1 Partea generală

http://rpubs.com/alex_istrate/

2 Partea specială

2.1 Introducere

2.1.1 Obiective

2.2 Material și metode

2.2.1 Analiza statistică a datelor

Pentru descrierea variabilelor cantitative am folosit histograme și am calculat mediile aritmetice ± deviația standard (DS) [cu intervalul de încredere (IC) 95%], precum și valorile extreme și mediane. Pentru variabilele calitative, am folosit pie-uri sau bar-chart-uri și am calculat frecvențele absolute și relative ale categoriilor formate.

Pentru a studia relațiile dintre variabilele cantitative și cele calitative, am folosit testele T și Mann-Whitney (MW) dacă acestea au fost binare, respectiv ANOVA dacă acestea au avut mai multe categorii. Am prezentat valorile p generate de aceste teste precum și mediile ± DS ale grupurilor și diferența mediilor cu IC95% asociat. Am prezentat grafic rezultatele suooob forma unor box-plot-uri. Pentru a studia relațiile dintre variabilele cantitative am folosit coeficientul de corelație Spearman (R), cu valoarea p asociata și am prezentat grafic relațiile sub forma unor scatter-plot-uri pe care am adăugat linia de regresie cu IC95%. Pentru a descrie relațiile dintre variabilele calitative am folosit testul Chi2 sau Fisher și indicatorii Cramer phi sau V și Odds-Ratio (OR) / Risc relativ (RR) cu IC95%. Am prezentat grafic rezultatele sub forma unor bar-chart-uri.

Am folosit Microsot Excel 2016 pentru managementul bazei de date. Pentru toate analizele statistice și graficele ulterioare am folosit R 3.6.0. Am considerat p < 0.05 ca fiind semnificativ statistic și p < 0.1 ca prezentând doar o tendință spre semnificativitate statistică.

2.2.2 Principale

Tabel 1: Sumarizarea caracteristicilor pricipale ale cazurior în funcție de existența metastazelor.

Factor

Levels

da

nu

Total

Statistics

Metastaze

17 (34.7%)

32 (65.3%)

49

Sex

F

7 (41.2%)

27 (84.4%)

34 (69.4%)

OR=0.13 [0.03, 0.50], RR=0.49 [0.28, 0.85] (p=0.003)

M

10 (58.8%)

5 (15.6%)

15 (30.6%)

Vârsta (ani)

*M(R)

66 (45:84)

67 (32:88)

67 (32:88)

MW: p=0.323

Anul examinării

2014

4 (23.5%)

1 (3.1%)

5 (10.2%)

V=0.48 (p=0.026)

2015

2 (11.8%)

3 (9.4%)

5 (10.2%)

2016

7 (41.2%)

8 (25.0%)

15 (30.6%)

2017

4 (23.5%)

10 (31.2%)

14 (28.6%)

2018

0

10 (31.2%)

10 (20.4%)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 2: Sumarizarea caracteristicilor pricipale ale cazurior în funcție de sexr.

Factor

Levels

Total

F

M

Statistics

Sex

49

34 (69.4%)

15 (30.6%)

Vârsta (ani)

*M(R)

67 (32:88)

66.5 (32:88)

71 (45:82)

MW: p=0.350

Anul examinării

2014

5 (10.2%)

3 (8.8%)

2 (13.3%)

V=0.14 (p=0.906)

2015

5 (10.2%)

3 (8.8%)

2 (13.3%)

2016

15 (30.6%)

10 (29.4%)

5 (33.3%)

2017

14 (28.6%)

10 (29.4%)

4 (26.7%)

2018

10 (20.4%)

8 (23.5%)

2 (13.3%)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Figure 1: Distribuția varstei la diferite variabile.

Tabel 3: Distribuția varstei la diferite variabile

Subset

N

Media ±SD

Med (Min:Max)

Grup: Vârsta (ani) (Shapiro-Wilk normality test: p=0.087)

(total)

49 (100.0%)

63.49 ±14.0

67.0 (32.0:88.0)

Grup: Sex (Welch Two Sample t-test: p=0.306)

F

34 (69.4%)

62.15 ±14.2

66.5 (32.0:88.0)

M

15 (30.6%)

66.53 ±13.3

71.0 (45.0:82.0)

Grup: AN (ANOVA: p=0.572)

2014

5 (10.2%)

63.40 ±13.5

66.0 (46.0:80.0)

2015

5 (10.2%)

70.20 ±15.6

75.0 (49.0:88.0)

2016

15 (30.6%)

61.27 ±12.8

66.0 (34.0:80.0)

2017

14 (28.6%)

66.43 ±13.2

67.5 (45.0:84.0)

2018

10 (20.4%)

59.40 ±16.7

63.0 (32.0:79.0)

2.2.3 Anul examniării

Figure 2: Anul examinării în funcție de tipul de Metastaze.

