1.1 Installatie

Om met onderstaande te kunnen werken moet je in ieder geval R installeren R alsmede RStudio RStudio. Om pdf te draaien moet je ook Latex op je computer installeren. Heb je dat niet kun je ook binnen R/RStudio het pakket tinytex. Als je R en RStudio hebt binnengehaald moet je de pakketten knitr en rmarkdown binnenhalen. Voor achtergrondinformatie over R, RStudio en RMarkdown vind je hier RRStudioRMarkdowninformatie

Deze workshop is eerder gegeven door Schmidt op 11 Mei 2016 en er waren wat aanvullende materialen beschikbaar:

1. Klas notities die voor de workshop konden worden gebruikt etherpad.
   
2. De workshop is ook live opgenomen en beschikbaar op YouTube. Kijk naar dit college op YouTube! Zeer leerzaam.

Deze tutorial is gemaakt als onderdeel van een programma van Dr. C Titus Brown’s Data Intensive Biology (DIB) trainingsprogramma op de Universiteit van Californie, Davis. Dit DIB trainingsprogramma omvat lokale + remote workshops die onderwerpen en gereedschappen behandelen in de bio-informatica en data analyse.

Het college werd gegeven vanuit Ann Arbor Michigan en drie klassen van elders deden tegelijkertijd mee:

1. Universiteit van Californi?, Davis
   
2. Simon Fraser Universiteit
3. Ontario Instituut for Kanker Onderzoek

De Github repository, die ik binnen heb gehaald en hier gebruik voor deze les, kan worden gevonden op hier.

Opgelet: Dit soort werk introduceert wel een groot aantal Engelse woorden in onze Nederlandse taal. Enkele daarvan heb ik laten staan, niet omdat ik ze mooi vind maar omdat ze al overal gebruikt worden. Gewone mensen praten al over bijvoorbeeld renderen, cachen, files, widgets en output. Met excuses hiervoor, bij voorbaat.

1.2 Instructies bij het installeren

Voordat je gaat werken met de workshopmaterialen, zorg ervoor dat je het volgende hebt gedaan:

1. Open RStudio.
   
2. Installeer en download het devtools R pakket door het volgende commando te runnen.

install.packages("devtools") # Nodig voor deze sessie
library("devtools")          # Nodig voor deze sessie   

3. Check of je de goede versie hebt van R en RStudio door devtools::session_info() in de R console te draaien.
   Hier geeft devtools:: aan om de session_info() functie in R te gebruiken ipv het devtools pakket en de sessionInfo() functie binnen het utils pakket. Het runnen van devtools::session_info() stelt ons in staat de versie van R en RStudio vast te stellen.

Heb je de volgende versie van R en RStudio?

• R: Versie 3.3.0 (2016-05-03)
  

• RStudio: 0.99.1172

  • Zo ja dan kun je van start gaan!
    
  • Zo nee dan heb je nieuwe versies van R en RStudio nodig, volg dan Setup in dit document.

4. Installeer andere R pakketten die nodig zijn voor deze workshop.

## Installeer de goede pakketten
install.packages("rmarkdown")  # Dit zorgt voor koele dynamische documenten
install.packages("knitr")      # Hier kun je R code Chunks mee runnen
install.packages("ggplot2")    # Voor het plotten van mooie figuren
install.packages("DT")         # Om interactieve HTML tabellen te maken

## Deze pakketten ook laden om er zeker van te zijn dat je de goede pakketten hebt
library("rmarkdown")           # Dit zorgt voor koele dynamische documenten
library("knitr")               # Hier kun je R code Chunks mee runnen
library("ggplot2")             # Voor het plotten van mooie figuren
library("DT")                  # Om interactieve HTML tabellen te maken

5. Als je de pakketten zonder fouten hebt geladen, ben je klaar voor deze workshop!

Zijn er nog problemen, meld het ajb!

