratus NA 1
Caprimulgus longirostris 1 NA
Caracara cheriway 1 1
Cardellina canadensis NA 1
Catamenia inornata NA 1
Cathartes aura 1 1
Cathartes burrovianus 1 1
Catharus ustulatus 1 1
Celeus flavus 1 NA
Ceratopipra erythrocephala 1 1
Cercibis oxycerca 1 NA
Cercomacra tyrannina 1 1
Chaetocercus mulsant NA 1
Chaetura brachyura 1 1
Chalybura buffonii 1 1
Chamaepetes goudotii NA 1
Chelidoptera tenebrosa NA 1
Chiroxiphia lanceolata 1 1
Chlorestes notata 1 NA
Chloroceryle aenea 1 1
Chloroceryle americana 1 1
Chlorophonia cyanea NA 1
Chlorospingus canigularis NA 1
Chlorospingus flavopectus NA 1
Chlorostilbon gibsoni 1 NA
Chlorostilbon melanorhynchus NA 1
Chlorostilbon mellisugus 1 1
Chondrohierax uncinatus 1 1
Chrysolampis mosquitus 1 NA
Chrysomus icterocephalus 1 NA
Claravis pretiosa 1 1
Cnemotriccus fuscatus 1 1
Coccycua minuta 1 1
Coccyzus americanus 1 1
Coeligena coeligena NA 1
Coereba flaveola 1 NA
Colaptes punctigula NA 1
Colaptes rivolii NA 1
Colaptes rubiginosus NA 1
Colibri coruscans NA 1
Colibri thalassinus NA 1
Colinus cristatus 1 1
Columbina minuta 1 NA
Columbina passerina 1 1
Columbina squammata NA 1
Columbina talpacoti 1 1
Contopus cinereus NA 1
Contopus virens 1 1
Coragyps atratus 1 1
Cranioleuca erythrops NA 1
Crotophaga ani 1 1
Crotophaga major 1 NA
Crotophaga sulcirostris 1 NA
Crypturellus cinereus 1 1
Crypturellus soui 1 1
Cyanerpes caeruleus NA 1
Cyanocompsa cyanoides 1 NA
Cyanocorax affinis 1 1
Cyanocorax violaceus 1 1
Cyanocorax yncas NA 1
Cyclarhis gujanensis 1 1
Dacnis cayana 1 1
Dacnis lineata NA 1
Daptrius ater 1 1
Dendrocincla fuliginosa 1 1
Dendrocygna autumnalis 1 1
Dendroplex picus 1 1
Diglossa albilatera NA 1
Diglossa caerulescens NA 1
Diglossa sittoides NA 1
Doryfera ludovicae NA 1
Drymophila caudata NA 1
Dryocopus lineatus 1 1
Egretta caerulea 1 1
Egretta thula NA 1
Elaenia chiriquensis NA 1
Elaenia flavogaster 1 1
Elaenia frantzii NA 1
Elaenia pallatangae NA 1
Emberizoides herbicola NA 1
Empidonax traillii NA 1
Empidonax virescens 1 1
Eriocnemis vestita NA 1
Eubucco bourcierii NA 1
Eudocimus ruber 1 1
Euphonia cyanocephala NA 1
Euphonia laniirostris 1 1
Euphonia minuta NA 1
Euphonia trinitatis 1 1
Euphonia xanthogaster 1 1
Eupsittula pertinax 1 1
Eurypyga helias 1 1
Falco femoralis NA 1
Falco sparverius 1 1
Florisuga mellivora 1 1
Fluvicola pica 1 1
Formicarius analis 1 NA
Formicivora grisea 1 1
Forpus conspicillatus 1 1
Forpus xanthopterygius 1 NA
Furnarius leucopus 1 1
Galbula albirostris 1 NA
Galbula ruficauda 1 1
Galbula tombacea 1 1
Gampsonyx swainsonii 1 1
Geothlypis philadelphia NA 1
Geothlypis semiflava 1 NA
Geranoaetus albicaudatus NA 1
Geranospiza caerulescens 1 1
Glaucis hirsutus 1 1
Glyphorynchus spirurus 1 1
Grallaria ruficapilla NA 1
Gymnomystax mexicanus NA 1
Heliangelus exortis NA 1
Helicolestes hamatus NA 1
Heliodoxa schreibersii 1 NA
Hellmayrea gularis NA 1
Helmitheros vermivorum 1 NA
Hemispingus frontalis NA 1
Hemispingus melanotis NA 1
Henicorhina leucophrys 1 1
Herpetotheres cachinnans 1 1
Himantopus mexicanus 1 NA
Hylophilus flavipes NA 1
Hypnelus ruficollis 1 1
Icterus auricapillus 1 1
Icterus chrysater NA 1
Icterus galbula 1 NA
Icterus icterus 1 NA
Icterus nigrogularis 1 1
Ictinia plumbea 1 1
Inezia caudata 1 NA
Inezia tenuirostris 1 1
Jacana jacana 1 1
Legatus leucophaius NA 1
Lepidocolaptes lacrymiger NA 1
Leptopogon amaurocephalus 1 1
Leptopogon rufipectus NA 1
Leptopogon superciliaris NA 1
Leptotila rufaxilla NA 1
Leptotila verreauxi 1 1
Machaeropterus regulus 1 1
Machetornis rixosa NA 1
Malacoptila mystacalis 1 NA
Manacus manacus 1 1
Margarornis squamiger NA 1
Megaceryle torquata 1 1
Megarynchus pitangua 1 1
Melanerpes cruentatus 1 1
Melanerpes formicivorus NA 1
Melanerpes rubricapillus 1 1
Merganetta armata NA 1
Mesembrinibis cayennensis 1 1
Metallura tyrianthina NA 1
Micrastur semitorquatus 1 1
Milvago chimachima 1 1
Mimus gilvus 1 1
Mionectes oleagineus 1 1
Mionectes olivaceus 1 NA
Mionectes striaticollis NA 1
Mniotilta varia 1 1
Molothrus bonariensis 1 1
Molothrus oryzivorus 1 1
Momotus aequatorialis 1 1
Momotus momota NA 1
Momotus subrufescens 1 1
Monasa flavirostris 1 NA
Monasa nigrifrons 1 1
Myadestes ralloides NA 1
Mycteria americana 1 NA
Myiarchus apicalis 1 1
Myiarchus ferox 1 NA
Myiarchus tuberculifer 1 1
Myiarchus tyrannulus 1 NA
Myioborus miniatus NA 1
Myiodynastes chrysocephalus NA 1
Myiodynastes maculatus 1 1
Myiotheretes fumigatus NA 1
Myiothlypis coronata NA 1
Myiothlypis fulvicauda 1 NA
Myiotriccus ornatus NA 1
Myiozetetes cayanensis 1 1
Myiozetetes similis 1 1