Figure 3: Anul examinării în funcție de sex

2.2.4 Harta

[1] TRUE Shapefile type: Polygon, (5), # of Shapes: 1522 Shapefile type: Polygon, (5), # of Shapes: 1522

Figure 4: Distribuția geografică a cazurilor

Figure 5: Distribuția geografică a cazurilor cu metastaze.

2.2.5 Varsta, sex, Metastaze

Dintre cei 34 pacienți cu Sex: F (69.4%), 7 (20.6%) au avut Metastaze: da față de 10 (66.7%) dintre cei 15 pacienți cu Sex: M. Rezultă că pacienții cu Sex: F au un risc relativ de 3.238 [IC95% = 1.6 la 6.6 ] ori mai mic de a avea Metastaze: da decât cei cu Sex: M (phi=0.45, p=0.002 semnificativ statistic conform testului Chi²).

Vârsta pacienților (N=49) a avut valori între 32 și 88 ani (mediana: 67) cu o medie de 63.49 ±14.0 ani. În cazul femeilor (N=34, 69.4%) a avut valori între 32 și 88 ani (mediana: 66.5) cu o medie de 62.15 ±14.2 ani. În cazul bărbaților (N=15, 30.6%) a avut valori între 45 și 82 ani (mediana: 71) cu o medie de 66.53 ±13.3 ani. Această diferență de 4.39 ani nu a fost semnificativă statistic (p=0.350) conform testului Mann-Whitney. Vârsta pacienților cu Metastaze: da (N=17, 34.7%) a avut valori între 45 și 84 ani (mediana: 66) cu o medie de 67.06 ±11.3 ani. Vârsta pacienților cu Metastaze: nu (N=32, 65.3%) a avut valori între 32 și 88 ani (mediana: 67) cu o medie de 61.59 ±15.0 ani. Această diferență de 5.47 ani nu a fost semnificativă statistic (p=0.323) conform testului Mann-Whitney.

Figure  6: Distrbuția pe sexe si a varstei pe sexe. (| media, ¦ mediana).

Figure  7: Distrbuția pe leziuni si a varstei pe leziuni (| media, ¦ mediana).

Figure  8: Distrbuția pe leziuni si sex a pacienților.

2.2.6 Cracteristici ale tumorii ~ Metastaze si sex

Tabel 4: Sumarizarea caracteristicilor cazurior în funcție de metastaze

Factor

Levels

da

nu

Total

Statistics

Metastaze

17 (34.7%)

32 (65.3%)

49

Extensia bolii

La distanță

12 (70.6%)

0

12 (25.0%)

V=1.00 (p<0.001)

Regională

5 (29.4%)

0

5 (10.4%)

Localizată

0

31 (100.0%)

31 (64.6%)

Localizare metastaze

Ficat

6 (35.3%)

0

6 (35.3%)

Limfoganglioni

5 (29.4%)

0

5 (29.4%)

Peritoneu

1 (5.9%)

0

1 (5.9%)

Ficat, limfoganglioni

3 (17.6%)

0

3 (17.6%)

Ficat, limfoganglioni, peritoneu

1 (5.9%)

0

1 (5.9%)

Ficat, peritoneu

1 (5.9%)

0

1 (5.9%)

Organ de origine

Pancreas

9 (52.9%)

5 (15.6%)

14 (28.6%)

V=0.64 (p<0.001)

Stomac

3 (17.6%)

14 (43.8%)

17 (34.7%)

Intestin subțire

5 (29.4%)

1 (3.1%)

6 (12.2%)

Colorectal

0

9 (28.1%)

9 (18.4%)

Apendice

0

3 (9.4%)

3 (6.1%)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 5: Sumarizarea caracteristicilor cazurior în funcție de sex.