3.1 Reproduceerbaar onderzoek

Reproduceerbaar onderzoek is een mogelijk product van dynamische documenten, echter, goed resultaat is niet gegarandeerd!
Goede uitvoering van reproduceerbaar onderzoek houdt in ieder geval in:

1. Het hele project in een directory plaatsen die wordt ondersteund door de ‘version control’.
   
2. Code en data vrijlaten.
   
3. Alles documenteren en de code als documentatie gebruiken!
   
4. Figuren, tabellen en de statistiek zijn het resultaat van scripts en codes die in de tekst staan.
   
5. Schrijf in de codes de paden die worden gebruikt.
   
6. Stel ‘seed’ in zodat een volgende persoon dezelfde resultaten krijgt.
   
7. Laat ook informatie zien waarmee de code file wordt uitgevoerd. Je kunt bijvoorbeeld de devtools::session_info() gebruiken.

Wat het belang van reproduceerbaar onderzoek betreft, zie ook het document van de Koninklijke Nederlandse Academie voor Wetenschappen

5.1 Waarom R Markdown?

Een aantrekkelijk gereedschap voor reproduceerbare en dynamische rapporten!

• Terwijl het was gemaakt voor R, accepteert het veel programmeertalen. Om het eenvoudig te houden, werken we vandaag alleen met R.
  
• Een code kan op een aantal manieren worden uitgevoerd:
  1. Inline Code: Een korte code die in de geschreven tekst van het document wordt uitgevoerd.
  2. Code Chunks: Delen van het document omvatten verschillende zinnen analyse code. Dat kan een plot of een tabel zijn, maar ook berekeningen van de samenvattende statistiek, pakketten laden, etc.
     
• Het is makkelijk om:
  • Plaatjes op te nemen.
    
  • De Markdown syntax te leren.
    
  • \(\LaTeX\) elementen op te nemen.
    
  • Interactieve tabellen op te nemen.
  • Gebruik de versie via Git.
    • Dan is het makkelijker om te delen en samen te werken in analyses, projecten en publicaties!
  • Externe linken toe te voegen - Rmarkdown begrijpt zelfs enige html codes!
  • Om mooie documenten te maken.
• Je hoeft je geen zorgen te maken over pagina breuken of het plaatsen van de figuren.
  
• Consolideer jouw code en plaats het in een file:
  • Powerpoint, PDFs, html documenten en word files

5.2 Eenvoudige werkwijze

In het kort, om een rapport te maken:

1. Open een .Rmd file.
   • Maak een YAML kop (meer hierover zo dadelijk!)
2. Schrijf de inhoud met RMarkdown syntax.
   
3. Neem mee de R code in code chunks of met een inline code.
   
4. Draai de document output.

Werkwijze om een rapport te maken

Overzicht van de stappen die RMarkdown maakt om een ‘gerenderd’ document te krijgen:

1. Maak een .Rmd rapport met ‘R code chunks’ en markdown verhalen (zoals hierboven in stappen beschreven).
   
2. Geef de .Rmd-file aan knitr om de ‘R code chunks’ uit te voeren en een nieuwe .md file te maken.
   • Knitr is een pakket binnen R die jou in staat stelt de code binnen RMarkdown documenten uit te voeren zoals HTML, latex, pdf, word en andere document types.
     
3. Geef de .md file aan pandoc, die er een definitief document van maakt (b.v. html, Microsoft word, pdf, etc.).
   • Pandoc is een universeel gereedschap om documenten te converteren en zet het ene document type (in dit geval: .Rmd) om in een ander (in dit geval: HTML)

Hoe een Rmd document wordt omgezet

Hoewel dit mogelijk wat ingewikkeld lijkt, kunnen we op de Knit knop drukken boven aan de pagina die er zo uitziet:

of we kunnen de volgende code runnen:

rmarkdown::render("RMarkdown_LesNederlandsBeperkt.Rmd", "html_document")

5.3 Maak een .Rmd file

Laten we eens met een RMarkdown gaan werken!

1. In de menu bar, klik je op File -> New File -> RMarkdown
   • Of je klikt eenvoudig op het groene plus teken links boven in de hoek van RStudio.

2. Dan krijg je het volgende te zien
   

• Hierbinnen kies je het type output dat je wilt hebben. Opgelet: deze output kan later heel makkelijk worden aangepast!