Myornis senilis NA 1
Myrmeciza longipes 1 NA
Nemosia pileata 1 NA
Nyctidromus albicollis 1 1
Ocreatus underwoodii NA 1
Odontophorus gujanensis 1 NA
Odontophorus hyperythrus NA 1
Opisthocomus hoazin NA 1
Oreothlypis peregrina 1 1
Ornithion brunneicapillus 1 NA
Ornithion inerme NA 1
Orochelidon murina NA 1
Ortalis garrula 1 1
Ortalis guttata 1 1
Pachyramphus polychopterus 1 1
Pandion haliaetus NA 1
Panyptila cayennensis 1 NA
Parkesia noveboracensis 1 1
Patagioenas cayennensis 1 1
Patagioenas fasciata NA 1
Patagioenas speciosa NA 1
Patagioenas subvinacea 1 1
Penelope jacquacu 1 1
Penelope montagnii NA 1
Phaeomyias murina 1 1
Phaethornis anthophilus 1 1
Phaethornis atrimentalis NA 1
Phaethornis guy NA 1
Phaethornis hispidus 1 1
Phalacrocorax brasilianus NA 1
Pheucticus ludovicianus NA 1
Pheugopedius coraya 1 1
Pheugopedius mystacalis 1 1
Pheugopedius rutilus NA 1
Phimosus infuscatus 1 1
Phoenicopterus ruber NA 1
Phyllomyias nigrocapillus NA 1
Phylloscartes poecilotis NA 1
Piaya cayana 1 1
Picumnus cinnamomeus 1 1
Picumnus olivaceus NA 1
Picumnus squamulatus 1 1
Pilherodius pileatus NA 1
Pionites melanocephalus 1 NA
Pionus chalcopterus NA 1
Pionus menstruus 1 1
Pionus tumultuosus NA 1
Pipraeidea melanonota NA 1
Pipreola riefferii NA 1
Piranga leucoptera NA 1
Piranga olivacea 1 1
Piranga rubra 1 1
Pitangus lictor 1 1
Pitangus sulphuratus 1 1
Poecilotriccus latirostris NA 1
Poecilotriccus ruficeps NA 1
Poecilotriccus sylvia 1 1
Polioptila plumbea 1 NA
Progne tapera 1 NA
Protonotaria citrea 1 1
Psarocolius angustifrons NA 1
Psarocolius bifasciatus 1 NA
Psarocolius decumanus 1 1
Pseudotriccus ruficeps NA 1
Psittacara wagleri NA 1
Pteroglossus castanotis 1 1
Pteroglossus pluricinctus NA 1
Pulsatrix perspicillata 1 NA
Pygochelidon cyanoleuca NA 1
Pyrocephalus rubinus 1 1
Pyroderus scutatus NA 1
Pyrrhomyias cinnamomeus NA 1
Quiscalus lugubris 1 1
Ramphastos sulfuratus 1 1
Ramphastos tucanus 1 1
Ramphocaenus melanurus 1 NA
Ramphocelus carbo 1 1
Ramphocelus dimidiatus 1 1
Ramphocelus flammigerus NA 1
Ramphotrigon megacephalum 1 NA
Rhodinocichla rosea 1 1
Rupornis magnirostris 1 1
Sakesphorus canadensis 1 1
Saltator atripennis NA 1
Saltator coerulescens 1 1
Saltator maximus 1 1
Saltator striatipectus 1 1
Sarcoramphus papa 1 NA
Sayornis nigricans NA 1
Schistochlamys melanopis 1 1
Sclerurus albigularis NA 1
Sericossypha albocristata NA 1
Serpophaga cinerea NA 1
Setophaga aestiva NA 1
Setophaga cerulea 1 1
Setophaga fusca 1 1
Setophaga petechia 1 1
Setophaga pinus 1 NA
Setophaga pitiayumi 1 1
Setophaga ruticilla 1 1
Setophaga striata NA 1
Sicalis flaveola 1 1
Spinus psaltria NA 1
Spiza americana 1 1
Sporophila intermedia NA 1
Sporophila nigricollis 1 1
Stelgidopteryx ruficollis 1 1
Streptoprocne rutila NA 1
Streptoprocne zonaris 1 1
Sturnella magna 1 1
Sturnella militaris NA 1
Synallaxis albescens NA 1
Synallaxis azarae NA 1
Synallaxis candei 1 1
Synallaxis unirufa NA 1
Syrigma sibilatrix 1 1
Tachornis squamata 1 1
Tachycineta albiventer 1 1
Tachyphonus luctuosus 1 1
Tachyphonus rufus NA 1
Tangara arthus NA 1
Tangara cayana 1 1
Tangara cyanicollis NA 1
Tangara cyanoptera 1 1
Tangara guttata 1 NA
Tangara gyrola NA 1
Tangara heinei NA 1
Tangara labradorides NA 1
Tangara mexicana 1 1
Tangara nigrocincta NA 1
Tangara nigroviridis NA 1
Tangara parzudakii NA 1
Tangara ruficervix NA 1
Tangara vitriolina NA 1
Tersina viridis 1 1
Thalurania furcata 1 NA
Thamnophilus atrinucha 1 1
Thamnophilus doliatus 1 1
Thamnophilus melanonotus 1 1
Thamnophilus punctatus 1 1
Thraupis cyanocephala 1 NA
Thraupis episcopus 1 1
Thraupis glaucocolpa 1 1
Thraupis palmarum 1 1
Thryophilus rufalbus 1 1
Tiaris obscurus NA 1
Tiaris olivaceus NA 1
Tigrisoma fasciatum NA 1
Tigrisoma lineatum NA 1
Tityra cayana NA 1
Tityra inquisitor NA 1
Tityra semifasciata 1 NA
Todirostrum cinereum 1 1
Tolmomyias flaviventris 1 1
Tolmomyias poliocephalus 1 NA
Tolmomyias sulphurescens 1 1
Troglodytes aedon 1 1
Trogon personatus NA 1
Trogon rufus NA 1
Trogon viridis 1 1
Turdus fuscater NA 1
Turdus ignobilis 1 1
Turdus leucomelas 1 1
Turdus nudigenis NA 1
Tyrannulus elatus NA 1
Tyrannus melancholicus 1 1
Tyrannus savana 1 1
Tyrannus tyrannus NA 1
Vanellus chilensis 1 1
Veniliornis kirkii 1 NA
Veniliornis passerinus 1 NA
Vireo leucophrys 1 1
Vireo olivaceus 1 1
Volatinia jacarina 1 1
Vultur gryphus NA 1
Xenops minutus 1 1
Xenops rutilans NA 1
Xiphocolaptes promeropirhynchus 1 1
Xiphorhynchus susurrans 1 NA
Xiphorhynchus triangularis NA 1
Zenaida auriculata 1 1
Zimmerius chrysops NA 1
Zonotrichia capensis NA 1