Factor

Levels

F

M

Total

Statistics

Sex

34 (69.4%)

15 (30.6%)

49

Extensia bolii

La distanță

6 (18.2%)

6 (40.0%)

12 (25.0%)

V=0.47 (p=0.005)

Regională

1 (3.0%)

4 (26.7%)

5 (10.4%)

Localizată

26 (78.8%)

5 (33.3%)

31 (64.6%)

Localizare metastaze

Ficat

3 (42.9%)

3 (30.0%)

6 (35.3%)

V=0.53 (p=0.447)

Limfoganglioni

1 (14.3%)

4 (40.0%)

5 (29.4%)

Peritoneu

1 (14.3%)

0

1 (5.9%)

Ficat, limfoganglioni

2 (28.6%)

1 (10.0%)

3 (17.6%)

Ficat, limfoganglioni, peritoneu

0

1 (10.0%)

1 (5.9%)

Ficat, peritoneu

0

1 (10.0%)

1 (5.9%)

Metastaze

7 (20.6%)

10 (66.7%)

17 (34.7%)

OR=0.13 [0.03, 0.50] (p=0.003)

Organ de origine

Pancreas

10 (29.4%)

4 (26.7%)

14 (28.6%)

V=0.33 (p=0.255)

Stomac

12 (35.3%)

5 (33.3%)

17 (34.7%)

Intestin subțire

2 (5.9%)

4 (26.7%)

6 (12.2%)

Colorectal

7 (20.6%)

2 (13.3%)

9 (18.4%)

Apendice

3 (8.8%)

0

3 (6.1%)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Figure 9: Distribuția varstei la diferite variabile.

Figure 10: Distribuția varstei la diferite Organe de origine.

Figure 11: Distribuția varstei la diferite extensii.

Tabel 6: Distribuția varstei la diferite variabile.

Subset

N

Media ±SD

Med (Min:Max)

Grup: Vârsta (ani) (Shapiro-Wilk normality test: p=0.087)

(total)

49 (100.0%)

63.49 ±14.0

67.0 (32.0:88.0)

Grup: Extensia bolii (ANOVA: p=0.069)

La distanță

12 (25.0%)

62.92 ±10.1

65.0 (45.0:74.0)

Regională

5 (10.4%)

77.00 ±7.5

79.0 (65.0:84.0)

Localizată

31 (64.6%)

61.42 ±15.2

67.0 (32.0:88.0)

Grup: Localizare metastaze (ANOVA: p=0.299)

Ficat

6 (35.3%)

63.00 ±13.9

69.5 (45.0:74.0)

Limfoganglioni

5 (29.4%)

77.00 ±7.5

79.0 (65.0:84.0)

Peritoneu

1 (5.9%)

54.00 ±NA

54.0 (54.0:54.0)

Ficat, limfoganglioni

3 (17.6%)

64.33 ±5.8

61.0 (61.0:71.0)

Ficat, limfoganglioni, peritoneu

1 (5.9%)

66.00 ±NA

66.0 (66.0:66.0)

Ficat, peritoneu

1 (5.9%)

64.00 ±NA

64.0 (64.0:64.0)

Grup: Metastaze (Welch Two Sample t-test: p=0.160)

da

17 (34.7%)

67.06 ±11.3

66.0 (45.0:84.0)

nu

32 (65.3%)

61.59 ±15.0

67.0 (32.0:88.0)

Grup: Organ de origine (ANOVA: p=0.033)

Pancreas

14 (28.6%)

58.79 ±13.9

61.0 (34.0:82.0)

Stomac

17 (34.7%)

68.35 ±11.8

67.0 (49.0:88.0)

Intestin subțire

6 (12.2%)

71.83 ±7.1

70.5 (65.0:84.0)

Colorectal

9 (18.4%)

61.44 ±16.5

72.0 (32.0:79.0)

Apendice

3 (6.1%)

47.33 ±11.2

43.0 (39.0:60.0)

Tabel 7: Sumarizarea Tipului histologic în funcție de sex.

vs. Sex

Tip histologic

F

M

(total)

Carcinom neuroendocrin

8 (61.5% / 23.5%)

5 (38.5% / 33.3%)

13 (26.5%)

Carcinom mixt adeno-neuroendocrin

2 (50.0% / 5.9%)

2 (50.0% / 13.3%)

4 (8.2%)

Tumoră neuroendocrină nespecificată

24 (75.0% / 70.6%)

8 (25.0% / 53.3%)

32 (65.3%)

(total)

34 (69.4%)

15 (30.6%)

49 (100%)

V=0.18 (p=0.459)

Figure 12: Sumarizarea Tipului histologic în funcție de sex.

Tabel 8: Sumarizarea Organului de origine în funcție de sex.

vs. Sex

Organ de origine

F

M

(total)

Pancreas

10 (71.4% / 29.4%)

4 (28.6% / 26.7%)

14 (28.6%)

Stomac

12 (70.6% / 35.3%)

5 (29.4% / 33.3%)

17 (34.7%)

Intestin subțire

2 (33.3% / 5.9%)

4 (66.7% / 26.7%)

6 (12.2%)

Colorectal

7 (77.8% / 20.6%)

2 (22.2% / 13.3%)

9 (18.4%)

Apendice

3 (100.0% / 8.8%)

0 (0.0% / 0.0%)

3 (6.1%)

(total)

34 (69.4%)

15 (30.6%)

49 (100%)

V=0.33 (p=0.255)

Figure 13: Sumarizarea Organului de origine în funcție de sex.