3. Klik OK

5.4 YAML koppen

YAML staat voor “YAML Ain’t Markup Language” en is eigenlijk de structuur voor de metadata van het document. Het staat tussen twee regels van drie streepjes --- en wordt automatisch omgezet door RStudio. Een eenvoudig voorbeeld:

---
title:  "Analyse Rapport"  
Author:  "Harrie Jonkman"  
date: "1 Maart 2017"  
output:  html_document
---

Het voorbeeld boven zal een HTML document maken. Echter, de volgende opties zijn ook beschikbaar.

• html_document
  
• pdf_document
  
• word_document
  
• beamer_presentation (pdf powerpoint)
  
• ioslides_presentation (HTML powerpoint)
  
• en nog meer …

Hier ligt de nadruk op HTML files. Echter voel je vrij als je hier wat mee wilt spelen door bv. word en pdf documenten te maken. Presentatie-documenten kennen een wat andere syntax (bv. om aan te geven wanneer de ene dia eindigt en de andere begint) en dan is er nog wat markdown syntax specifiek voor presentaties maar die gaat voorbij het doel van deze workshop.

5.5 Markdown Basis

Kijk hiernaar RMarkdown Reference Guide

Haal hier ook informatie vandaan RMarkdown Cheatsheet:

Markdown Basis van RStudio’s RMarkdown Cheatsheet

Handige tips:

• Eindig elke regel met drie spaties om een nieuwe regel te beginnen.
  
• Woorden binnen een code moeten aan beide kanten zo’n kommateken kennen: `
  
• Om iets tot superscript te maken moet je een ^ aan beide zijden plaatsen. Super^script werd gevormd door Super^script^ te typen.
  
• Vergelijkingen kunnen in een inline code worden geplaatst met $ en als blok gecentreerd binnen het document door $$. Bijvoorbeeld \(E = mc^2\) staat tussen de regels terwijl het volgende geblokt wordt opgenomen: \[E = mc^2\]
  
• Ander wiskundig materiaal:
  - Vierkantswortel: $\sqrt{b}$ zal \(\sqrt{b}\) maken - Breuken: $\frac{1}{2}$ = \(\frac{1}{2}\)
  - - Vergelijkingen met breuken: $f(x)=\frac{P(x)}{Q(x)}$ = \(f(x)=\frac{P(x)}{Q(x)}\)
  - Binomiale Coefficienten: $\binom{k}{n}$ = \(\binom{k}{n}\)
  - Integralen: $$\int_{a}^{b} x^2 dx$$ = \[\int_{a}^{b} x^2 dx\]
  • ShareLaTeX is een prachtige bron voor LaTeX-codes.

Nog wat wiskundig materiaal:

Uitdaging: Probeer eens de volgende output te maken:

1. Vandaag voel ik mij vet omdat ik RMarkdown leer.

2. honing is heel zoet.

3. YAS!!!^!!!

4. R² waarden zijn informatief!

5. \(R^{2}\) beschrijft de variantie verklaard door het model.

6. Ik kende geen RMarkdown Vandaag heb ik RMarkdown geleerd

7. RStudio link

8. Output van het volgende:
   

# RMarkdown   
## R   
### Knitr   
#### Pandoc  
##### HTML  

9. \(\sqrt{b^2 - 4ac}\)

10. \[\sqrt{b^2 - 4ac}\]

11. \(X_{i,j}\)

12. Vandaag maak ik een dynamisch document!

13. Het volgende lijstje:

Chocolade Chips Kook Recept

1. boter
2. suiker
   • Een mengsel van bruine en witte suiker maakt het lekkerder
     • mix dat met boter voordat je de eieren eraan toevoegt
3. eieren
4. vanille
   
5. Mix wat droge ingredienten:
   • meel, zout, bak soda
     
6. chocolade chips

5.6 Een Code in het document

Er zijn twee manieren om een code in een RMarkdown document op te nemen.

1. Code in het document: Korte code als een onderdeel van het geschreven document.

2. Code Chunks: Delen van het document die verschillende programmeer of analyse codes omvatten. Daarmee kan een figuur of tabel worden gemaakt, statistieken worden berekend, pakketten worden geladen, etc.

mpg_auto <- mtcars[mtcars$am == 0,]$mpg # automatic transmission mileage
mpg_manual <- mtcars[mtcars$am == 1,]$mpg # manual transmission mileage
transmission_ttest <- t.test(mpg_auto, mpg_manual)

5.6.2 R Code Chunks

R code chunks (nogmaals ik gebruik maar de Engelse benaming hier, sorry)kunnen worden gebruikt om de R output in het document te krijgen of om de code als illustratie zichtbaar te maken.