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander

Species list for Quindio

Species 2016 2017
Accipiter bicolor 1 NA
Actitis macularius 1 1
Adelomyia melanogenys NA 1
Aglaeactis cupripennis NA 1
Aglaiocercus kingi NA 1
Amazilia fimbriata NA 1
Amazilia franciae NA 1
Amazilia saucerrottei 1 1
Amazilia tzacatl 1 1
Amazona mercenarius NA 1
Amazona ochrocephala 1 1
Amblycercus holosericeus NA 1
Ammodramus aurifrons 1 NA
Anabacerthia variegaticeps NA 1
Andigena nigrirostris NA 1
Anisognathus somptuosus NA 1
Anthracothorax nigricollis 1 1
Ara ararauna 1 NA
Ara macao 1 NA
Ara militaris 1 1
Ara severus 1 1
Aramides cajaneus 1 NA
Aramus guarauna 1 1
Ardea alba 1 1
Ardea cocoi 1 NA
Arremon basilicus 1 NA
Arremon brunneinucha NA 1
Arremon schlegeli 1 1
Arremon taciturnus 1 1
Arremonops conirostris 1 1
Atalotriccus pilaris 1 1
Athene cunicularia NA 1
Atlapetes albinucha NA 1
Atticora tibialis NA 1
Attila spadiceus 1 NA
Aulacorhynchus haematopygus NA 1
Aulacorhynchus prasinus NA 1
Basileuterus culicivorus 1 1
Basileuterus rufifrons 1 1
Basileuterus tristriatus NA 1
Boissonneaua flavescens NA 1
Brachygalba lugubris 1 1
Brotogeris jugularis 1 1
Bubulcus ibis 1 1
Burhinus bistriatus 1 1
Buteo nitidus NA 1
Buteo platypterus 1 1
Buteo swainsoni NA 1
Buteogallus meridionalis 1 1
Butorides striata 1 NA
Butorides virescens NA 1
Cacicus cela 1 1
Campephilus melanoleucos 1 1
Camptostoma obsoletum 1 1
Campylopterus falcatus 1 NA
Campylorhamphus trochilirostris 1 1
Campylorhynchus griseus 1 1
Campylorhynchus zonatus 1 NA
Cantorchilus leucotis 1 1
Capito auratus NA 1
Caprimulgus longirostris 1 NA
Caracara cheriway 1 1
Cardellina canadensis NA 1
Catamenia inornata NA 1
Cathartes aura 1 1
Cathartes burrovianus 1 1
Catharus ustulatus 1 1
Celeus flavus 1 NA
Ceratopipra erythrocephala 1 1
Cercibis oxycerca 1 NA
Cercomacra tyrannina 1 1
Chaetocercus mulsant NA 1
Chaetura brachyura 1 1
Chalybura buffonii 1 1
Chamaepetes goudotii NA 1
Chelidoptera tenebrosa NA 1
Chiroxiphia lanceolata 1 1
Chlorestes notata 1 NA
Chloroceryle aenea 1 1
Chloroceryle americana 1 1
Chlorophonia cyanea NA 1
Chlorospingus canigularis NA 1
Chlorospingus flavopectus NA 1
Chlorostilbon gibsoni 1 NA
Chlorostilbon melanorhynchus NA 1
Chlorostilbon mellisugus 1 1
Chondrohierax uncinatus 1 1
Chrysolampis mosquitus 1 NA
Chrysomus icterocephalus 1 NA
Claravis pretiosa 1 1
Cnemotriccus fuscatus 1 1
Coccycua minuta 1 1
Coccyzus americanus 1 1
Coeligena coeligena NA 1
Coereba flaveola 1 NA
Colaptes punctigula NA 1
Colaptes rivolii NA 1
Colaptes rubiginosus NA 1
Colibri coruscans NA 1
Colibri thalassinus NA 1
Colinus cristatus 1 1
Columbina minuta 1 NA
Columbina passerina 1 1
Columbina squammata NA 1
Columbina talpacoti 1 1
Contopus cinereus NA 1
Contopus virens 1 1
Coragyps atratus 1 1
Cranioleuca erythrops NA 1
Crotophaga ani 1 1
Crotophaga major 1 NA
Crotophaga sulcirostris 1 NA
Crypturellus cinereus 1 1
Crypturellus soui 1 1
Cyanerpes caeruleus NA 1
Cyanocompsa cyanoides 1 NA
Cyanocorax affinis 1 1
Cyanocorax violaceus 1 1
Cyanocorax yncas NA 1
Cyclarhis gujanensis 1 1
Dacnis cayana 1 1
Dacnis lineata NA 1
Daptrius ater 1 1
Dendrocincla fuliginosa 1 1
Dendrocygna autumnalis 1 1
Dendroplex picus 1 1
Diglossa albilatera NA 1
Diglossa caerulescens NA 1
Diglossa sittoides NA 1
Doryfera ludovicae NA 1
Drymophila caudata NA 1
Dryocopus lineatus 1 1
Egretta caerulea 1 1
Egretta thula NA 1
Elaenia chiriquensis NA 1
Elaenia flavogaster 1 1
Elaenia frantzii NA 1
Elaenia pallatangae NA 1
Emberizoides herbicola NA 1
Empidonax traillii NA 1
Empidonax virescens 1 1
Eriocnemis vestita NA 1
Eubucco bourcierii NA 1
Eudocimus ruber 1 1
Euphonia cyanocephala NA 1
Euphonia laniirostris 1 1
Euphonia minuta NA 1
Euphonia trinitatis 1 1
Euphonia xanthogaster 1 1
Eupsittula pertinax 1 1
Eurypyga helias 1 1
Falco femoralis NA 1
Falco sparverius 1 1
Florisuga mellivora 1 1
Fluvicola pica 1 1
Formicarius analis 1 NA
Formicivora grisea 1 1
Forpus conspicillatus 1 1
Forpus xanthopterygius 1 NA
Furnarius leucopus 1 1
Galbula albirostris 1 NA
Galbula ruficauda 1 1
Galbula tombacea 1 1
Gampsonyx swainsonii 1 1
Geothlypis philadelphia NA 1
Geothlypis semiflava 1 NA
Geranoaetus albicaudatus NA 1
Geranospiza caerulescens 1 1
Glaucis hirsutus 1 1
Glyphorynchus spirurus 1 1
Grallaria ruficapilla NA 1
Gymnomystax mexicanus NA 1
Heliangelus exortis NA 1
Helicolestes hamatus NA 1
Heliodoxa schreibersii 1 NA
Hellmayrea gularis NA 1
Helmitheros vermivorum 1 NA
Hemispingus frontalis NA 1
Hemispingus melanotis NA 1
Henicorhina leucophrys 1 1
Herpetotheres cachinnans 1 1
Himantopus mexicanus 1 NA
Hylophilus flavipes NA 1
Hypnelus ruficollis 1 1
Icterus auricapillus 1 1
Icterus chrysater NA 1
Icterus galbula 1 NA
Icterus icterus 1 NA
Icterus nigrogularis 1 1
Ictinia plumbea 1 1
Inezia caudata 1 NA
Inezia tenuirostris 1 1
Jacana jacana 1 1
Legatus leucophaius NA 1
Lepidocolaptes lacrymiger NA 1
Leptopogon amaurocephalus 1 1
Leptopogon rufipectus NA 1
Leptopogon superciliaris NA 1
Leptotila rufaxilla NA 1
Leptotila verreauxi 1 1
Machaeropterus regulus 1 1
Machetornis rixosa NA 1
Malacoptila mystacalis 1 NA
Manacus manacus 1 1
Margarornis squamiger NA 1
Megaceryle torquata 1 1
Megarynchus pitangua 1 1
Melanerpes cruentatus 1 1
Melanerpes formicivorus NA 1
Melanerpes rubricapillus 1 1
Merganetta armata NA 1
