Christophe le 8 mars 2013
Markdown permet de creer des pages Html contenant du code, des graphiques, des tables et meme des equations dans un meme document Html, diffusable et modifiable dynamiquement, comme Sweave dont il est un cousin germain.
L'usage est tres simple et complC(tement integre dans Rstudio. Dans le menu file de Rstudio, il suffit de creer un nouveau fichier Markdown (File | new | R markdown). Il sera necessaire d'installer le package knitr. On sauvera ce fichier avec l'extension .rmd.
Ensuite le fonctionnement est exactement le meme qu'avec Sweave, seule la syntaxe des chunks et de la mise en forme du texte est simplifiee (on n'ecrit plus en LaTeX !).
-On ecrit un document alternant texte et code chunks
-On compile en utilisant le biuton knitrHTML de Rstudio
-le documet resultant s'affiche dans une page web autonome.
Par exemple :
summary(cars)
## speed dist
## Min. : 4.0 Min. : 2
## 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26
## Median :15.0 Median : 36
## Mean :15.4 Mean : 43
## 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56
## Max. :25.0 Max. :120
On peut ajouter un simple plot :
plot(cars)
Ou des plots plus complexes (mais je n'ai pas un version de R assez recente pour que ggplot2 fonctionne correctement, mais vous pouvez tester ! ).
# (not run)
# library(ggplot2)
# qplot(speed, dist, data=cars)+geom_smooth()
et meme des equations, dans le corps du texte \( \beta_i \leq \sum_{i=1}^N \alpha^i \) et des calculs dynamiques sur le jeu de donnes. Ici il y a 50 voitures dans l'echantillon.
Les equations peuvent aussi etre en pleine page, comme dans LaTeX:
\[ \beta_i \leq \sum_{i=1}^N \alpha^i \]
Je n'ai pas tout teste, mais c'est vraiment tres simple et la syntaxe ultra legere.
Une autre fonctionnalite, est que l'on peut creer des notebooks a partir de programmes R
et les transformer en documents markdown. Cela semble puissant (cf http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/markdown_notebooks) .
Le document cree peut ensuite:
Tout ceci se faisant directement depuis l'interface de visualisation des pages crees.Dans l'outil de visualisation integre a Rstudio, il y a simplement un bouton Rpublish.
LE probleme est l'usage des accents qui ne sont pas pris en compte (comme vous avez pu le voir, je les ai supprime cela fait des C) & des C). Mais il y peut-etre quelque part une solution a cela (*encoding?).
Bref, un outil de plus dans notre musette !