De anatomie van een code chunk:

Om een R code chunk te plaatsen, kun je met de hand typen door ```{r} gevolgd door ``` op een volgende regel. Je kunt ook de Insert a new code chunk knop gebruiken of de ‘shortcut key’. Dat geeft dan de volgende code chunk:

Een code chunk invoeren

```{r}
n <- 10
seq(n)
```

Geef de code chunk een betekenisvolle naam die samenhangt met wat het doet. Hieronder heb ik code chunk 10-random-numbers genoemd:

```{r 10-random-numbers}
n <- 10
seq(n)
```

De code chunk input en output zien er dan als volgt uit:

n = 10
seq(n)

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

6.1 Chunk Labels

Chunk labels krijgen unieke IDs in een document en zijn goed voor:

• Om externe files te genereren zoals plaatjes en ‘cached’ documenten.
  
• Chunk labels zijn vaak output als fouten omhoog komen(vaker voor codes in het document).
  
• Navigeren door lange .Rmd documenten.

Een methode om door lange .Rmd files te navigeren

Als je de code chunk een naam geef, gebruik dan - of _ tussen woorden voor code chunks labels in plaats van ruimtes. Dat helpt jou en andere gebruikers bij het navigeren in het document.

Chunk labels moeten uniek zijn in het document - anders zal er een fout optreden!

6.2 Chunk Opties

Druk tab als tussen de haakjes code chunk opties omhoog komen.

Enkele Knitr Chunk Opties

• results = "asis" staat voor “as is” en geeft de output van een niet geformateerde versie.
• collapse is een andere chunk optie die handig kan zijn, zeker als een code chunk veel korte R uitdrukking heeft met wat output.

Er zijn teveel chunk opties om hier te behandelen. Kijk na deze workshop nog eens wat rond voor deze opties.

Een mooie website om dat op te doen is Knitr Chunk Options.

Uitdaging
Draai de code chunk hieronder en speel wat met de volgende knitr code chunk opties:

• eval = TRUE/FALSE
  
• echo = TRUE/FALSE
  
• collapse = TRUE/FALSE
  
• results = "asis","markup en "hide

Sla je resultaten op in markdown.
Opgelet: Wees er zeker van dat je jouw chunks een naam geeft!

1+1
2*5
seq(1, 21, by = 3)
head(mtcars)

Enkele voorbeelden voortbouwend op de chunk hierboven

Resultaten van results="markup", collapse = TRUE}:

1+1
## [1] 2
2*5
## [1] 10
seq(1, 21, by = 3)
## [1]  1  4  7 10 13 16 19
head(mtcars)
##                    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
## Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
## Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
## Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
## Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
## Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
## Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

Resultaten van results="asis", collapse = TRUE}:

1+1

[1] 2

2*5

[1] 10

seq(1, 21, by = 3)

[1] 1 4 7 10 13 16 19

head(mtcars)

               mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb

Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1

6.3 Globale opties

Het kan zijn dat je dezelfde chunk settings wilt handhaven voor het gehele document. Het kan daarom handig zijn om de opties in een keer te typen in plaats van het iedere keer weer voor een chunk te moeten doen. Om dat te doen kun je de globale chunk opties bovenaan het document vaststellen.

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, 
                      eval = TRUE, 
                      message = FALSE,
                      warning = FALSE, 
                      fig.path = "Figures/",
                      fig.width = 12, 
                      fig.height = 8)

Als je bijvoorbeeld met iemand samenwerkt die de code niet wil zien, kun je schrijven eval = TRUE en echo = FALSE gebruiken zodat de code wel gedraaid wordt maar niet getoond. In aanvulling wil je misschien message = FALSE en warning = FALSE gebruiken zodat jouw samenwerkingspartner geen enkele boodschap of waarschuwing van R ziet.