Mesembrinibis cayennensis 1 1
Metallura tyrianthina NA 1
Micrastur semitorquatus 1 1
Milvago chimachima 1 1
Mimus gilvus 1 1
Mionectes oleagineus 1 1
Mionectes olivaceus 1 NA
Mionectes striaticollis NA 1
Mniotilta varia 1 1
Molothrus bonariensis 1 1
Molothrus oryzivorus 1 1
Momotus aequatorialis 1 1
Momotus momota NA 1
Momotus subrufescens 1 1
Monasa flavirostris 1 NA
Monasa nigrifrons 1 1
Myadestes ralloides NA 1
Mycteria americana 1 NA
Myiarchus apicalis 1 1
Myiarchus ferox 1 NA
Myiarchus tuberculifer 1 1
Myiarchus tyrannulus 1 NA
Myioborus miniatus NA 1
Myiodynastes chrysocephalus NA 1
Myiodynastes maculatus 1 1
Myiotheretes fumigatus NA 1
Myiothlypis coronata NA 1
Myiothlypis fulvicauda 1 NA
Myiotriccus ornatus NA 1
Myiozetetes cayanensis 1 1
Myiozetetes similis 1 1
Myornis senilis NA 1
Myrmeciza longipes 1 NA
Nemosia pileata 1 NA
Nyctidromus albicollis 1 1
Ocreatus underwoodii NA 1
Odontophorus gujanensis 1 NA
Odontophorus hyperythrus NA 1
Opisthocomus hoazin NA 1
Oreothlypis peregrina 1 1
Ornithion brunneicapillus 1 NA
Ornithion inerme NA 1
Orochelidon murina NA 1
Ortalis garrula 1 1
Ortalis guttata 1 1
Pachyramphus polychopterus 1 1
Pandion haliaetus NA 1
Panyptila cayennensis 1 NA
Parkesia noveboracensis 1 1
Patagioenas cayennensis 1 1
Patagioenas fasciata NA 1
Patagioenas speciosa NA 1
Patagioenas subvinacea 1 1
Penelope jacquacu 1 1
Penelope montagnii NA 1
Phaeomyias murina 1 1
Phaethornis anthophilus 1 1
Phaethornis atrimentalis NA 1
Phaethornis guy NA 1
Phaethornis hispidus 1 1
Phalacrocorax brasilianus NA 1
Pheucticus ludovicianus NA 1
Pheugopedius coraya 1 1
Pheugopedius mystacalis 1 1
Pheugopedius rutilus NA 1
Phimosus infuscatus 1 1
Phoenicopterus ruber NA 1
Phyllomyias nigrocapillus NA 1
Phylloscartes poecilotis NA 1
Piaya cayana 1 1
Picumnus cinnamomeus 1 1
Picumnus olivaceus NA 1
Picumnus squamulatus 1 1
Pilherodius pileatus NA 1
Pionites melanocephalus 1 NA
Pionus chalcopterus NA 1
Pionus menstruus 1 1
Pionus tumultuosus NA 1
Pipraeidea melanonota NA 1
Pipreola riefferii NA 1
Piranga leucoptera NA 1
Piranga olivacea 1 1
Piranga rubra 1 1
Pitangus lictor 1 1
Pitangus sulphuratus 1 1
Poecilotriccus latirostris NA 1
Poecilotriccus ruficeps NA 1
Poecilotriccus sylvia 1 1
Polioptila plumbea 1 NA
Progne tapera 1 NA
Protonotaria citrea 1 1
Psarocolius angustifrons NA 1
Psarocolius bifasciatus 1 NA
Psarocolius decumanus 1 1
Pseudotriccus ruficeps NA 1
Psittacara wagleri NA 1
Pteroglossus castanotis 1 1
Pteroglossus pluricinctus NA 1
Pulsatrix perspicillata 1 NA
Pygochelidon cyanoleuca NA 1
Pyrocephalus rubinus 1 1
Pyroderus scutatus NA 1
Pyrrhomyias cinnamomeus NA 1
Quiscalus lugubris 1 1
Ramphastos sulfuratus 1 1
Ramphastos tucanus 1 1
Ramphocaenus melanurus 1 NA
Ramphocelus carbo 1 1
Ramphocelus dimidiatus 1 1
Ramphocelus flammigerus NA 1
Ramphotrigon megacephalum 1 NA
Rhodinocichla rosea 1 1
Rupornis magnirostris 1 1
Sakesphorus canadensis 1 1
Saltator atripennis NA 1
Saltator coerulescens 1 1
Saltator maximus 1 1
Saltator striatipectus 1 1
Sarcoramphus papa 1 NA
Sayornis nigricans NA 1
Schistochlamys melanopis 1 1
Sclerurus albigularis NA 1
Sericossypha albocristata NA 1
Serpophaga cinerea NA 1
Setophaga aestiva NA 1
Setophaga cerulea 1 1
Setophaga fusca 1 1
Setophaga petechia 1 1
Setophaga pinus 1 NA
Setophaga pitiayumi 1 1
Setophaga ruticilla 1 1
Setophaga striata NA 1
Sicalis flaveola 1 1
Spinus psaltria NA 1
Spiza americana 1 1
Sporophila intermedia NA 1
Sporophila nigricollis 1 1
Stelgidopteryx ruficollis 1 1
Streptoprocne rutila NA 1
Streptoprocne zonaris 1 1
Sturnella magna 1 1
Sturnella militaris NA 1
Synallaxis albescens NA 1
Synallaxis azarae NA 1
Synallaxis candei 1 1
Synallaxis unirufa NA 1
Syrigma sibilatrix 1 1
Tachornis squamata 1 1
Tachycineta albiventer 1 1
Tachyphonus luctuosus 1 1
Tachyphonus rufus NA 1
Tangara arthus NA 1
Tangara cayana 1 1
Tangara cyanicollis NA 1
Tangara cyanoptera 1 1
Tangara guttata 1 NA
Tangara gyrola NA 1
Tangara heinei NA 1
Tangara labradorides NA 1
Tangara mexicana 1 1
Tangara nigrocincta NA 1
Tangara nigroviridis NA 1
Tangara parzudakii NA 1
Tangara ruficervix NA 1
Tangara vitriolina NA 1
Tersina viridis 1 1
Thalurania furcata 1 NA
Thamnophilus atrinucha 1 1
Thamnophilus doliatus 1 1
Thamnophilus melanonotus 1 1
Thamnophilus punctatus 1 1
Thraupis cyanocephala 1 NA
Thraupis episcopus 1 1
Thraupis glaucocolpa 1 1
Thraupis palmarum 1 1
Thryophilus rufalbus 1 1
Tiaris obscurus NA 1
Tiaris olivaceus NA 1
Tigrisoma fasciatum NA 1
Tigrisoma lineatum NA 1
Tityra cayana NA 1
Tityra inquisitor NA 1
Tityra semifasciata 1 NA
Todirostrum cinereum 1 1
Tolmomyias flaviventris 1 1
Tolmomyias poliocephalus 1 NA
Tolmomyias sulphurescens 1 1
Troglodytes aedon 1 1
Trogon personatus NA 1
Trogon rufus NA 1
Trogon viridis 1 1
Turdus fuscater NA 1
Turdus ignobilis 1 1
Turdus leucomelas 1 1
Turdus nudigenis NA 1
Tyrannulus elatus NA 1
Tyrannus melancholicus 1 1
Tyrannus savana 1 1
Tyrannus tyrannus NA 1
Vanellus chilensis 1 1
Veniliornis kirkii 1 NA
Veniliornis passerinus 1 NA
Vireo leucophrys 1 1
Vireo olivaceus 1 1
Volatinia jacarina 1 1
Vultur gryphus NA 1
Xenops minutus 1 1
Xenops rutilans NA 1
Xiphocolaptes promeropirhynchus 1 1
Xiphorhynchus susurrans 1 NA
Xiphorhynchus triangularis NA 1
Zenaida auriculata 1 1
Zimmerius chrysops NA 1
Zonotrichia capensis NA 1

