ggsci专为paper配色而生

ggsci提供一系列高品质调色板，灵感来自科学期刊，数据可视化库，科幻电影和电视节目中使用的颜色。 ggsci中的调色板可用作ggplot2调色。对于所有调色板，相应的命名为： scale_color_palname() scale_fill_palname() 简单讲就包括了各个杂志的配色风格，整理成了R包，免去了自行配色时的尴尬审美 比如说里面就包括Lancet, NEJM，JAMA,JCO等顶级杂志的配色风格，发不了Paper， 学学配色也是不错的

配色使用示例

Sys.setlocale('LC_ALL','C')
## [1] "C"
library("ggsci")
library("ggplot2")
library("gridExtra")
data("diamonds")
head(diamonds)
## # A tibble: 6 x 10
##   carat cut       color clarity depth table price     x     y     z
##   <dbl> <ord>     <ord> <ord>   <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 0.23  Ideal     E     SI2      61.5    55   326  3.95  3.98  2.43
## 2 0.21  Premium   E     SI1      59.8    61   326  3.89  3.84  2.31
## 3 0.23  Good      E     VS1      56.9    65   327  4.05  4.07  2.31
## 4 0.290 Premium   I     VS2      62.4    58   334  4.2   4.23  2.63
## 5 0.31  Good      J     SI2      63.3    58   335  4.34  4.35  2.75
## 6 0.24  Very Good J     VVS2     62.8    57   336  3.94  3.96  2.48
dim(diamonds)
## [1] 53940    10
p1 = ggplot(subset(diamonds, carat >= 2.2),
       aes(x = table, y = price, colour = cut)) +
  geom_point(alpha = 0.7) +
  geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +
  theme_bw()
p1

p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70),
       aes(x = depth, fill = cut)) +
  geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +
  theme_bw()
p2

NPG配色

自动配色，接触直男配色的烦恼 配色方案为sacle_color_xx杂志名,或者scale_fill_xx杂志名 注意杂志名并不是所有的，而是该包含有的一部分配色内容

p1_npg = p1 + scale_color_npg()
p2_npg = p2 + scale_fill_npg()
grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol = 2)##grid组图

著名的新英格兰医学杂志配色

p1_nejm = p1 + scale_color_nejm()
p2_nejm = p2 + scale_fill_nejm()
grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol = 2)

著名的柳叶刀杂志配色

scale_color_lancet() scale_fill_lancet

p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()
p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()
grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)

JAMA配色

scale_color_jama函数 scale_color_jama函数

p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()
p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()
grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)

如果是对于非ggplot2系统的图形想使用配色，也可调用

首先pal_xx杂志名函数得到颜色代码 然后scales包俩展现函数 做个NEJM配色的展示，可以先问号下?pal_xx函数

nejm<-pal_nejm("default",alpha = 1)(8)##(9表示呈现多少个颜色)
nejm
## [1] "#BC3C29FF" "#0072B5FF" "#E18727FF" "#20854EFF" "#7876B1FF" "#6F99ADFF"
## [7] "#FFDC91FF" "#EE4C97FF"
scales::show_col(nejm)

熟悉的boxplot展示

可能官方给的图形太复杂,我们来创建一个大家熟悉的图

library(dplyr)
## Warning: package 'dplyr' was built under R version 3.6.1
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following object is masked from 'package:gridExtra':
## 
##     combine
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union
head(diamonds)
## # A tibble: 6 x 10
##   carat cut       color clarity depth table price     x     y     z
##   <dbl> <ord>     <ord> <ord>   <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 0.23  Ideal     E     SI2      61.5    55   326  3.95  3.98  2.43
## 2 0.21  Premium   E     SI1      59.8    61   326  3.89  3.84  2.31
## 3 0.23  Good      E     VS1      56.9    65   327  4.05  4.07  2.31
## 4 0.290 Premium   I     VS2      62.4    58   334  4.2   4.23  2.63
## 5 0.31  Good      J     SI2      63.3    58   335  4.34  4.35  2.75
## 6 0.24  Very Good J     VVS2     62.8    57   336  3.94  3.96  2.48
p<-diamonds %>% ggplot()+
     aes(x=cut,y=price,fill=cut) +
     geom_boxplot()
p

试试lancet配色

简单快捷，无需动脑，因为填充会比较明显，我们选择填充配色

p+scale_fill_lancet()

NEJM配色

p+scale_fill_nejm()

这样的高级配色，你值得拥有！