Als je figuren wilt opslaan en bewaren in een subdirectory binnen het project, gebruik dan fig.path = "Figures/". Hier verwijst de "Figures/" naar een folder Figures binnen de huidige directory waar de figuur die gemaakt wordt in het document wordt opgeslagen.
Opgelet: de figuren worden niet standaard opgeslagen.

Globale chunk opties zullen voor de rest van het documenten worden vastgezet. Als je wilt dat een bepaalde chunk afwijkt van de globale opties, maak dat aan het begin van die bepaalde chunk duidelijk.

6.4 Figuren

Knitr maakt vrij eenvoudig figuren. Als een analyse code binnen een chunk een bepaald figuur moet produceren, dan zal hij dat in het document afdrukken.

Enkele knitr chunk opties gerelateerd aan figuren:

• fig.width en fig.height
  • Standaard: fig.width = 7, fig.height = 7
    
• fig.align: Hoe het figuur uit te lijnen
  • Opties omvatten: "left", "right" en "center"
    
• fig.path: Een file pad naar de directory waar knitr de grafische output moet opslaan die er met de chunk wordt gemaakt.
  • Standaard: 'figure/'
    
• Er is zelfs een fig.retina(alleen voor HTML output) voor hogere figuur resoluties met retina afdrukken.

Een enkelvoudig figuur maken:

Met fig.align = "center"

ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + xlab("Miles per Gallon") +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept=mean(mtcars$mpg), col="red") 

Met fig.align = "right"

ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + xlab("Miles per Gallon") +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept=mean(mtcars$mpg), col="red") 

Met fig.align = "left"

ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + xlab("Miles per Gallon") +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept=mean(mtcars$mpg), col="red") 

Met fig.width = 2, fig.height = 2

ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + xlab("Miles per Gallon") +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept=mean(mtcars$mpg), col="red") 

Met fig.width = 10, fig.height = 10

ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + xlab("Miles per Gallon") +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept=mean(mtcars$mpg), col="red") 

myplots <- list()  # new empty list
for(i in 1:ncol(mtcars)){
  col <- names(mtcars)[i]
  ggp <- ggplot(mtcars, aes_string(x = col)) +
    geom_histogram(bins = 30, fill = "cornflowerblue", color = "black") +
    geom_vline(xintercept = mean(mtcars[[col]]), col = "red") 
  myplots[[i]] <- ggp  # add each plot into plot list
}
multiplot(plotlist = myplots, cols = 4) # must load in multiplot function from the Rcookbook see http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_(ggplot2)/

6.5 Tabellen

Tabellen kunnen in Markdown voor nogal wat hoofdpijn kosten. We gaan er hier verder niet op in. Als je meer wilt leren over Markdown-tabellen kijk naar documentation on tables op de RMarkdown website.

Er zijn enkele tabeltypen die handig kunnen zijn. Hier zullen we ons vorig voorbeeld gebruiken van de mtcars data

In zijn Knitr in a Knutshell introduceert Dr. Karl Broman: kable, panderen xtable en vooral die eerste twee deden mij plezier:

• kable: Binnen het knitr pakket - niet veel opties maar het ziet er goed uit.
• pander: Binnen het pander pakket - heeft veel opties en handigheden. Makkelijk voor het vetmaken van waarden (bv. waarden onder een bepaalde waarde).

kable en pander tabellen zijn mooi en handig bij het maken van niet-interactieve tabellen:

kable(head(mtcars, n = 4)) # kable table with 4 rows

# Pander table
# install.packages("pander") # install pander first
library(pander)
pander(head(mtcars, n = 4))

6.6 HTML Widgets

Met de uitgave van de nieuwe RMarkdown v2 is het makkelijker dan ooit tevoren om HTML Widgets te gebruiken. Volg de link om uit te zoeken in welke widgets jij ge?nteresseerd bent!

Onlangs ontdekte ik bijvoorbeeld het DT pakket waarmee tabellen interactief kunnen worden gemaakt in de HTML output. Daarbij levert Plotly for R echt mooie interactieve grafieken op, welke gebaseerd zijn op Plotly.

Cool, of niet?

