Taller RMarkdown

Salvador Mandujano Rodríguez

28/12/2018

Bienvenidos…!

¿Qué es RMarkdown?

Markdown es un lenguaje muy sencillo empleado para escribir textos y documentos electrónicos. La versión R de Markdown es el paquete rmarkdown. Este paquete tiene como base los paquetes knitr y Pandoc lo que permite realizar un gran número de tareas con diferentes objetivos.

Compilar documentos en diferentes formatos como:

PDF
HTML
ebooks
Word
otros

Crear cuadernos de notas

Similar a una “libreta en campo o en laboratorio”.
Sirven para ir haciendo anotaciones del proceso de análisis empleando iterativamente códigos R ejecutados en lo que se conoce como chunks.

Crear presentaciones en formatos como:

Beamer Latex:
- https://www.overleaf.com/learn/latex/Beamer
- https://hartwork.org/beamer-theme-matrix/
HTML5:
PowerPoint: se requiere una versión particular de RMarkdown (que no veremos en este curso)

Construir aplicaciones interactivas en Shiny.

http://shiny.rstudio.com/gallery/

Escribir documentos como:

tesis:
- https://eddjberry.netlify.com/post/writing-your-thesis-with-bookdown/
libros con múltiples capítulos para formatos impresos PDF:
- https://steemit.com/markdown/@vilber/generar-un-libro-con-rstudio
formato ebooks:
- https://bookdown.org/yihui/bookdown/
artículos para someter a revistas:
- http://svmiller.com/blog/2016/02/svm-r-markdown-manuscript/

Crear websites y blogs.

https://bookdown.org/yihui/blogdown/

Un lego de n posibilidades

Objetivo general del taller:

Introducir a los alumnos al empleo práctico de RMarkdown empleando la plataforma RStudio para crear documentos científicos reproducibles y dinámicos para sus trabajos de tesis, elaboración de artículos, creación de libros, elaboración de presentaciones; en diferentes formatos: PDF, html, Word, ebooks, beamer y otros.

Objetivos específicos:

Comprender la importancia de crear documentos dinámicos reproducibles de manera sencilla integrando texto, análisis, gráficos, bibliografía y otros requerimientos.
Comprender la importancia de estos documentos para facilitar el trabajo de escritura e integración de tesis, artículos, libros y otros.
Comprender la ventaja de emplear RMarkdown para elaborar esos documentos.
Comprender que RMarkdown se puede emplear sin necesidad de emplear R como herramienta de análisis de datos, pero si se emplea, entonces se tiene aun mayor ventaja.

Objetivos específicos:

Practicar la redacción e integración de documentos en RMarkdown.
Aplicar el documento para obtener diferentes formatos de salida: PDF, html, ebook, Word, presentaciones Beamer y otros.
Proveer con material y sitios de apoyo para la creación de documentos en RMarkdown.

En esencia, la finalidad del taller es:

Prerrequisitos del curso:

Cada asistente debe traer el texto de su tesis, gráficos, análisis y bibliografía pues será el material con el que trabajará durante todo el curso. Si llevan su tesis, al final tendrán una versión de la misma pero como un documento integrado.
Preferentemente, experiencia en el empleo de R.
Se requiere que cada alumno lleve su laptop y cargue los programas y paquetes R (todos gratuitos).

Metodología:

Fecha 21 al 25/enero/2019
Horario de clases: Lunes a Viernes de 9:00 – 15:00 h (variable)
Es un taller práctico en aula donde se utilizará R en la plataforma RStudio para ejecutar RMarkdown;
aplicación de diversas herramientas de análisis en el programa R y otros de libre acceso;
lectura de bibliografía reciente del tema;
posiblemente exposición de los alumnos de temas varios.