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander

Species list for Meta

Species 2016 2017 2013
Accipiter bicolor 1 NA NA
Amazilia fimbriata NA 1 1
Amazilia franciae NA 1 1
Amazona amazonica NA NA 1
Amazona ochrocephala 1 1 1
Ammodramus aurifrons 1 NA 1
Anthracothorax nigricollis NA 1 1
Ara militaris NA 1 NA
Ara severus 1 1 NA
Aramides cajaneus 1 NA 1
Aramus guarauna NA 1 NA
Aratinga pertinax NA NA 1
Ardea alba 1 1 1
Ardea cocoi 1 NA 1
Arremon taciturnus 1 1 NA
Arremonops conirostris 1 1 1
Atalotriccus pilaris NA 1 NA
Athene cunicularia NA 1 NA
Atticora tibialis NA 1 NA
Brachygalba lugubris 1 1 NA
Bubulcus ibis 1 1 1
Burhinus bistriatus 1 1 NA
Buteo brachyurus NA NA 1
Buteogallus meridionalis 1 1 1
Buteogallus urubitinga NA NA 1
Butorides striata 1 NA 1
Cacicus cela 1 1 1
Campephilus melanoleucos 1 1 1
Camptostoma obsoletum 1 1 1
Campylopterus falcatus 1 NA NA
Campylorhynchus griseus NA 1 NA
Capito auratus NA 1 1
Caprimulgus longirostris 1 NA NA
Caracara cheriway 1 1 1
Cathartes aura 1 1 1
Cathartes burrovianus 1 1 NA
Catharus ustulatus 1 1 NA
Celeus flavus 1 NA NA
Ceratopipra erythrocephala 1 1 NA
Cercibis oxycerca 1 NA NA
Cercomacra tyrannina 1 1 1
Chaetura brachyura NA 1 1
Chalybura buffonii NA 1 NA
Chelidoptera tenebrosa NA 1 NA
Chlorestes notata 1 NA NA
Chloroceryle aenea NA 1 1
Chloroceryle americana NA 1 1
Chloroceryle inda NA NA 1
Chlorophonia cyanea NA NA 1
Chlorospingus flavopectus NA 1 NA
Chlorostilbon mellisugus 1 1 NA
Chrysuronia oenone NA NA 1
Claravis pretiosa NA NA 1
Coccycua minuta NA NA 1
Coccyzus americanus NA 1 1
Coereba flaveola 1 NA NA
Columbina minuta NA NA 1
Columbina squammata NA 1 NA
Columbina talpacoti 1 1 1
Contopus virens 1 1 NA
Coragyps atratus 1 1 1
Crotophaga ani 1 1 1
Crotophaga major NA NA 1
Crypturellus cinereus 1 1 1
Crypturellus soui NA NA 1
Cyanerpes caeruleus NA 1 1
Cyanocorax violaceus 1 1 1
Cyclarhis gujanensis NA NA 1
Dacnis cayana 1 1 1
Dacnis lineata NA 1 NA
Daptrius ater 1 1 1
Dendrocincla fuliginosa 1 1 1
Dendrocolaptes certhia NA NA 1
Dendrocygna autumnalis NA 1 NA
Doryfera johannae NA NA 1
Doryfera ludovicae NA 1 NA
Dryocopus lineatus 1 1 1
Dysithamnus mentalis NA NA 1
Egretta caerulea 1 1 NA
Egretta thula NA NA 1
Elaenia chiriquensis NA 1 1
Elaenia flavogaster 1 1 NA
Elanoides forficatus NA NA 1
Emberizoides herbicola NA 1 1
Empidonax traillii NA 1 NA
Eudocimus ruber 1 1 1
Euphonia chrysopasta NA NA 1
Euphonia laniirostris NA 1 1
Euphonia minuta NA 1 NA
Euphonia xanthogaster 1 1 1
Eupsittula pertinax 1 1 NA
Eurypyga helias 1 1 1
Falco femoralis NA 1 NA
Falco sparverius 1 1 NA
Florisuga mellivora NA NA 1
Forpus conspicillatus 1 1 NA
Galbula albirostris 1 NA NA
Galbula tombacea 1 1 NA
Gampsonyx swainsonii NA 1 NA
Geothlypis semiflava 1 NA NA
Geranospiza caerulescens 1 1 NA
Glaucis hirsutus 1 1 1
Glyphorynchus spirurus 1 1 1
Gymnomystax mexicanus NA 1 1
Helicolestes hamatus NA 1 NA
Heliodoxa schreibersii 1 NA NA
Herpetotheres cachinnans NA 1 1
Ictinia plumbea NA 1 1
Jacana jacana NA 1 NA
Legatus leucophaius NA 1 1
Leptopogon amaurocephalus 1 1 1
Leptotila rufaxilla NA 1 1
Leptotila verreauxi 1 1 1
Machaeropterus regulus 1 1 1
Manacus manacus 1 1 1
Mecocerculus minor NA NA 1
Megaceryle torquata 1 1 1
Megarynchus pitangua 1 1 1
Megascops choliba NA NA 1
Megascops watsonii NA NA 1
Melanerpes cruentatus 1 1 1
Melanerpes rubricapillus 1 1 NA
Mesembrinibis cayennensis 1 1 1
Milvago chimachima 1 1 1
Mimus gilvus 1 1 1
Mionectes oleagineus 1 1 1