# DT table = interactive
# install.packages("DT") # install DT first
library(DT)
datatable(head(mtcars, n = nrow(mtcars)), options = list(pageLength = 5)) 

# plotly
# install.packages("plotly")
library(plotly)
mtcars$car <- row.names(mtcars)
plot_ly(mtcars, x = wt, y = mpg, 
        text = paste("Car: ", car),
        mode = "markers", color = wt, size = wt)

## Error in plot_ly(mtcars, x = wt, y = mpg, text = paste("Car: ", car), : object 'wt' not found

6.7 Spelling controleren

In de spelling kunnen natuurlijk altijd fouten zitten en daarom kan het nodig zijn dat we onze spelling in het document willen controleren. Er zijn twee manieren om de spelling te controleren:

1. Druk op de “ABC check mark” links van de vergrootglasknop in RStudio.
2. Gebruik de aspell() functie van het utils pakket. Je kunt dan echter beter de code chunks overslaan. De aspell() functie kan een filter functie overnemen om bepaalde regels in de files over te slaan en kan worden gebruikt met de knit_filter() die ontworpen is om de code chunks in een file over te slaan.

6.8 Knitr Thema’s

Het knitr-syntax-thema kan worden aangepast of helemaal naar de hand worden gezet. Als je de standaardthema’s niet wilt, gebruik dan het knit_theme om het te veranderen. Er zijn 80 thema’s opgenomen binnen knitr en we kunnen de namen ervan zien door knit_theme$get().

Wat zijn de eerste 30 knitr thema’s?

head(knit_theme$get(), 30)

##  [1] "acid"          "aiseered"      "andes"         "anotherdark"  
##  [5] "autumn"        "baycomb"       "bclear"        "biogoo"       
##  [9] "bipolar"       "blacknblue"    "bluegreen"     "breeze"       
## [13] "bright"        "camo"          "candy"         "clarity"      
## [17] "dante"         "darkblue"      "darkbone"      "darkness"     
## [21] "darkslategray" "darkspectrum"  "default"       "denim"        
## [25] "dusk"          "earendel"      "easter"        "edit-anjuta"  
## [29] "edit-eclipse"  "edit-emacs"

Wij kunnen knit_theme$set() gebruiken om het thema vast te zetten. Om het thema op fruit vast te zetten, kunnen we de bijvoorbeeld de volgende code gebruiken:

knit_theme$set("fruit")

Hier is de link naar jouw favoriete thema 80 knitr highlight themes.

6.9 Andere programmeer talen

Terwijl knitr binnen een R omgeving moet draaien, ondersteunt het ook andere programmeertalen waaronder:

• Python
  
• Ruby
  
• Haskell
  
• awk/gawk
  
• sed
  
• shell scripts
  
• Perl
  
• SAS
  
• TikZ
  
• Graphviz
  
• C++
  
• En andere talen…

We moeten echter het corresponderende software pakket installeren om een taal te gebruiken.

Gebruik de engine functie in Knitr. Deze functie laat de gebruiker de taal van een chunk specificeren.

• engine = "bash" zal de boel in bash laden and stelt de gebruiker in staat de scripts zo binnen de code chunk te schrijven .

6.10 Inhoudsopgave

Een inhoudsopgave kan aan het gerenderd document worden toegevoegd door de toc optie in de YAML kop te gebruiken.

Opties hierbij:

• toc: of de inhoudsopgave moeten worden meegenomen:
  • toc: true: hier wordt de inhoudsopgave meegenomen
    
  • Default:toc: false: Hier wordt de inhoudsopgave niet meegenomen
    
• toc_depth:: Hoeveel niveau’s moeten in de inhoudsopgave worden worden meegenomen?
  • Default: doc_depth: 3 zal koppen tot en met ### meenemen.
    
• number_sections: Voegt sectienummers toe aan de koppen. Bijvoorbeeld, dit document heeft number_sections: true
  • Default: number_sections: false
    
  • Opgelet: Met elk # zal er een decimaal punt worden toegevoegd aan alle koppen.
    
