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As suas figuras finais para publicação serão diferentes daquelas que são geradas em notebooks R. Elas não serão pngs salvos via RStudio!.

Para utilizar as figuras em documentos, você precisará se preocupar em que tamanho a figura será mostrada, e, as vezes na resolução dessa figura. É importante entender a diferença entre figuras vetoriais (PDFs e EPSs no nosso caso) ou rasters (TIFF, BMP, JPEG e GIF). Como imagens vetoriais não perdem resolução quando a aumentamos, vamos sempre que possível preferir esse tipo de imagem. A razão para usar rasters em artigos normalmente são fotos, caso seu artigo precise de uma. Nesse caso, você precisará decidir uma resolução, e usará normalmente 300 ou 600 dpi. Outra razão para usar pngs é para colocar figuras de sua pesquisa na web. Nesse caso, 100 ou 150 dpi já resolvem.

Há duas maneiras principais de salvar uma visualização como pdf:

ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = disp)) + 
  geom_point()

ggsave("exemplo-figura1-2.pdf") # ggsave salva o que foi plotado por último

## Saving 7 x 5 in image

# para pngs: ggsave("fig2.png", dpi = 300)

p = ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = disp)) + 
  geom_point()

pdf("exemplo-figura1-1.pdf") # para pngs, seria png("fig1.png", res = 300)
print(p)
dev.off()

## quartz_off_screen 
##                 2

Tamanhos da figura e de fonte

Lado bom: temos pdfs. O lado ruim é que eles estão quadrados, o que pode não lhe agradar. Assim como com pessoas, os gráficos não precisam ser quadrados: experimente com o tamanho na função pdf() ou ggsave(). Os argumentos width e height são em polegadas (embora na ggsave possam ser cm com units = "cm"), e o padrão é 7x7. Muitas vezes eu uso width = 6, height = 4 quando o gráfico não tem legenda.

Mas que tamanho colocar, certo? Duas dicas aqui. A primeira é que para um artigo, você normalmente tem como saber quantos cm/polegadas você ocupará de largura com a figura. Basta saber a largura do texto no artigo, e você normalmente usará metade ou toda a largura, dependendo da figura. A altura pode vir em função da legibilidade. Se ajudar: um A4 tem 20cm de largura.

A segunda dica é que o tamanho das fontes na sua figura não são relativos ao tamanho da figura; são absolutos. Isso quer dizer que diminuir uma figura aumenta proporcionalmente a fonte dos textos dentro da figura.

Como uma figura PDF pode ser mostrada em um artigo diminuindo ou aumentando o seu tamanho original sem perda de resolução, aumentar/diminuir o tamanho da figura pdf que você está salvando é a forma mais simples de aumentar ou diminuir todas as fontes da figura. Para aumentar/diminuir fontes específicas (só a da legenda, por exemplo), veja em ?ggplot2::theme.

Para ver a questão do tamanho das fontes, execute o código abaixo, abra os dois pdfs salvos e redimensione ambos para terem o mesmo tamanho na tela. As fontes terão tamanho bastante diferente.

mtcars$name = row.names(mtcars)
ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = disp, label = name)) + 
  geom_text()

ggsave("exemplo-figura2-1.pdf", width = 6, height = 4) # ggsave precisa que a figura tenha sido impressa em um dispositivo de saída antes
ggsave("exemplo-figura2-2.pdf", width = 9, height = 6) # ggsave precisa que a figura tenha sido impressa em um dispositivo de saída antes

O documento

A forma mais segura e portável de você escrever seus artigos, relatórios, etc sem dores de cabeça com leiaute e formatação é Latex (a pronúncia é latéc, ou lêitec em inglês).

Caso você decida usar o Word, você tem que saber usar a formatação por estilos e templates de documentos.

Caso você queira usar google docs para artigos científicos, até onde sei, o mundo ainda não está pronto para você – vai lhe dar um trabalhão.

Para fazer seu documento usando latex, provavelmente a solução com menos configuração e mais facilidade de compartilhar depois que você encontrará é o overleaf. Depois de logar, procure um modelo/formato da ACM ou IEEE de duas colunas (por exemplo, o Association for Computing Machinery (ACM) - SIG conference proceedings Template) e o restante será intuitivo.

Outra possibilidade mais recente que ainda não explorei muito mas parece bem interessante é escrever o artigo direto em Markdown ou RMarkdown. Há um pacote do pessoal do RStudio para isso, o rticles.