Mionectes olivaceus 1 NA 1
Mniotilta varia NA 1 NA
Molothrus bonariensis NA 1 1
Molothrus oryzivorus 1 1 NA
Momotus aequatorialis 1 NA NA
Momotus momota NA 1 1
Monasa flavirostris 1 NA 1
Monasa nigrifrons 1 1 1
Myadestes ralloides NA NA 1
Myiarchus apicalis 1 1 NA
Myiarchus ferox 1 NA NA
Myiarchus tuberculifer NA 1 1
Myiodynastes maculatus NA 1 1
Myiothlypis fulvicauda 1 NA NA
Myiozetetes cayanensis 1 1 1
Myiozetetes similis NA 1 NA
Myrmeciza atrothorax NA NA 1
Myrmotherula axillaris NA NA 1
Nyctibius grandis NA NA 1
Nyctibius griseus NA NA 1
Nyctidromus albicollis NA 1 1
Odontophorus gujanensis 1 NA NA
Opisthocomus hoazin NA 1 NA
Ornithion inerme NA 1 NA
Ortalis guttata 1 1 1
Orthopsittaca manilata NA NA 1
Pachyramphus polychopterus NA 1 1
Panyptila cayennensis 1 NA 1
Parkesia noveboracensis NA 1 1
Patagioenas cayennensis 1 1 1
Patagioenas fasciata NA NA 1
Patagioenas speciosa NA 1 NA
Patagioenas subvinacea NA 1 1
Penelope jacquacu 1 1 1
Phaeomyias murina NA 1 NA
Phaethornis atrimentalis NA 1 1
Phaethornis griseogularis NA NA 1
Phaethornis hispidus 1 1 1
Pheugopedius coraya 1 1 NA
Pheugopedius mystacalis NA 1 NA
Phimosus infuscatus 1 1 1
Phoenicopterus ruber NA 1 NA
Piaya cayana NA 1 1
Picumnus squamulatus 1 1 1
Pionites melanocephalus 1 NA 1
Pionus menstruus 1 1 NA
Piranga leucoptera NA 1 NA
Piranga olivacea 1 1 NA
Piranga rubra 1 1 NA
Pitangus lictor 1 NA NA
Pitangus sulphuratus 1 1 1
Platalea ajaja NA NA 1
Poecilotriccus latirostris NA 1 NA
Poecilotriccus sylvia 1 1 NA
Progne chalybea NA NA 1
Progne tapera 1 NA NA
Protonotaria citrea NA 1 NA
Psarocolius angustifrons NA 1 1
Psarocolius bifasciatus 1 NA NA
Psarocolius decumanus 1 1 1
Pteroglossus castanotis 1 1 1
Pteroglossus inscriptus NA NA 1
Pteroglossus pluricinctus NA 1 1
Quiscalus lugubris 1 NA NA
Ramphastos ambiguus NA NA 1
Ramphastos tucanus 1 1 1
Ramphocelus carbo 1 1 1
Ramphotrigon megacephalum NA NA 1
Rupornis magnirostris 1 1 1
Saltator maximus 1 1 1
Saltator striatipectus NA 1 NA
Sayornis nigricans NA 1 1
Schistochlamys melanopis 1 1 1
Setophaga cerulea 1 NA NA
Setophaga fusca 1 1 NA
Setophaga ruticilla NA 1 NA
Setophaga striata NA 1 NA
Sicalis flaveola NA 1 1
Sporophila intermedia NA 1 1
Sporophila minuta NA NA 1
Sporophila nigricollis NA 1 1
Stelgidopteryx ruficollis NA 1 1
Streptoprocne rutila NA NA 1
Streptoprocne zonaris 1 1 1
Sturnella magna 1 1 NA
Sturnella militaris NA 1 1
Synallaxis albescens NA 1 NA
Synallaxis unirufa NA 1 NA
Syrigma sibilatrix 1 1 1
Tachornis squamata 1 1 1
Tachycineta albiventer NA 1 1
Tangara cayana 1 1 1
Tangara guttata 1 NA NA
Tangara mexicana 1 1 1
Tangara nigrocincta NA 1 1
Tersina viridis 1 1 NA
Thalurania furcata 1 NA NA
Thamnophilus punctatus 1 1 1
Thraupis episcopus 1 1 1
Thraupis palmarum 1 1 1
Thryophilus rufalbus 1 1 1
Tigrisoma fasciatum NA 1 1
Tigrisoma lineatum NA 1 NA
Tityra cayana NA 1 1
Tityra inquisitor NA NA 1
Todirostrum chrysocrotaphum NA NA 1
Todirostrum cinereum 1 1 1
Tolmomyias flaviventris 1 1 NA
Tolmomyias poliocephalus 1 NA NA
Tolmomyias sulphurescens 1 1 1
Troglodytes aedon 1 1 1
Trogon rufus NA 1 NA
Trogon viridis 1 1 1
Turdus ignobilis 1 1 NA
Turdus leucomelas NA 1 1
Turdus nudigenis NA 1 NA
Tyrannulus elatus NA NA 1
Tyrannus melancholicus 1 1 1
Tyrannus savana 1 1 1
Tyrannus tyrannus NA 1 NA
Vanellus chilensis 1 1 1
Veniliornis passerinus 1 NA 1
Vireo leucophrys 1 1 1
Vireo olivaceus 1 1 1
Volatinia jacarina NA NA 1
Zenaida auriculata 1 1 1
Zimmerius chrysops NA 1 1

