Hoje vamos colocar em prática o que vínhamos discutindo e treinando em sala de aula através de um exercício simulado

Vou oferecer a situação hipotética e vocês construirão a base de dados e farão as análises com base nos scripts e exercícios anteriores

Entendendo a estruturação da diversidade biológica nos diferetnes tipos de Caatinga

A Caatinga é na verdade um conjunto diverso de tipos vegetacionais xerófitos, portanto podemos dizer que a Caatinga é na verdade as Caatingas. No livro “A flora das Caatingas do São Francisco”, o biólogo Dr. José Alves Siqueira-Filho descreve a divevrsidade da flora desse bioma mostrando como esta varia no espaço e como variou no tempo. A Caatinga é hetergênea por natureza, e os tipos de vegetação mudam conforme solo, humidade, altitude e estado de conservação.

Agora, imagine que você é parte de uma equipe de biólogos da empresa “Top Consultoria Ambiental” fazendo um levantamento de flora e fauna pelas áreas por onde passarão os canais da transposição do Rio São Francisco. São dois eixos principais que atravessarão uma grande porção da Caatinga, levavndo água da bacia do São Francisco a outras bacias mais ao norte. Entre as medidas de compensação ambiental da obra está o maior inventário de árvores já realizado na Caatinga. Vocẽ é o responsável pela análise dos dados botânicos coletados ao longo de 10 localidades que margeavam um dos canais, o “eixo norte”.

Os dados dos inventários florísticos para as 10 localidados ao longo do canal foram os seguintes:

esp<-c(paste0("sp", 1:25)) # criei o vetor com as espécies, serão 15 para este exercício.
sites<-c(paste0("site", 1:10)) # criei o vetor com as espécies, serão 10 para este exercício.
caat<-matrix(sample(0:30, size = 10*25, replace = TRUE), nrow = 10, ncol = 25)# criei uma matriz com 10 linas (espécies) e 15 colunas (fragmentos)
colnames(caat)<-esp # atribui os nomes de linhas e colunas da matriz
rownames(caat)<-sites
caat[caat<5]<-0
caat[caat>25]<-1
caat[caat==12]<-2
caat
##        sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9 sp10 sp11 sp12 sp13 sp14 sp15
## site1    8   1  15  13  14  15   0   7   7    0    1    2    7    0    1
## site2    0  23  11   0  16  13  22   1   0   23   22    2    9   11   14
## site3    5  17  11  24   0   1   1  17  16   24   21   19    0   18    1
## site4   13   1   1   5  16   8   0  10  23    2   23    1   10   24   14
## site5    0  25   1   7   0   8   0  19  20   19    9   16    8   23   17
## site6    2   1   0   1   9  10   0   9   0   10    0   24    0    1   21
## site7   16  17   1  17   0  18  18   6  11    2   13   22    7    5   11
## site8    1   6   0  16  19   0   0   7  19   11    6   18   16    2   11
## site9   25  11  22  23   0  25   7   1  22    0   14    6    6    0    1
## site10  22  21  25   0  14  21   7   1  13    1    0   13   21    1   16
##        sp16 sp17 sp18 sp19 sp20 sp21 sp22 sp23 sp24 sp25
## site1     1   17   15   24    9    8    0   25   16    0
## site2    16   15    1    1   23    0   25   23    1   24
## site3    23   10   19   22    2    0    1   25   16    0
## site4     9    2   25   22   24   16   11   21   15   18
## site5    10    9    8    6    9   10   10    1   24    6
## site6     8    0   22   25   20   19    0   20   19    0
## site7    16   25   10    9   11    0    7    0    1    1
## site8     0   25   17    0   17   18   23    1   21    0
## site9     0    5   25   15   22   20    1   20    1   14
## site10   11   16   18   23   10   24    0    1    1    1

Repita somente esses códigos e siga com as análises você mesmo, usando os scripts que foram acumulando com os exercícios anteriores.Se quiser treinar crie você mesmo seus dados.

“caat” é sua comunidade, usea-a para suas análises.

Agora, com a base em mãos, você é o reponsável de entregar um resumo dos resultados que serão incluídos no relatório de impacto ambiental (EIA-RIMA) da obra da transposição. Você, como um bom biólogo, quer informar a sociedade com os melhores dados disponíveis e portanto vai fazer uma descriação completa dessa comunidade.

Para fazer seu reporte resumido no R siga as intruções abaixo.

  1. Use um script especial que criei para realizar essa tarefa. Está na própria página da tarefa no google scholar.
  2. Instale o Knit através de install.packages(“knitr”)
  3. Siga as instruções básicas que estão contidas no script para organizar seu texto e reportes. Note que ele agora é formato Rmd, não mais R. Isso permite que você gere um reporte automático em HTML, DOC ou PDF.
  4. Salve seu reporte no formato que desejar e suba como resultado da tarefa. Atenção, se form HTML, dÊ um jeito de subir ele em algum site, de preferêmncia no próprio RPubs. Crie sua conta e suba seu relatório. É fácil.

Boa Sorte, beijos e não me liguem :)