• toc_float:
  • 2 andere mogelijke parameters binnen toc_float:
    • collapsed: Controleert of de inhoudsopgave alleen aan het begin verschijnt. Het zal met de cursor erover verschijnen.
      • Default: collapsed: TRUE
    • smooth_scroll: Controleert of de pagina scrolls werken wanneer op de onderdelen van de inhoudsopgave wordt geklikt.
      • Default: smooth_scroll: true

Bijvoorbeeld:

output:
  html_document:
    toc: true
    toc_depth: 2
---

Uitdaging: Maak de YAML kop voor een HTML document die het volgende inhoudt:

• Inhoudsopgave
• Laat de inhoudsopgave vloeien
  
• Sectie koppen met twee hashtags (##)
  
• Genummerde secties
  
• Geen makkelijke scrolling

6.11 Thema’s

RMarkdown heeft verschillende opties voor de HTML documenten. Enkele mogelijkheden waaruit kan worden gekozen, hier met de Engelse termen:

• theme
  
• highlight
  
• smart

De HTML output thema’s komen van Bootswatch library. Valide HTML themes omvatten de volgende:

• cerulean, cosmo,flatly, journal, readable,spacelab en united.
  • Bijvoorbeeld, het thema van de pagina is readable.
• Zet het op nul voor geen thema (in dit geval kun je de css parameter gebruiken om jouw eigen stijl te gebruiken).

Highlight specificeert de wijze waarop de syntax stijl oplicht. Stijlen die mogelijk zijn omvatten de volgende:

• default, espresso, haddock, kate, monochrome, pygments, tango, textmate en zenburn.
  
• Ook hier, plaats nul om syntax oplichting te voorkomen.

Smart indiceert of de typografisch correcte output wordt weergegeven, zet rechte aanhalingstekens om in gekru, — rechte aanhalingstekens, – om in gekrulde aanhalingstekens en … in ellipsen. Smart is standaard ingesteld.

Bijvoorbeeld:

---
output:
  html_document:
    theme: slate
    highlight: tango
---

Als je wilt kun je ook jouw eigen stijl-thema produceren en gebruiken. Als je dat zou doen, zou de output sectie van jouw YAML kop er z’on beetje zo uitzien:

output:
  html_document:
    css: styles.css

Als je nog wat verder wilt gaan en jouw eigen thema wilt schrijven in aanvulling op het oplichten, zou de YAML kop er beetje zo uitzien:

---
output:
  html_document:
    theme: null
    highlight: null
    css: styles.css
---

Hier is een link naar Pr?sance en Stijl in de HTML output.

7.1 Plaatsen

De bibliografie wordt automatisch aan het einde van het document geplaatst. Daarom moet je jouw .Rmd document met # Referenties eindigen zodat de bibliografie naar de kop voor bibliografie komt.

7.2 Stylen

Citation Sylte Language (CSL) is een op XML-gebaseerde taal die het format van citaten en bibliografie?n vaststelt. Referentie management programma’s zoals Zotero, Mendeley en Papers gebruiken allemaal CSL.

Zoek jouw favoriete tijdschrift en CSL in de Zotero Style Repository, waar nu meer dan 8,152 CSLs inzitten. Is er een stijl waar je naar zoekt en die er niet in zit?

output: html_document
bibliography: bibliography.bib
csl: nature.csl

In de github repo voor deze workshop heb ik de nature.csl en the-isme-journal.csl toegevoegd om mee te spelen. Download anders een stijl van de Zotero Style Repository!

7.3 Citaten

Citaten gaan tussen vierkante haakjes [ ] en worden afgescheiden door punt-komma’s’ ;. Elk citaat moet een sleutel hebben, samen de @ + de citaat identificatie van de database vormen en die optioneel a prefix, a locator en a suffix hebben. Om te controleren wat de citaatsleutel is van een referentie, werp dan een blik op de .bib file. Hier in die file, kun je de sleutel voor elke referentie veranderen. Echter, wees er wel van bewust dat elke ID uniek is!

Hier zijn wat voorbeelden met bijpassende code in het Engels:

• Microbes control Earth’s biogeochemical cycles [@Falkowski2008].
  • Code: Microbes contorl Earth's biogeochemical cycles [@Falkowski2008].
    
• I love making beautiful plots with ggplot2 [@R-ggplot2]
  • Code: I love making beautiful plots with ggplot2 [@R-ggplot2]
    
• Dr. Yuhui Xie’s book about Dynamic Documents [@Xie2015] inspired me to host this workshop.
  • Code: Dr. Yuhui Xie's book about Dynamic Documents [@Xie2015] inspired me to host this workshop.
    