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander

---
title: "Bird Inventory by year. Sustainable Cattle Ranching Project"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    theme: journal
    storyboard: true
    social: menu
    source: embed
---

```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
```


```{r loadpackages, include=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
library(readxl) # lee excel
library(tidyverse)# manipula datos eficientemente
library(sp) # spatial polygon
library(magrittr)
library(raster)
library(rasterVis)
library(sf) # new spatial package
library(mapview) # plotting maps in html
library(knitr)
library(colorspace)
library(DT)
library(leaflet)
library(lubridate)
library(tmap)
library(tmaptools)
library(vegan)
library(mobsim)
library(plotly)
library(kableExtra)



```


```{r data, message=FALSE, warning=FALSE}
###################################
###
### AVES
###
###################################

aves_atlantico <- as.data.frame(read_excel("C:/Users/diego.lizcano/Box Sync/CodigoR/Tablas_GCS/data/GAICA_Aves_2013.xlsx", sheet = "ATLANTICO"))

aves_quindio <- as.data.frame(read_excel("C:/Users/diego.lizcano/Box Sync/CodigoR/Tablas_GCS/data/GAICA_Aves_2013.xlsx", sheet = "QUINDIO"))

aves_santander <- as.data.frame(read_excel("C:/Users/diego.lizcano/Box Sync/CodigoR/Tablas_GCS/data/GAICA_Aves_2013.xlsx", sheet = "SANTANDER"))

aves_meta <- as.data.frame(read_excel("C:/Users/diego.lizcano/Box Sync/CodigoR/Tablas_GCS/data/GAICA_Aves_2013.xlsx", sheet = "META"))

aves_full_2013 <- rbind(aves_atlantico, aves_quindio, aves_santander, aves_meta)

aves_full_2013$LOC <- as.numeric(aves_full_2013$LOC)
aves_full_2013$Fecha <- as.POSIXct(paste(
      aves_full_2013$YEAR, 
      aves_full_2013$MES,
      aves_full_2013$DIA,
      sep="-"),format = c("%Y-%m-%d"), tz="UTC")

rm(aves_atlantico)
rm(aves_quindio)
rm(aves_santander)
rm(aves_meta)

aves_full_2016 <- as.data.frame(read_excel("C:/Users/diego.lizcano/Box Sync/CodigoR/Tablas_GCS/data/AVES_GAICA_FINAL_2016_2017.xlsx", sheet = "INVENTARIO"))

aves_full_2016$YEAR <- lubridate::year(aves_full_2016$Fecha)
aves_full_2016$MES <- as.character(lubridate::month(aves_full_2016$Fecha))
aves_full_2016$DIA <- as.character(lubridate::day(aves_full_2016$Fecha))
aves_full <- bind_rows (aves_full_2016, aves_full_2013)


```


### Inventories were carried out in farms part of the sustainable cattle ranching project using standardized methods. In this map we depict the farms and dates of sampling.

```{r map}
# make sp spatial point
coordinates(aves_full) = ~LOC+LAT
geo<- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0")
proj4string(aves_full) <-  geo

# make sf
sampling.sf = st_as_sf(aves_full)


mapview(sampling.sf, 
        zcol = c("YEAR", "SITIO" ),
         map.types = c("OpenStreetMap.DE", "Esri.WorldImagery" ),
        leafletHeight = 8, 
        burst = TRUE, hide = TRUE)
 


```

***

Five ecoregions were sampled looking for birds using:

- Point counts along the landscape

- Mist netting 

- The sampling covered forest, pastures and silvopastoral systems



- You can change the display options to show yeas or sampled fams.


