转录因子分析

为了解不同细胞群基因表达调控网络的差异，对EC进行近一步的Regulon分析，Regulon是转录因子及其调控的下游基因所组成的基因集合

SCENIC转录因子调控网络

从下图可以看出nor6_C4也就是AE，VE细胞群有其特有的Regulon（左侧红框标出的），包括KLF2，SOX17，MECOM等等，你可以看看里面有没有跟AE，VE发生相关的pathway。中间blood也有GATA1，KLF1,SPI1等。比较有意思的是有单独一小群HE是和AE，VE聚在一起的，表达特异的转录因子，包括HAND1和HOXC8，你可以仔细看看。和blood聚在一起的是另外一小群HE，受转录因子PBX3调节。这些TF调控的下游target基因你可以看看。见文件Step2_MotifEnrichment_preview.html，可以搜索你感兴趣的转录因子信息和其下游target genes。

转录因子on/off tsne图

以AE，VE相关的regulon为例,详细的每个regulon的tsne图见文件Step4_BinaryRegulonActivity_tSNE_colByActivity.html

tSNE based on regulon

tsne