• A great article in Science regarding biogeography of microbes asks readers to imagine their Alice in Wonderland to shrink down to understand the microbial world [@Green2008].
  • Code: A great article in *Science* regarding biogeography of microbes asks readers to imagine they are Alice in Wonderland to and shrink down to understand the microbial world [@Green2008].

Het is cool dat de enige refenties die aan het document worden toegevoegd degene zijn die jijzelf citeert!

8.1 RPubs vernieuwen

Als je veranderingen in het document wilt aanbrengen is het makkelijk om de webpagina te vernieuwen. Als je een keer jouw aangepaste documentg hebt gerenderd klik je op de knop rechtsboven in de hoek van de preview scherm. Het aangepaste document zal dezelfde URL hebben als het orginele document.

9.1 Artikel}

Een ieder die wel eens een wetenschappelijk artikel heeft gemaakt, weet dat je soms tegen ingewikkelde zaken aanloopt. De consistente opbouw bijvoorbeeld, het toevoegen van een tabel of een figuur, de referenties goed plaatsen. Als je in word werkt is het soms lastig als je van volgorde verandert. Bij {} is dat geen enkel probleem omdat hij de volgorde vanzelf weer herschikt. Hier vind je informatie: url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FArtikel%2FScientificarticle%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FArtikel} vind je informatie

9.2 Boek

Een boek bestaat uit verschillende onderdelen, bijvoorbeeld uit een voorkant, een eerste pagina, een inhoudsopgave, de hoofdstukken en de literatuur. Hier wordt een stramien voor de opbouw van een boek aangeboden dat eenvoudig is aan te passen. Hier url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek%2FBoekNed%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek }

Bepaalde uitgeverijen (Springer bijvoorbeeld of Wiley) hebben een eigen specifieke opmaak. Een voorbeeld hiervan is in de map geplaatst. Hier Springer url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek%2FSpringer%2FspringerHarrie%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek%2FSpringer }

Hier Wiley url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek%2FWiley%2FwileyHarrie%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FBoek%2FWiley }

9.3 Eboek

{} kan ook makkelijk een eboek maken. In deze map vind je het verhaal van Hans en Grietje als eboekvoorbeeld. De typografische opmaak is in {} gezet. Hier een eboek: url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FEboek%2Febook%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FEboek }

9.4 Rapport

Vorig jaar heb ik een onderzoeksverslag in {} opgemaakt. In nauw overleg met het secretariaat heb ik voor hetzelfde lettertype en dezelfde opbouw gekozen. Als je een beetje met {} kunt werken is zo’n rapport snel te maken. In bepaald opzicht is het bijvoorbeeld preciezer (bijvoorbeeld bij tabellen en literatuurverwijzingen).
Hier een voorbeeld: url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FRapport%2FHPCBeleidsnotitiearticle%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FRapport }.

9.5 Presentatie

Wij gebruiken allemaal powerpoint. Maar met {} kun je hele mooie en precieze presentaties geven. Hier vind je een voorbeeld van een presentatie die ik begin 2017 in Bombay gaf: url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FPresentatie%2FBombay2017%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FPresentatie }

9.6 Proefschrift

Uit eigen ervaring weet ik dat de opmaak van een proefschrift lastig kan zijn. Vaak denk je daar pas helemaal aan het einde aan en dan moet je hiervoor iemand inhuren. Voor de opmaak ben je dan al snel 1000-1500 euro kwijt. Met {} kun je het gewoon zelf. Een pdf-tekst en een syntax heb ik in het mapje 5. {} erbij geleverd.
Hier: url{https://verweyjonker-my.sharepoint.com/personal/hjonkman_verwey-jonker_nl/_layouts/15/onedrive.aspx?id=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FProefschrift%2Fthesis%2Epdf&parent=%2Fpersonal%2Fhjonkman%5Fverwey%2Djonker%5Fnl%2FDocuments%2FHarrie%27sHoekje%2F5%2E%20Latex%2FDiverse%20producten%2FProefschrift }