2.2.7 IHC

Figure 14: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Figure 15: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Figure 16: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Figure 14: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Figure 15: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Figure 16: prevalenta cazurilor pozitive la Cromogranina.

Tabel 9: Sumarizarea caracteristicilor IHC în funcție de metastaze

Factor

Levels

da

nu

Total

Statistics

Metastaze

17 (34.7%)

32 (65.3%)

49

Cromogranina

14 (87.5%)

26 (92.9%)

40 (90.9%)

OR=0.54 [0.07, 4.25] (p=0.614)

Sinaptofizina

10 (100.0%)

19 (95.0%)

29 (96.7%)

OR=1.62 [0.06, 43.25] (p=1.000)

CD56

5 (83.3%)

5 (71.4%)

10 (76.9%)

OR=2.00 [0.13, 29.81] (p=1.000)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 10: Sumarizarea caracteristicilor IHC în funcție de Tipul histologic.

Factor

Levels

Carcinom neuroendocrin

Carcinom mixt adeno-neuroendocrin

Tumoră neuroendocrină nespecificată

Total

Statistics

Tip histologic

13 (26.5%)

4 (8.2%)

32 (65.3%)

49

Cromogranina

11 (91.7%)

2 (50.0%)

27 (96.4%)

40 (90.9%)

V=0.46 (p=0.010)

Sinaptofizina

5 (100.0%)

3 (100.0%)

21 (95.5%)

29 (96.7%)

V=0.11 (p=0.829)

CD56

5 (83.3%)

3 (100.0%)

2 (50.0%)

10 (76.9%)

V=0.45 (p=0.263)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 11: Sumarizarea caracteristicilor IHC în funcție de Gradul de diferentiere.

Factor

Levels

bine diferențiat (G1)

moderat diferențiat (G2)

slab diferențiat (G3)

Total

Statistics

Grad de diferențiere

28 (58.3%)

4 (8.3%)

16 (33.3%)

48

Cromogranina

23 (95.8%)

4 (100.0%)

13 (81.2%)

40 (90.9%)

V=0.26 (p=0.233)

Sinaptofizina

18 (94.7%)

3 (100.0%)

8 (100.0%)

29 (96.7%)

V=0.14 (p=0.741)

CD56

2 (66.7%)

0

7 (87.5%)

9 (75.0%)

V=0.56 (p=0.151)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 12: Sumarizarea caracteristicilor IHC în funcție de Extensia bolii.

Factor

Levels

La distanță

Regională

Localizată

Total

Statistics

Extensia bolii

12 (25.0%)

5 (10.4%)

31 (64.6%)

48

Cromogranina

9 (81.8%)

5 (100.0%)

25 (92.6%)

39 (90.7%)

V=0.20 (p=0.437)

Sinaptofizina

6 (100.0%)

4 (100.0%)

19 (95.0%)

29 (96.7%)

V=0.13 (p=0.772)

CD56

4 (80.0%)

1 (100.0%)

5 (71.4%)

10 (76.9%)

V=0.19 (p=0.800)

*M(R) = Mediana (min:max); MW = Test Mann-Whitney; OR/RR = odds-ratio / risc relativ [cu IC 95%] și p calculat prin testul Fisher); V = Cramer V (p calculat prin testul Chi²).

Tabel 13: Distribuția varstei la diferite variabile.

Subset

N

Media ±SD

Med (Min:Max)

Grup: Vârsta (ani) (Shapiro-Wilk normality test: p=0.087)

(total)

49 (100.0%)

63.49 ±14.0

67.0 (32.0:88.0)

Grup: Cromogranina (Welch Two Sample t-test: p=0.276)

da

40 (90.9%)

63.80 ±14.7

67.0 (32.0:88.0)

nu

4 (9.1%)

56.75 ±10.3

57.0 (46.0:67.0)

Grup: CD56 (Welch Two Sample t-test: p=0.433)

da

10 (76.9%)

69.10 ±13.8

69.0 (45.0:88.0)

nu

3 (23.1%)

56.00 ±23.1

54.0 (34.0:80.0)

2.3 Discuții

2.4 Concluzii

3 Referințe

  1. R Core Team (2019). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/.