### Summary of species counts by Departamento by year 

```{r sp_count, warning=FALSE, message=FALSE}

# select by uniques
site_species_all <- as.data.frame(sampling.sf) %>% dplyr::select(DEPARTAMENTO, YEAR,  Fecha, NOMBRE_CIENTIFICO, NUMERO_DE_INDIVIDUOS) # %>%  distinct() # igual a site_dept_loc<-

site_species_g<- site_species_all %>% filter(DEPARTAMENTO == "Guajira")

site_species_G_y1 <- site_species_g %>% filter(YEAR == unique(site_species_g$YEAR)[1]) # yr 2017

site_species_G_y2 <- site_species_g %>% filter(YEAR == unique(site_species_g$YEAR)[2]) # yr 2013

auto_mat_gy <- as.data.frame(sampling.sf) %>%
  group_by (YEAR, DEPARTAMENTO) %>%
  # count ()
  summarize_at("NOMBRE_CIENTIFICO", n_distinct) %>% 
  # spread(DEPARTAMENTO, NOMBRE_CIENTIFICO, fill=0) %>% 
  as.data.frame() 

names(auto_mat_gy) <- c("YEAR","DEPARTAMENTO", "SPECIES")

########  acum by yr2
# get species
sp_gy2 <- unique (site_species_G_y2$SPECIES)
# get sites

########  acum by yr1
# get species
sp_gy1 <- unique (site_species_G_y1$SPECIES)
# get sites



g <- ggplot(auto_mat_gy, aes(YEAR, SPECIES))
# Number of cars in each class:
g2 <- g + geom_col() + facet_wrap(vars(DEPARTAMENTO), nrow = 5) + 
  labs(y = "Species count")

ggplotly(g2)

```

***

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander 


### Species list for Atlantico

```{r Atlantico}

table_by_depto <- function(site_species_all, DEPARTAMENTO) {
  
  site_species_a<- site_species_all %>% filter(DEPARTAMENTO == DEPARTAMENTO)
  
  site_species_A_y1 <- site_species_a %>% 
                      dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
                      filter(YEAR == unique(site_species_a$YEAR)[1]) %>%  # yr 2013
                      dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)  # yr 2017
  site_species_A_y1$n <- 1
  
  site_species_A_y2 <- site_species_a %>% 
                      dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
                      filter(YEAR == unique(site_species_a$YEAR)[2]) %>%  # yr 2013
                      dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)
  
  site_species_A_y2$n <- 1
  
  depto_sp <- merge(x=site_species_A_y1, y=site_species_A_y2,by="NOMBRE_CIENTIFICO",all=TRUE)
  
  names(depto_sp) <- c("Species", unique(site_species_a$YEAR)[1], unique(site_species_a$YEAR)[2])

  return(depto_sp)
  }

# 
# 
# site_species_a<- site_species_all %>% filter(DEPARTAMENTO == "Atlantico")
# 
# site_species_A_y1 <- site_species_a %>% 
#                     dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
#                     filter(YEAR == unique(site_species_a$YEAR)[1]) %>%  # yr 2013
#                     dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)  # yr 2017
# site_species_A_y1$n <- 1
# 
# site_species_A_y2 <- site_species_a %>% 
#                     dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
#                     filter(YEAR == unique(site_species_a$YEAR)[2]) %>%  # yr 2013
#                     dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)
# 
# site_species_A_y2$n <- 1
# 
# atlantico_sp <- merge(x=site_species_A_y1, y=site_species_A_y2,by="NOMBRE_CIENTIFICO",all=TRUE)
# 
# names(atlantico_sp) <- c("Species", unique(site_species_a$YEAR)[1], unique(site_species_a$YEAR)[2])

atlantico_sp <- table_by_depto(site_species_all = site_species_all, "Atlantico")

kable(atlantico_sp) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover", "condensed", "responsive"))



```



***

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander 



### Species list for Guajira

```{r Guajira}
Guajira_sp <- table_by_depto(site_species_all = site_species_all, "Guajira")

kable(Guajira_sp) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover", "condensed", "responsive"))
```

***

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander 



### Species list for Quindio

```{r Quindio}
Quindio_sp <- table_by_depto(site_species_all = site_species_all, "Quindio")

kable(Quindio_sp) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover", "condensed", "responsive"))
```


***

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander 



### Species list for Meta

```{r Meta}

  site_species_m<- site_species_all %>% filter(DEPARTAMENTO == "Meta")
  
  site_species_M_y1 <- site_species_m %>% 
                      dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
                      filter(YEAR == unique(site_species_m$YEAR)[1]) %>%  # yr 2013
                      dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)  # yr 2017
  site_species_M_y1$n <- 1
  
  site_species_M_y2 <- site_species_m %>% 
                      dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
                      filter(YEAR == unique(site_species_m$YEAR)[2]) %>%  # yr 2013
                      dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)
  
  site_species_M_y2$n <- 1
  
    site_species_M_y3 <- site_species_m %>% 
                      dplyr::select(NOMBRE_CIENTIFICO, YEAR) %>% 
                      filter(YEAR == unique(site_species_m$YEAR)[3]) %>%  # yr 2013
                      dplyr::count(NOMBRE_CIENTIFICO)
  
  site_species_M_y3$n <- 1
  
  Meta_sp1 <- merge(x=site_species_M_y1, y=site_species_M_y2, by="NOMBRE_CIENTIFICO",all=TRUE)
  
    Meta_sp <- merge(x=Meta_sp1, y=site_species_M_y3, by="NOMBRE_CIENTIFICO",all=TRUE)
  
  names(Meta_sp) <- c("Species", unique(site_species_m$YEAR)[1], unique(site_species_m$YEAR)[2], unique(site_species_m$YEAR)[3])

kable(Meta_sp) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover", "condensed", "responsive"))
```

***

Species accumulation curves showed a plateau exept Santander